知臣莫若君，况亲属乎！吾岂可上负先帝之旨，下亏先人之德，重袭西京败亡之祸哉！”固不许。帝省诏悲叹，复重请曰：“汉兴，舅氏之封侯，犹皇子之为王也。太后诚存谦虚，奈何令臣独不加恩三舅乎！且卫尉年尊，两校尉有大病，如令不讳，使臣长抱刻骨之恨。宜及吉时，不可稽留。”太后报曰：“吾反覆念之，思令两善，岂徒欲获谦让之名而使帝受不外施之嫌哉！昔窦太后欲封王皇后之兄，丞相条侯言：‘高祖约，无军功不侯。’今马氏无功于国，岂得与阴、郭中兴之后等邪！常观富贵之家，禄位重叠，犹再实之木，其根必伤。且人所以愿封侯者，欲上奉祭祀，不求温饱耳；今祭祀则受太官之赐，衣食则蒙御府馀资，斯岂不可足，而必当得一县乎！吾计之孰矣，勿有疑也。夫至孝之行，安亲为上。今数遭变异，谷价数倍，忧惶昼夜，不安坐卧，而欲先营外家之封，违慈母之拳拳乎！吾素刚急，有胸中气，不可不顺也。子之未冠，由于父母，已冠成人，则行子之志。念帝，人君也；吾以未逾三年之故，自吾家族，故得专之。若阴阳调和，边境清静，然后行子之志；吾但当含饴弄孙，不能复关政矣。”上乃止。
太后尝诏三辅：诸马昏亲有属托郡县、干乱吏治者，以法闻。太夫人葬起坟微高，太后以为言，兄卫尉廖等即时减削。其外亲有谦素义行者，辄假借温言，赏以财位；如有纤介，则先见严恪之色，然后加谴。其美车服、不尊法度者，便绝属籍，遣归田里。广平、巨鹿、乐成王，车骑朴素，无金银之饰，帝以白太后，即赐钱各五百万。于是内外从化，被服如一；诸家惶恐，倍于永平时。置织室，蚕于濯龙中，数往观视，以为娱乐。常与帝旦夕言道政事，及教授小王《论语》经书，述叙平生，雍和终日。
马廖虑美业难终，上疏劝成德政曰：“昔元帝罢服官，成帝御浣衣，哀帝去乐府，然而侈费不息，至于衰乱者，百姓从行不从言也。夫改政移风，必有其本。《传》曰：吴王好剑客，百姓多创瘢；楚王好细腰，宫中多饿死。’长安语曰：‘城中好高结，四方高一尺；城中好广眉，四方且半额；城中好大袖，四方全匹帛。’斯言如戏，有切事实。前下制度未几，后稍不行，虽或吏不奉法，良由慢起京师。今陛下素简所安，发自圣性，诚令斯事一竟，则四海诵德，声薰天地，神明可通，况于行令乎！”太后深纳之。
初，安夷县吏略妻卑湳种羌人妇，吏为其夫所杀，安夷长宗延追之出塞。种人恐见诛，遂共杀延而与勒姐、吾良二种相结为寇。于是烧当羌豪滇吾之子迷吾率诸种俱反，败金城太守郝崇。诏以武威太守北地傅育为护羌校尉，自安夷徙居临羌。迷吾又与封养种豪布桥等五万馀人共寇陇西、汉阳。秋，八月，遣行车骑将军马防、长水校尉耿恭将北军五校兵及诸郡射士三万人击之。第五伦上疏曰：“臣愚以为贵戚可封侯以富之，不当任以职事。何者？绳以法则伤恩，私以亲则违宪。伏闻马防今当西征，臣以太后恩仁，陛下至孝，恐卒有纤介，难为意爱。”帝不从。马防等军到冀，布桥等围南部都尉于临洮，防进击，破之，斩首虏四千馀人，遂解临洮围；其众皆降，唯布桥等二万馀人屯望曲谷不下。
十二月，戊寅，有星孛于紫宫。
帝纳窦勋女为贵人，有宠。贵人母，即东海恭王女沘公主也。
第五伦上疏曰：“光武承王莽之馀，颇以严猛为政，后代因之，遂成风化；郡国所举，类多办职俗吏，殊未有宽博之选以应上求者也。陈留令刘豫，冠军令驷协，并以刻薄之姿，务为严苦，吏民愁怨，莫不疾之。而今之议者反以为能，违天心，失经义；非徒应坐豫、协，亦宜谴举者。务进仁贤以任时政，不过数人，则风俗自化矣。臣尝读书记，知秦以酷急亡国，又目见王莽亦以苛法自灭，故勤勤恳恳，实在于此。又闻诸王、主、贵戚，骄奢逾制，京师尚然，何以示远！故曰：‘其身不正，虽令不行。’以身教者从，以言教者讼。”上善之。伦虽天性峭直，然常疾俗吏苛刻，论议每依宽厚云。
肃宗孝章皇帝上建初三年（戊寅，公元七八年）
春，正月，己酉，宗祀明堂，登灵台，赦天下。
马防击布桥，大破之，布桥将种人万馀降，诏征防还。留耿恭击诸未服者，斩首虏千馀人，勒姐、烧何等十三种数万人，皆诣恭降。恭尝以言事忤马防，监营谒者承旨，奏恭不忧军事，坐征下狱，免官。
三月，癸巳，立贵人窦氏为皇后。
初，显宗之世，治虖沱、石臼河，从都虑至羊肠仓，欲令通漕。太原吏民苦役，连年无成，死者不可胜算。帝以郎中邓训为谒者，监领其事。训考量隐括，知其难成，具以上言。夏，四月，己巳，诏罢其役，更用驴辇，岁省费亿万计，全活徒士数千人。训，禹之子也。
闰月，西域假司马班超率疏勒、康居、于窴、拘弥兵一万人攻姑墨石城，破之，斩首七百级。
冬，十二月，丁酉，以马防为车骑将军。
武陵漊中蛮反。
是岁，有司奏遣广平王羡、巨鹿王恭、乐成王党俱就国。上性笃爱，不忍与诸王乖离，遂皆留京师。
肃宗孝章皇帝上建初四年（己卯，公元七九年）
春，二月，庚寅，太尉牟融薨。
夏，四月，戊子，立皇子庆为太子。
己丑，徙巨鹿王恭为江陵王，汝南王畅为梁王，常山王昞为淮阳王。
辛卯，封皇子伉为千乘王，全为平春王。
有司连据旧典，请封诸舅。帝以天下丰稔，方垂无事，癸卯，遂封卫尉廖为顺阳侯，车骑将军防为颍阳侯，执金吾光为许侯。太后闻之曰：“吾少壮时，但慕竹帛，志不顾命。今虽已老，犹戒之在得，故日夜惕厉，思自降损，冀乘此道，不负先帝。所以化导兄弟，共同斯志，欲令瞑目之日，无所复恨，何意老志复不从哉！万年之日长恨矣！”廖等并辞让，愿就关内侯，帝不许。廖等不得已受封爵而上书辞位，帝许之。五月，丙辰，防、廖、光皆以特进就第。
甲戌，以司徒鲍昱为太尉，南阳太守桓虞为司徒。六月，癸丑，皇太后马氏崩。帝既为太后所养，专以马氏为外家，故贾贵人不登极位，贾氏亲族无受宠荣者。及太后崩，但加贵人王赤绶，安车一驷，永巷宫人二百，御府杂帛二万匹，大司农黄金千斤，钱二千万而已。
秋，七月，壬戌，葬明德皇后。
校书郎杨终建言：“宣帝博征群儒，论定《五经》于石渠阁。方今天下少事，学者得成其业，而章句之徒，破环大体。宜如石渠故事，永为后世则。”帝从之。冬，十一月，壬戌，诏太常：“将、大夫、博士、郎官及诸儒会白虎观，议《五经》同异。”使五官中郎将魏应承制问，侍中淳于恭奏，帝亲称制临决，作《白虎议奏》，名儒丁鸿、楼望、成封、桓郁、班固、贾逵及广平王羡皆与焉。固，超之兄也。
肃宗孝章皇帝上建初五年（庚辰，公元八零年）
春，二月，庚辰朔，日有食之。诏举直言极谏。
荆、豫诸郡兵讨漊中蛮，破之。
夏，五月，辛亥，诏曰：“朕思迟直士，侧席异闻，其先至者，各已发愤吐懑，略闻子大夫之志矣。皆欲置于左右，顾问省纳。建武诏书又曰：‘尧试臣以职，不直以言语笔札。’今外官多旷，并可以补任。”
戊辰，太傅赵熹薨。
班超欲遂平西域，上疏请兵曰：“臣窃见先帝欲开西域，故北击匈奴，西使外国，善阝善、于窴即时向化，今拘弥、莎车、疏勒、月氏、乌孙、康居复愿归附，欲共并力，破灭龟兹，平通汉道。若得龟兹，则西域未服者百分之一耳。前世议者皆曰：‘取三十六国，号为断匈奴右臂。’今西域诸国，自日之所入，莫不向化，大小欣欣，贡奉不绝，唯焉耆、龟兹独未服从。臣前与官属三十六人奉使绝域，备遭艰厄，自孤守疏勒，于今五载，胡夷情数，臣颇识之，问其城郭小大，皆言倚汉与依天等。以是效之，则葱领可通，龟兹可伐。今宜拜龟兹侍子白霸为其国王，以步骑数百送之，与诸国连兵，岁月之间，龟兹可禽。以夷狄攻夷狄，计之善者也。臣见莎车、疏勒田地肥广，草故饶衍，不比敦煌、善阝善间也，兵可不费中国而粮食自足。且姑墨、温宿二王，特为龟兹所置，既非其种，更相厌苦，其势必有降者。若二国来降，则龟兹自破。愿下臣章，参考行事，诚有万分，死复何恨！臣超区区特蒙神灵，窃冀未便僵仆，目见西域平定，陛下举万年之觞，荐勋祖庙，布大喜于天下。”书奏，帝知其功可成，议欲给兵。平陵徐幹上疏，愿奋身佐超，帝以幹为假司马，将驰刑及义从千人就超。先是莎车以为汉兵不出，遂降于龟兹，而疏勒都尉番辰亦叛。会徐幹适至，超遂与幹击番辰，大破之，斩首千馀级。欲进攻龟兹，以乌孙兵强，宜因其力，乃上言：“乌孙大国，控弦十万。故武帝妻以公主，至孝宣帝卒得其用。今可遣使招慰，与共合力。”帝纳之。
肃宗孝章皇帝上建初六年（辛巳，公元八一年）
春。二月，辛卯，琅邪孝王京薨。
夏，六月，丙辰，太尉鲍昱薨。
辛未晦，日有食之。
秋，七月，癸巳，以大司农邓彪为太尉。
武都太守廉范迁蜀郡太守。成都民物丰盛，邑宇逼侧，旧制，禁民夜作以防火灾，而更相隐蔽，烧者日属。