故事发生在30多年前……
那个年代，明月村可不像现在一样，家家户户能有口饱饭吃就是天大的恩惠了，公社取消后，村民的吃饭问题就更加困难了。
明月村又是个小渔村，没啥土地能够耕种，加上三面环山，交通也不方便，只能靠海吃海，勉强的活着。
有一年，一家外商投资的生物制药厂，来人对明月村进行了考察。觉得这里封闭的环境和未受污染的海洋环境，很适合建造一所海洋生物实验室。
于是制药厂代表就找到了村长，村支书提出准备在明月村租一块地皮，建造实验室。村长那时候正为村民吃饱饭，不被饿死焦头烂额着，见到自己送上门的好事，欣喜不已，直接拍板同意。
村长召开村民大会后，很轻易的就把这个事情定了下来，那个年代只要谁给一口饭吃，没人会管制药厂会干什么，别说是造实验室，就算造飞机大炮都不会有人反对。
制药厂在市里取得建造实验室的批文后，对明月村再次进行了考察后，最终选定了明月村后山上，山神庙那块地。和村里谈好价格后，很快工程队就入住了后山。
看到建造实验室需要数量不少的农民工，村里找到了制药厂，请求直接雇佣村里的村民，说只要包三餐，再给几个钱就成。制药厂合计了一下，觉得这样还是很划算的，能省不少费用，就点头同意了。
工程开工后，村里出了三十多名壮劳力到工地上做工，因为人多了，吃饭是个问题，于是村里就找了几个家里困难的大姑娘，小媳妇去工地帮忙做饭。
工程进行了大半个月，进度一直上不去，制药厂认为可能是村里的农民工为了多赚点钱，故意消极怠工，就指派了厂里的保安队长去工地监工。
保安队长到达工地后，发现并不是村民消极怠工，而是他们没做过工程工作，技术上不熟练导致的。他向制药厂领导汇报后，厂领导找到了村长，对他说准备换人。
村长就是不同意，表示如果制药厂把村民解雇了，他们就不让实验室继续开工。制药厂无奈，只能同意村长，答应不换工人，不过要保安队长继续留在工地监工。村长对有没有监工无所谓，只要不把村民换下来他就满意了，也就答应了制药厂的要求。
保安队长回到工地后，渐渐地适应了监工的工作。因为他身份比较特殊，村长怕他打小报告，为了巴结他，就从给工人做饭的女人中挑了一名手脚勤快的小姑娘，单独负责保安队长的饮食。
一来二去，保安队长就和给他做饭的姑娘熟络起来。做饭姑娘那一年刚满18岁，长得也十分干净，没有一般村姑身上的土气。特别是她一双眼睛，清澈的就像一潭清水一样，久而久之，保安队长发现自己爱上她了。
一年后，实验室建造完成，工程队各色人员陆陆续续都返回了市里，保安队长为了留在做饭姑娘身边，就像制药厂提出申请，就在实验室担任保安。制药厂可能觉得实验室确实需要保安，保安队长又在当地生活了一年，就批复同意了他的申请。
实验室建成后，很快各类设备和各色专家就入住进去。年代的交通可不像现在那么方便，于是制药厂向实验室的员工提出，如果不想每天辛苦的往返市里，可以给予一定补贴，在村里租住。
保安队长知道这项政策后，与为数不多的几名实验人员，选择在村里租住房子。
那个年代的爱情不像现在这样浮躁，更多的是精神层面上的。保安队长和做饭姑娘虽然彼此相爱，却一直没有走出那一步。
直到实验室落成后的第二年，才由村长作为结婚介绍人，他们走到了一起。
可是婚后两年年，他们两个一直没能要上孩子，保安队长倒是很豁达，说做饭姑娘年纪还小，过几年再看看情况。
不过做饭姑娘不愿意，认为没有做过母亲的女人是不完整的，催促保安队长去医院检查，保安队长犟不过做饭姑娘，无奈回到市里做了体检，不过体检报告显示他一切正常。
回到家里，保安队长不敢对做饭姑娘说，怕她知道是自己的原因难过，一直用各种理由推诿。不过毕竟是夫妻，做饭姑娘还是看出了端倪，不停的逼问保安队长。
保安队长无奈，只能告诉了做饭姑娘实情，知道真相后，做饭姑娘往后的日子一直魂不守舍，浑浑噩噩。
保安队长不忍看到做饭姑娘日渐憔悴，想到了在实验室做研究员的好友，同好友诉说后，他惊喜的得知实验室有一项生物基因实验，可能会解决他的问题。不过实验还不成熟，有一定风险，让他自己考虑清楚。
告别好友后，保安队长怀着忐忑的心情，将这件事告诉了做饭姑娘，并告诉了她风险。不过做饭姑娘已经顾不上这些了，她只想要一个自己和保安队长的孩子。
后来经过好友的帮助，做饭姑娘很快怀上了孩子。奇怪的是并没有经过十月怀胎，短短4个月后，做饭姑娘就生下了一个女婴。女婴很健康，没有一点早产的迹象，不过在女婴脖子两边却长了像鱼一样的鳃。
保安队长很害怕，尝试着劝说做饭姑娘把女婴丢掉，但是做饭姑娘不肯答应，说这是从她身上掉下来的肉，是她的女儿，一定要把她养大。
保安队长无法劝服做饭姑娘，加上这个女婴有确实是他和做饭姑娘的骨肉，也就无奈的同意了。随即辞掉了在实验室的工作，安心和妻女过起了日子。
转眼5年后，女婴除了脖子两边的鳃，其他地方和孩子没有任何区别，甚至比一般孩子更为聪明，加上女孩长着一头海蓝色的长发和碧蓝色的眼睛，五官也继承了做饭姑娘的优点，长得十分好看。
女孩虽然与众不同，但是善良的村民很快就接受了她，并没有因为她与别人不一样而歧视她，并按照她的容貌，给她起了个昵称叫“海的女儿”。
见女孩被村民接受，又十分乖巧懂事，保安队长的心渐渐放下，心想就这么和老婆孩子在这个平静的小村里终老而去。
但是，任何美好的都是短暂的，在女儿7岁的时候，实验室出了一件骇人听闻的事故。
由于实验操作失误，实验室里的实验体发生了暴动！十几具实验体冲出了牢笼，对实验室里的实验人员展开了血腥残暴的杀戮，短短几个小时，实验室里已经没几个活人了。
几天之后，实验室里的尸体已经差不多被实验体啃食殆尽。没有了食物来源，实验体开始尝试着潜入村庄，对村民养殖的牲口下手。
村民很快发现了牲口的失踪，但是一直没找到凶手，就开始认为是山中的野兽所为。
但是实验体很快就不满足只吞噬牲口，相比牲口的味道，它们更喜欢人肉的味道。
渐渐地开始有第一只实验体，趁着夜色袭击村民，有了第一只，很快就有了第二只…第三只……
村中失踪人口不断地增加，引起了村民的恐慌。经过守夜跟踪，发现每当半夜就有怪物从实验室里跑出来，幽灵般的游荡在村子里找寻猎物。
愤怒的村民发现事情出在实验室后，马上联系了制药厂。这时制药厂也有快半个月没有和实验室取得联系了，也曾两次派人前往调查，却都一去不复返。
正当制药厂准备派遣第三批调查员的时候，从村民的电话中得知了实验室的情况，发现情况已经十分严重，立刻托关系联系了当地派出所赶往实验室。
当制药厂人员和派出所民警到达实验室后，被眼前那惨绝人寰的一幕深深地震惊了。经过一番激战，派出所和制药厂人员伤亡惨重，被激怒的实验体往小村驱赶。
实验体进去村庄后，因为暴怒，开始对所有活着的生物进行屠杀。村民们和制药厂一群人，很快被疯狂的实验体包围在海边沙滩。
眼看活命无望，这时保安队长的女儿突然走出人群，对着实验体发出一阵尖叫。说来奇怪，实验体听到保安女儿的尖叫后，突破纷纷倒地，七窍流血而亡。
村民得救后，非常感激保安队长一家，同时也勒令制药厂赶快收拾残局。于是制药厂一群人，很快带着实验体的尸体和伤员离开了小村。
就在事情平息后的第二周，制药厂的人在保安队长朋友的带领下，伙同一群民警冲进了保安队长的家中，想要带走他和做饭姑娘的女儿。
保安队长和做饭姑娘誓死不从，在保护女儿的过程中，做饭姑娘不幸被制药厂的一名员工击中头部，当场身亡。
保安队长虽然伤心欲绝，但是为了保护女儿，只能忍住情伤，抱着女儿冲出了房子。村民很快发觉了被制药厂一群人追赶的两父女。因为感恩这一家的救命恩情，纷纷奋不顾身的扑向制药厂的一群人。
在追逐过程中，不知不觉保安队长带着女儿，再一次来到了被当初实验体包围着的沙滩。
经过一番争斗，保安队长不幸被制药厂的一群人按到在地，手无寸铁的村民无法从全副武装的民警和制药厂人员手中救出保安队长，只能无奈的围着众人，不让他们再去抓捕保安队长的女儿。
保安队长的女儿惊慌失措的爬到了靠海的一块礁石上，看着伤心欲绝的父亲和悲痛的村民，凄惨的一笑，纵身跳了下去。
制药厂一群人眼见消失在海水中的女孩，只得无奈的带着众人离开了小村。
过了不久，市里就来了领导，对小村下了封口令，不允许再谈论关于制药厂实验室的事情，如果发现严惩不贷。
又过了一段时间，那家制药厂就莫名其妙的倒闭了。从此以后，人们就渐渐淡忘了那名救活他们性命，被他们称为“海的女儿”的小女孩。