洪秀全也是不得不承认，要是揭穿的话，大家就都露馅了，杨秀清、萧朝贵要不是什么天父天兄，你洪秀全又算什么上帝的次子！？
但时间一长矛盾就出来了。东王杨秀清本应在天王之下，但他时不时地以“天父”下凡的名义，直接越过洪秀全给太平军部众发号施令。实事求是地说，东王杨秀清主持了太平天国早期的全面工作，取得的功绩是有目共睹的，而洪天王则大都是高高挂起，虚君味十足。这种类似二元的体制带到天京，天王通常都在天王府中深居不出，很少参与具体的军政事务，只是醉心于搞搞宗教活动、写写打油诗，享受天王的快活日子。由此，杨秀清权威日盛，日益骄横，自然起了篡位之心。
当时的东王府，穷极奢丽，内有妃妾数百，服务的都是些面容姣好、身材风流的江南美女，一点都不逊色于天王府。杨秀清经常昼夜淫逸，还造有龙车放在东王府里，让美女侍妾裸体拖曳，以此淫乐。杨秀清小时候穷怕了，一旦发迹，当然要像暴发户一样大讲排场。他坐的轿子，需要32个人抬，轿子里还有两个小童服侍，连轿夫都穿着华丽的衣服，派头大得很。每次出门，杨秀清的队伍前必打着绣有青白二巨龙的旗仗，鼓乐齐奏，扈从千人，一副煞有介事的样子。
杨秀清有自己的一套行政班子，太平天国早期的大政方针都出自东王府，弄到后来大家都唯东王命令是从。杨秀清既然大权在握，不但视洪秀全如无物，对韦昌辉、石达开、秦日纲（后来封的燕王）等老兄弟也是颐指气使，盛气凌人。
韦昌辉等人为求自保，只好对杨秀清曲意奉承。据说杨秀清纵欲过度，“久乃不能入”，韦昌辉为杨秀清四方发榜求医，以此来讨好杨秀清。更有甚者，韦昌辉的哥哥因得罪杨秀清而被五马分尸，连韦昌辉自己也被杨秀清打过数百大板，以至于站不起来，但当时他也只能隐忍不发！
天京事变：权力再分配，兄弟大火拼(2)
但危险依然存在。自从西王萧朝贵去见上帝后，太平天国里只有杨秀清可以合法通神，所以每当杨秀清要表演他“保留节目”的时候，大家都非常紧张，跪伏屏息，汗不敢出，生怕东王借“天父”发怒为名，把自己的小命枉送。洪秀全的二哥洪仁达，就因小事被杨秀清借“天父”名义给捆了差点打杀。而北王韦昌辉、翼王石达开等人知道杨秀清忌讳他们，更是谨慎有加，心存畏惧。
甚至连高贵庄严的天王洪秀全，也屡次被杨秀清责罚。据《贼情汇纂》上说，太平军中别男女，普通士兵见不到女人，但洪秀全却妻妾成群，军中有人憋不住，夜间偷窥了洪天王和妃子们行男女之事，不巧被更衣的妃子发觉，洪天王大怒，将此人绑了要杀头。杨秀清对此很不以为然，于是他咣当一声倒地，摇身一变，再次“天父”下凡训斥洪秀全：“尔与兄弟打江山，杀人大事，何不与四弟（即杨秀清）商议！此须重罚！”
重罚就是要打洪秀全屁股。洪天王有苦说不出，只能跪下认罚。幸好有其他兄弟求情说愿意替天王受罚，杨秀清才见好就收，免此一打。
攻破江南江北大营后，杨秀清更是野心膨胀，想趁势迫使洪秀全禅位。关于杨秀清想篡位的故事，版本很多，大同小异，一般都是说杨秀清假称“天父下凡”，说四弟杨秀清如此大的功劳，怎么才九千岁啊？洪秀全惊恐之下，慌忙说应该是万岁。“天父”又说，那东王世子呢，洪秀全赶忙说，也是万岁，世代都是万岁！杨秀清很满意，说，我做万岁，你做万万岁！
下面姑且录清人罗惇曧的《太平天国战记》里记载的另一个版本，以供参考。
杨秀清在图谋篡位前，已经做了舆论准备，在科考中故意出了个题目叫“四海之内有东王”，意图非常明显。后来杨秀清假装生病，要洪天王前去探视。洪天王第一次走出自己的天王府，来到东王府后见到杨秀清仰卧在卧室内，旁边有四个妖艳的美女伺候，床边既没有椅子，也没有凳子，只设了一个小榻给洪天王坐。
洪天王强压心头之火，假心假意地宽慰东王好生养病。杨秀清也不理会，故作呓语说：“人家都说天无二日，人无二主，秦时二日相斗，这是为什么啊？”洪秀全大惊，赶紧下令让手下随员对杨秀清九叩首，三呼东王万岁。
洪秀全突然的举动，反倒让杨秀清一时没反应过来。本来杨秀清想引诱洪秀全逊位，如果不答应的话就动手杀了他。但是洪秀全猝令手下对杨秀清高呼万岁，反倒让他无话可说，只好打起呼噜装睡了。
洪秀全见杨秀清半天没有反应，便假称上厕所，乘机跑回了天王府。洪秀全走之后，杨秀清突然睁开眼睛，问左右：“天王去哪了？”左右说上厕所了，杨秀清才没有继续装下去。这幕戏简直就是当年鸿门宴的翻版，按李宗吾先生的《厚黑学》理论来说，杨秀清毕竟还是心不够黑，反应也不够快，所以做不成大事，注定要被人所杀。
洪天王回到天王府后，后怕得全身冷汗直流，立刻下令紧闭宫门，让强壮的女兵们加强护卫，并连夜写下血书诏，召北王韦昌辉、翼王石达开等人速回天京护驾。
韦昌辉与秦日纲得令后，带领三千精兵昼夜兼程，在一个深夜里赶到了天京城外。当他们到达水西门的时候，守城士兵不给开门，说：“没有东王的令箭，不能开城门。”韦昌辉听后大怒：“我就是奉了东王的密书，这才星夜赶来，你们竟然胆敢阻拦，不想活了吗？”
守城士兵一听是北王，心里害怕，就把他们给放了进来。韦昌辉也不作片刻停留，立刻拍马杀奔东王府。在东王府的门口，遭到杨秀清卫士的激烈抵抗，韦昌辉登高大呼：“奉诏讨贼，顺从的人散去不加罪！”深夜当中，大家都迷迷糊糊，谁也不知道发生了什么事情，于是便渐渐被驱散。
控制局面后，韦昌辉带兵直扑杨秀清的卧室。杨秀清当时本已睡觉，突然被外面的打斗声吵醒，听到外面动静不对，吓得赶紧躲在水阁下面，但最后还是被找到并给捆了带走。东王所有的妻妾子女，全部被韦昌辉的亲兵杀死，特别是那些有孕在身的王妃，更是一个不留。
天京事变：权力再分配，兄弟大火拼(3)
想到自己的亲哥哥被杨秀清五马分尸，韦昌辉睚眦俱裂，喝令手下将杨秀清狠狠捆紧，连夜押去天王府见洪秀全，但洪秀全听说韦昌辉杀了杨秀清全家，心想这又是一个手段更加毒辣的“杨秀清”，要是把他扶正到杨秀清地位的话，恐怕以后同样是专横难制，于是便想赦免杨秀清，以便自己从中操控。
韦昌辉见天王出尔反尔，愤怒得几欲喷火，命令左右立刻宰杀了杨秀清。天王得知杨秀清被杀后，也不褒奖韦昌辉的功劳，反下诏说不要多杀，把自己的责任推得一干二净。韦昌辉这下才发现自己是被洪秀全当枪使了，气得是一佛升天，二佛出世。由于得不到天王的支持，韦昌辉担心杨秀清的余党会报复，干脆一不做、二不休，矫诏说前来和杨秀清划清界限的人都可以赦免，否则就杀无赦。
受此大变，杨秀清的余党群龙无首，三千多原东王的部下在惶恐之下，受骗前去投诚，结果被韦昌辉的精兵一网打尽，杀得遍地流血，随后韦昌辉又下令关闭城门，全力捉拿杨秀清余党。在这半个多月里，天京城内，血雨腥风，近两万革命精英，一时被屠戮殆尽。此时的事件，已经演变成杨秀清篡位未成，而韦昌辉叛乱是实。
翼王石达开闻此大变，急速赶回天京，见到韦昌辉如此滥杀，想着大家还算是兄弟，就好言劝导韦昌辉说：“杨秀清谋反篡位，死不足惜。但那些广西老乡，大都无罪，你现在不分青红皂白就把他们都杀了，弄得人人自危，这只能是让亲者痛，仇者快啊！”
韦昌辉听后非常不爽，他心里清楚自己杀戮过多，天京人都痛恨自己而盼望石达开来主持工作，于是又想杀了石达开，去除这个政治对手。由于提前获得了消息，石达开家门都没进，就连夜用绳子爬出城墙逃走。韦昌辉一不做，二不休，率兵冲进翼王府，给来了个满门抄斩。石达开奔到安庆召集部属，发兵杀回天京。韦昌辉听说石达开大军将至，惊恐之下，干脆破罐子破摔，每天都杀人泄愤。
韦昌辉的暴行，终于引起天京剩余人马的共愤，在洪秀全的号召下，这些人反攻韦昌辉并将之捉拿。洪秀全在第一时间下令将韦昌辉五马分尸，并逮捕了同党燕王秦日纲，将之斩首示众。随后，洪秀全派人将两人首级送到石达开军中，石达开这才重新回到了天京。据说，韦昌辉的首级被割去给石达开看还不算，其尸体还被寸磔（割）成二寸左右的小块，并标上“北奸肉，只准看不许取”的字样，挂在天王府外栏栅示众！
自此，东南西北，四王皆去。剩下个翼王石达开，在天京也待不下去。
石达开是个聪明人，善于拉拢人心、招揽人才，曾国藩说他“凶悍、诡谲”，其智力和志向远在其他人之上。特别可贵的是，石达开对于洪秀全的那套东西，颇不以为然，显示了他的思考能力和独立性。
而洪天王经此大变，也多长了个心眼，对于外人心存畏惧，只相信自己的家族中人。