七月二十四日，总统批准参谋长联席会议向卡尔·斯帕茨将军下的命令。斯帕茨将军已从欧洲飞回华盛顿，担任即将对日发动进攻的战略空军的指挥。命令的开头说：“第二十空军大队约在一九四五年八月三日以后，一俟气候看得清进行轰炸，就要把第一枚特殊炸弹扔到以下目标之一：广岛、小仓、新潟和长崎。”建立了一个军人和科学家委员会，来选择进攻的目标，他们仔细地选择那些尚未遭到燃烧弹袭击的城市，因此原子武器的效果甚至将更惊人。将军们力争把有着许多古代圣祠的历史城京都作为主要目标；毁掉这个城市的古圣词，看来对日本人的打击最富于象征性。但是史汀生两次否决掉，因为他不想让同盟国的良心上又出现一个德累斯顿。
一九四五年七月二十五日，斯帕茨带着总统的命运攸关的命令，出发飞行四天去关岛。同一天，重型巡洋舰“印第安纳波利斯号”在快速冲过太平洋后，从提尼安出发，去送装有珍贵的铀235 的铅桶以及装着“小男孩”炸弹需用的放火枪和盒子的十五英尺的箱子。前第五舰队旗舰被选中担任这个使命，因为它在冲绳岛附近遭受神凤队袭击后，刚好回到旧金山修理。它的新舰长巴特勒·麦克维奉到严格命令，所运的神秘货物要日夜戒备。没有告诉他运的是什么东西，但是从他接到的指示，他知道这是极为重要的。指示说：“如果船下沉，不惜一切代价保住货物，必要时用救生船。你的航程每节省一天，就是在缩短战争一天。”
任务安全完成之后，麦克维放下心来，于是从塞班启航前往莱特湾。“印第安纳波利斯号”永远没有再次入港。她在七月三十日凌晨遭到日本的潜水艇1—58 的鱼雷袭击。帝国海军击沉了第二次世界大战中美国所损失的最后一艘大战舰，这个报复事实虽小，意义却大。该舰很快下沉，连求救信号都没发出，而且由于疏忽，过了三天都还没有得到巡洋舰失踪的报告。这个悲剧本来是可以防止的，而麦克维的一千多名船员只活下了三百一十六名，这是美国海军史上最大的灾难之一。
正当工程师们在提尼安开始进行安装“小男孩”铀原子弹这项精致的工作时，英国大选给波茨但会议桌上带来一名新的同盟国领袖。投票箱拒绝给他“塑造未来的权力”，丘吉尔被工党以压倒的胜利从首相职位上撵下，这个党是由联合内阁中的丘吉尔的副手克里门·艾德礼所领寻。
丘吉尔在波茨坦会议期间的最后做的事情之一，是签署后来被称为“波茨坦宣言”的文件。这个宣言由英国、中国和美国起草签署，但没有俄国，宣言提出用以结束战争的十三点呼吁，并立即向东京广播了。“没有其他选择。刻不容缓，”寄给天皇和他的大臣们的文件上这样写着。它紧跟开罗宣言，把日本的主权限于她的本土诸岛，并答应对她的军事领导层中的所谓战犯将给予严峻的公正待遇。“我们呼吁日本政府现在宣布一切部队无条件投降，并在此行动中提供恰当的保证以示诚意。关于原子弹，文件预兆不祥地但并不明确提到，文件的结语说：“日本的另一选择就是立即和彻底的毁灭。”
由于文件没有提到天皇的未来命运，而只是重申无条件投降的要求，这项宣言对东京的和谈派没有起到什么增强作用。“我认为这个宣告只是重复了开罗宣言，因此政府不必予以重视，”铃木首相说，他打算“默杀”这个呼吁，这个日语动词按字面是“安静地杀死”之意，即英语“没有评论”的日语对应词。然而年长的侯爵的并非完全否定的态度，却被看成是全盆拒绝。
一九四五年七月三十日早晨，《纽约时报》的大字标题是”日本正式拒绝同盟国提出的投降条款最后通牒。”这当然是参加波茨坦会议的同盟国领袖们的印象，此时英国新当选的首相到达波茨坦，他支持美国总统反对俄国要求那笔在雅尔塔已经许给了他的二百亿美元德国赔偿。
“现在没有选择余地，”杜鲁门这样说，因为，虽然处在半个世界那么远，他也知道，事态即将在太平洋上达到可怖的结局。斯帕茨将军于七月二十九日到达关岛，向李梅和蒂贝茨简单下达命令，去投掷安装中的炸弹。“大块头”原子弹所需的钚和爆炸药物，正从美国用另外的飞机运送。格罗夫斯将军的计划，要求在八月初准备好两枚可以扔出的核武器，两个星期后，还要有两枚钚原子弹安装好备用。就在那一天，蒂贝茨的小组完成了把一万磅重、上面涂着桔红颜色的巨型炸弹扔到日本目标地的最后阶段的训练。
七月的最后一个星期中，哈尔西海军中将的作业队任意出没于敌人海岸附近，对日本城市、港口设施、和帝国海军尚飘浮海面、被封锁在港口的幸存战舰发起一系列大规模的空袭。“第三舰队的任务，就是经常、狠狠地打击帝国，”这位海军中将最近曾在战局广播中这样说，他大声嚷嚷说，他唯一遗憾的是“我们的舰只没有轮子，否则我们从海岸撵日本人时．就能一直把他们驱向内陆。”七月二十四日，美国的炸弹、火箭和鱼雷管从第三舰队的飞机上下雨般地投在吴市海军基地上，那地方，根据哈尔西说，“日本的故舰都奔去送死。”到了四天后太阳下山时，他可以满意地报告说，帝国海军已经“不复存在”。五艘还在水上飘着的航空母舰，都被击毁得不能动弹了，战舰中只有一艘歪歪斜斜的”长门号”还浮在水面之上：几乎所有的巡洋舰和驱逐舰都被击沉。他津津育味地谈论：“日本联合舰队总司令还可以到达他在旗舰轻型巡洋舰‘大淀号’上的小舱，但是要穿潜水服。”
当美国航空母舰特遣组在打击吴市港时，哈尔西指派皇家海军第三十七特遣队去袭击大阪的另外一个并没有大战舰的目标，“以便先发制人，使英国在战后可以提出，在摧毁日本舰队的战斗中，英国至少也出了一份力量。”英国是不会被否定的。七月三十一日，曾经击伤“蒂尔皮茨号”的皇家海军X-小船型的袖珍潜艇溜进新加坡港放下了炸药，爆炸后毁坏了日本重型巡洋舰“高雄号”。
这是蒙巴顿的又一个重大胜利，因为东南亚司令部已经准备好把战役向南扩展，从缅甸进展到马来亚。在菲律宾，美国第六军已经把山下部队的残余部分撵进该岛东部的西埃·马德雷山脉，同时第八军在棉兰老的战役已经进入最后阶段，七月十二日的登陆，将是太平洋战争的最后一次登陆，当时美军登岸攻击占领这个岛的南端的敌人。在婆罗洲，澳大利亚军队在六月十日占领文莱，七月一日登陆去占领东海岸的巴厘巴板。
当同盟国的部队继续稳扎稳打地一块一块砍掉日本的海外帝国时，美国的战略轰炸机摧毁着日本本土的城市。到七月底，李梅将军的超级堡垒机群有将近一千架，在日本城市的一百平方英里上留下了一片火海的痕迹，在摧毁了军事设施、商店和工厂的同时也毁了多少住家。十万以上的老百姓死亡了，随着他们的死亡，孝存者的狂热情绪越来越甚。“一天天地，日本变成了一个大火炉，”前外务相重光写道：“大家听从响亮的号角声。只要夭皇下命令，他们就会跳进火里去。”
铃木首相拒绝波茨坦宣言后：仍然指望斯大林的帮助，来作出某种和平创议，足以停止来自天空的可怕的毁灭性袭击。他似乎忘记了由关东陆军司令部送达帝国总部的情报，情报说，俄国部队和坦克正在集结，准备进攻满洲边境，外务相东乡怀着希望但没有多少信心地打电报给在莫斯科的佐藤说：“再努把力促使苏联热情对待特使，”最后以绝望的口吻提醒道：“关于此事，损失一无可能铸成千年之恨。”
日本的因循拖沓，俄国的装聋作哑和美国的不耐其烦，形成了这种局势，于是美国决心使用原子弹，史汀生于七月三十日回到华盛顿，他打电报给总统（当时正是波茨但最高级会议的最后阶段），要求最后批准第一批投弹目标以及原子弹爆炸后美国对此发表宣言的措词。杜鲁门亲手拟定回电：“来件批准。准备就绪后发出，但不得早于八月二日。”总统坐机预定在这一天载他从柏林飞往英国的普利茅斯，同英国国王乔治六世共进午餐，然后乘重型巡洋舰“奥古斯塔号”回国。
扔原子弹
在提尼安基地，蒂贝茨上校和他的以母亲名字命名的伊诺拉·盖伊号B—29 的机组人员正等待着去执行他们的重要任务，同他们一起去的有另外两架B—29 的全体人员，那两架飞机运载陆军部的观察人员和摄影人员，以便为后代记下人为的威力最大的一击。为了在高空准确地把原子弹扔在目标上，就需要完善的条件。
气候预报说八月二日以及以后的三夭气候恶劣。八月五日，气象台预报黎明时目标城市上空晴朗，B—29 的气象侦察机飞到每个目标城市的上空报告气候情况。
一九四五年八月六日上午二时四十五分，当巨大的轰炸机隆隆地沿着提尼安机场的跑道吼叫，升向夜空时，蒂贝茨上校把空中堡垒的手柄慢慢向后移。B-29 的银色、香肠形的机体，亮光闪闪，机上载着“小男孩”原子弹，他的蓝色的铁皮上，涂着给天皇的粗鲁的字句以及驰名的女电影明星丽塔·海沃思的大美人照片。这架B-29 已远远超过安全起飞重量，起飞时炸弹没有装炸药，恐怕万一失事，就会把整个岛屿以及岛上的几百架飞机从太平洋上炸没了。