按计划应该在6月2日奉派到夏威夷北西建立乙警戒线的第五潜艇战队，由于检修的耽误而推迟了从本土起程的日期，没有按时到达指定阵位。派到夏威夷以西建立甲警戒线的第三潜艇．战队的潜艇，也因为“K号作战”计划流产所造成的耽搁而未能如期到达指定地点。这些潜艇实际上到6月4日才到达阵位。
既然潜艇警戒线还没有建立，山本海军大将和他的幕僚完全无从了解敌特混舰队的活动。可是，在6月2日这天，在中途岛地区进行侦察的“伊—168号”潜艇，发来了一些有关那里的局势的零星情报。报告说：除在桑德岛以南发现一艘警戒舰外，未发现其他舰艇；敌人似乎加强了对中途岛南西方面的巡逻，巡逻距离大概为六百海里；看来敌人在实行严格的警戒，大批敌机昼夜二十四小时在实施防御巡逻，岛上还可看到有许多吊车，说明有些设施正在扩建中。尽管联合舰队司令部主要依赖潜艇侦察敌情，但结果在中途岛作战期间，潜艇送来的重要谍报只此一份。
在山本部队前面大约六百海里的南云部队，6月2日这天进入了浓雾笼罩着的海区。洋面上云层很低，而且开始下小雨，看样子很可能接着就要有大雾了。能见度已很低，队形中相邻的船舰彼此都几乎看不见了。
“赤城号”旗舰上的南云海军中将跟联合舰队司令部一样，不了解敌舰队的动向和企图。事实上，由于“赤城号”无线电接收能力有限，加以在前进中的日本部队保持无线电静默，山本海军大将在联合舰队旗舰上收到的情报有很多是南云海军中将也不知道的。这些情报强烈暗示敌人已经知道或者很猜疑日本部队正在向中途岛移动，敌人正准备同日本部队对抗。这恰好是南云部队参谋长草鹿海军少将所担心出现的情况。草鹿海军少将在出发前再三请求“大和号”将一切重要无线电侦察情报转发给“赤城号”。但是，山本海军大将和他的幕僚显然还希望能做到出敌不意，因此认为应当继续保持无线电静默。
这样，到6月2日终时，日本部队还是在恶劣天气下，逐渐地驶近日的地。直到这时，没有肯定的迹象表明任何日本部队已被敌人发现。因此联合舰队中自司令长官以下直到每一个人都还希望日本人仍然掌握着出敌不意进行突然袭击这一宝贵的有利条件。
五、6月3日
6月3日拂晓，南云部队在前一天下午遇到的薄雾已变成浓厚的大雾。按照雾中航行部署行驶，队形中相邻的舰只往往看不见五、六百米距离以外的邻舰。打开了强光探照灯，但灯光在雾中也透不出来。
在这无边无际的浓雾中要保持蛇行运动，但却只能偶尔瞥见一下邻舰，所以，这个是很艰难、很伤脑筋的活动。然而必须这样做，因为我们正在进入敌潜艇巡逻的海区，大雾倒可以帮助我们不让敌侦察机发现，不过这个好处给航行中增加的危险抵消了。不但如此，下雾不会妨碍装备着雷达的敌潜艇的行动，而我们的反潜巡逻机却无法起飞进行巡逻。为了应付这种不利情况和防备出现其他问题，各舰都充分作了战斗准备，加强了反潜警戒了望。
南云长官和草鹿参谋长以下全体幕僚，聚集在“赤城号”舰桥的右边。他们默不作声地望着前方，每个人的神情显得十分焦虑和紧张。在舰桥的左边，舰长青木海军大佐和航海长三浦海军中佐全力以赴，使军舰保持航向和队形。他们不时地探身窗外，竭尽全力想窥破笼罩一切的大雾。
改变航向的时间规定在10点30分，如果时间表打算执行，航向就必须改变。但在浓雾中实行这样的航向改变之前，必须把肯定意见通报编队的各舰，以免有的迷航或掉队。能见度太低，显然不能用旗号联络，就是探照灯也不能有效地传达必要的命令。除了使用无线电外，没有别的办法。但这样做，确实会把我们的阵位暴露给敌人，这是南云海军中将和他的幕僚十分担心的事。
这种使人烦恼的处境有助于揭露出南云被指派了两个根本矛盾的作战任务这一事实。第一个任务是，6月5日空袭中途岛，为登陆作战作火力准备，这就严格限制南云部队的行动；第二个任务是，与敌舰队接触并歼灭之，这就要求南云部队根据情况需要完全机动行事，于是，在搜索敌人时保持我方行踪的秘密就是十分重要的事。
显然，把哪一个任务摆在主要地位必须作出明确的决定。南云的幕僚根据假没，对这个问题进行了长时间的研究，目前机动部队司令长官面临需要作出最后选择的局面了。但是，现在还没有得到关于敌特混舰队的一鳞半爪的情报。面对这个困难局面，首席参谋大石海军大佐首先发言说：
“联合舰队作战命令规定，歼灭敌军是首要任务，配合登陆作战是次要的。但同一命令又明确要求我们在6月5日空袭中途岛，就是说，如果在我们准备进攻的时候没有发现敌机动部队的话，我们必须按时发动空袭。
“如果不按计划把中途岛的岸基航空兵力摧毁，两天后我们的登陆作战就会受到猛烈的抵抗，整个攻略作战时间表就要被打乱。”
南云长官以其历来就有的直截了当的话提出了每个人心中的问题：“但是敌舰队在哪里呢?”
大石回答说：“由于未能侦察珍珠港，我们不知道敌人在哪儿。如果敌部队现在珍珠港，而且他们在我们进攻中途岛后出动的活，我们就有充裕的准备时间来对付他们，因为他们还得走一千一百多海里的航程才能到达战场。
“即使敌人已经知道我们的动向并出发迎击，他们此刻也不可能离开珍珠港很远，当然不可能离我们很近。所以，我以为我们要做的第一件事，就是对中途岛进行预定的空袭。”
说到这里，草鹿参谋长问情报参谋，截听到的无线电报是否提供了关于敌人动向的情报。情报参谋回答说：没有听到什么。草鹿又问，从联合舰队旗舰“大和号”那里是否收到了什么情报。回答还是否定的。于是，草鹿参谋长向南云长官建议说：“既然我们必须不惜任何代价按计划行动，您是否同意使用我们舰队内部使用的低功率无线电发报机下达改变航向的命令?”
南云长官同意这个唯一可行的办法，于是就用中波发报机拍发出了这道命令。用低功率发报，可以达到南云部队的外缘，但希望不要再远了。这个办法不完全保险，但过去由于敌人粗心大意，偶尔曾经奏效。可是这一次，在南云部队后面六百海里的“大和号”也清楚地收到了这个电讯。由于敌特混舰队离这里只有几百海里——我们当时对此一无所知——非常可能它也截听到了这个信号(原编者按：有这种可能，但实际不然，美国人没有收听到这个电报。)。
中途岛作战计划的制订者自始即估计敌特混舰队在中途岛遭到攻击后会被引诱出来，但不可能在这之前。我们丝毫不知道，敌人已经出动，更没有料到有一支强大的敌部队在伏兵等待，准备随时扑向我们。
整个下午直到夜里，大雾仍旧笼罩着南云部队。同“赤城号”舰桥上的紧张气氛正相反，“赤城号”的军官休息室里充满着无忧无虑的飞行员们的谈笑声。他们的唯一任务就是一声令下即跳上飞机出击。订于两天以后进行的空袭已经作好了一切准备，但由于天气不好，没有下达飞行任务。所以，飞行人员无事可做，只有打扑克来消磨时间。
在这段时间内，在后面六百海里处的山本部队那里的天气有些好转，昨天停止下来的加油作业又重新开始了。
最糟糕的是，大雾持久不散，敌人的行动完全无从发现。前面已经提到以弗伦奇—弗里格特礁脉为加油点的2式水上飞机于5月31日对珍珠港进行侦察的计划，已经告吹。我们的潜艇也没有捉供任何情报。唯一的情报来源就是截听敌方无线电汛了。早在5月30日，山本的旗舰“大和号”截听到的情报说明夏威夷地区敌人活动频繁，特别是敌人的巡逻机。这就强烈暗示一支敌部队有可能已经从夏威夷基地出发了。但是，联合舰队司令部竟然没有给南云海军中将任何警报!
中途岛海战后，当南云海军中将和他的幕僚知道联合舰队司令部截听到这个无线电情报并曾经猜测敌人已出动的时候，他们感到十分愤慨。联合舰队司令部为什么不把这个极为重要的敌情及时转发给机动部队，使它避免遭到任何突然攻击的危险呢?
这个不幸的疏忽之所以发生有两个原因：第一，联合舰队司令部轻率地认为，“赤城号”比山本部队离敌人更近，自然会截听到这些情况，南云海军中将将根据这些情况作出决策。其次，他们担心，这两支部队之间进行无线电通讯，会向敌人暴露了他们自己的位置。
不管怎么说，山本海军大将没有对他指挥下的部队发出必要的预防性的指示，是日本在中途岛海战中遭到重大失败的一个重要原因。他的过失是过分地一心只想到保持无线电静默。在这次作战结束后，草鹿海军少将到“大和号”报告南云部队几乎全军覆没的战况时，第一次得悉联合舰队司令部这一疏忽。不难想象，他当时是多么气愤，心情多么沉重。他当然要说：“我的天啊!我跟他们说了多少次别发生这种事!如果让我们及时了解这个情况，该多好……!”
但是，不光是联合舰队司令部要对此负责。