在此次招标中，中技国际招标公司仍然作为铁道部的代理方。
2006年1月23日，一则消息引起了业内的关注。当天，南车四方机车公司的母公司——中国南车集团公司与国家开发银行联合在北京钓鱼台国宾馆举行开发性金融合作协议签字仪式。国家开发银行在今后的三年时间里，将为中国南车集团公司时速200—300公里高速列车研制等国家重点项目提供开发性金融贷款150亿元人民币。此时，南车集团已经获得了铁道部60列时速300公里高速列车的订单，并已开始组织生产。
至今，南车集团对第二次招标仍讳莫如深，因为南车集团的高层承担了很大压力。由于历史原因，中日关系的任何风吹草动，都会触动那条敏感神经。事实上，第二次竞标中，川崎重工仍然是与三菱商事、日立制作所、三菱电机、丸红商事、伊藤忠商事等5家大企业出资，通过共同成立的“光基铁路公司”来竞标。作为6家日本公司联合体统一的新闻发言人，三菱商事始终没有向外界透露任何消息。
在这个“６家日本公司联合体”中有３个成员是综合商社：三菱商事、丸红商事、伊藤忠商事。有内部人士透露，实际上这６个公司仅是主要参与者，还有其他的日本综合商社（是三井物产、住友商事的可能性很大）也参与了高速铁路竞标项目。综合商社在联合体中主要执行贸易和公关事务。这些综合商社公关能力非常强大，正是这些综合商社在操作竞标的主要工作。同时，他们也在对各相关机构进行游说公关活动。
其实，一直在中国大陆高铁项目中没有公开路面的三井物产与南车集团的关系也非同一般。在巴西淡水河谷（CVRD）扩大巴西国内铁路网的过程中，三井物产动员了交通项目第一部、第二部、物流推进部、北京办事处、巴西和美国分公司的人员和物力，促成南车集团及其所属的株洲车辆厂、中国铁路物资总公司与巴西淡水河谷于2003年7月达成了提供900辆铁矿石铁路货车的协议，合同金额达3600万美元。据巴西当地媒体报道，三井物产还准备与南车集团在巴西共同建造货车生产工厂。
“和谐号”，异乡的新干线？
在国务院2006年2月批准的京沪高铁立项方案中，正式确定采用轮轨技术。这意味着曾争论了将近10年、一度呼声甚高的磁悬浮技术最终出局。来自国家发展和改革委员会交通运输司也证实了，京沪高速铁路采用高速轮轨技术建设，这在某种意义上确认了采用日本新干线技术的可能性。京沪高铁项目全线按最高时速350公里、运行时速300公里设计，一次建成高速铁路线路1320公里，预计总投资将达1300亿元左右。
2006年3月8日，中国订购的日本新干线列车运抵青岛码头，这是日本川崎重工抢夺中国高铁投资盛宴努力的一部分。同一天，《经济观察报》刊出报道：铁道部部长刘志军表示，投资超过1000亿人民币的京沪高铁正式批准立项，力争年内开工，并且有意强调其修建技术将完全依靠自主研发。至此，在经过16年之久的论证之后，以中国最大的两个城市--北京和上海为起点和终点的京沪高速铁路终于获准正式立项。
2006年12月2日-3日，日本国土交通大臣冬柴铁三访问了中国，期间除拜会国务委员唐家璇之外，还与铁道部部长刘志军进行了会谈。在3日下午，冬柴铁三访华的媒体吹风会上，一位日本NHK记者抛出的问题，引起了在座记者的关注：“和刘部长见面时，是否谈到了日本新干线与中国未来高速铁路的合作问题？”冬柴铁三回答：“刘部长对日本新干线技术给予了高度评价，希望与日方展开合作，但我们没有就此进行实质性的探讨。”
而在日本，每一次日本外交官员亦或民间组织就此事访问中国，主流媒体都会及时曝料个中进展。2007年1月28日，中国第一列子弹头高速列车正式投入商业运行，从杭州开往上海。日本媒体甚至将这趟从上海到杭州的标有“CRH”（和谐号）的动车组称为“异乡的新干线”，或“日本新干线中国版”。日本记者随车进行采访，日本国家电视台NHK在当天傍晚以《中国新干线》为题播出了这一专题节目。
在这个节目中，特别播放了记者采访一位中国乘客的镜头，那位乘客对这辆国产品牌列车赞叹不已，骄傲的神情溢于言表：“中国能够生产这么好的列车，说明中国的国际竞争力非常强。” 然而，随着日本媒体一波又一波的宣传攻势，CRH遭遇到中国的民族情绪，甚至于被网民译成“耻辱号”。此时，随着日本“疾风”E2-1000新干线车型基础上加以改进的中国品牌（“CRH2型”）列车投入运营，日本企业迎来了新的曙光。
任何一个国家的铁路系统在对外合作中都会慎之又慎，具体到京沪高速铁路项目，除了价格因素之外，起决定作用的因素还包括：是否有技术转让、转让的百分比、所使用车辆等设备是否部分在中国生产，以及国与国政治和外交关系的好坏等等。日本国土交通大臣冬柴铁三访华期间，一位日本驻京记者对《世界新闻报》记者说：“如果明年能够实现温家宝总理或胡锦涛主席访日，我相信对中日在铁路领域的合作会起到非常积极的作用。”
2007年4月4日，在对日本进行正式访问前夕，中国国务院总理温家宝在中南海紫光阁接受了日本经济新闻、朝日新闻、读卖新闻、共同社、日本广播协会等16家日本新闻媒体驻京记者的联合采访，并称这次访问是 “融冰之旅”。引人瞩目的是，温家宝总理此次访日过程中从东京前往京都时，没有循例乘坐新干线，而是选择了乘飞机。日本媒体猜测认为，温家宝总理刻意避开了乘坐新干线，表明不把 “引进新干线技术”作为政治交换。
时至2007年12月22日，南车四方机车公司董事长江靖宣布：中国首列国产化时速300公里“和谐号”动车组列车(CRH2-300)竣工下线。当天，中央电视台报道了这一消息，并且强调：时速300公里“和谐号”动车组是由中国自主研发制造的，是中国铁路全面实施自主创新战略取得的重大成果，标志着中国铁路客运装备的技术达到了世界先进水平，中国也由此成为世界上少数几个能自主研制时速300公里动车组的国家。
躲在喧哗背后的三井财团
正当中国人为国产“和谐号”高速列车而无比自豪的时候，一直在台湾高速铁路项目上奔忙，而未曾在中国高速铁路争夺战上公开露面的三井财团，其实并没有闲着。早在2003年8月18日，三井物产通信交通部本部部长长尾寿彦率东急车辆株式会社访问了北车集团的“长春轨道客车股份有限公司”。随后，三井物产中国总代表副岛利宏在2006年的“中国循环经济发展高层论坛”上提到“三井物产和日本另一家公司和长春客车厂三家公司合作正在重庆建单轨项目”。
此时，作为三井财团的产业组织者，三井物产在中国城市轨道交通领域开始发力。重庆市轻轨二号线是由三井物产控股的朝阳贸易株式会社（简称：朝阳贸易）通过长春客车厂引进日立公司的跨座式单轨交通系统，于2005年6月18日正式开通。随后，三井物产、朝阳贸易、日立与重庆轨道交通总公司、中铁十一局集团等中国企业共同以股东和发起人身份于2007年9月组建了“重庆单轨交通工程有限责任公司”，希望推动跨座式单轨交通系统在中国的进一步发展。
在日本，三井物产、三井物产交通系统、东芝、东急车辆制造、日本电设工业、大铁工业于2001年从法国Rollindustry公司引进技术，开始积极联合开发“橡胶轮胎式单轨双向导向的轻轨交通系统”，并租用新日本制铁株式会社（简称：新日铁）的部分用地，建设了总长度400米的试验线路，使用3节车编组的列车从2005年5月开始至2008年进行约3年的实车试验。这个交通系统已经被中国天津泰达经济技术开发区引进，在2007年正式运营。
借助北车集团的长春轨道客车公司这个平台，三井物产的关系企业还顺利介入到了北京的地铁建设之中。北京地铁五号线工程电动客车招标项目、十号线工程电动客车招标项目的中标人是长春轨道客车股份有限公司，而北京地铁五号线工程电动客车电气牵引系统、空气制动系统及空调系统招标项目的中标人是住友商事、日立和永济电机厂的联合体，北京地铁十号线工程电动客车电气牵引系统及空气制动系统招标项目的中标人是三井物产、东洋电机和湘潭电机的联合体。
与此同时，三井物产又从南车集团的南车四方机车公司成功切入到北京地铁项目中。2006年5月25日，北京地铁车辆更新项目——北京地铁一号线消隐工程电动客车及牵引制动系统采购合同，在京隆重举行签字仪式。在欢快的乐曲和热烈的掌声中，南车集团董事长江靖分别与北京地铁运营公司董事长王德兴和北京国际贸易公司、湘电股份、东洋电机、湘电东洋、三井物产代表在电动客车整车采购合同和牵引制动系统采购合同上签了字。