为做好部队停火后撤的思想教育工作，总政治部于1962年11月22日，下达了《关于作好部队后撤的政治工作指示》，部署了对部队的宣传教育、政策要求、群众纪律、俘虏的后送和伤病俘虏的救治等工作。总政治部在指示中要求各部队：
一、根据中国政府11月21日声明和中央关于宣传解释这一声明的紧急通知精神，结合部队的实际情况，充分作好后撤的宣传解释工作。着重说明：中国边防部队对印度侵略军的自卫反击作战已经取得重大胜利。中国边防部队主动停火、主动后撤是为了更高地举起和平谈判的旗帜，巩固和扩大在政治方面所取得的成果，进一步剥夺印度反动派、帝国主义等利用中印边境武装冲突欺骗人民的政治资本，促进中印边界问题三项建议的实现。中国政府这次主动采取的措施，又一次打乱印度反动派、帝国主义等反动势力反华部署，也将使全世界人民看得更清楚：谁爱和平，准要战争。总之必须反复说明对印度反动派执行有理有利有节的斗争方针是完全必要的、正确的。同时还必须说明，中印边界斗争仍是长期的、复杂的。印度反动派还会捣乱，必须保持警惕。如果他们利用中国边防部队后撤继续进攻，必须坚决给予还击。如果中国边防部队撤至预定地区后，印军再次入侵，就准备再次给它狠狠打击。
二、后撤中必须加强行军组织，严格管理，防止掉队，保证不丢失一份文件、一件东西。
三、派得力干部组织伤病员的后转工作。
四、对战斗中有功的单位和个人进行评功并认真总结作战经验。
五、根据中国政府声明，在当地居民中进行宣传解释工作。认真检查群众纪律。
六、作好俘虏的后送争取教育工作，伤病俘就地组织治疗，印军尸体就地分散掩埋。
七、教育部队认真收集战缴武器、装备和物资，不得任意丢失和破坏。
二.中国边防部队在中印边境全线停火后撤
根据中国政府11月21日的声明和中央军委的命令与指示，西藏和新疆边防部队，从11月22日零时起，全线准时主动停火。除东段中国部分边防部队在其附近清剿和打扫战场外，全线各部队均转入了防御状态。中国国防部发言人在同一天发表谈话说：根据中国政府11月21日零时的声明所宣布的决定，中国西藏地方和新疆地方边防部队，已从22日零时起，在中印边境全线主动停火。在东段，中国边防部队第一线部队，已在萨木维尔、古里、博浪、达东、梅楚卡、里米金、鹰窠山口、比里山口、吉莫山口（坎拉）一线主动停火；在西段，中国边防部队在传统习惯线本侧驻地主动停火；在中段，中国边防部队在实际控制线本侧驻地集结。
中国边防部队遵照总参谋部11月21日24时《关于部队部署调整的命令》，经过具体部署和动员教育后，自12月1日起，分期分批地主动实施了后撤。
中国国防部发言人在12月1日发表的声明中说：中国西藏地方和新疆地方边防部队，将自12月1日起，开始从目前的驻地向1959年11月7日实际控制线中国一边20公里以外的地方主动后撤，要求印度方面不要对中国边防部队主动停火、主动后撤进行破坏。希望印度方面对中国方面的主动措施作出积极的响应。
12月1日，在中印边界东段，进驻吉莫山口、打拢宗、比里山口、鹰窠山口的中国边防部队，全部撤至坦加帕尼河地区；进驻吉拉、萨木维尔的边防部队，撤至木穷及其以北地区；进驻古里、博浪、达东的中国边防部队，分别撤至打秋山口、更仁、梅楚卡等地。在中印边界西段，中国边防部队撤出奇普恰普河谷地区的4个哨所、喀拉喀什河源地区的2个哨所和巴里加斯地区的卡日果、羌山口等地。
12月8日，中国国防部发言人发表声明，指出：中国西藏地方和新疆地方边防部队，根据中国政府的决定，在12月1日主动从中印边境东、西段后撤之后，将于12月9日继续后撤。在中印边境东段：中国驻坦加帕尼河以北地区的边防部队，从拉多、多龙桥、邦迪拉、鲁帕、普冬桥等地，全部撤至拉洪、拉杭、德让宗及其以北地区；驻本穷及其以北的边防部队，从本穷、西龙、吉牙、康母底、嘎木、萨底、瓦底，格里等地，全部撤至瓦弄及其以北地区；驻打秋山口、里米金的边防部队，分别撤至打坝和哥里西娘；驻更仁的边防部队，全部撤至实际控制线以北地区。同一天，在中印边境西段：中国边防部队撤出阿里地区的巴里加斯、拉多等地和奇普恰普河地区的4个哨所。
中国国防部发言人在12月8日的声明中还指出：中国边防部队继续主动后撤，充分表明中国边防部队忠实地执行中国政府的决定，和中国政府为了迅速结束中印边境冲突、重开和平谈判、和平解决中印边界问题而采取的最真诚的努力。希望印度政府以中印两国人民友谊和亚非团结为重，也能迅速作出相应的努力。
中国边防部队继在上述各点后撤之后，在12月9日、13日、15日，又撤出了梅楚卡、哥里西娘等地。于12月21日，又撤出了德让宗、曼大拉、拉洪、拉杭、巴特、班登、拉苏、拉干、嘎公巴让、格金桥、马尼岗、瓦弄、曲咀、敌能和西里扎普等地。
在中国边防部队主动后撤的过程中，印度军方不断派遣飞机在空中骚扰，派遣地面部队尾随中国后撤部队进行挑衅。中国国防部发言人在12月21日发表的声明中指出：印军的这些行动，显然同印度方面一再声称不妨碍中国军队主动停火的声明不符。
12月30日和31日，中国边防部队又从达旺河以南全部后撤至达旺河以北地区；驻里米金和梅楚卡地区的边防部队，全部后撤至1959年11月7日实际控制线以北地区；进驻瓦弄的部队也全部撤至1959年11月7日双方实际控制线的打坝、古玉通等地及其以北地区；在中印边境西段，除了奇普恰普河、加勒万河、空喀山口和班公湖地区的少数哨所外，大部分哨所的边防部队均都撤到了1959年11月7日的双方实际控制线即传统习惯线内侧20公里地区。其后，中国边防部队又于1963年1月14日、15日继续进行了后撤。达旺河以北的中国边防部队和古玉通、打坝的部队，于1月15日全部撤到了1959年11月7日双方实际控制线以北地区。在中印边境西段，除保留在1959年11月7日以前即已设立的几个哨所准备交由民政检查站接管外，于1月15日也全部撤出了1959年11月7日双方实际控制线即传统习惯线内侧20公里地区。除留下设立边境民政检查站的分队外，参加中印边境自卫反击作战的中国边防部队，于1962年12月和1963年2月28日前，均返回了总参谋部所指定的驻地。
在中国边防部队主动停火和主动后撤以后，印度政府不仅没有采取应有的积极措施，还不断地发出战争叫嚣，继续派遣飞机、军警人员侵入中国领土、领空，进行骚扰挑衅。自1962年11月22日至1963年1月10日，侵入中国领空的印度飞机达26起27架次；印军侵入中国境内骚扰挑衅达8起。它表明，印度当局仍在保持和制造紧张局势，仍在准备继续用武力解决边界问题。
中国国防部发言人在1963年3月1日发表的声明中说：“自从1962年11月21日我国政府发表主动停火、主动后撤的声明以后，我边防部队坚决地、忠诚地执行了我国政府的决定，从而使由印度方面所挑起的边境冲突得以停止，中印边境紧张局势得以缓和，为和平解决中印边界问题创造了最有利的条件。”声明还着重指出：“中国边防部队已经在1963年2月28日全部完成了他们的后撤计划。中国边防部队不仅从自卫反击中所到达的地点撤退到1959年11月7日实际控制线，而且还撤退到了实际控制线中国一边二十公里以外的地区。中国边防部队现在的位置，已经远离了他们1962年9月8日所在位置。”国防部发言人还特别指出：“由于我国采取了主动停火、主动后撤和主动空出停火安排中有争议的地区等一系列重大措施，目前中印边境已经有了事实上的停火和事实上的双方武装部队的脱离接触，中印边境局势已经和缓下来。只要印度方面不再进行挑衅，不再进入停火安排中有争议的四个地区，已经和缓了的边境紧张局势不会重新紧张起来。”
中国国防部发言人最后说：“中国边防部队尽管从1959年11月7日实际控制线后撤了，但是，我们并没有放弃进行自卫的权利。我们希望印度政府以中印两国人民的友谊为重。以亚非团结为重，正确理解我国的和平努力，并且作出积极的、有利的响应，使边境局势继续和缓下去，为中印双方直接谈判创造良好的气氛。”
中国边防部队根据中国政府的决定和中央军委的命令，自1962年11月22日零时起准时主动停火，并于12月1日起开始在中印边界全线主动后撤，3个月后，中国边防部队不仅从自卫反击作战中所达到的地点，撤退到1959年11月7日的实际控制线，而且还撤到了距实际控制线中国一侧20公里以外的地区。