杨文干事件之后，李建成更是视李世民如眼中钉肉中刺，千方百计要致他于死命，李世民也是见招拆招，处处提防。
杨文干事件使李渊大受伤害，回到长安便广纳美女，李建成、李元吉利用出人禁宫之便，大力贿赂后宫嫔妃，让她们说自己好话说李世民坏话。
李渊看三个儿子越闹越不像话，就命令李世民住进了承乾殿、李元吉住进了武德殿李渊寝宫的后院，让兄弟三人就在眼皮子底下。这并没有缓和三兄弟的关系。
后宫嫔妃又因为这些年李世民从来不向她们贿赂，她们提的要求，李世民也都是公事公办，现在三兄弟都在禁宫之中，李建成、李元吉深受欢迎，而对李世民则敬而远之。
李建成又私自招募勇士两千多人，称为长林兵，有秘密从罗艺那里借来了三百幽云精锐骑兵，驻扎在太子府各个坊市内。
时间很快来到了626年。这一年突厥三万人寇边，突入长城包围了边城乌城。李建成向李渊建言道：“儿臣推荐三弟统兵出征。”
李渊很快就同意了李建成的建议，命令齐王李元吉替代李世民统领各路军马北征，命令尉迟恭、程咬金、段志轩、秦琼等人一同出征，秦王府的精锐也被抽调一空。同时，为了缓和三个儿子的矛盾，李渊给高不二去了信，让他来长安一趟。
出征前，李建成对李元吉道：“现在你已经得到了秦王府大将、精兵六万，后日出征时，我和秦王为你饯行，到时候你见机行事，趁机杀了李世民。到时候就给父皇说他暴病而亡，今晚上我会请他过府宴饮，席间我会命人在他酒水里做些手脚。”
李元吉点头应允，目漏凶光道：“只要李世民一死，天策府兵马群龙无首，到时候再逼迫父皇将大位传给你，这样天下就大定了。”
谁知道李世民早就买通了太子府率更丞王智，李建成两人的话被王智听了个正着，于是就告诉了李世民。
天策府众将听李世民一说，立马大怒，纷纷劝谏李世民先下手为强。
李世民道：“手足相残，自古就是十恶不赦的大罪，我也知道祸事即将到来，但是我也不忍心先下手杀掉他们，还是等他们动手再说吧。”
长孙无忌道：“那今天晚上去太子府宴饮还去吗？”
“当然去，不然惊扰到他们，会让他们提前发难，我们反而被动。”
秦琼道：“到时候我和敬德陪您一起去。”
长孙无忌道：“锁子软甲也要穿上，我和段志轩带领人马在府外接应，以防不测。”
李世民都一一应允。
李世民带着秦琼、尉迟恭来到太子府，李元吉也在，三人叙说着家常话，气氛融洽，很快宴饮结束，李世民回到秦王府，立马就感觉不适，拉肚子。找来郎中一看，还是中毒了，不过是一种慢性毒药，两日后才会发作，所幸中毒不深，还有得救。
在鬼门关走了一遭，李世民深感自己与两位兄弟断无和好的可能，于是立马就下定决心准备擒杀他们。
李渊入主皇宫后，出于对高不二的信任，充任进军的都是段志轩所率领的玄甲军，李世民命令明日段志轩带兵埋伏在玄武门，趁着明天早朝擒杀他们两人。
李世民当天晚上就进宫面见李渊，奏明了兄弟相害的事情，李渊看天色已晚，安抚了李世民，让他回去，待明日早朝，当殿问个明白。
这事情被李渊的妃子张婕妤暗中告诉了李建成，李建成立即找来李元吉商议对策，李元吉道：“既然已经露了马脚，那干脆一不做二不休，你带着太子卫帅，我带着亲军，咱们有三四千人，明天进宫控制住父皇，再派人替换玄武门守军，等李世民早朝立马擒拿他。”
李建成立马同意。
第二天一早，李世民带着长孙无忌、尉迟恭、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程咬金、秦琼、段志轩、屈突通、张士贵等人入朝，并在玄武门埋下伏兵。
李建成、李元吉二人还不知情，也带着兵马一起入朝。
皇宫内李渊也早早将裴寂、萧瑀、陈叔达等人召集前来，准备当朝查验李建成给李世民下毒这件事情。
三兄弟来到玄武门，李建成就感觉了不同，今日玄武门守军比平时多出三四倍，足有三四千人，于是大声怒斥：“段志轩，你要造反吗？竟敢擅自增派皇宫守卫。”于是命人擒拿段志轩，趁乱，李元吉朝着李世民舍了一剑。
李世民一见他们动手，于是立马命令属下大将出手，玄甲军以平乱为由很快加入战斗，很快，李建成的人马便被控制，李建成、李元吉也被秦琼、尉迟恭擒下。
李世民对着二人道：“你我本是同胞兄弟，何苦数次死逼。”
李建成道：“你我彼此彼此，成王败寇，要杀要刮随你。”
李元吉哭道：“二哥，我是无辜的，都是大哥让我这么做的，求二哥原谅我，我要见父皇。”
李建成道：“求他作甚。”
李世民对李元吉道：“刚才朝我射冷箭也没见你心慈手软。”朝着众将使个眼色，削了二人首级，之后李世民便去朝见李渊。