1931年3月初，宋教仁抵达上海，接到袁世凯发出的“即日赴京，商决要政”的急电。3月20日晚上10时，宋教仁乘火车去北京。当时宋教仁与送行的黄兴、于右任、廖仲恺等人一一握别，正要上火车时，突然被冷枪击中，连中三枪，经抢救无效，于22日凌晨与世长辞，年仅32岁。此案一时震惊中外，史称“民国第一案”。孙中山挽联称宋教仁：“作公民保障，谁非后死者；为宪法流血，公真第一人”。
那么，到底是谁杀害了宋教仁，凶手又是怎样的结局呢？
1882年，天资聪颖的宋教仁在桃源县上坊村出生了。他6岁时就入了私塾，17岁进入桃源漳江书院。1902年，他以优异的成绩考取了武昌普通中学堂，并于第二年入学。“九省通衢”的武汉向他展现了一片宽阔精彩的新天地。由吴禄贞等人组织的革命团体在武昌花园山的聚会深深吸引了他。在这里，他常与同学田桐、吴昆等人议论时政，畅谈革命。就是在这时，他下定了决心要走反清的革命道路。
宋教仁在武昌结识了一位著名革命者--黄兴，两人从此成为至死不渝的挚友。黄兴因激烈的反清言论被驱逐出武昌，回到长沙。不久，宋教仁也回到湖南，为成立革命团体到长沙、常德一带做联络工作。
11月4日，宋教仁以赴黄兴30岁寿宴为名，与黄兴、刘揆一、陈天华、章士钊等在长沙黄宅筹创华兴会。1904年，华兴会在长沙正式成立，黄兴为会长，宋被选为副会长。该会的宗旨就是我们耳熟能详的“驱除鞑虏，恢复中华”。
同盟会于1905年成立，宋教仁被推为司法部检事长，代黄兴任过庶务长，主持本部工作。在孙中山领导的武装起义屡遭失败和同盟会东京本部因内部分歧几乎无人领导之际，宋教仁提出在“长江流域同时大举，隔断南北，使两方交通断绝，制政府命脉”的战略思想。
中国同盟会中部总会成立后，宋教仁任文事干事。中部总会在长江两岸各处设立机关，培元气，养实力，以图举事反清。宋教仁以上海《民立报》为喉舌鼓动革命。两个月后，武昌起义，全国响应，清政府土崩瓦解。
宋教仁认为，为了建立统一的民族国家，中国必须实行中央集权。为了防止中央集权可能导致的独裁，只适合实行英法式的责任内阁制，而不应实行美国式的总统制。他说：“内阁不善，则可更迭之。总统不善，则无术更迭之。如欲更之，必动摇国本。”
在筹组南京临时政府时，孙中山主张实行总统制，不设总理。宋教仁主张实行责任内阁制，应设总理。一些拥护孙中山的同盟会干部认为宋教仁主张内阁制，是因为他有当总理的野心。宋教仁并不在意，继续为民国官制建设殚精竭虑。原来的《临时政府组织大纲》规定了只设大总统，不设副总统，中央政府只设五部。宋教仁提议增设副总统，行政各部则不加限制。在宋教仁的倡导下，各省代表会议选举黎元洪为副总统，决议政府设9部。孙中山提议宋教仁出任内务总长，因多数代表反对，他只能屈就当法制局局长。
政治上的挫折并没有使宋教仁气馁。在很短的时间内，他就拟订出《修正中华民国临时政府组织大纲》、《中华民国临时政府中央行政各部及其权限》、《各部官制通则》等法规，使政府部门设官分职有章可循。蔡元培说：“民国官制，先生所创定也。”也有人说：“在民国法制建设方面，宋教仁建树多，堪称中国的杰弗逊。”
南京临时政府结束后，孙中山去职下野，热衷于铁路建设。黄兴等革命元老消极彷徨。只有宋教仁还以饱满的热情站在政治斗争的第一线，希望通过建立责任内阁维护共和制度。
7月21日，同盟会本部召开夏季大会，宋教仁当选为总务部主任干事，成为同盟会实际上的主持人。他加快了组织大党的步伐。8月25日，以同盟会为核心、联合国民公党、国民共进会、共和实进派等党派，组成中国国民党，召开成立大会。孙中山选为理事长，宋教仁以仅次于孙中山和黄兴的票数当选为理事，被孙中山委任为代理理事长。此时，孙、黄的兴趣和主要精力放在实务建设上，主持北平国民党本部的就是宋教仁。
年底，国会议员选举拉开序幕。1913年3月，国民党获压倒多数席位。宋教仁作为国民党代理理事长，自然成了责任内阁的组阁人。
面对这样一个人物，一世奸雄袁世凯岂能无动于衷。谭人凤曾一语道破个中厉害，“国民党中人物，袁之最忌者唯宋教仁”。宋教仁的行动危及了袁世凯的独裁统治，更危及了他下一步要当皇帝的梦想。
袁世凯极力拉拢宋教仁，送他西装，连尺码都非常准确，还送他交通银行五十万元的支票一本，请他自由支用，但宋教仁只略取少许（二三百元），离京南下前夕即让赵秉钧交还袁世凯，留信一封表示谢意：
绨袍之赠，感铭肺腑。长者之赐，仁何敢辞。但惠赠五十万元，实不敢受。仁退居林下，耕读自娱，有钱亦无用处。原票奉璧，伏祈鉴原。
这就是宋教仁，虽然谭人凤说他“英而不雄”，但他是一个有自己的政治人格、有操守的人，袁世凯的金钱无法收买他。他是个有热烈理想的政治家，不是为了追求高官厚禄。他是个“崭新的人”，“非一般政治人物可比”，袁世凯那一套制人术因此在他这里失去了作用。袁世凯见收买不成，便开始安排特务密切监视宋教仁的行踪。
宋教仁于1913年3月2日游杭州时所写的《登南高峰》一诗中就有“海门潮正涌，我欲挽强弓”这样的诗句，虽然是写景，抒发的却是他胸中的抱负。当时实现民主的时光已经指日可待，所以他的诗里洋溢着的是一种胜利者的喜悦。甚至临终前他还致电袁世凯寄予殷切的期望。章士钊说他是“至死不悟”。他对袁世凯所代表的中国根深蒂固的专制力量实在是认识不足。
在武汉，谭人凤曾告诫他：“责任内阁现时难望成功，劝权养晦，无急于觊觎总理。”他还告诉宋教仁，有秘密报告说会党头目应夔丞在北京直接与政府交涉，领有巨款，要他注意戒备。但是，宋认为这些都只是“杯弓蛇影之事”。
在上海，陈其美也要他提防暗杀。他还狂笑说：“只有革命党人会暗杀人，哪里还怕他们来暗杀我们呢？”许多朋友来信要他多注意安全，他都以为是谣言。3月20日，动身北上那天，他到《民立报》和记者徐血儿话别。徐血儿请他慎重防备，他还是坦然地说：“无妨。吾此行统一全局，调和南北，正正堂堂，何足畏惧，国家之事，虽有危害，仍当并力赴之。”
显然，危险已经紧紧跟随宋教仁身后，而宋教仁确实不是个有心计的人，对自己的危险全然不顾。而且，正因为宋教仁搞政治锋芒太露，党内党外都树敌太多，招忌太甚，纵是一般国人、党人，对他也不太心悦诚服。宋教仁是一位爱国者，一位有为有守的君子，并非可怕之人。只是他少年气盛，精力过人，心比天高，自命不凡，个性倔强，毫无顾忌。特别是他做起演说来，听众总是掌声如潮，欢声雷动；在政敌听来，就更感到威胁了。
1913年3月20日晚上，上海火车站依然像白天一样人来人往，一片混乱。10点45分，广播喇叭里播出通知：“11点钟开往南京的沪宁快车就要开车了，请旅客们赶快上车。”这时，从车站贵宾休息室里走出六七个人。走在中间的是国民党代理理事长宋教仁，陪同他的是黄兴、于右任、廖仲恺、吴颂华等人。这几个人既是辛亥革命推翻清朝的领袖人物，又是当前坚持制定共和宪法、实行民主政治的核心力量。他们边走边谈话，眼看就要走进检票口了，宋教仁背后突然闪出一个人，拔出手枪对准宋教仁连开三弹。第一枪射中宋教仁的右肋，斜入腹部；第二枪从黄兴身边掠过；第三枪从吴颂华胯下而过。宋教仁身子一晃，踉跄了几步，便趴倒在一张椅子上。
车站里顿时大乱，有的人吓得钻到椅子下面，有的人拼命向门外奔跑。黄兴、廖仲恺等人也慌了手脚，连忙扶住宋教仁，问他怎么了。鲜血从宋教仁的腰部直涌出来。于右任赶紧跑到车站外拦住了一辆汽车，把宋教仁送到了离车站最近的沪宁铁路医院抢救。
宋教仁被送到医院，已是半夜12点，直到第二天凌晨，德国医生才取出了宋教仁身上的子弹。子弹是从后背射入体内的，伤口离心脏很近，使宋教仁疼痛难忍，但他当时神志还很清楚。他用手把于右任的头拉到胸口，喘息地说：“吾痛甚，殆将不起，今以三事奉告：一，所有在南京、北京及东京寄存之书籍，悉捐入南京图书馆。二，我本寒家，老母尚在，如我死后，请克强与公及诸故人为我照料。三，诸公皆当勉力进行，勿以我为念，而放弃责任心。我为调和南北事费尽心力，造谣者及一班人民不知原委，每多误解，我受痛苦也是应当，死亦何悔？”
又授意黄克强代拟致袁世凯的电报一件。电文说：
北京袁大总统鉴：仁本夜乘沪宁车赴京，敬谒钧座。十时四十五分，在车站突被奸人自背后施枪，弹由腰上部入腹下部，势必至死。窃思仁自受教以来，即束身自爱，虽寡过之未获，从未结怨于私人。清政不良，起任改革，亦重人道，守公理，不敢有一毫权利之见存。今国本未固，民福不增，遽尔撒手，死有余恨。伏冀大总统开诚心，布公道，竭力保障民权，俾国会得确定不拔之宪法，则虽死之日，犹生之年。临死哀言，尚祈鉴纳。宋教仁。哿。
手术之后，宋教仁的情况依然没有好转，不断呕吐，大小便中出血严重。医生被迫进行第二次手术。21日下午，宋教仁再次被送进手术室，为防止意外，于右任亲自在手术室内监视手术进行。
一群新闻记者始终坚守在门外，直到手术完成。可是，做手术的医生很悲观，只说：“我们已经做了一切努力，其余的……要看上帝的安排了。”3月22日凌晨3时左右，宋教仁伤势转重，到4时48分终于逝世。这一年，他才32岁。
黄兴、于右任、陈其美等人悲痛地告别了自己的战友。陈其美一边哭一边用拳头捶打床沿喊叫：“此事决不甘心！决不甘心！此仇不报，我誓不为人！”
第二天，上海各大报都在显著位置刊登了宋教仁遇刺的消息。报童们在大街小巷叫喊着：“宋教仁遇害，凶手不明！”
3月23日下午，国民党上海支部为宋教仁举行了隆重的移灵仪式，将他的遗体从医院移往法租界内的湖南会馆停放。送殡的队伍长达十几里，加入送葬行列的人越来越多，许多人痛哭失声，围观的人像潮水一样涌来涌去。宋教仁的遗体被盛放在楠木灵柩中，安放在扎满花圈的马车上，在浩浩荡荡的人流护送下，到达了挂满挽联的湖南会馆。
到底是谁杀了宋教仁？直到现在，这依然是一个众说纷纭的谜。
事后经过各方追查发现，与本案有关的几个关键人物分别是：凶手武士英，失业军人；联系人应桂馨，江苏驻沪巡查长；上级联系人洪述祖，北京政府内务部秘书。除此之外，牵涉其中的还有当时的国务总理赵秉钧，以及大总统袁世凯。
应桂馨是近代上海流氓帮会头子，名夔丞。他早年混迹江湖，在上海结帮坑骗。1911年11月参与上海会党军警起义，上海光复后任沪军都督府谍报科长。孙中山就任民国临时大总统时，应桂馨随孙中山赴南京担任总统府庶务科长；后来因为他恶习不改，横蛮不法，被撤职，回到上海。
赵秉钧，字智庵，河南汝州人，1859生。1878年考秀才没考中，就投入左宗棠楚军效力，随军进驻新疆。袁世凯练兵时，赵秉钧曾随习军政，专攻侦探、警察两门，与袁世凯有一定的渊源；加之他在巡防营时，镇压义和团运动有功，也颇为袁世凯所赏识。因此，1901年，他被袁世凯委以创办巡警的重任，第二年被命担任保定巡警局总办。1903年，赵秉钧将天津、保定两处的巡警学堂合并为北洋巡警学堂，后来又在各州县设立巡警传习所，建立全省巡警网。他在天津经营警务，深得袁世凯的欢心。1912年3月，袁世凯就任临时大总统，赵秉钧便出任内务总长，并于1912年8月任代理国务总理。9月25日，赵秉钧又由代理改为实任国务总理。
洪述祖，字荫之，江苏常州人。1893年经由父亲推荐到刘铭传手下任中军参谋。辛亥革命爆发后，洪述祖得知世交赵秉钧与手握北洋军权的袁世凯打得火热，就投靠袁世凯，并为袁世凯献上先“以南压北”再“以北压南”之计，得到袁世凯的赏识。袁世凯就任中华民国大总统后，委任洪述祖为内务部秘书，并授予三等嘉禾勋章。
据章士钊后来回忆，当宋教仁遇刺的电报传到时，他正在总统府与袁世凯一起用餐。袁闻讯后，叹息说：“遯初（宋教仁的字）可惜，早知如此，何必当初？”在随后闲谈中，袁世凯意指宋案的凶手是黄兴，理由是“黄、宋争国务总理，两派大决裂为证”，惹得章士钊愤然辞出。
宋教仁遇刺消息传来时，赵秉钧正在主持内阁例会，闻听消息，大惊失色，一边绕着桌子不停转圈，一边自言自语：“人若说我打死宋教仁，岂不是我卖友，哪能算人？”赵秉钧的反应是一种表演，还是那真的只是一场意外？
直接凶手武士英只是一个兵痞，指使者应桂馨也只是上海流氓头子，真正的幕后凶手到到底会是谁呢？
一直以来，关于宋教仁的死因，有几种猜测：
赵秉钧单谋说：赵秉钧出身寒微，累迁要职，终于在袁世凯手下成为国务总理。因为嫉妒宋教仁的声望，以及为了保住自己的总理之位，便与政府内务部秘书洪述祖合谋，买凶杀害宋教仁。
袁世凯单谋说：在北京，宋教仁与赵秉钧有过多次深谈，二人颇有“虚君实相”之议，策划共同架空袁氏。袁世凯得知后，曾与人云，一面捣乱尚且应付不了，何况两面乎？所以要逐步除掉这两个人。
洪述祖单谋说：袁世凯、赵秉钧皆不知情。袁世凯有杀宋教仁的想法，但仍在“用之”与“除之”之间犹豫不决。洪述祖过度揣摩领导意图，自作主张，杀了宋教仁。
除此之外，还有宋教仁死于国民党内部派系斗争的说法。由于当时宋教仁声誉太盛，威胁到了党内其他“长辈”的地位，招致嫉恨，导致杀身之祸。
但是，照袁世凯及其手下一干人后来的表现和结局来看，此案确实是袁氏集团所犯。
“半生事业垂千古”的宋教仁，是卓有声望的民国元勋。他的被刺引起全国轰动，激起各界共愤，一致呼吁缉拿凶手，彻查背景。黄兴、陈其美代表国民党总部致函上海总巡捕房：如拿获正凶，彻清全案，准备赏银一万，以为酬劳。
俗话说：“重赏之下，必有勇夫。”3月23日午后，一个身着长袍的老头，来到四马路（今福州路）公共租界总巡捕房，求见总巡长卜罗斯。他开门见山：“鄙人王阿发，以兜售字画碑帖为生。今见悬赏缉拿刺杀宋教仁凶手的布告，不知是否拿获了凶手？”
卜罗斯照实答道：“到目前为止，尚未拿到。”
“鄙人愿提供线索。”王阿发喜形于色。
“欢迎，欢迎。”卜罗斯赶紧招呼书记官记录。
王阿发点燃一支香烟，细细道来。
事情应先从王阿发认识的应桂馨说起。应桂馨算是上海滩上的一个角色，表面挂着中华民国共进会会长和江苏省驻沪巡长的两个头衔，实际上却是帮会的头目。王阿发知道他是地方一霸，为了求得他的保护，便投其所好，凡得到有价值的古董，都先送到他处，价钱由他定，这样一来，两人渐渐近乎起来。十天前，王阿发得到郑板桥的一幅真迹，照例又送到应桂馨家里。
交易结束后，王阿发起身告辞，却被应桂馨喊住：“阿发，你看我待你怎么样？”
“好，好得很！”王阿发慌忙表现出感激涕零的样子，“没有应先生您的关照，我哪有今日？”
“阿发倒也没有忘记我的好处。”应桂馨呷了口龙井，慢条斯理地说：“我现在有件事，想请你帮个忙。”
“凡有用得着时，一定尽力。”王阿发答应过后问道：“但不知应先生所为何事？”
应桂馨取出一张照片递过来：“这个人是我的死对头，你把他杀了。枪由我给你，事成之后，给你一千大洋酬金。”
王阿发一听，颤抖着说：“我生性胆小，平时连杀鸡都不敢看，实在没有胆量杀人。再说也不会开枪，弄不好反倒误了您的大事。”
应桂馨立时面孔拉长，正要发作却又突然大笑起来：“和你开个玩笑，看把你吓得尿了裤裆，真是饭桶，哈哈哈……”事情就这样过去了。
这天午饭后，邮差送来《申报》，王阿发随手翻开，悬赏缉拿刺杀宋教仁凶手的布告一下映入眼帘，上面还有宋教仁的照片。王阿发大吃一惊：应桂馨要我杀的，不正是照片上的这个人吗？他连忙到街上探究情况，正看到巡捕人员满大街张贴悬赏布告，不禁心动：如果得到一万元赏银，足够后半辈子消受了。于是他喊了辆黄包车，直奔总巡捕房去。
送走王阿发后，卜罗斯立即部署抓捕嫌疑犯应桂馨。当晚10点钟，卜罗斯带着中西捕探，直奔应桂馨住宅。不料应桂馨的门房称，应桂馨去了青和坊妓院的相好胡翡云那里。
卜罗斯当下兵分两路，一路看守应宅，一路去青和坊妓院。到了妓院，卜罗斯命令一名便衣捕探进去查询，老鸨回话说：“应老爷与胡小姐都已去了迎春坊，在李桂玉小姐处喝酒。”
迎春坊离青和坊不远，一会儿就到了。便衣捕探装作应桂馨的道上朋友，迈着四方步进去，口中还连连咋呼：“应老爷在哪个房间？”
“应老爷在3号房间。”老鸨误以为是应桂馨的熟人，指了指楼上。便衣立即上楼，走到3号房门口，只见应桂馨这时已喝得脸似猪肝，两个妓女左右傍坐调笑。便衣咳嗽一声道：“应老爷，楼下有人要见你。”
“我去去就来。”应桂馨在李桂玉脸上拧了一把，便摇摇晃晃下了楼，嘴里喷着酒气嚷嚷，“啥人找我？半夜三更的，有什么要紧事？”他的脚刚跨下楼梯，双手即被两个早已恭候的捕探抓住，“咔嚓”一声上了手铐。卜罗斯一挥手，“先送去捕房！”
接着，卜罗斯复又带人赶到应桂馨家进去搜查，并将全家男女老少逐一盘问。应桂馨家中有一男人，长得五短身材，浓眉阔嘴，穿着崭新的西装，眼神中显出几分惊慌。大家都说他是应桂馨新近结识的朋友。此人自称是山西人，叫吴福铭，来上海脱手一对古花瓶，经人介绍认识了应桂馨，并留住在应桂馨家中。
在这以前，卜罗斯已从两个人那里得到了关于凶手身材、相貌的线索。一个是火车站售票员，她说枪响后，看见刺客狂奔逃跑，还跌了一跤，是个矮个子，两条浓黑的倒挂眉；另一个是鹿野旅馆的胡账房，他说他的房客中有个山西人武士英，原本衣衫褴褛，可3月19日半夜里醉醺醺回到旅馆，拍拍身上穿的笔挺西装，满脸得意地炫耀：“老子发财了，明天还有一桩大买卖，可得一千大洋。”次日一早，他便结账离去。
于是，卜罗斯对眼前的这名男子产生了怀疑，马上安排人把售票员与胡账房传来辨认。售票员一看就说：“开枪打宋先生的就是这个人！”胡账房也说：“他叫武士英，就是那个山西客人。”
矮个子知道瞒不过了，才承认自己就是刺杀宋教仁的杀手。他真名叫武士英，曾担任过清军管带，此次是带着盗墓而得的古董来上海出售，由此与应桂馨认识。应桂馨许诺要给他一千元赏金，让他刺杀宋教仁，还给他找了个娼妓。20日夜里，武士英开枪打死宋教仁后，便藏匿在应桂馨家中。应桂馨叫他赶紧离开上海远走高飞，可他却深陷温柔乡不可自拔，以外边搜捕正紧为借口，赖着不走。
捕探翻箱倒柜，搜遍了应桂馨家中的大小房间，从应桂馨的床下搜得5响手枪1支、子弹两发；后来经专家检验，搜出的子弹与刺杀宋教仁的属于同一型号。捕探还在应桂馨床铺的枕头下面，搜出数封来往书信，从中又发现了一个惊天秘密：刺杀宋教仁的主谋，实际上就是当朝大总统袁世凯，同谋要犯是国务总理赵秉钧和内务部秘书洪述祖。
应桂馨、武士英被捕后，被引渡给中国上海司法当局。
在黄兴、陈其美的坚持下，1913年4月25日证据被电告袁世凯、国会参众两院、国务院及全国各省军政长官，并决定由上海地方法庭开庭公审。
就在法庭公审的前一天，武士英在严密的监守之下却突然暴亡。几天后，国民党总部召开记者会，发布通告：“武士英骤然暴毙，死因不明，观其尸身、神色大有服毒之相，情节可疑，要求政府从公从速检验，以释群疑。”
在舆论的压力下，武士英的尸身被剖腹检查，发现肝、肺有瘀血积滞，并被送医院进一步化验。鉴于此案关系重大，为了防止作弊，武士英的心、肝、肺、胃、肠、脑、肾、喉管共8件，被分成3份，由公共租界巡捕房、英租界西医院、红十字会医院分别保管并化验。
由于袁世凯在暗中施加压力，并与租界当局做了一系列幕后交易，致使化验结果一拖再拖，迟迟没有公布。
黄兴于4月13日所撰的挽宋联说得最明白：
前年杀吴禄贞，去年杀张振武，今年又杀宋教仁；
你说是应桂馨，他说是洪述祖，我说确是袁世凯。
一部分国民党人主张静候法律解决，另一些国民党人主张武装讨袁。因为天机泄露，袁世凯一面使尽浑身解数掩盖真相，一面调兵遣将，准备用武力镇压南方革命力量。孙中山后来决定以武力讨伐袁世凯，史称“二次革命”。1913年6月，袁世凯的军队南下，战幕拉开。国民党被迫应战，最终因为势单力孤，讨袁军经不起袁世凯的轻轻一击，便一败涂地。孙中山、黄兴被迫流亡海外。
至此，追查宋教仁被刺一案又被战乱的洪流所淹没。然而，天网恢恢，疏而不漏。参与刺杀宋教仁的罪犯相继死于非命。
“二次革命”后，被关押在海运局兵营里的应桂馨，趁着上海大战前的动乱之机，与门徒内外应合，于7月中旬逃出囚牢，乔装打扮后去了青岛，蜗居在租界里深居简出。到11月，“二次革命”失败，国民党首脑纷纷流亡日本，应桂馨以为死对头死的死、逃的逃，他的出头之日到了，便公开在报上发出《请平反冤狱》的通电，同时还拍电报给袁世凯，要求给他补偿。可他久久不见回音，便按捺不住了，亲自赶到北京，住在同和旅馆，并给袁世凯写了一封信，报告自己已来到北京，要袁世凯履行当初“授二等勋章、奖金50万元”的诺言。信发出后，他就守在旅馆静候佳音。然而左等右等，一个多月过去了，那封信仍没有回音。
忽然有一天，有一个人来到同和旅馆，自称是总统府的。他找到应桂馨，恶声恶气地说：“大总统传话给你，赶快离开北京，以后不要再胡说八道了。这大洋两万，是大总统赐给你的。”说完丢下钱，转身走了。
应桂馨拿到钱后不但没有离开北京，反而整天招摇过市，逢人就讲刺杀宋教仁的功劳和袁世凯的奸诈无常。
应桂馨的举动当然逃不过袁世凯的耳目。袁世凯闻讯后大为惊恐，命令部下立即除掉应桂馨。应桂馨听到风声，于1914年1月18日深夜急匆匆登上火车准备逃离北京。火车行到天津杨村时，两名男子走到应桂馨面前，故意踩了他一脚。应桂馨本来就是泼皮性格，当即破口大骂起来。那两人并不答话，掏出刀子就是一顿乱扎。待到列车长接到报告赶去看时，应桂馨已身中数刀，气绝身亡。
案发后，与袁世凯、洪述祖一道谋划刺杀宋教仁的国务总理赵秉钧，被上海报刊公布了他与洪述祖和应桂馨的往来密函。舆论一致指出赵秉钧是宋案要犯，要求传令他到上海受审。上海地方检察厅发出传票，传赵秉钧到上海接受审讯。
赵秉钧大为恐惧，立即提出辞呈，随后称病躲进医院里。他对心腹说：“我此时只求免职，方可免死，不免职非死不可。”7月间，他获得批准辞去国务总理，改任步兵统领兼北京警备地域司令官，同年12月调任直隶都督。
应桂馨在火车上被暗杀于杨村地段后，由于杨村属直隶管辖，赵秉钧出于例行职责，下令查拿凶手。他猜测这很有可能是袁世凯所为，便打电话给袁世凯，先是报告应桂馨被杀的消息，末了说道：“是否要彻查，请大总统指示。”
“是我派人杀了他的，”袁世凯直言不讳，“这个人太不识时务了，留着他是个祸种。”
赵秉钧一听，顿生兔死狐悲之感，不免有几分不平，自信自己毕竟当过国务总理，于是壮着胆子说：“他为大总统九死一生，大总统这样对待他，以后谁还肯替大总统做事？”
“啪！”袁世凯就这样挂断了电话。
赵秉钧呆若木鸡，后悔说了不该说的话。
忐忑不安的赵秉钧一连几个晚上失眠，致使头晕病复发，卧床不起，于是便向袁世凯告假疗养。2月27日，一名“医生”来见赵秉钧，说：“奉大总统的命令专程来为都督治病。”随即递上一颗暗红色药丸，“这是专治头晕的，请都督马上服下，药到病除。”赵秉钧见是袁世凯派来的医生，便让他悉心治疗，依方服药。谁知吃说药以后，便觉得胸前胀闷，过了不久，药性发作，浑身疼痛，腹中更觉难熬，翻江倒海似的。赵秉钧疼得上下翻滚，连哭带号，怀疑是医生在药中做了手脚，急忙问医生何在，才知道那医生已回京城去了。赵秉钧自知中毒，是被袁世凯所害，不由得恨恨道：“罢了，罢了。”不一会儿，赵秉钧就七窍流血，四肢青黑，中剧毒而死。
赵秉钧死后，惯耍大奸伎俩的袁世凯下令拨治丧费一万元，按陆军上将礼遇下葬，并重重优恤其家属。这还不算，袁世凯还亲自书写了一副挽联--弼时盛业追皋陶，匡夏殊勋懋管萧--可笑地把赵秉钧比作古代的良臣皋陶、管仲。
刺杀宋教仁案最后一个“归案”的凶手是洪述祖。事发后他拔脚蹓往青岛，躲在德租界，剃须乔装，化名“王兰亭”，又用重金买通德国巡长，在青岛安安稳稳地过了三四年。袁世凯死后，洪述祖以为时过境迁，“宋案”已被人遗忘，从此太平了。因为向往上海滩的花天酒地，他就绕道日本南下上海，改名“张皎安”。
因为洪述祖在青岛期间曾向德商祥丰洋行借了一笔巨款，走时连招呼都没有打，洋行认定他赖债潜逃，于是追踪他到上海，与他打起了官司。在法庭上，一个国民党的密探认出张皎安就是洪述祖，便谋划设法逮住他。
1917年4月30日，洪述祖从法庭出来时，一名少年猛扑上去，紧紧抓住他哭喊：“洪述祖，还我父亲的血债！”这个少年原来就是宋教仁的儿子宋振吕，陪他守候在这里的还有国民党人刘白等人。众人一起将洪述祖扭上法庭。经核实，法庭确认他就是“宋案”的要犯洪述祖。
经过交涉引渡，洪述祖被移交到北京地方法院。几次预审后，9月7日，北京地方法院判处洪述祖无期徒刑。洪述祖不服，上诉于高等法院。高等法院维持原判，驳回上诉。洪述祖仍是不服，再向最高一级的大理院上诉。这时，宋振吕在国民党人帮助下，呈状大理院，要求重处洪述祖。洪述祖万万没有想到，企望从轻反送了小命。1919年3月27日，大理院改判洪述祖死刑。4月5日，洪述祖被押赴绞刑场。
罪魁祸首袁世凯也没有得到善终。当初，宋教仁被刺的消息传来时，袁世凯曾乐不可支，以为天衣无缝，还假惺惺地明令缉拿凶手：“车站为众目昭彰之地，竟有凶徒暗行暗杀，法纪何存，速悬重赏，限期破获，依法重惩。”宋教仁伤重不治后，他又致电慰问家属：“宋君才识卓越，服务民国，功绩尤多，知与不知，皆为悲痛，应即作正开销，以彰崇报。”不仅如此，袁世凯还以私人名义，送了一万元丧礼。不料东窗事发，举国上下都知道了刺杀宋教仁的主谋就是他袁世凯；他又利用手中权力，通过御用报章辟谣，并反咬一口，称国民党人借此诬蔑他。
宋教仁的被刺，使原本对袁世凯存有幻想的国民党人认识到，袁世凯不除，民主政治根本就无法实现。孙中山等于是发动“二次革命”讨袁，虽然因为准备不足而失败，但孙中山等革命党人受挫而不气馁，他们趁袁世凯阴谋称帝激起举国共愤的机会，又及时发动了“护国运动”。一时间，各省纷纷响应，袁世凯在军事上屡屡败退，直至众叛亲离。1916年5月29日，19个省更进一步联名逼令袁世凯退位，并要将其交送法庭，以国贼审判之，同时清算他谋害宋教仁的罪行。袁世凯天天困坐愁城，惶恐万状，以致卧病不起。到了1916年6月6日，在全国人民的一片声讨声中，袁世凯终于忧惧而死，只活了58岁。