两个星期前，他和裴文中等人曾经就“北京人”化石的安全问题，作过反复地商讨。当时，有人提出一种方案：把“北京人”化石连同魏敦瑞的行李一起，悄悄运往美国。这个方案提出后，魏敦瑞觉得有失稳妥。他说：“我认为，如果把这批化石作为我的行李运往国外是非常危险的。现在华北均为日本人控制之中，万一‘北京人’被海关查出，就会遭到扣留。再说，这样有价值的东西在如此危险的时候运往前途更加不可知的美国，是否妥当也应慎重考虑。我想，最保险、最合适的方法，是不是还是让化石留在原处，也就是说将它牢牢地锁在协和医学院新生代研究室的保险柜中。至少，在目前来说这种做法是较明智的。”大家觉得魏敦瑞说得很有道理，也就否定了上述提案。
但两天之后，魏敦瑞又找到裴文中，认为由他将“北京人”标本带到美国去，存放在美国纽约自然博物馆里，这个方案是可以考虑的。理由是局势看来会越来越乱，“北京人”化石只要在中国，不管放在什么样的保险柜里，其安全都是很难保证的。虽说现在日本人还未占领协和医学院，但这恐怕只是迟早的事情，一旦有一天占领了，“北京人”化石肯定凶多吉少。而裴文中的内心，也左右为难，矛盾重重，他的真实想法是：“北京人”化石宁可让美国人拿走，也不能落到日本人的手上!但问题是，如果真同意让魏敦瑞带到美国去，又违背了１９２７年２月中国地质调查所和美国洛克菲勒基金会双方签订的《中国地质调查所与北京协和医学院关于合作研究华北第三纪及第四纪堆积物的协议书》。因为此“协议书”中有明确规定：周口店发掘所得的一切东西，完全是中国的财产，不得运出中国；而人类化石的研究权，则属于美国洛克菲勒基金会所委托的代表。换句话说，就是魏敦瑞作为美方的一名代表，只有权研究“北京人”化石，却无权将这些化石带走。所以，裴文中犹豫再三，还是没有同意魏敦瑞的这一提议。
其实，早在年初，地质调查所所长翁文灏和协和医学院的院长胡顿曾就“北京人”化石的安全问题，拟出了三个方案：
１．在北平找个秘密之地，把“北京人”化石藏起来，这样可以避免用船外运时可能遇到的危险；
２．把“北京人”化石转移到国民党政府所在地重庆。
３．把“北京人”化石全部运往美国，委托美国自然历史博物馆保存，战后再送还中国。
这三个初步方案尽管商定出来了，但“北京人”化石还是迟迟没有转移，也不敢轻易转移。因为这三个看似可行而又相互矛盾的方案均存在着明显的不足，真要执行起来，会有很大的困难和风险。
由于“北京人”化石事关重大，而一时又难以定夺，所以转移问题也就暂时搁置下来。没想到这一搁，麻烦就更大了。
现在，日本人进攻南太平洋已箭在弦上，日美关系一天比一天紧张，美国驻华使馆已经开始劝告、催促美国华侨尽快回国。魏敦瑞因为代表美国洛克菲勒基金会管理“北京人”的发掘和研究工作，美国洛克菲勒基金会鉴于战争即将爆发，劝他马上改入美国国籍，去纽约自然博物馆继续从事“北京人”化石的研究工作。但前提是：必须定居美国。
所以，魏敦瑞今天再次来找裴文中只有一个目的，希望裴文中同意他将“北京人”化石标本带到美国去———他经过再三考虑后，认为这是目前最好的也是惟一可行的办法了。
裴文中也正为此事心急如焚。近一时期来尽管他绞尽脑汁，冥思苦想，却还是拿不出一个成熟的、两全其美的、肯定可行的具体办法来。他听了魏敦瑞的意见后，觉得确有道理，原则上同意魏敦瑞将“北京人”标本带回美国，条件是：战争结束后再运回中国。
但这毕竟是中国的一件大事情，裴文中个人是断然不敢作主的。所以，１９４１年３月初的一个下午，裴文中和魏敦瑞便一起来到美国驻华公使馆，请求美国公使馆的负责人向远在重庆的翁文灏发去一封他俩共同签署的请示电报。因为翁文灏是地质调查所的老所长，现在又是国民党政府的经济部部长，而当年与美国洛克菲勒基金会签订的合同又是他亲手所为，所以，如果没有他和国民党政府的同意，“北京人”化石要想运出国门，是根本不可能的事情。
这封电报的内容是：
北平情势日趋恶化，“北京人”化石转移之事宜势在必行，不可再有延迟。余等再三思虑，转移方向有二，分别为重庆、纽约。最终去往何处，请指令。
电报发出后，魏敦瑞和裴文中稍稍松了一口气。余下的事情，就是在焦虑中等待，在等待中焦虑。
然而，或许是由于战乱的缘故，或者出自别的什么原因，一个多月过去了，却迟迟等不到重庆方面的任何一点回音。
等不到复电的魏敦瑞每日心急如焚，又无计可施，而时间却在一天天过去，战争的脚步在一天天逼近，北平的形势越来越坏，战争的火药味越来越浓，几乎每时每刻，人们都能听到那令人心惊肉跳的枪炮声。如此严峻的国际形势以及北平现状，使这位几乎对“北京人”倾注了一生心血的科学家一想起“北京人”的安全问题，便忐忑不安，心神不定。他越来越强烈地预感到，“北京人”化石很可能在劫难逃，这笔几次轰动世界的人类财富，在不远的某一天完全可能会毁灭在人类自己的手中!可他纵有回天之力，也爱莫能助，这时的他若是再不尽快离开北平，很可能就再也走不了了。无奈之下，他只好做出先离开北平前往美国的决定。
历史需要铭记的是，这位极其精明的犹太人，这位极负责任的科学家，在临走前却为中国和世界做了一件大好事：
１９４１年４月初的一天，魏敦瑞把他的中国助手胡承志叫到办公室，极其严肃而又颇是伤感地说：“我马上要走了，非走不可了!我有一种预感，也许在不久的一天，我们将失去曾经倾注过我们心血和热情的这些宝贵的化石，并难以完整地寻回。可面对这个不测的预感，我们又无能力去改变它。惟一可以弥补的是，你现在立即把裴文中和贾兰坡发现的那几个‘北京人’头盖骨的模型赶做出来。”
胡承志说：“这几个模型可以做，但就是太费事了!”
魏敦瑞说：“是的，我也知道做这样的模型很费精力和时间，但为了‘北京人’及人类今后的研究事业，你必须这样做，直到非停止不可那一天为止。”
“做好后怎么办?”胡承志问。
魏敦瑞说：“你用邮寄的办法，给我寄到美国纽约自然博物馆去。感谢你所给予的最后一次合作与帮助。我在那边等着你的成果。”
胡承志说：“您放心走吧，我做好后一定尽快给您寄去!”
１９４１年４月２１日，在中国寻找、研究了六年祖先遗迹的魏敦瑞，如同前任几位外籍科学家，怀着深深的眷恋和遗憾，离开了中国。
之后，胡承志按照魏敦瑞临别时的嘱托，开始昼夜加紧制作“北京人”头盖骨模型。第一套模型他在８月便已完成，并及时寄给了远在美国的魏敦瑞教授，供他继续研究时使用。不久，魏敦瑞给胡承志回信说，他收到了“北京人”头盖骨模型，且完好无损，深表感谢云云。
接着，胡承志又给魏敦瑞寄去了第二套“北京人”头盖骨模型。在制作模型的过程中，尽管胡承志既费神又费力，但他凭着多年给魏氏当助手的经验和自己不断练就的精湛技艺，还是出色地完成了制作模型任务。他所做的这些模型颜色得当，外形逼真，如果不是行家慧眼，仔细辨认，简直就和刚从周口店出土的“北京人”头盖骨一模一样。
魏敦瑞离开中国后，便定居美国，并在纽约自然历史博物馆继续从事“北京人”的研究工作，还先后发表了一系列论著，其主要代表作有：《中国猿人头盖骨》、《爪哇早期巨人与中国南方古猿》。尤其是在１９４６年出版的《猿，巨人及人》这本专著，综合了他一生的研究精华，创造性地论述了人及猿类之祖先的复杂关系，引起世界古生物学界、人类学界的高度重视和广泛称赞，被誉为研究人类学和古人类学的经典性文献。特别值得一提的是，这位聪明的犹太人，这位极富远见的科学家，在当时那样一种混乱的战局下，离开北平的前夕居然对“北京人”化石命运的预感是那样的准确，并能很有预见性地安排胡承志做好所有“北京人”头盖骨的模型，为日后中外科学家们的研究提供了形象的依据，因而在某种意义上弥补了“北京人”后来丢失的缺憾。———这是不幸之中的大幸。为此，全世界都应该向他致敬
时间的脚步跨进１９４１年下半年后，世界的局势又发生了突然的变化。
同年６月２２日，正当日美谈判争论不休之时，法西斯德国先于日本向苏联发动了突然袭击。仅短短的十几天，德军便以“闪电式战术”，突破苏联边界六百多公里，并有长驱直入之势。消息传出，举世震惊。
面对瞬间骤变的世界局势，日本军阀摩拳擦掌，蠢蠢欲动。