因为信玄非常讨厌自己国家的秘密被他人知道，所以喜欢训练忍者。他最爱驱使自己培养的忍者(他叫他们为“乱波”，“叁者”这也是武田家叫忍者的一种称呼)。“乱波”的由来是来自于甲，信，越三地的流浪无业游民，或是强盗集团把他们组织化，教以山地战还有其他的战斗技巧，于是这样就成为忍者啦。此外，“叁者”是“间见”，“见方”，还有“目付”的总称，这些人是斥候和间谍的专家。信玄派富田乡左卫门去统驭“叁者”这些忍者。
日本战国时代，各地诸侯纷纷称霸，妄图统一日本，取代天皇。武田信玄打赢多场重大战役，武田家一度强大无比，当然也结下无数仇敌。武田信玄之弟武田信廉无意中发现了一个盗贼相貌与其兄酷似，于是将其留在了身边，作为替身使用——日本的传统称之为“影子武士”。这也是利比亚的卡扎菲一直不死的原因。接下来武田信玄与织田信长-德川家康联军作战，传说他不幸阵亡，实际是酒色过度，因病而死。但是他的儿子不成大器，于是武田信廉决定让“影子武士”上战场，他从旁进行辅助和支持，争取时间，让武田信玄的儿子取得统治经验，变得成熟以后再把政权交给他。“影子武士”从贼性未改到被武田信廉的大义之举所感动，尽心尽力。
在平安时代时，由于武士阶级兴起，在山中伏击的兵法就由武士去发展。在源平时代，学会在山中伏击的源义经成功的使用了山中伏击的技巧，完成了攻击面战法的理论。在南北朝时代，楠木正成发展出防御面的兵法，在此同时，忍术跟武术才分开成不同的系统。
[编辑本段]忍术的流派和教科书
在战国时代，忍术开始有长足的进步，因为这个时代非常需要忍术，武术和兵法。但是和兵法，武术不同的是，忍术有他的独特性。忍术发达的地区有以下几处忍术的流派也就是用以下的地名当作流派的名称：
武藏，甲斐，越后，信浓，等四州
伊贺，甲贺，纪伊，等叁州
其中后叁州的忍术在日本是最为发达的。
伊贺与甲贺离京都很近，地势都属于重山险阻围绕的封闭小盆地。虽然贫瘠，但是在战略上的位置却是十分的重要：因为它们靠近日本的中央近畿地带。在战国时代在伊贺与甲贺的弹丸之地上先后崛起了六十多家土豪（每家的最大兵力不超过50个人，按中国的算法他们充其量就是小股的土匪武装而已）。地盘虽小，这里的竞争却是是超乎外人想像的激烈。土豪们彼此虚情假意的结盟，暗中互相刺探一旦抓住机会就予以对手无情的打击。这两块充满了残忍、狡诈的血腥山地逐渐演化成忍术发展的大本营。伊贺跟甲贺对忍者事业的最大贡献就是对忍术的理论基础和技能作出了系统化，编出了一本忍者的修炼宝典——《万川集海》。虽然流派不同，忍者们修练的经典都是《万川集海》这本书，这本书的内容就是教导忍者如何施行忍术的一切理论基础与技能指导。
在德川家族第四代将军德川家纲时代的延宝4年（1676年），甲贺的隐士藤林保武结合中国和日本历代名将的思想与武学精华，参照《六韬》和《孙子兵法》的内容写成了集忍道、忍术、忍器于一体的忍者究极修行指南。并参照中国古籍《文选·左思·吴都赋》中的"百川派别，归海而汇"思想，将书命名为《万川集海》。正如书名所示《万川集海》就是海纳百川取各流派精髓的意思。
《万川集海》由正心、将知、阴忍、阳忍、天时、忍器六部分组成。此书成为了后来忍者修行的必读教材。《六韬》和《孙子兵法》是对《万川集海》及忍术整体发展影响较深的两部古代著作，由此也可以看出，这些中国古代的军事武学思想为以后日本忍术的发展壮大奠定了充实的理论基础，这是忍术最早的确源于中国的明证，可以说《万川集海》是日本人学习中国古代军事精华和密术玄学修炼之道后的概括总结。
[编辑本段]忍术的理论由来
忍者的出身多半来自农民，而不是出身高贵的武士。忍术的山中伏击技巧、来自住在大和、吉野、鞍马、根来、伊贺的山地战经验。京都则是忍术中使用的法术(阴阳道)发祥地、因为不远处有比高野等佛教密宗的本山。忍术的武芸面来自柳生流剑派、宝藏院流枪术。
[编辑本段]中国、韩国的移民与忍者
因为中国政权的更迭，新的朝代建立了，原来皇帝的忠臣无法在中国生存，于是移民到与中国有2000多年交往的日本定居。这些人在日本的社会地位很低，只能从事一些例如制造陶器，盔甲，服装之类的日本人不愿意从事的手工业。这些人被称为部落民，以明朝时人最多。部落，也就是后来日本侵略中国时实行无人区时对关押中国人的“人圈”的日本名称。这些明朝移民通常都定居京都，然后也有些人就搬到附近的伊贺或甲贺去工作。此外，他们还使用一些他们带来的科技，例如火药，所以这里是日本很早就有的火药制造地。其他的工艺人也在此生根，例如制造工艺品的师傅，耍玩偶的师傅……各种艺人都来啦……因此造成伊贺，甲贺地区有许多这样的人，造成日后忍者可以以许多民间卖艺工艺身份的技能去从事谍报工作。
此外，还有一些朝鲜人也和中国人一样受到这种待遇。这里的异民族和归化人(外地人落籍日本，变成日本人，改姓日本姓氏)很多。
例如德川幕府初期，因为服部半藏跟随家康工作，就有许多伊贺、甲贺的人跟着服部搬到江户去住。笄町，就是伊贺、甲贺町的转化。在那里还留有半藏门(服部半藏住过的老房子)的地名。据说服部半藏就是转化人。他的家族本是中国人，姓秦，后来因为定居日本，为了跟当地合从而为一，就改了个日本姓，改姓服部，从此服部一家就从此诞生。
因为当时日本战争极为激烈，迫切需要情报，可是所谓正统的武士是不会去从事这种偷偷摸摸的行为的，日本武士认为，这种吃苦受累没面子的事情应当由那些下等人去干。而且，当时的日本武术只适合两个人互相约定站好了砍对方的脑袋，就是现在大家可以看到的日本剑道练习的方式，那种山中伏击、在各种地形下进行的不拘一格的战斗也不适合他们。重要的是，日本人也没有那种随机应变的才能，所以，这种特别的工作就由当时日本社会最下层的人来干。
[编辑本段]这才是日本忍者的真面目
由日本人组成的忍者部队也有一支。有个叫羽柴秀吉的家伙。在无路可走时，曾经投靠蜂须贺小六，在他家里吃白饭。蜂须贺小六是在美浓地区活跃的“夜盗”(强盗，好听一点叫做野武士，没有找到雇用他们的主子的军队，难听一点就说是趁着夜色出没抢钱的山大王)。反正干强盗集团的人通常不穷，所以也就可以好客让一些没饭吃的人投靠他，到他家吃饭。后来这些人因为帮助秀吉攻占了墨股城，所以化为官军，总算洗脱强盗污名，可是由于信长非常讨厌军纪差的烂军队，所以蜂须贺小六从此跟他的强盗集团再也不干杀人越货的事情，可是他们在强盗时期所训练出来的一身偷鸡摸狗好本领却成为当忍者的好条件，于是那些人就转为当成羽柴秀吉军队的忍者。而且在各大战役都有杰出的表现。
这个羽柴秀吉接下来统一日本有功，被日本天皇授予“太合”的官职，即皇帝的辅佐。并且赐姓丰臣，所以他后来在历史上的名字叫做丰臣秀吉。
忍术的武功来自柳生流剑派、宝藏院流枪术。但是，忍者对这些武功做了很大改进，使它们成为短刀短枪的用法，以便适合在狭窄的场所作战。
[编辑本段]忍者五道
成功的忍者要善于将自己和外界环境合二为一，动静结合地完成任务。所以他们讲究通过食、香、药、气、体这忍者五道来完成日常的修行和锻炼。