正如林徽因写给好友费慰梅的信中所说：“我们已经决定离开此处到云南去。……我们的国家还没有组织到可使我们对战争能够有所效力的程度，以致至今我们还只是‘战争累赘’而已。既然如此，何不腾出地方，到更远的角落里去呢？有朝一日连那地方也会被轰炸的，但眼下也没有更好的地方可去了。……除了那些已经在这儿的人以外，每一个我们认识的人和他们的家人，各自星散，不知流落何方。”[11]
12月6日，吴宓等师生终于挤上火车向衡山南岳分校驶去。
两天后的12月8日，在一个阴风阵阵，星光残淡的黎明，梁思成、林徽因一家五口搭乘一辆超载的大巴车向苍茫的西南边陲重镇——昆明奔去。
◎清溪阁醉别
梁思成、林徽因夫妇走后不久，战场局势进一步恶化，前线传来的消息已到了令每一个中国人都顿足捶胸，揪心裂肺的程度。
12月5日，日军开始围攻南京，中国10万守军在司令官唐生智总指挥下拼死抵抗，伤亡惨重但未能阻止日军的凌厉攻势。延至10日，强悍的日军以精锐部队和配备优良的武器同时进攻雨花台、光华门、通济门、紫金山等战略要地，切断中国军队的后路，南京守军10万将士在血战后不支。危急时刻，蒋介石命令著名战将顾祝同向唐生智传达弃城突围，全军沿津浦路北撤的命令。由于日军早已切断了后路，只有参战的六十六军、八十三军少数部队突围成功，多数将士被困于城郊未能及时渡江而遭日军阻截枪杀。
12月13日，日军攻占了中国首都南京，这座散发着浓重的脂粉与墨香气味的六朝古都，顿时淹没在鲜血、呻吟与绝望的哀号之中。放下武器的国军官兵被集体屠杀，30万手无寸铁的无辜市民遭到杀戮，日本天皇的军队像出笼的野兽一样在大街小巷疯狂强暴泪尽滴血的妇女。连续四十余日的屠城，横七竖八的尸体满目皆是，扬子江成为一条流动的血河，整个南京笼罩在“天雨粟，鬼夜哭”的阴霾恐怖之中。
消息传出，举世震动。大海那边的日本国民按捺不住心中的狂喜，纷纷叫喊着拥上东京街头，施放焰火，提灯游行，欢呼着“战争就要结束，中国已被无往不胜的大日本皇军全面征服”等等口号。整个日本四岛大街小巷灯火闪耀，人潮涌动，许多人拥抱在一起，喜极而泣。此时，全世界每一个关注中国命运的人，都感受到了1937年隆冬那来自远东地区强烈的震撼与滴血的呼喊。
紧接着，杭州、济南等重量级省会城市于12下旬相继陷落。
由于平汉铁路沿线保定、石家庄、新乡等军事重镇相继失守，长江沿岸上海、南京、芜湖等地区陷落，骄狂的日军开始集结精锐部队，沿长江一线大规模向西南方向推进，地处两条干线交汇处的军事要镇武汉三镇，立即成为中日双方瞩目的焦点和即将进行生死一搏的主战场。
12月14日，蒋介石由江西抵达武昌，紧急布置军事防务。国民政府最高统帅部加紧了武汉大会战的策划和兵力集结。与此同时，日本内阁与大本营召开联席会议，提出对华四项新的和谈条件：中国放弃抗战；承认满洲国；设立非武装区；对日赔款。
12月15日，蒋介石召集国民党高级干部会议讨论，会议情况是
：“主和、主战，意见杂出，而主和者尤多。”[12]国防最高会议副主席汪精卫原本就对抗战信心不足，此时大放厥词，散布战败亡国论。次日，他向蒋介石提出，“想以第三者出面组织，以为掩护”云云。此时汪精卫企图抛弃抗战国策，在国民政府之外另树一帜，号令诸侯。而行政院副院长孔祥熙也顺胡溜须地从“倾向和议”变为“主和至力”。[13]
面对一堆饭桶与软蛋们的嚣叫与哀嚎，蒋介石瞪圆了双眼，力排众议，坚决主张哪怕只剩一兵一卒也要战斗到底，誓死不降。为增强军民抗战信心，12月17日，蒋介石发表《告全国国民书》，号召全国军民放弃一切和谈幻想，坚决地、不能有丝毫动摇地团结抗日，并公开提出了“持久战”的战略方针，谓“中国持久战，其最后决胜之中心，不但不在南京，抑且不在各大都市，而实寄于全国之乡村，与广大强固之民心。我全国同胞诚能晓然于敌人鲸吞无可幸免，父告其子，兄勉其弟，人人敌忾，步步设防，则四千万方里之国土从内到外皆可造成有形无形之坚强壁垒，以致敌于死命。……最后胜利必属于我。”[14]这是中国政治军事高层最早公开提出对日采取持久战争以赢得最后胜利的伟大的军事战略构想。
12月29日，蒋介石顶着汪伪投降派与一切悲观主义分子的强大压力，下定破釜沉舟之决心，与国民党元老、监察院院长于右任谈话，再次以强硬的姿态重申日本所提出的四项和谈条件是“等于灭亡与征服，我国自无考虑余地，并应坚决表明，与其屈服而亡，不如战败而亡。”[15]——这是1937年蒋介石在中国抗战最为艰难的时刻最后一次重要谈话。此时的蒋公再次以哀兵必胜的悲壮之情，明确表达了宁为玉碎，不为瓦全，誓与日寇决一死战的坚定信念。这一信念与政治策略的意义，正如著名史家、外交家、原清华大学教授、曾担任国民政府行政院政务处处长的蒋廷黻所言：“中日战争爆发之前，委员长慎重避免任何刺激日方的行动。他比别人更清楚对日战争的严重性，无论是物质方面的或是人员方面的。战争一旦开始，他从未表示他要接受日方所提的和平条件……他认为在那个军事节节失利的非常时期来谈和，一旦失败，必致影响士气。即使和谈能够成功，也只能达成一种不利于中国的和平。”因而，“中国乃至于全世界直到今日，仍不知道蒋委员长在八年抗战期间一柱擎天的力量。”[16]
大战在即，而长沙与武汉只有300公里之距，一旦武汉失守，敌人必溯水而上，长沙势难独撑。面对危局，无论是刚组建不久的临时大学，还是中央研究院在长沙的研究所，又一次面临迁徙流亡的历史性抉择。
何处才是安身之地？长沙临时大学委员会在迁往重庆还是昆明之间摇摆不定，有师生认为立足方定，正好弦歌不辍，倘再兴师动众迁徙，不但劳民伤财，荒时废业，甚至是杞人忧天，自寻烦恼。湖南省政府主席张治中闻讯，同样认为迁校无此必要，并表示：“即使长沙不安全，尽可以在湖南另找一地，省政府仍愿全力支持办学。”[17]广西省政府听到消息，迅速派员赴长沙与临大常委们接洽，积极建议迁到桂林或广西别的安全城市，广西政府和人民愿意倾全力支持云云。
对于这些建议，常委会经过慎重考虑，认为武汉万一弃守，长沙必遭攻击，到那时整个城市将陷入混乱和战火之中，再想从容迁徙就万般困难了，其前途也将不堪设想。为学校能够从容不迫地办下去，必须未雨绸缪，在长沙遭受敌军攻击之前就要转移到一个相对安全的地方。经过反复研讨，常委们最后决定迁往云南省会昆明，其理由是
：昆明地处西南，距前线较远，且有滇越铁路可通海外，采购图书设备比较方便。更重要的战略意义还在于，一旦内陆全部被日军攻占、封锁，还可通过滇越铁路在西南之地甚至海外予以周旋，为民族复兴保存最后一批文化种子。时为云南省政府主席的龙云闻知，表示出极大热情。但此人属于独霸一方的军阀，号称云南王，与蒋介石面和心不和，被蒋视为脑后长有反骨，需日夜提防的三国时代魏延一类的人物（南按：后来的事实证明了这一点）。因而，对于这一方案，尚不算糊涂且深谙官场规则的王世杰与教育部官僚均不敢定夺。蒋梦麟于焦急中径直赴武汉面见蒋介石陈述，但不便向车胎上扎针——泄气，直白地说一旦武汉弃守之类的丧气话，只说昆明可通安南直达海外等等，蒋介石心知肚明。经过反复磋商，终于在1938年1月上旬得到最高当局批准。
1月20日，长沙临时大学第43次常委会作出即日开始放寒假，下学期在昆明上课的决议。规定全体师〖奇书网Qisuu。Ｃom电子书下载〗生于3月15日前在昆明报到，同时通过了一系列迁校的具体办法，组建了由蒋梦麟为主任的昆明办事处。2月15日，蒋梦麟飞赴昆明，主持建校事宜。
就在临时大学高层人物蒋梦麟等来回奔波商讨迁校之际，中央研究院长沙工作站委员会几名常务委员，也在紧急磋商进退办法。此时，中央研究院院长蔡元培已转往香港，傅斯年随中研院总办事处迁往重庆。在群龙无首的境况中，中研院在长沙几名委员的讨论未能达成共识，谁也不知要流落何处更为有益。梁思永以中研院长沙工作站委员会常务委员的身份，与史语所代所长李济共同召集所内主要人员开会，商量本所的去留问题。经过一番仁者见仁、智者见智的激烈争论，尽管未能最终确定目标，但总算拿出了一个大概的应对策略，这就是许多年后石璋如在他的回忆录中所说：“为了此地同仁的安全，不能够留在长沙工作，要再搬家。搬家的地点目前虽然还未确定，只有一个先决原则：同仁的家庭没有沦陷的话，就先回家；家庭沦陷的话，可以跟着所走，只是地点未定；若不想跟着所走，也可以自便。决定此一原则之后，就让各组自行商量。”