忍者，原本只是一种对于“忍术修炼者”的称呼，而某些自成派系的“忍术修炼者”本身就拥有众多门下弟子。这些“忍术修炼者”自己本身或门下弟子私底下就利用自己所习得的“忍术”培养了属于个人所拥有的“专属私人部队”，开始以企业化及军事化的经营理念方式管理，时而得受予金钱成为职业杀手雇佣兵，也时而受雇于政府单位部门执行敌后任务。
到后来因为政府单位以投资报酬率及投资风险的角度眼光去分析及评估，发现忍者的战略价值、任务效率以及忠诚度高于一般的间谍及杀手，所以“忍者”到后期就逐渐受到政府单位的重视，也因此开始有了属于政府官方的专属忍者部队。
“忍者”与“间谍”一样，都是属“特种作战层级”的组织。但忍者不一样的地方就是除了本质学能上要受一般的间谍基本训练外，其最为不同之处在于多了一项就是“忍术”的训练。（忍者就是拥有忍术技法之特战层级的单位所培养出来的终极战士。）任务形态更为复杂，更加不单纯，比一般间谍层次更高。这就是所谓的“忍者”。
许多人印象中总以为忍者每次出任务都是以黑衣蒙面的姿态出现，其实是受到武侠小说和电影过分夸张的“物像化”错误影响。的确，这种黑色的衣服确实是忍者出任务时经常穿著的服饰，但也是要看任务状况而定，这种黑色的衣服也并不是所谓的“忍者制服”。事实上古代日本的老百姓在工作时也经常穿著这种黑色的工作衣，那不过是一种日本古代的工作衣罢了。只是因为当忍者在暗夜人静时能方便执行任务上的隐秘需求，才特别穿著这种染黑的工作衣，而在工作衣上有特别的一些修改，以符合任务及作战上的需求。
真正的忍者在出任务时才不会像小说和电影所叙述的总是以黑衣蒙面的姿态出现，真正的忍者在出任务时通常都是化妆成各式各样的社会人士或各行各业的角色混入一般人群之中，作为自我身份的掩饰。例如乞丐、化缘和尚、技艺杂耍表演人、路边小贩、武士、浪人、修道士、江湖郎中等等不定的角色。跟现代的情报员、特务的形态是一样的。
[编辑本段]一个忍者的修炼之路
忍术在日本战国时代盛行一时是因为其极强的实用性。忍术是古代日本忍者所掌握的整套完善的间谍情报技术体系，包括有：追踪、侦察、谍报、保镖、暗杀等多方面的内容。忍者技艺超人，擅长使用剑、钩等各种兵器与飞镖等暗器；他们能飞檐走壁，在沙地上飞跑不发出一点声响；在水中屏息可长达五分钟，如用特殊器具可在水底待上一天一夜；他们善于在水面和水底搏斗，甚至能潜到船底，偷听船上人的对话……这种种的超人技能是通过非人的磨练才能习得的。
忍术的训练要求必须从小开始，凡忍者家族成员，不拘男女老幼，均须无条件的继承这一家庭职业传统（忍术训练），就忍术训练内容来看，其基本训练主要包括平衡、灵敏、力量、持久以及特殊技巧五个方面。
平衡训练：首先从走竹竿开始，至能立于滚圆竹竿上而不滑倒；将竹竿升离地面三尺左右，继续走竹竿，练到行动自如；继续增高竹竿高度，直至三四十尺高度民主，至此身不畏高，翻腾跳扎，如履平地。具备这样的平衡能力后，才能在屋顶、墙头及树木上行走如飞。
灵敏训练：训练从幼年开始，多进行灵敏素质专项训练，如跳过插满刀片的绳子，训练后期做危险障碍跑，跑步途中布满许多危险的障碍物，身法稍有不灵或反映略有不敏，即受障碍物致伤。因此，忍术的灵敏要求十分严格。
持久力训练：忍术的持久力训练分静、动两种练法。静练法：双手挂于树上，支持全身，地上则放满暗器，要求练者决不能松手跳下来，动练法，采用基本的长跑功夫，要有跑五六十里的耐力。一个优秀的忍术高手，加上跳跃，可以每日跑一百五十多里。
力量训练：忍术的力量训练力求最大限度的发挥人体的力量，采用的训练方法很多，这里不再列举。
特殊技巧训练：忍术武技中的特殊技巧训练有多种，诸如潜水屏气、徒手搏斗、剑道、暗器、化装术、药物术、施毒解毒术、听力嗅觉训练……且要有高水平的忍饥耐渴的野外生存能力。
通过这些死亡率极高毫无人性的修行，忍者从精神到肉体都实现了超人的飞越。获得了超越常人的毅力、耐力、战斗力。通过忍术的训练而幸存的忍者，个个都是一部绝对可靠的全功率战斗机器。
忍术武技要求忍者在剑术、箭术、马术、柔术、脚功、身体平衡、放毒镖等方面必须有一流的水平。但要求最高的武技还是闻名的隐身飞遁之术。隐术，其实并无真正的隐身之术，只是训练到手脚异常灵敏，纵跳奔跑能力很强，在人未发现他时，忍者便已一纵即逝了。这项在中国武技中冠以飞檐走壁称之，实是靠长期的跳、抓、登、越功夫才练出来的。由于忍术高手诡秘的行动，隐匿的行踪，人们又称忍术为“鬼术”、“无形术”。
除飞行隐身外，发放暗器亦为忍术武技之一绝。忍术暗器多为毒镖及铜币（边锋开刃），也有剑、凿等。忍术暗器应用较多，掷发淬毒的铜币是每个忍术高手的绝活。
与“飞行术”“发暗器”并称“忍术三绝”的还有“施毒解毒术”。忍术高手个个都精于此道。据载，忍术所用毒药是从矿物和动植物中提炼出来的，药力之强，足以致人死命；仅少许药量也足使人昏昏欲睡、瘫痪或暂时的精神错乱。忍术的投毒手段很多也很隐秘，匕首、飞镖及箭的尖端蘸有毒药用于暗杀；食物或饮料中掺入毒药以谋杀；使用各种有毒物品如有毒的鲜花等。忍术的解毒术通用解药，是用草药和药酒等调制而成。
被视作“杀人之术”的忍术长期以来仅为忍者组织专习，用以专事刺探情报，暗杀政敌等活动。在日本德川幕府与中国唐朝时代，间谍反间谍活动的盛行，无意也是各种忍者组织的大斗法。
在社会的发展中，已使得忍术及忍者的恐怖活动遭到世人的谴责，终于被明令取缔，忍术的活动由此完全转入地下。人们也少有所知了。近年影视作品的渲染，才使得世人再次认识到了日本这一古老而残酷的武技之花。
[编辑本段]六甲秘祝
九字源自东晋葛洪的《抱朴子》内篇卷篇登涉篇，云："祝曰：‘临兵斗者，皆数组前行，常当视之，无所不辟‘"。意思是说，常念这九个字，就可以辟除一切邪恶。东密受到我国道教的影响（使用护咒法），可是在抄录这九个字时，把"数组前行"误抄成"数组在前"或"数组在前"，而沿用至今。这九个字分别的意思是：
临（りん）身心稳定
表示临事不动容，保持不动不惑的意志，表现坚强的体魄。
结合天地灵力──────降三世三昧耶会
手印：独钴印
咒语：金刚萨埵心咒
兵（びょう）能量
表示延寿和返童的生命力。
行动快速如镖──────降三世羯摩会
手印：大金刚轮奸
咒语：降三世明王心咒
斗（とう）宇宙共鸣
勇猛果敢，遭遇困难反涌出斗志的表现。
统合一切困难──────理趣会
手印：外狮子印
咒语：金刚萨埵法身咒
者（しゃ）复原
表现自由支配自己躯体和别人躯体的力量。
万物之灵力，任我接洽─────一印会
手印：内狮子印
咒语：金刚萨埵降魔咒
皆（かい）危机感应
表现知人心、操运人心的能力。
解开一切困扰──────四印会
手印：外缚印