清同治13年（1874年），吴佩孚出生于山东蓬莱县，父亲吴可成是一个小商人。吴佩孚的父亲依靠祖上传下来的安香杂货店，做点小买卖，但是只能维持生计。虽说家境不富，甚至清贫，但是，他并非等闲之辈，并非只关注每日盐油柴米，而是胸怀大局，颇有些国家和民族观念。当吴佩孚还未出世的时候，正值日本明治天皇登基后7年，励精图治，变法维新，跃跃欲试准备侵夺朝鲜、台湾、琉球。这一年，有台湾土著劫杀琉球难民的事件发生，日本人趁机挑衅，派兵攻打台湾。消息传出，中国老百姓极为愤慨。吴可成对日本侵我台湾这一举动极为愤恨，总希望有戚继光一样的人物出来驱倭寇保我中华。对于自己即将诞生的子嗣，他也希望能长成如戚继光一样的爱国能人。在吴佩孚出生的那一天，他的父亲吴可成做了一个梦，梦见了抗倭寇名将戚继光来到了家中，吴可成忽然醒来，这才知道是做了一个梦。这时候，接生婆来报：“老爷大喜了，夫人生了一子。”吴可成听了，想到戚继光刚入家门，恰在这时夫人生子，便料想此子不凡，非常高兴，灵感一来，第二个儿子的名字就出来了。他就赶紧宣布名字--名佩孚，字子玉。出处在哪儿？就在戚继光那儿，因为戚继光号佩玉。吴可成这样取名，是对儿子寄予了莫大希望和良好祝愿。
当吴佩孚刚刚长到6岁时，便被吴可成送到私塾就读。父亲吴可成对吴佩孚说：“只有好好读书，才能成为有大用处的人。”并对他讲了戚继光的雄才伟略。小小年纪的吴佩孚居然听得十分认真。吴可成预感到，这个孩子是个读书的料。这时候，吴可成就因病弃世而去。吴可成的去世，使吴佩孚悲痛万分。因为父亲是家中的顶梁柱，更是从读书上支持他、从处世上引导他的人。这时，吴佩孚可以说已胸怀大志了。父亲的死，无疑对他大志的实现带来较大的影响。可是，长兄吴道孚吸食鸦片，将家业折腾精光，后来干脆在城里开了一家烟店，专门出售和吸食芙蓉膏。吴佩孚后来虽然考中了秀才，却无谋生技艺，于是包揽讼词，敲诈勒索，成了无赖地痞，而且也染上了抽鸦片的恶习，成了烟馆“普通座”的座上客。
当时的蓬莱县城，鸦片烟馆鳞次栉比，到处都是，但吸食的地方却分三六九等。一等的鸦片烟馆，房屋华丽，布置精美，烟价高，而且是有身份人的标志。吴佩孚哪里可以与上等人同卧一榻，吞云吐雾呢？
可是，有一次，大约是烟瘾发作了，吴佩孚来不及走到三四等的烟馆，进了一家华丽的烟馆，朝雅座一钻，碰上当地著名的富绅翁钦生正一榻横陈，吞云吐雾。翁一见瘪三样的吴佩孚，就高声喝问他进来干什么。吴佩孚低声下气地嗫嚅道：“想和翁爷商量商量，弄几筒香香！”翁见他那副猥琐鬼祟的模样，气往上冲，喝道：“你这狗头，不看看自己是副什么嘴脸，滚出去！”
吴佩孚烟没抽着，反遭一顿凌辱，觉得“此仇不报，非丈夫也”，就用钱买通了一个乞丐，用纸包着粪汁，趁翁钦生夜间从大烟间出来，劈头盖脸地扔上去，弄得翁钦生满面粪汁，奇臭无比。
过了几天，吴佩孚恰巧与翁钦生在一个酒楼里喝酒，结果俩人都有点醉了，东一句、西一句地争吵起来，吴仗着酒力让翁饱尝了一顿老拳。这下子可算捅了马蜂窝。翁钦生是当地电讯局局长的亲戚，富甲一方，于是通过县令，派衙役拘捕吴佩孚到案。幸亏衙门里有朋友，密告于吴，于是他星夜逃往北京。
在北京，吴投靠一个亲戚，以算命占卦糊口，潦倒不堪；一天遇见一位堂兄，劝说他从军，并将吴介绍到天津聂士成那里去当兵。吴佩孚走上了一条从军的道路。
吴经人介绍到天津武卫军当管带的勤务兵，正式开始了行伍生涯。后来，他报考开平武备学堂，辍学到陆军警察队充任正目（班长），升任初等官（相当于排长），先后被授予准尉、少尉、中尉衔。1903年，他报考保定陆军速成学堂测绘科，学业一年，1904年毕业后被分配到北洋督练公所参谋处工作，随后被差遣去烟台芝罘日本守田利远军事谍报机构从事谍报工作，主要负责收集俄国在中国东北驻军的军事情报。这份工作月饷50大洋，除去吃喝开支和寄回家中以外还有不少积蓄，加上其他津贴，半年多时间，吴佩孚便积蓄到300元大洋。
日俄战争期间，清政府暗中协助日方作战。于是，在北洋督练公所参谋处任职的吴佩孚，奉命为日本人搜集俄军情报。一次，吴佩孚携带重要资料到新民屯开会，他从锦州登车前往。沿途是非俄军占领地，比较安全，快抵达新民屯时，大队俄军突然出现，截住火车搜查。有手提的情报资料为证，吴佩孚在劫难逃，他被俄军以“大间谍”之名，抓到沈阳俄军总部。俄军严加审讯，吴佩孚一口咬定，自己刚从军校毕业，正在搜集资料，私下进行日俄战争研究，并对日俄战争发表看法。俄军司令大为光火，大笔一挥，判吴死刑。将要执行之际，哈尔滨俄军情报单位又要提审吴佩孚，吴被两个俄军士兵押解，乘火车转往哈尔滨。俄军方按俄军上尉出差待遇，给吴20卢布旅费。途中，吴佩孚冷眼旁观两个俄军士兵，发现他们烟瘾极大，又非常吝惜，便灵机一动，在新台子车站，用10卢布买了一大堆香烟。他并不抽烟，也不请两个俄军士兵抽。火车途经乱石山时，因爬坡而减速，吴佩孚做手势，要上厕所。两个俄军士兵一心惦记那堆香烟，谁也不愿奉陪，挥手叫吴自己去。吴心中暗喜，从容地走过车厢，回头望去，只见两俄国兵背对着他，头顶上冒出团团烟雾，正在拿他的香烟大过烟瘾。吴走到车门口，拉开车门，看准一片草地，纵身跳下，接连几个翻滚，站起来，毫发无伤，再抬眼一看，火车已经呼啸而去。由于这一带流通俄国货币，吴佩孚用余下的10卢布，沿途买东西吃喝，安全抵达新民屯。
这次他立了功，因敢作敢为而被北洋军阀头子曹锟看上，两年后当上了管带（营长）。此后，他积极投身军阀混战并大有“斩获”，很快晋升为团、旅、师长，不几年就拥兵数十万，被封为“孚威上将军”，盘踞于洛阳，控制河北、河南、山东、湖北、湖南等省，还遥控北京的曹锟政府，成了实力最强的军阀。由于他会写诗、绘画，字也写得颇好，因此有“儒将”之誉，他也常以此自豪。
可是这位“儒将”却缺乏儒家所宣扬的“仁”道，他为了实现个人野心，不惜“龙泉剑斩血汪洋”，对其他军阀毫不手软，对芸芸众生的命运更不屑一顾。1921年与湘军打仗时，他竟下令掘开萧州的长江大堤，致使许多无辜百姓葬身鱼腹；1923年2月，京汉铁路工人举行大罢工，他残酷地镇压，制造了著名的“二七大惨案”，为自己的历史写下了最黑的一页。
他五十寿庆之时，正是权势鼎盛之日，各地的军政要人和文化名人、各国驻华使馆的武官云集洛阳，清废帝溥仪也派出其“摄政王”前来祝贺。连曾名震朝野的维新派首领、著名学者康有为也大拍马屁，献寿联云：牧野鹰扬，百岁功勋才一半；洛阳虎视，八方风雨会中州。
但是这“鹰”、“虎”的前景并不美妙。此人虽然精明、狠辣，然而因逆时代潮流而动，终于一败涂地。
1926年6月，张作霖与吴佩孚在北京会谈“合作”。为进攻已占据直隶的国民军，张作霖与吴佩孚弃嫌修好，签订反冯盟约。
之后，国民革命军大举北伐，他纠集主力扼守湖北咸宁的汀泗桥并上阵督战，亲手枪杀了几名后退的官兵，然而也抵挡不住革命洪流。两个月后，北伐军攻克武昌。可是，他不像其他下台的军阀政客那样，腰缠万贯出洋“考察”或跑到租界去寻求外国人保护，而是在国内辗转流亡。
第二年，他率卫队逃去四川，途经河南邓县构林关时，受到当地头面人物的热情款待。面对满桌酒肉，他却说：“免了吧，战火连绵，百姓不得温饱，我们还要这么多菜干什么？”只留下四个小菜，其余全叫人撤下。他定于第二天清早开拔，可是地方绅士纷纷前来求字求诗，他雅兴大发，欣然应允，撰写了多首（副）诗联。在赠给乡绅杨星如的诗中，有“天落泪时人落泪，哭声高处歌声高。世人漫道民生苦，苦害生民是尔曹”之句，流露出了悲天悯人的情怀，还不客气地谴责了地主豪绅们的罪恶，令人刮目相看。弄文舞墨的“雅兴”救了他一命。当天上午，先头部队中了悍匪索金娃的埋伏而狼狈不堪，连秘书长张煌言也被乱枪击毙了，他却因推迟出发而安然无恙。
随后，他流寓于四川的奉节、大足、达县等地，卫队、随员星散，靠依附当地军阀为活。在成都参观昭觉寺时，他特地穿上袈裟拍照，还赋诗二首。第一首是：
英雄不避杀身凶，何况空门老梵宫。
偏有情丝难遽断，双行血泪洒秋风。
“空门”和“梵宫”都指佛寺。诗意是：我向来将生死置之度外，又岂怕在寺院里终老？但因“情丝”（与世事的千丝万缕的关系）难以砍断，所以不能皈依佛门。此时他仍以“英雄”自命，却自知不能东山再起，于是只好“两行血泪洒秋风”，散发出“末路”的凄凉。
第二首的内容比较简单，只是说自己虽然不当和尚，但“此后深山同佛”，表明不再过问世事，意思是要有关人士放心。
吴佩孚一生极重信义廉耻，因为承诺不仰仗外国势力，所以先后坚拒了苏联、英、美、日本等政府和银行主动伸出的橄榄枝。
休道他风头正健时，即使最潦倒的时候，他也没向外国人低过头--当他退居白帝城时，日本第一外遣舰队总司令和海军驻沪特务机关长曾专程拜访过他，表示愿意提供私人借款一百万元并无偿赠予十万支步枪、五百门钢炮、两千挺机关枪，支持他东山再起。吴佩孚语气坚定地回答：
过去我曾有枪不止十万，有钱不止百万，可见成败并非枪炮与金钱。我如愿引外援借外债，何必待到今日！中国的事应该由中国人自了。
然而，吴在1932年10月离开成都后，并没有选择深山作归宿之地，而是定居于北京的什锦花园，主要靠“世侄”张学良给“补助费”维生，还写了一副对联：
得意时清白乃心，不纳妾，不积金钱，饮酒赋诗，犹是书生本色；
失败后倔强到底，不出洋，不走租界，灌园怡性，真个解甲归田。
虽然没有“灌园”、“归田”，但对联总体是真实的。此人虽然浑身血腥，但尚知道坚持民族立场。1919年五四运动时，他曾表态反对签订有损于中国利益的巴黎和约；1935年，日本侵略者为了分裂中国而搞“华北自治”，请他上台当傀儡，他坚决拒绝。
若没有日本人的入侵，吴佩孚原本是要在北京城里颐养天年的。可是，卢沟桥事变的枪声打断了他的残梦。
1937年初夏，日本人借卢沟桥事变快速侵占了北平，一直不肯去南方做蒋的清客的吴佩孚，成了敌寇辖下的高级寓公。
和吴一样留在北平的有一些有身份的人士，他们怕死，也怕失去悠闲的日子，便摧眉折腰事倭寇，于是出任伪职的经历成了终身难以洗净的污点，这其中不光有吴的一些北洋同僚与旧部，也有北大教授周作人这样的名士。
像所有的异族统治者一样，日寇急于在占领区建立从属于自己的傀儡政权。日本人看好了两个一直与蒋介石不对付的中国人，一个是中国当朝二号人物汪精卫，一个便是曾统兵近百万的北洋时代最有人格力量、“在北洋军阀中，比较还像一个人”的吴佩孚。他们希望“汪吴合作”。
尽管汪精卫终于答应“合作”，从重庆逃到了河内，但一直在日本人眼皮底下的吴佩孚却沉默如山。吴佩孚不为所动、不受抬举、不肯附逆。
北平沦陷后，吴佩孚一直是日方拉拢的重点对象。日本人对吴佩孚是寄予厚望的。日本人大伯通贞受命进入北平，邀见吴佩孚，请吴出山担负“兴亚”大任。吴佩孚没有答应。随后日方又派更厉害的号称“东方劳伦斯”的中国通、日本著名特务头子土肥原贤二，决心要把吴佩孚拉下水来。且读一段战后日本“土肥原贤二刊行会”编撰的文字：
当时日本军以破竹之势，席卷华北、华中、华南。以王克敏、梁鸿志、德王为首的政府相继成立。土肥原作为陆军、海军、外务三省特别委员会的负责人，正在策划在三个政府之上建立以吴佩孚为首的中央政府的工作……
日本人还越俎代庖地在什锦花园为他安排过一次记者招待会。
1939年3月30日，百余名中外记者拥向什锦花园。花园内戒备森严，进场的每位记者都发有一份中、英、日三种文字形式的“讲稿”。吴佩孚在众人的簇拥下进入会场，并客气地向记者先鞠了一躬，然后仅瞥了一眼案前的“讲稿”，做即席讲演。开始的讲话土肥原十分满意，讲着讲着吴佩孚把话锋一转，就提出了恢复中日和平的两个条件，即日本无条件全面撤兵，中国应保持领土和主权完整。吴佩孚同时还大声命令翻译按他的原话，一字一句地进行翻译。会场的中外记者纷纷疾笔如飞，记下了吴佩孚最真实的讲话。随后吴佩孚把土肥原事先准备的“讲稿”从案前拿起来，然后狠狠地摔在地上，用力踩在脚下。
土肥原被气得浑身发抖，脸色蜡黄。吴佩孚巧妙地用记者招待会的形式，揭穿了土肥原散布的流言蜚语，粉碎了土肥原的阴谋。
后来日本人以死亡威逼，不想一到吴的家里，吴佩孚就请他们看一样东西，原来是一具黑漆棺材。吴佩孚已经在上面刻上了自己的名字，只空了年月日。
他的态度自然不会让日本侵略者高兴。
1939年11月中旬的一天，吃饭的时候，吴佩孚对身边的幕僚们说：“牙齿出了毛病，镶的金叶子有点刮舌头。”大家说：“那换一个好了。”当天晚上，派人将镶牙师找来，因为这名镶牙师就是当初为吴镶牙的。兴许吴佩孚是因为年龄老了的缘故，牙齿上有空洞，但并没有填补。12月4日，身体健壮的吴佩孚意外地因吃羊肉饺子，骨屑正钳在牙齿的空洞里，几天后，两腮红肿，疼痛难耐。于是，“学生”川本芳太郎携领日本军医寺田及护士，由华北大汉奸齐燮元陪同来到吴宅。寺田检查后，声称需立即做手术，在日本军医再三说服和齐的劝慰下，对吴佩孚实施手术。手术后吴佩孚立即陷入昏迷，之后得了败血症，离奇地结束了一生。从突患牙病到蹊跷辞世，只有短短的10天。
中国近代史上不乏书生领军大获成功的例子，清朝的曾国藩是一个，李鸿章是一个，民国初年的吴佩孚也算其一。
从现有的资料来看，吴佩孚对日本侵华行径是痛恨的。1937年，南京大屠杀的消息传来，他绝食一天，以示抗议。1938年6月9日，国民党军炸开花园口黄河大堤，听说淹死许多日本人，他异常高兴；后又听说有140万人无家可归，他又为此失声痛哭。
董必武曾说过：“吴佩孚虽然也是一个军阀，但有两点却和其他的军阀截然不同。第一，他生平崇拜我国历史上伟大的人物关、岳。他在失败时，也不出洋，不居租界自失。第二，吴氏做官数十年，统治过几省的地盘，带领过几十万大兵。他没有私蓄，也没置田产，有清廉名，同当时那些腰缠千百万的军阀比较，总算难能可贵。”
有一次，德国大使馆某武官的女儿露娜小姐在洛阳行营偶然遇到吴佩孚，被吴佩孚的书生气质和大将风度折服，三天两头找他沟通国际友谊。无奈吴佩孚就是装聋作哑，假装不领风情。时间长了，露娜小姐耐不住了，给吴佩孚来了个直截了当--发了一封情书。秘书将书信译好交给吴佩孚。吴佩孚让人原件奉还，又提笔批了四个大字：老妻尚在。
吴佩孚当权后，前来跑官、要官、买官的亲朋好友络绎不绝。曾有个吴佩孚的老同学前去投奔。此人在别处多次当官，几次因为刮地皮而被免职。到吴佩孚家，吴佩孚不在，他便写了个条子，要求到河南当个县令。吴佩孚回家见到条子，提笔批道：豫民何辜？意思是：河南老百姓有什么罪过，要你这样的人来害他们？
吴佩孚手下有一个老同事，因为无能，吴给他安排了一个有职无权的闲差，整天无所事事。此人无聊之余，起了建功立业的念头，于是毛遂自荐，写军令状，要求吴佩孚给他十万大军，保证平定南方革命党人，“然后释甲归田，以种树自娱”。吴佩孚知道这家伙属于纸上谈兵式的蠢材，怎么敢赋予大任，就在军令状上批道：先去种树。臊得那小子再也不吭气了。
虽然吴佩孚是一个反动军阀，但以上三个涉及私生活、跑官、要官的手谕却很能看出此人与众不同之处。
日本东京帝国大学一位佩服他亮节的教授作挽联道：败师不入外租界，正谊羞登傀儡场。
对吴佩孚之死，北伐中打败了吴佩孚的蒋介石亲致唁电给北平什锦花园吴公馆：
先生托志春秋，精忠许国，比岁以还，处境弥艰，劲节弥厉，虽暴敌肆其诱胁，群奸竭其簧鼓，迄后屹立如山，不移不屈，大义炳耀，海宇崇钦。先生之身虽逝，而其坚贞之气，实足以作励兆民，流芳万古。
蒋介石在重庆为他开追悼会，亲送挽联：
落日睹孤城，百折不回完壮志；
大风思猛士，万方多难惜斯人。
国民政府与最高国防委员会还分别决议，追赠吴佩孚为一级上将。重庆的报纸上，誉吴为“中国军人的典范”。
关于吴佩孚究竟是怎样死的，至少有以下几种说法：
一是“病死说”。
所谓“福无双至，祸不单行”，吴佩孚牙床发炎后，又因为不小心出去没有戴帽子保暖，天寒地冻，得了重感冒。那时，吴佩孚有一姓赵的中医，故由他开了个药方子，先后吃了两服药，效果还不错，感觉都已经快好了。但不幸的是，吴的家人又将吴的老上司--曹锟的医生曹某请来治病，这位医生是有名的庸医，绰号“曹要命”，他草草开了方子，吴佩孚在晚上10点钟服药，刚过12点病况就迅速恶化了。
服下曹某开的中药后，吴佩孚浑身发冷，可巧那天吴宅里的暖气又坏了，无论盖什么被子都不能解决问题。到了凌晨2点多钟，人已经差不多完了，大家赶忙找来他的儿子--实际上是吴的过继侄子，准备后事。但到了凌晨5点钟后，吴佩孚的病情却又逐渐好起来了。第二天吴见到幕僚们说：“呵！昨天夜里险些死了。”当时吴身边的人大都反对再请“曹要命”来治病，但吴佩孚的夫人张氏非常相信他。因为他是曹锟的私人医生，想来总不会太差。“曹要命”又欺骗张夫人说：“再吃一服药就好了。”结果又吃了一服。这次的反应与上一次不同，不是发冷，而是发烧，将所有的窗户都打开，也丝毫不起作用。
病重乱投医。等吴的家人尤其是张夫人知晓“曹要命”医术不行时，又请了一名中医，但也毫无办法。后来赶忙将德国医院的德籍医生史蒂福斯请来，为吴检查后得知吴的情况非常危险，必须迅速输血，并移至德国医院施行手术；到了那里后也只是打针用药，并没有依照他的诊断治疗。见此情形，大家都手忙脚乱了。而之所以没有开刀、输血，与吴佩孚的反对有关。
此时已是12月3日的深夜。吴佩孚也感觉到自己大概是命将不保，所以先将亲信孙丹林找来，对他交代了一些后事，最后说到一封信，就不能再继续讲话了，故而要拿笔写字，但此时字也写不成了。幕僚们到后，四处找寻那封信，结果也没有找到。本来在北平一切事都由汪崇屏经手，但此信他也丝毫不知情。汪崇屏怀疑此信为日本人要吴出山的最后通牒，如吴佩孚再不屈服，就对其怎么不利。吴佩孚也许找秘书陈廷杰拟了一个稿，一并放在一个秘密的地方，在病重时就说不出来了。这封信后来再也没有找到，成了一个待解之谜。
12月4日早晨，吴佩孚回光返照，吃了一大碗粥。这时德国西医要求入院开刀，吴坚决不肯去，且将装殓的衣服找出，准备后事。这时，齐燮元、符定一与川本大作带了一名日本医生--华北驻屯军军医处长石田，前来要求看治。吴佩孚态度坚决，不让日本医生看病。齐燮元当时又急又气，对张夫人说：“你们老爷不要日本人给他看病，是怕日本人害死他。”齐就偕同川本、石田等上楼，为吴强施手术。汪崇屏对齐说：“恐怕这样不是办法，他已经不行了，为什么还要日本医生担此恶名呢？让他安静地死去，不更好吗？”齐燮元问日本医生：“怎样？”日本医生点点头，表示也许还可以治，结果一刀下去，吴就断气了。齐哭着走下楼来，顿时里里外外哭声一片。一些年轻气盛者，在楼下闹着、嚷着，要打死那两个日本人，川本和石田躲在楼上，一动也不敢动。汪崇屏当时对他们说：“人已经完了，还闹什么？凭良心说，他们也是为吴先生好。”川本、石田被困在楼上，停了大半天，才被送走，境况十分狼狈。
吴佩孚在牙疼初发时还有一段插曲：
大总统曹锟一子一女，是姨太太所生。这名姨太太手里有一些积蓄，临死时将子女两人托吴佩孚照顾。他儿子名叫曹得岳。这个孩子手里有些钱，从小又没有严加管教，长大后经常出入烟花柳巷，狂嫖滥赌，等到钱花光后，吵着、闹着要跟他姐姐分家，并且马上就要分。吴佩孚虽然很不舒服，但还是下楼看着他们姐弟俩分东西。当时有一根翡翠棒，非常名贵，吴说：“这个不能分开了吧？”得岳将翡翠棒接到手，说：“这还不简单！”然后“砰”的一声，就将翡翠棒折成两段。吴佩孚大怒，但对得岳又毫无办法，心里很是难过，一言不发，独自回到楼上。这桩不愉快的家庭纠纷，对吴佩孚的病情也产生了推波助澜的影响。
二是暗示“日本人害死说”。
吴佩孚1932年1月寓居北平，1935年拒绝参加汉奸策动华北自治活动。“七七”事变后，拒不出任日军策动组织的北平维持会会长一职。1939年11月因牙疾被迫入日医院治疗，当日猝亡。
三是“死因多方面说”。
一方面暗示吴佩孚死在日本人手中，一方面又说另有原因。其文是：“1939年冬，吴佩孚牙疾发作，右颊肿痛。12月4日，日本特务川本芳太郎介绍日本医生为他开刀拔牙，当天暴卒于什锦花园公寓。”
四是明示“日本人害死说”。
《民国怪状大观》就是这么说的。原文是：“据说吴佩孚死于牙疾，且主刀者系日本人医生石田。那日医动手术时，只一刀下去，只听吴大帅一声惨叫，顿时喉管开裂，血流如注而身亡。终年66岁。”
吴佩孚在外寇当前、国难当头之时，在大是大非面前，大义凛然，不畏敌寇所挟，不为日伪利诱，决不卖国求荣，坚守人生底线，断然拒当汉奸傀儡，表现了中国人的爱国情操和气节，确实难能可贵，足令人佩服。