按理来说，王之臣作为经略，是节制关内外军事的；袁崇焕作为辽东巡抚，应受王之臣节制。然而，大功初成的袁崇焕，自然更受朝廷器重，而这样的职责分工，显然是提升了袁崇焕的地位而削弱了王之臣的权力。袁崇焕甚至在随后向朝廷的奏疏中说：“任劳则必召怨，蒙罪始可有功。怨不深则劳不著，罪不大则功不成。谤书盈箧（ｑｉè） ，毁言日至，从古已然，惟圣明与廷臣始终之。”这表明袁崇焕也许将朝臣及同僚的一些建议，都视为是自己功大而召来的怨言。他请求皇帝和主事的大臣要始终对自己抱着信任的态度。在某种意义上说，这种奏疏几近于一种要挟或者发泄。但是，即便是这样，熹宗仍是对袁崇焕“优旨褒答”。天启七年（1627），朝廷召还王之臣，罢经略之职，让袁崇焕节制关内外军事。袁崇焕等于是取代了当初王之臣的位置，成为事实上的蓟辽经略。只不过由于资历的原因，袁崇焕是以辽东巡抚的身份节制关内外军事罢了。
从节制关外军事到节制关内外军事，袁崇焕在战略布署上做了数件大事：一、与诸将巡历锦州、大凌河、小凌河，恢复之前相继失守的诸城；二、遣使与后金议和。天启六年八月，袁崇焕派人以吊努尔哈赤之丧的名义与后金议和，趁机探看后金虚实。当时后金军队正想在南面与朝鲜及明朝驻守皮岛的毛文龙开战，不想两面受敌，所以与袁崇焕之间使节往来频繁。三、遣兵援助毛文龙。后金军队在天启七年初进攻毛文龙及朝鲜。受朝廷之命，袁崇焕派水军援助毛文龙，派赵率教等人进逼三岔河以牵制攻朝的后金兵，后来因为朝鲜被迫臣服后金，明军遂回撤。四、组织东北地区的屯田和移民。按照袁崇焕“以辽人守辽土”的战略方针，要使辽河两岸能成功抵御后金军队的进攻，就不能光靠从内地调来的军队，而是要鼓励人们定居于此，从而增加人民抵抗后金侵略的决心。为了解决军粮问题，就要实行屯田，实现军队自给自足。五、组织宁、锦之战。天启七年五月，后金军队进攻赵率教镇守的锦州。袁崇焕镇守宁远，另派四千精兵援锦州。随后，袁崇焕令满桂、祖大寿等人赴援锦州，在城外与后金军队大战。双方各有死伤。后金军队攻锦州不下，只好撤兵，途中毁大凌河、小凌河二城。这一次战斗，虽称大捷，但袁崇焕却被魏忠贤的亲信们弹劾，说他不敢遣宁远城内的精兵救锦州，是“暮气”，也就是老气沉沉、没有勇气的意思。袁崇焕在魏忠贤的排挤下，终于无法立足了，遂向朝廷请求辞职。当年七月，袁崇焕辞官。
取而代之的是王之臣。王之臣以督师兼辽东巡抚，仍驻守宁远。这说明，袁崇焕虽然被免职，但是他从天启三年开始经营的宁远城，确实成了关外防守的重镇。
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身死蒙奇冤（1）
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天启七年十月，魏忠贤被新近即位的崇祯皇帝除去，廷臣纷纷请求重新召用袁崇焕。崇祯元年（1628）四月，朝廷任命袁崇焕为兵部尚书兼右副都御史，督师蓟、辽，兼督登、莱、天津军务。七月，袁崇焕从家乡来到京城，在紫禁城的平台接受年轻的崇祯皇帝的召见，恩宠异常。谁料仅仅一年之后，即次年十二月，袁崇焕便被下狱，随后在崇祯三年（1630）八月被磔死。前后三年间，袁崇焕从威权极重的督师，沦为阶下囚，再被残忍地处以磔刑，令人不胜唏嘘。究其原委，固然有党争的背景（比较流行的说法，是阉逆余党企图借袁崇焕来除去东林党人钱龙锡），然而，他的被杀的确还有他本人所造成的伏笔：从他出任督师以后，接二连三发生了数件事情，最后合力形成他的死局。
一、五年平辽之海口。崇祯皇帝在平台召见袁崇焕时，对袁崇焕大加激赏，对他不远千里来京城赴任表示慰劳。随后，崇祯帝问袁崇焕：“边关何日可定？”崇焕回答：“臣受皇上知遇之恩，召臣于万里之外，倘皇上能给臣便宜行事之权，五年而辽东外患可平，全辽可复。”崇祯皇帝大喜过望：“你如果恢复全辽，朕也不会吝啬封赏。你努力救国，你的子孙也会享有你的福分。”在场的内阁辅臣对袁崇焕的气概表示钦佩。惟有兵科给事中许誉卿对袁崇焕的说法表示怀疑，于是趁崇祯帝在便殿休息之时问袁崇焕：“五年之期，应当是你胸中早有成算吧?”不料，袁崇焕却说：“皇上对于平辽的期望太大了，暂且以五年平辽一说来安慰圣心罢了。”许誉卿当时就叹道：“皇上英明，你岂可随便应对？将来要按期责效，那你怎么办？”
实际上，明朝在军事上对于后金已转入战略防御时期，能守住辽西的宁远、锦州数城，已属不易，而谈兴复全辽，简直是痴人说梦。后金继主皇太极励精图治，施行改革，军力国力进一步增强。对这样强大的敌人，最现实的对策应是以守为攻，徐图进取。袁崇焕对于这种战略其实深有所见。他曾说过，“守为正着，战为奇着，款为旁着”，也就是说，辽东的战事，守为上策，辅以战、和，才有望在辽东战事上获得转机。然而，面对崇祯皇帝的眷顾，袁崇焕确乎有些忘乎所以，以致于夸下“五年平辽”的海口。这样的海口，对于年轻气盛的崇祯皇帝来说，无疑是极大的鼓舞。对于袁崇焕来说，他的大话无疑是给自己立下了一道生死状。五年若能平辽，自然是将更能得到皇帝的信任。但是，如果五年不能平辽呢？恐怕结局就不妙了。一经许誉卿提醒，袁崇焕也立即对自己的失言大生悔意，于是向皇帝提了许多条件，如要求吏部、兵部、户部、工部给他充分的人、财、物的支持，要求京官们不要哓（ｘｉāｏ） 哓不止对他的军事行动妄加评价。不想，崇祯皇帝当时就一口答应，并且下敕各部如言做到。
崇祯皇帝又赐给袁崇焕尚方宝剑，同时将满桂、王之臣等边臣的尚方宝剑收回。崇祯皇帝对袁崇焕的一味依从，使袁崇焕完全没有了退路：五年平辽，即是生路；五年若不能平辽，必定是一条死路。即使这样，崇祯皇帝最后甚至连五年的时间都没有给袁崇焕。此后接二连三发生的事情，使多疑的崇祯皇帝对袁崇焕不仅失去了耐心，也起了疑心。
二、擅杀毛文龙之过。崇祯元年八月，袁崇焕单骑出关，赶赴宁远上任。他成功地处置了宁远兵变事件，杀了十几名叛兵首领，平息此事。袁崇焕凭借其在边关的经验以及皇帝的信任，很快在边关将士中取得很高威信。他着手调整宁远一带的防务，重用昔日的部下赵率教、祖大寿、何可纲等人：以赵率教镇山海关，以何可纲镇宁远，以祖大寿镇锦州。随即，袁崇焕请求皇帝撤消了辽东巡抚、登莱巡抚等职。这样，在袁崇焕的督师辖区，再无一人与他可在权力上相抗衡。不过，另一大将毛文龙因独据皮岛，相对较为独立。因此，袁崇焕对毛文龙的想法是：可用则用之，不可用则除之。
毛文龙是浙江杭州人，参军后曾为都司一职。后金军队攻陷辽阳之后，毛文龙率部攻陷鸭绿江口的镇江堡，后退守鸭绿江口之皮岛。在天启年间，皮岛相对来说是一块净土，也是朝鲜使节来明朝进贡的必经之路。在军事上，驻兵皮岛的毛文龙，一则可以联合朝鲜抗击后金，二则可以牵制后金军南下。当然，毛文龙在皮岛上的作为，确实有贪赃枉法之事，像侵吞军饷之类的事情更是常见。总体来说，毛文龙驻守皮岛，利大于弊。但是，袁崇焕既然想统一号令，就不可能长期容忍毛文龙的坐大。于是，袁崇焕请求朝廷让朝鲜使节不经皮岛，而改由觉华岛来朝贡。同时，他对毛文龙采取了经济控制的措施。这引起了毛文龙的不满。崇祯二年（1629）五月二十九日，袁崇焕以督师身份赶赴皮岛附近的双岛。次日，毛文龙从皮岛来船上谒见袁督师，袁崇焕虚意慰劳。六月初三日，袁崇焕应毛文龙之邀登上皮岛，暗示毛文龙告老还乡，但遭到毛文龙的婉拒。六月初五日，袁崇焕以十二条当斩之罪擒杀毛文龙，改编其军队。六月初九日，袁崇焕启航回宁远。
在这一事件中，袁崇焕布置周密，而且先斩后奏，看似一劳永逸地解决了毛文龙专擅的问题。但是，对于明廷来说，对于袁崇焕自己来说，其实都是一个错误。且看毛文龙的部将孔有德、耿仲明、尚可喜等人叛降后成为清廷建国功勋，就可知毛文龙乃是枭雄及其军队之善战。杀毛文龙，以致激变其部，无疑是将自己最精锐的部队之一赠与了后金。何况，驻守皮岛的明朝军队，能起着牵制后金军南下的作用。崇祯二年后金军队敢于长途奔袭京师，后方没有毛文龙的威胁也是一个重要原因。据《明史》记载，毛文龙被杀后，“帝骤闻，意殊骇。念既死，且方倚崇焕，乃优旨褒答。俄传谕暴文龙罪，以安崇焕心”。崇祯皇帝的本意，自然是不想让毛文龙死。王之臣、满桂等人的尚方宝剑可以收回，而毛文龙的尚方宝剑却不收回，也说明崇祯皇帝对于毛文龙的赏识与倚重。袁崇焕的擅杀，虽然加强了自己支配全辽战局的权力，却无疑也招致了崇祯帝的隐恨。
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身死蒙奇冤（2）
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三、救援京师之失策。崇祯二年十月，后金军队绕开锦州、宁远防区，从蓟门大举南下，进逼京师。十月下旬，后金军队到达遵化城下，距京师不过二三百里。