傅当选国民政府参政员之后的一段时间，常在重庆的集会场合对党国大事发表“宏论”。据他的老友程沧波说，忽一日，傅论及当时国民政府五院院长。论孙科，说：“犹吾君之子也。”论于佑老，乃是“老党人且是读书人”。论戴季陶，说：“阿弥陀佛。”论到孔祥熙，高声呈义愤状：“他凭哪一点？”[24]
后来，傅斯年一直抓住孔祥熙、宋子文死死不放，蒋介石无可奈何，最后不得不把孔、宋分别从行政院长任上卸下来——当然，这是抗战胜利之后的事了。
傅斯年既然对“老大”介公和其操控的党国政府深以为然，且大有一荣俱荣、一损俱损之观念，这就决定了他与陶孟和虽同住李庄一隅之地，却“鸡犬相闻，老死不相往来”的政治宿命。
如果仅是老死不相往来，陶、傅之间的关系或不至于闹到决裂甚至反目成仇。但是，既然同在中央研究院这个大铁锅里摸勺子吃饭，筷子与碗的相碰就成为不可避免的事实，何况有时候人在江湖，身不由己，陶、傅二人的分裂围绕“进军西北”事件很快展开。
1941年年初，身为中央组织部部长、中央研究院代院长的朱家骅，电召正在齐鲁大学研究所任职的顾颉刚到重庆办《文史杂志》。朱要顾去重庆的目的，不专为编《文史杂志》，还有一项重要任务，就是帮他做边疆工作。时朱家骅在组织部办了一个边疆语文编译委员会，他自兼主任，顾到后为副主任，主持委员会日常工作。这年的10月12日，对“边疆”问题极为热心的朱家骅发表了《西北建设问题与科学化运动》一文，鼓动科学工作者“到西北去开辟一个科学的新天地”，使原已兴起的“西北热”再度升温。顾颉刚感念朱家骅对自己有知遇之恩，上任后请了费孝通、韩儒林、李安宅等蒙、藏、阿拉伯、暹罗、安南诸种语文的专家操作起来。许多年后，石璋如回忆说：“这时政府跟民间都弥漫一股西北热。民国三十年于右任赴敦煌考察，归后盛赞敦煌景致，另外也有与我们关系不大的艺术考察团去，而更早些时候张大千已经去敦煌了，各界因此纷纷组团去西北。”[25]
这一情形的出现，除了社会各界人士的热情，与最高领袖蒋介石的政治考虑与支持鼓动密不可分。早在几年前，蒋介石就意识到西北在政治上的危险，特别是新疆土皇帝盛世才公开对抗中央，屯兵新疆，对中央政府构成很大威胁。而盛世才与苏联关系过从甚密，强大的苏联或明或暗地打着新疆的主意，时刻准备将其吞并，划入苏俄红色帝国版图。面对这种危局，蒋介石先是忍而不发，直到1941年德国进攻苏联，斯大林无力东顾，蒋介石才趁机出动，先派朱绍良统率重兵于河西走廊，对盛氏集团形成一种强大的威慑力。1942年8月，蒋亲自乘机赴西宁、酒泉等地视察，以软中带硬的手腕解决了新疆问题，骄横跋扈的盛世才表示臣服中央政府。
西北视察归来，特别是降伏了盛世才之后，蒋介石精神振奋，同时进一步认识到西北对于中央和整个国家的重要性，遂提出“西北不但是我们抗战的根据地，而且更是我们建国最重要的基础”的主张。蒋的演说，立即在社会各界引起强烈反响，“‘开发西北、建设西北’等口号风起云涌，颇有雨后春笋之势”。[26]
在这股大浪高潮声中，作为中央大员的朱家骅不甘落后，为了迎合蒋介石的主张，他突发奇想，提出了一个“进军西北”的计划，让李庄的陶孟和把社科所办到西北去。此事得到了原清华大学历史系主任、时任国民政府行政院政务处处长蒋廷黻的赞成，二人一拍即合。朱家骅找来陶孟和协商，陶当即表示同意，并慷慨激昂地表白道：“当此之时，有可服务国家之处，当决然担任。”朱家骅一看这阵势，立即让陶孟和拿出一个书面计划面呈最高领袖蒋介石批示。陶孟和很快把计划弄将出来，意在把社科所搬迁到兰州，专就经济及文化接触两项进行研究，并请蒋廷黻转呈介公审阅。老蒋看罢，认为这个计划正是深入贯彻自己这个最高领袖指示精神的体现，当然乐观其成，只是不知出于何种考虑，批示要社科所迁到兰州以西的地方去。这个批示令蒋廷黻和朱家骅大感意外，不知老蒋心中搞的什么鬼把戏。凭当时的猜测，蒋介石可能出于政治方面的考虑，想让陶孟和的社科所像外国传教士一样在西北乡村建立工作站，以考察民情、民风为名，潜伏于社会各阶层中，密切关注和监视对中央政府形成威胁的外在危险力量，实际上相当于中统和军统的工作站，以搜集情报为职业的特务机构。然而，中央研究院社会科学研究所是一个公开的学术研究机关，所做的事和追求的理想自然是学术事业，不可能变成一个挂着羊头卖狗肉的特情机构。既然介公已作批示，又不能送回去重批，在无力回天的情况下，为了安抚兴致正浓的陶孟和，蒋廷黻、朱家骅二人想了一个对策，由蒋廷黻出面写信给陶孟和，说道“无以介公批了迁兰州以西而失望。若干工作仍可在兰州作，只是牌子挂于兰州以西”[27]云云。
按照对这段历史有过专门研究的台湾近代史研究所研究员潘光哲的推测，当时陶孟和之所以很痛快并热心“进军西北”，他有自己的一个小算盘，这就是“名义上是迁，实际上是添”，即社科所本部仍在李庄扎根不动，凭借政府拨发的一笔经费，另外聚集一部分人马在兰州安营扎寨，形成事实的社科所分所。如此这般，经费既足，人马强壮，活动范围广大，就自然能产出丰厚的科学研究成果，陶孟和与整个所内人员也可借此扬眉吐气，以雪自离开北平加入中央研究院以来的种种怨怒与耻辱。
潘氏的推测自有道理，但似不全面，此次所谓的“进军西北”，显然是陶孟和借机摆脱傅斯年的压力，把社会学所从李庄撤出，他本人带领一帮难兄难弟进驻兰州，从此与傅斯年本人和史语所彻底断绝交往，以图眼不见心不烦，弄个难得的清静。按照当时朱家骅与蒋廷黻的设想，所谓兰州以西，不过在兰州郊外，或者在兰州与西宁交界之城镇罢了。当朱家骅与蒋延黻请示介公，这个“以西”到底要落实到何处时，想不到蒋介石大笔一挥，写上了“酒泉”二字。这个酒泉是处于兰州以西千里之外飞沙走石的不毛之地，陶孟和与手下的弟兄果真到了这块荒无人烟的沙漠戈壁，如何自处？又会有什么作为？如此一着，令所有热心奔波者都感到冷水浇头，全身发凉。
既然党国领袖白纸黑字写得清楚明白，朱家骅与蒋廷黻也不敢明目张胆地耍布袋戏，以此来摆弄精明如猴的介公。陶孟和得知此情大感沮丧，但一时又想不出对策。正在几人无计可施之时，此事被蒋廷黻讥讽为中央研究院“太上总干事”的傅斯年闻知。傅未作深究，又以“太上总干事”的习惯和派头主动致信朱家骅，开始替这位交情甚笃的上司排忧解难。信中说：
……此事大可发愁，酒泉严格说仅一油栈，如何设社会所，其中既无经济可以研究，亦无文化接触可以研究（研究文化接触最好在西宁），社会所如在西北设分所，必以兰州为宜，酒泉切切不可，此点若不改，后患无穷。若名称上在酒泉挂社会所之牌，必为空洞。以介公之热心西北，夏、秋未必不去，一看其为空洞，非真迁也，恐本院整个蒙不良之影响。”又说：“本院似不当把社会所实际上放在李庄，分店在兰，牌子却挂在酒泉，而谓不在兰州也。”[28]
傅斯年写这封信的时候，的确有点“太上”的架势，对朱家骅、蒋廷黻与陶孟和串通弄出的这个到西北创办社科所的主张，表面上热心，实则心存介蒂。傅意识到西北之重要，但只是限于政治上之危局，至于朝野上下掀起的西北建设和立国之本之类的说法，颇不以为然，并有轻视之意。在这样的思想观念指导下，傅斯年对陶孟和主张社科所搬迁西北的构想，曾戏谑道：“引当时报上一名词云‘阳奉阴违，贻误要公’以为笑谑。”
两个月后，傅斯年综合各种信息分析，突然感到苗头不对，陶孟和如此热心“进军西北”，分明是和自己争地盘的一个阴谋。早在南京中央研究院招降北平的陶孟和旧部时，满身霸气与嗅觉敏锐的傅斯年就曾专门找到陶订了一个“君子之约”，其中有“近一百年史，即鸦片战争起，由社会所办，其设备亦由社会所”。而鸦片战争之前的历史，则由傅主持的史语所办，社科所不得染指。傅斯年在后来的行事中，确是实实在在地履行了这个君子协定。史语所研究人员全汉升“昔有志治近代一问题”，被傅斯年及时阻止，傅命其研究范围只能在清初以上，不得窥视近代。傅氏如此，陶孟和也只好号令手下弟兄不能窥视近代以上，两所人员可谓大路朝天，各走一边，井水不犯河水。令傅斯年想不到的是，此次陶孟和借“进军西北”之机，已经暗中招兵买马，扩军备战，开始了实际行动。据朱家骅透露，陶孟和欲把顾颉刚在重庆办《文史杂志》招聘的费孝通、韩儒林、李安宅等辈，全部弄到驻兰州的社科所分所，以壮声势。李安宅早年毕业于燕京大学，与费孝通亦师亦友；韩儒林虽毕业于北大哲学系，但后来任教于燕京，顾颉刚在重庆时，一度受中央大学校长顾孟馀邀请，出任中大出版部主任，边疆语文编译委员工作，则由顾氏推荐的这位蒙藏史专家韩儒林主持。