医学内容和人体知识，曾经以“近取诸身”成为周易卦的原型之一。但周易成书以后，特别是《易传》成书以后，便以其经典哲学著作价值影响着中国的科学和文化。此时尽管有一定的临床实践，但因没有系统的理论著作，医生只能是“巧心劳力成器物”之“工”（《公羊传》），医学只是属于技艺而已。自从医生们援用《周易》的哲学思想，编著了《黄帝内经》以后，医学有了自己的理论，从众“工”中分化出来，自成体系。可以说，没有《周易》便没有中国传统医学的理论体系。《周易》对于中医学起到了树立医学观念、提供理论框架和导发辨证论治的作用，这正是《周易》对中医学的贡献，中医学理论的特色也堪为《周易》哲学特点的体现。
但是医学并非一般哲学，关于人体和疾病的理论有其自身的特点，受《周易》影响的中国传统医学，在导向其理论形成特色的同时，也产生了负面作用，主要有三点。
一是重道略器、重神略形的价值观，轻视对形质的研究。
《易传·系辞》所谓：“形而上者谓之道，形而下者谓之器。”先秦将人称为“神器”，认为人的构成包括“神”与“器”两方面内容。认为“器”是形而下的东西，是有形质之物；而比它可贵的是形而上的“道”（规律）和“神”，这种“神”才是生命的本质。《周易》认为万物感应，万物共同规律是“神道”。卦能反映天地和人事的原因就是它们有共同的“神道”，因此可以从卦中之“神道”来推测天意和人事。但这种规律又难以测知，因此“阴阳不测谓之神”。《周易》以此重视神道。《黄帝内经》也重视神而从略形。《灵枢·九针十二原》说：“粗守形，上守神。”认为神比形重要，在诊治中能把握神的医生为上工，而重视诊察形体的医生不过是粗工而已。《灵枢·五色》也说：“积神于心，以往知今。”这种论“神”完全和《易传》的论述一致。如《易传·说卦》言：“神也者，妙万物而为言者也。”观卦卦辞也说：“观天之神道，而四时不惑。圣人以神道设教，而天下服。”《周易》之重神道、轻形器的观念在医学中也相沿不废，《黄帝内经》中虽然有一定的解剖学方面知识，但仅仅作为一个基础知识，以至在后世漫长的历史时期中没有得到发展，致使中医学在人体结构方面的知识成了薄弱环节，以此造成对建立在解剖学基础上的生理知识也不可能深入和完备，只能靠气化来推理这种“精于气化而略于形迹”的医学，使对人体和疾病的深入研究带来障碍。
二是《周易》象数的先验性意识对人体规律的认识。
《周易》以象数为宇宙万物的规律。《黄帝内经》言医学的特征和方法是“法于阴阳，和于术数”，把卦象当做人体的原型，把易数当作人体的规律。脏腑的特征，是取法于卦象的特征而规定出来的，例如肝为震卦、肺为兑卦、心为离卦、肾为坎卦，故而“肝藏于左，肺藏于右，心布于表，肾治于里”，肝主东方，主升发；肺主西方，主肃降；心主南方，主火热；肾主北方，主水气，和后天八卦位象一致。这样，脏腑的特征尽可由卦象而推出。又如脾为至阴，如按复卦和垢卦之卦义，“至”为上下往复之义，故脾是阴阳升降之枢，脾当主运化，《素问·金匮真言论》以此说：“阴中之至阴，脾也。”甚至在《黄帝内经》成书以后，术数学家们也用卦象论说人体，如元代杨踽在《山居新语》中说人之形象和九窍，是因为人身为泰卦：“人中者，自此而上，眼、耳、鼻皆双窍，自此而下，口暨二便皆单窍，成一泰卦也。”
对于人体的规律，也处处向易数靠拢，或寻之于易。《春秋繁露·阴阳义》说：“天与人相副，以类合之，天人一也。”《素问·举痛论》也说：“善言天者，必有验于人。”以致《黄帝内经》讲“道在于一”（一），“阴阳应象”（二），天地人（三），四维、四时（四），五行、五运、五脏（五），六节、六气、六经、六腑（六），七日愈（七），八风、八法（八），九针、九窍，以及十二经脉、五十营等等。因“易与天地准”，所以人应易数，就是人副天数。用象数来意象人体，颠倒了正确的认识来源，机械地向易数“对号”，观察测量反倒成了应验易数的手段，阻碍了人们对人体健康客观规律的认识。
三是导致医学目标的异化。
医学的目标在于，通过对人体健康、疾病及有关因素的研究，不断提高人类的生存质量。因此，对人体结构和功能的研究是第一位的。物质世界有不同层次，有物理化学层次、生物层次、人的层次。类比方法和天人相应的思路，对于认识人体规律有一定价值，人与天地相应固然有其真理性，但天地的规律不等于人的规律，也不能代替人的规律。因此，用天地来类比人体并非恰切。不宁唯是，医学甚至把“与天地准”的卦象规律作为人体的规律则大逾其度，以此导致医学对象的异化。理当从对人体的直接研究来建立关于人体的理论，而古代医学理论家却着眼于易学推求和类比，以致关于人体结构性的研究受到冷落，分析的方法在医学中应用不多，中医外科手术虽然发展很早，但因于医学研究目标的异化和重神轻形的长期作用的结果，演至近代而落后于西医外科学，当是《周易》对于医学负面作用的结果。
到这里，我们已经从《周易》及易学源流开始，略述了易学与中医学的关系。这已经显示了，中医学乃承袭了《周易》及其哲学思想而成长起来，并走出了一条自己的发展道路。中医学以其独特的思维方式、价值观和理论模型，形成了自身的特色。这种特色是和西医学比较而论的。世界上有多种不同的医学体系，发展到当代，互相吸引融合成为中医、西医两大医学体系。从科学的一元论的公理而言、中、西两个医学体系的基本原理应该是一致的，事实也如此，例如，它们都重视预防，都强调人体的整体性，都从人体的解剖和生理入手论及疾病，临床上都先诊断、后治疗，都重视病历记载并有一套医事制度，都从自然科学和哲学中吸取新理论、新技术，都倡导高尚的医德等等，是有共性的。但由于历史条件的不同，形成了不同的医学体系。中西两种医学相比，从传统的探索重点来看，中医学偏重于功能，西医学则侧重研究器质结构；在逻辑方法上，中医擅长综合，西医以分析见优；中医重视个体特异，西医惯用群体研究；从疾病模型上，中医着眼于即时表现的证，西医追踪纵向演变的病；从研究层次上看，中医从人体联系到天地宇宙，西医则从宏观到微观；从药物上看，中医以应用天然本草为多，西医用化学、生化制品为主；从药物理论来看，中药是性味归经论，西药则是成分机制论；从信息处理和思维方式看，中医是辨证论治，西医是辨病论治；从预防医学看，中医以养生提高个人免疫为主，西医有一套优良的群体预防手段。这些差异是由于东西方思维方式、价值观、文化传统的不同所形成的。中医和中国文化圈内的其他学术都有其共同之处，例如，中医和中国画就有其一致之处。
中医学是中国的传统医学，流传至今并不断发扬，显示了她的生命力，她有特色也有不足。对于传统的东西，和文化、和民俗等一样，绝无优劣之论，其存在都有相应的合理性。我们不能以《周易》对中医学有负面作用而责之《周易》，这不是《周易》的过错。但科学发展到今天，传统也应该适应现实的需要而不断发展。各门类的互相渗透是当代科学的特点之一，传统要发展、要变化，“唯变所适”也是《周易》的核心思想，这也提示中医学在当代要不断吸收现代自然科学技术和方法，以整合或微合等多种方式，剔垢纳新，主动与当代自然科学对话，包括与当代西医学对话，以其主体性，在交流融合中消化吸收，在扬长攻短的实践中发展自己。这也是在探索《周易》文化与中医学之后给我们的启迪。
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