第二个疑点是具有中国特色的许多事物在游记中只字未提，如长城、筷子、茶叶、中医、汉字、印刷术、妇女缠足、鸬鹚捕鱼等等。而这些事物在同一时期的波斯商人的游记中以及1792年英国马噶尔尼访华回国后的游记中都有记载。西方人对这些中国事物特点感兴趣。肯定论者则指出元长城年久失修破败不堪，土木结构的废墟远比不上明清长城砖石结构那样醒目，没有引起马可.波罗的足够重视是正常的。没有提到茶叶是因为蒙古人不喜饮茶；没有提到汉字书法和印刷术是因为马可.波罗不认识汉字；没有提到筷子、缠足、鸬鹚捕鱼等是因为17年来马可.波罗坚持用刀叉，没见过筷子；而且17年来他从没见过任何一个缠足的妇女，更没有出海捕过鱼。《马可.波罗行纪》也许有过它们的记载，但成书后经过无数人传抄，也许是传抄中的失误，或者原稿散失，没有保存下来。
捏造史实是第三大疑点。马可.波罗自称蒙古大军久攻襄阳不下，是他献上了威力巨大的抛石机迫使襄阳守将投降的。而事实是1273年蒙军攻襄阳时，马可.波罗还在去中国的路上；献抛石机的不是他，而是波斯的亦思玛因和阿老瓦丁。除此之外，游记还捏造了其他史实。书中史实错误的还有将李松寿之乱的时间整整推后十年，把成吉思汗的病死说成是膝上中箭而死，将传说中的非洲的祭司王约翰嫁接成为忽必烈外孙阔里吉思的祖父，而记载的脱脱被那海打败的事居然发生在他回国之后。肯定论者认为这是后人传抄游记时随意添加的，因为原稿极可能已经丢失了。作为中世纪的基督徒，马可.波罗不可能不对中国的宗教情况进行观察。游记中就记载了镇江的基督教堂和一些"可疑的"、"战战兢兢、躲躲闪闪"的基督徒。怀疑论者指出元朝迫害基督徒没有史料证明。肯定论者认为马可.波罗看到的其实是摩尼教徒，因为该教被元朝政府认为是邪教，不敢公开活动。怀疑论者又指出中国人把摩尼教看作邪教是元朝末年的事，蒙元初期政府对各种宗教采取优容的态度，对各教一视同仁。忽必烈本人就说："世上常奉预言人，我都致敬礼。"因此摩尼教徒在宽松的宗教氛围中，根本用不着"战战兢兢、躲躲闪闪"。
最后，《马可.波罗行纪》中的许多中国地名用的都是波斯名称。马可.波罗自称懂蒙古语和汉语，游记原稿是用法文写成的。为什么书中名称偏偏采用波斯语呢？有人据此认为马可.波罗只到过中亚的伊斯兰国家。当时来往的商人们以波斯人居多，恰好证明游记内容是听来的。肯定论者认为马可.波罗属于元朝规定的"色目人"，在元朝打交道也是被视149 作色目贵族。所以他不知道中国的很多名称的汉文叫法，只知道波斯语叫法。
马可.波罗东方之行还有其他的一些疑点。比如书中几乎很少提到马可.波罗的父亲和叔父，也从未提到过家族的生意，未提到过在中国的任何经商活动。经商世家出身的三人为什么在中国没有商业活动呢？再比如马可.波罗回国时携带的财宝没有任何中国特产。威尼斯珍宝馆收藏的马可.波罗罐其实是十四世纪的德化白瓷，他带回的其他宝石都是波斯的特产。
1999年，美国组成一个科学考察队，重走当年马可.波罗三人走过的道路。考察队使用现代交通工具代步，然而旅程同样十分艰辛。考察结束后，10位考察队员和22位提供后援的专家们一致认为，马可.波罗通过这条路来中国"简直是难以想象的"。考察全程网上直播，一万名原本对马可.波罗东方之行深信不疑的网民看过直播后举行投票。65%的人从肯定论者转变为了怀疑论者。
肯定论者手中最大的法宝是：《马可.波罗行纪》所记载的若干内容不是亲身经历是不可能知道得那样详细具体的。比如《马可.波罗游记》关于杭州的记载说杭州当时称行在，商业兴隆，有12种行业，每种行业有12000户；城中有一个大湖（即西湖），周围达30英里，风景优美。这些记载在《临安志》和《梦粱录》等古籍中得到了印证。比如马可.波罗提到苏州的桥很多，还提到了卢沟桥等，记载都相当地详细、具体。这些内容在当时东西隔绝的情况下是不可能从道听途说中得到的。
1324年，70岁的马可.波罗去世，葬在威尼斯的圣.多雷兹教堂。
马可.波罗是一个时代的象征。《马可.波罗行纪》直接或间接地开辟了中西方直接联系和接触的新时代，也给中世纪的欧洲带来了新世纪的曙光。马可.波罗把中国描述成极富裕的地方，激起了欧洲人对东方的热烈向往。书中的内容，使每一个读过这本书的人都无限神往。对以后新航路的开辟产生了巨大的影响。事实已经证实，《马可.波罗行纪》给这个世界带来了巨大的影响，其积极的作用是不可抹杀的。
国学大师钱穆的回答也许代表了中国人对马可.波罗之行普遍的想法和观点。钱穆说他"宁愿"相信他真的到过中国，因为他对马可.波罗怀150 有一种"温情的敬意"。