在松花江下游，日军用4个师以上的兵力和大批伪军，进行长期的“三江大扫荡”，对吉东省委和抗联第2路军所在地的依兰、刁翎地区，日军9000人“围剿”达6个月之久。
为了打破敌人的“围剿”、开辟新的抗日游击区，抗联各军决定向西远征和分区作战。
（一）抗联第1路军向山区转移，中共南满省委召开老岭会议，部队改编力3个方面军
战斗在南满地区的抗联第1路军，冲破敌人1937年冬季“讨伐”后，决定留第1师在桓仁、宽甸、本溪一带坚持游击战争；由杨靖字率领第1军主力于1938年初北上，开辟辑安老岭抗日游击区，实施分区作战。3月13日，第1军直属部队共500余人，奇袭修筑中的通（化）辑（安）铁路老岭隧道工程。该部兵分三路，同时袭击了老岭隧道西口的施工现场、十一道沟发电站和十二道沟供应仓库，全歼守敌，烧毁了大批建筑材料，破坏了机器设备，大获全胜。翌日，该部队又在杨靖字率领下，在距老岭西南10公里的十七道沟，与前来追击的日军部队及伪警察队120人激战4小时后，安全转移。4月，拔除了太平沟等敌据点。5月，南满省委书记、抗联第2军政委魏拯民率领抗联第2军一部，自辉南、金川、临江一带来到老岭山区，与杨靖字会晤。抗联第1、第2军会师后，中共南满省委和抗联第1路军总部于1938年5月11日至6月初在辑安老岭五道沟联军密营召开了军政干部联席会议，即第一次老岭会议。会上根据全国和东南满地区敌我斗争形势，决定了“在坚持对日本帝国主义的游击战争中，保存实力，粉碎敌人的全面进攻”的方针；并提出为打通与关内八路军的联络，第1军应再次组织西征。会议还补选魏拯民兼任第1路军副总司令。
老岭会议结束后，抗联第1路军群情振奋，斗志昂扬，在准备再次西征的过程中向敌人展开了猛烈进攻。6月6日，魏拯民率部按预定计划先攻下通辑公路上的蚊子沟敌据点，以诱敌前来增援，杨靖宇则率领第1军主力部队埋伏在蚊子沟西南方的公路两侧，待机歼敌。6月12日，伪军索景清旅第32团一部共140亲人前来搜索时，在家什房子沟口彼杨靖宇指挥的伏兵全部歼灭。接着，杨靖字指挥抗联第：军教导团和第2师共600余名，连续两次袭击修建中的通辑铁路土口子隧道工程现场等，使敌人遭受重大损失。其中6月24日第二次袭击时，有许多被解放的中国劳工当场参加了抗日联军。日本工人福间一夫也一起参加抗联队伍，共同打击日本侵略者。
在此期间，抗联第2军第4师转战在惮甸、蛟河、延吉等地，曾袭击蚊河县大青配“集团部落”，歼灭日军守备队20名，还在蛟河县漂河地区夜袭过日军部队。第5师在陈翰章指挥下，配合抗联第5军攻打了宁安县杨木背，击毙日军守备队30人；袭击了宁安县陡沟子“集团部落”，将自卫团全部缴械并处决作恶多端的伪自卫团长。第6师在金日成率领下转战在抚松、闬江、临江、辉南一带。6月下旬，攻克抚松县南岗伪军第3团炮台，歼敌80人。
7月，在辉南击溃70名伪军的进攻，毙敌26名。接着又在闬江头道花园与200名伪军激战，取得了胜利。
正当老岭山区抗日游击战争不断发展的时候，传来了抗联第1军第1师师长程斌在本溪境内率部叛变的消息。抗联第1路军总部随即于7月中旬在老岭山区召开紧急会议，即第二次老岭会议，决定取消第1军再次西怔的军事行动计划；统一改变部队编制，撤销第1军、第2军番号，组成警卫旅和3个方面军，实行1区作战。以后，抗联第1路军先后进行了改编。警卫旅由原第1、第2军教导团合编而成，在杨靖宁的直接领导下，活动于金川、闬江、辑安一带。第1方面军由原第1军第1师编成，主要活动在辑安、临江、通化、金川、辉南、闬江等地。第2方面军由第2军第6师编成。主要活动在长白、抚松、临江、闬江、和龙、安图、延吉、珲春、敦化、额穆、桦甸、宁安等地。
1938年8月2日，杨靖字指挥抗联第1路军警卫旅和第1方面军一部共400余人，在辑安县城北方的长岗附近山地，伏击伪军索景情旅骑兵第42团和步兵第32团余部，经激烈战斗，毙伤敌人60余名，俘虏30余人，其中击毙日本指导官步兵上尉高风武治和骑兵中尉西田重隆，缴获机枪9挺、步枪130支、手枪4支及其亡许多军用物资，彻底消灭了这个号称“满洲剿匪之花”的伪军索旅。9月下旬，杨靖宇率部离辑安北上，向河里山区转移，在1个多月的行军中，沿途同敌人进行了14次战斗。
10月17日，部队渡过浑江到达临江县外岔沟，准备通过四方顶子向河里前进。不意遭到日军部队及1500多名伪军的重重包围。敌东边道“讨伐”司令乘飞机在上空指挥，双方激战竟日。抗联部队给敌人以很大杀伤。但由于敌我力量悬殊，未能突出重围。18日，夜幕降临，敌人进一步缩小包围圈。
杨靖宇沉着果断，指挥部队从敌人兵力薄弱处奋力突出重围，使日本侵略者长期策划消灭杨靖字部队的阴谋计划遭到破产。从此以后，杨靖宇率领第1路军总部警卫旅等转战在桦甸、金川、上江等具境，并于1939年春攻打桦甸县柳树河子、木箕河及敦比大蒲柴河等敌据点，连续取得了战斗的胜利。与此同时，第1方面军几度进出辑安县境，多次袭击伪警察署和“集团部落”。
第2方面军在临江分兵活动，转战在长白、和尤及安图、辉南等县。还曾过鸭绿江到朝鲜境内进行游击活动。第3方面军是于1939年7月最后完成改编的。在此之前，第4师和第5师曾配合总部警卫旅分别进行过攻打木箕河和袭击镜泊湖北湖头水电站工程等战斗。改编后，8月在安图县大沙河、大酱缸等地又取得了歼灭日本宫本“讨伐队”等重大胜利。
抗联第1路军自1938年7月决定改编为3个方面军，至1939年底的一年多时间里，在杨靖字、魏拯民的统一指挥下，实行分区作战，积极打击敌人，使日伪军不得安宁，据日伪统计，仅1939年6至12月。抗联第1路军就与日伪军进行战斗276次，其中总指挥部49次，第1方面军23次，第2方面军41次，第3方面军55次，归属不明部队108次。其中第3方面军尤为活跃。[日本关东军宪兵司令部：《满洲共产抗日运动概况》，1939年。]
在东北抗日联军进行艰苦斗争的时候，杨靖字总司令收到了中共中央扩大的六届六中全会于1938年11月5日发出的《给东北义勇军及全体同胞电》：“向沦陷在敌人统治下已七年多的东北同胞们，在冰夭雪地与敌周旋七年多的下怕困苦艰难奋斗之模范的东北抗日军队，表示最深刻的同情”，并“致最崇高的民族革命敬礼！”电文坚决相信：“只要我们坚持民族抗战到底，坚持持久战，坚持以国共合作为基础的抗日民族统一战线，我们定能克服目前的困难，团结全民族的力量，继续抗战，停止日寇的进攻，以准备将来的反攻。”电文转告：“八路军一个支队曾到冀东游击。”最后“希望在东北各地的民族志士及全体同胞，在敌人后方响应与敌进行更加长期的持久的艰难的游击战争，更加巩固和扩大各党派各阶级各军队的抗日民族统一战线，以准备我国军队在将来反攻，而达到收复东北的目的。”[《东北抗日联军史料》（上），中共党史资料出版社，1987年版，第181～182页。]
电报不仅表达了中共中央对东北人民和东北抗日联军的极大关怀，而且为东北的抗日游击战争指明了方向，使他们受到极大的鼓舞，增添了坚持斗争的力量。
（二）抗联第2路军第4、第5军主力西征，总部及所属留守部队坚持反“讨伐”斗争
抗联第2路军的反“讨伐”斗争虽然取得了一些胜利，但由于自1938年初开始，敌人的军事“讨伐”日益加紧，抗联部队的处境越来越困难。为了粉碎敌人企图将活动在松花江下游地区的抗联部队“聚而歼之”的阴谋，打通与活动在东南满抗联第1路军和挺进到热河的八路军的联系，中共吉东省委决定第2路军第4军和第5军一部作为主力，包括王荫武部救世军等共680余人，向抗联第10军活动的五常、舒兰地区转移，采取新的军事行动。
1938年5月1日，第4、第5军领导干部在主清召开会议，制定了具体行动计划。这支西征部队分步兵、骑兵两路，统一由吉东省委书记兼抗联第5军政治部主任宋一夫负责政治军事领导，第5军军长柴世荣、第4军军长李延平和副军长王光字等分别负责指挥各部队。7月1日，先遣队出发，7月2日远征部队从勃利具刁翎地区北上，袭击了壮丹江岸三道通，经过激战突破敌人防线。尔后沿四道河子迅速西进，在荒无人烟的高山密林地带艰苦行军150多公里，越过老爷岭，7月8日逼近苇河县楼山镇。7月12日拂晓，西征军出敌下意地发起猛攻，顺利地占领了楼山镇，俘虏伪森林警察中队长以下达40余人，缴获许多枪支弹药和粮食等。随即召开群众大会，宣传抗日救国主张，激发了厂大群众的抗日热情。当西征部队从楼山镇撤出后，敌人从中东路沿线及延寿、方正调来大批日伪军进行追击和堵截。