1989年，是马化腾考大学的那一年。那年6月的中国发生了一场政治风波。高考在7月7日至9日如期举行，但是空气里弥漫着焦躁不安的气息，几乎所有的家长都希望孩子能留在自己身边。所以那年，深圳高考考生的第一志愿大多填的是深圳大学。马化腾的高考分数是739分（满分900分），高出重点线100多分，按这个成绩本可以进北京的清华大学或上海的复旦大学。
因为深圳大学没有马化腾最感兴趣的天文系，所以，他退而求其次，进入了电子工程系的计算机专业。与他一起进这个专业的还有许晨晔和张志东。许晨晔还跟他分在了同一个寝室。这个班共有36名学生，除了一个保送生，张志东的考分最高，马化腾的成绩排第三。
据讲授计算机汇编语言课程的胡庆彬老师回忆：“马化腾这一届是深圳大学历史上最优秀的一届，生源特别好。他们这一个班，没有人挂过科——这在深圳大学之前、之后都再也没有出现过的。马化腾等人很优秀，基础好，后来做出这样的事业，我一点都不惊讶。就是不创办腾讯，他们也会成为很优秀的人才。”
黄顺珍是马化腾的大学班主任，讲授的课程是计算机操作系统，从留存至今的成绩单上可知，马化腾那门课的考试成绩是86分，黄老师给了总评88分，而张志东的总评是全班最高的92分。黄顺珍讲述了两个细节：“作为班主任，我每周要到宿舍巡视一次，每次去，都会看到马化腾在看书或者做计算机操作。他和张志东等一些同学的家庭条件好，都自己配了电脑。而其他人都在聚堆聊天或者做其他的事。有一次，马化腾交上机实验报告，在写自己名字时，搞了一点小创意，他用软件为自己的‘马’姓设计了一个奔腾形状的字体，看上去很漂亮，然后又在后面手写了‘化腾’两个字。理工科学生很少有这样的创意，这让我直到现在都印象很深。”
与马化腾同一个寝室的许晨晔回忆说：“那个时候我跟他在一起，平时就是背英文单词，早上一起跑步，绕校园跑一圈。有一段时间，他还突然对气功发生过兴趣。”
深圳大学是一所1983年才成立的大学，几乎没有什么传统，它坐落在南山半岛，校园里种植了大量荔枝树，所以也被称为“荔园”。那时，校园外是农田和几座错落筑建的农舍。马化腾和许晨晔在跑步的时候一定不会料到，20多年后，他们能有机会在校园北面建一座39层高的腾讯大厦，从位于顶层的办公室可以日日俯瞰校园，追忆已经逝去的青春。
他们的另外一个同学陈一丹则考进了化学系。在大学期间，陈一丹变得非常活跃，他竞选上了化学系的学生会主席，还是校学生会委员会副主任。毕业典礼上，他被选为毕业生代表发言。“他讲得很激昂，好像毕业就是上前线一样。”马化腾说。
从大学二年级开始，马化腾把很多精力花在了C语言的学习上。这是1972年由美国的丹尼斯·雷切尔设计发明的高级程序设计语言，它具有绘图能力强、可移植性好等优势，并具备很强的数据处理能力，是世界上最流行、使用最广泛的程序设计语言之一。在操作系统和系统使用程序以及需要对硬件进行操作的场合，C语言明显优于其他高级语言。马化腾日后对我说：“我们最终是靠C打天下的。”他还说：“在技术上，我的算法不是太强，那需要数学很强的人才可以。但是我做应用比较强，就是我知道如何把一个产品实现出来。”相对于马化腾，他的同班同学、“冬瓜”张志东则更精于算法。
马化腾在计算机上的天分，很快就显现了出来。
在大学里，对于所有学习编程的年轻人来说，公共计算机机房是较量技术的不二赛场。他们常常在一台计算机里编写一个病毒程序，将硬盘锁死，令别人无法启动，而自己则可以任意地打开，或者，有另外一个高手能够破译出别人设计的程序，这无疑是一件很酷的事情。在同学们的记忆中，马化腾是一个编写病毒程序的高手：“他经常把机房计算机的硬盘锁死，连管理员都打不开。后来只要一发生这样的情况，马化腾肯定是第一个被叫过去的‘嫌疑犯’。”
除了C语言编程之外，马化腾在技术上的另外一个强项是图形化界面的程序编写。
当时的计算机采用的是DOS程序，微软的Windows还没有进入国内，马化腾能够在DOS系统下做出类似Windows的图形化界面。“当时国内还很少有人做这样的尝试，我在书上找到一些基本元素，然后在上面不断搭建，形成了自己的图形化界面技术。”
到了大学四年级，学生们要到一家企业去毕业实习。马化腾去的是深圳黎明电脑网络有限公司，这是当时中国南方技术水平最高的计算机公司。它创办于1990年，是中国第一家以“电脑网络”命名的企业。在中国网络发展史上，它拥有4项显赫的纪录：最早的电脑网络通信系统集成公司，最早应用数字数据网络和帧中继技术的公司，最早在异步传输网络上实现图像、语音和数据综合传输应用的公司，以及中国证券电脑网络的首创者。它曾经是中国最大的电脑网络设计和主要建设单位，上海、深圳两个证券交易所的电脑自动撮合网络交易系统便是由其设计完成的。20世纪90年代中期，中国的股票市场如火如荼，成了财富聚变的巨大游戏场，黎明网络公司也因此赚得盆满钵满。
在这里，22岁的马化腾做出了他一生中第一个真正意义上的产品。
这是一个图形化界面的股票行情分析系统，马化腾加入了技术分析、函数算法，甚至还自带了一套汉字输入法。他把自己在C语言和图形化界面上的特长统统发挥了出来。为了分析股票买卖双方的心理博弈过程，他还去学习了神经元的知识，以期能预测出股票未来的走向。这是一个看上去非常实用的股票分析软件，使用者可以形象地看到股票行情的波动情况，并进行波段分析。
在当时的股票热潮中，全国出现了难以计数的炒股软件，它们都宣称自己是看得见未来的“水晶球”，马化腾的产品正是其中之一。不过，由于其采用了非常独特且图形化的设计，所以，即便是在程序员云集的黎明网络公司，仍然让人眼前一亮。公司找到这位实习生，提出要购买他的这套软件。马化腾咬咬牙，小心翼翼地开出了5万元的价格，这相当于当时大学毕业生3年的薪水，没想到，对方没有还价就一口答应了。
就这样，马化腾的大学生涯在一款软件的交易中结束了。这4年，他没有担任过任何学生干部的工作，也没有竞选过任何的协会职务。在芸芸的学生中，他只是一个长相英俊、沉默安静、偶尔喜欢在计算机机房里捣捣蛋的理科乖乖生。没有任何迹象表明，他在管理和公共事务的处理上有出众的才能。