在新战略提出之后，首先面临挑战的便是现有的组织结构。
在2001年的第一次架构调整中，公司的业务部门被切分为研发线（R线）和市场线（M线），但是随着产品类型的增加，这种模式已经变得不适应了，前线的项目越来越多，后方的研发挤成一团。刘炽平回忆说：“我那时粗粗算了一下，全公司比较重要的产品线就超过了60个，每家都对技术有适时性的需求，递交到R线之后，几乎无法安排，这已经影响到了正常运转。”在QQ秀项目中，R线与M线已被打通，实行了产品经理制，而之后的新闻门户、搜索以及网游，无一不是研发、内容与运营的重新人力组合。
因此，腾讯在2005年10月24日下发“深腾人字38号”文件，宣布进行第二次架构调整。公司的组织架构被划分为8个序列，分别由5个业务部门和3个服务支持部门组成。
B0：企业发展系统，下属国际业务部、电子商务部、战略发展部、投资并购部，负责战略、投资并购及相关业务，由首席战略投资官刘炽平兼管。
B1：无线业务系统，下属无线产品部、移动通信部、电信事业部和各地办事机构，负责与电信运营商相关的业务，负责人为刘成敏。
B2：互联网业务系统，下属互联网研发部、社区产品部和新成立的数字音乐部，负责QQ及相关业务，负责人为吴宵光。
B3：互动娱乐业务系统，下属互娱研发部、互娱运营部、渠道营销部，负责网络游戏业务，负责人为任宇昕。
B4：网络媒体业务系统，下属网站部、广告销售部、搜索产品中心，负责门户网站业务，由首席信息官许晨晔兼管。
O线：运营支持系统，下属运营支持部、系统架构部、安全中心、管理工程部、研发管理部和客服部，负责服务器、数据库及安全业务，负责人为李海翔。
R线：平台研发系统，下属即时通信产品部、深圳研发中心、广州研发中心，负责技术研发，由首席技术官张志东兼管。
S线：职能系统，下属行政、人事、财务、法律、投资者关系、内审、公关及董事会办公室，由首席行政官陈一丹兼管。
刘成敏、吴宵光、任宇昕和李海翔等人被提拔为执行副总裁。
此次调整意味着事业部制度的形成。各事业部以产品为单位，专案开发，分工运营，从此，腾讯“一分为多”“兄弟爬山，各自努力”。从业务份额的构成来看，B1和B2为最主要的收入部门，几乎占到全公司总收入的八成以上。B4的新闻门户业务在此时尚不起眼，但因战略上的意义而受重视。比较特殊的是B3系统。在2005年10月前后，腾讯的棋牌游戏用户已经超过联众，但是并没有找到真正的爆发点。在决策层看来，网游的前景值得期待，因此将之独立成军，原本属于次级单位的互动娱乐事业部被整体提拔，日后证明，这是一个成功的战略安排。
在五大业务系统之外，马化腾认为，电子商务和搜索也是腾讯必须涉足的领域，因此在2005年中期便悄悄组建团队，将之分别隶属于B0和B4系统，期待成熟之后，再行分离。
在这个架构中有一个非常微妙的安排：腾讯所有的业务基础都来自于流量，然而，在组织架构中并没有一个类似于“总参谋部”这样的机构来进行流量的统筹配置。这一职权其实被掌握在了“总办”手上。也就是说，腾讯的组织架构颇类似于“大权独揽，小权分散”的模式，各事业群的负责人在业务拓展上被授予了最大的权限，但其命脉始终由最高决策层控制。
在一次内部高管会上，马化腾谈及了调整后的管理理念，他说：“未来5年，腾讯最大的挑战就是执行力。市场怎么样，大家都看得见，但不一定都拿得住。通过完整的指标体系和组织结构保证压力的传导，通过严格考核和末位淘汰制留住好的人才，而所有这些，能把腾讯打造成一个不依赖个人精英，而是依靠体制化动力的成熟体系。”
在这部不太长的腾讯史上，2005年是一个转折性的年份，在赖以为源的无线增值业务遭遇瓶颈的危急时刻，马化腾团队进行了激进的战略调整，“在线生活”战略的提出以及第二次组织架构调整带有标志性的意义。它意味着这家由即时通信工具起家的企业，在创业7年之后，携带着数亿用户、十几亿元现金以及他们年轻的雄心，踏上了一条充满了不确定性的多元化征途。从此之后，一个陌生的、野心勃勃的腾讯悄然呈现在人们的面前，它几乎涵盖了当时所有的互联网产品形态，在每一个细分领域都蓄势待发。5个业务系统可以被看成5家独立的公司，它们如同5只“章鱼之手”，各凭其力，伸向所有的竞争对手。在此之前，没有一家中国公司或美国公司达到过那个“提供一切在线生活服务”的目的地，它看上去更像是一个不可能的任务。随后腾讯所遭遇到的种种质疑、攻击均与此有关。
为了实施“在线生活”的战略，腾讯自然进入了互联网的各个领域。而腾讯各业务系统强而有效的执行力，对业务产生了积极的推动，其“斐然成绩”不可避免地对同行产生了冲击。此时此刻，腾讯就像一个精力充沛的年轻人，活跃在互联网的各个领域。