1859年4月，洪秀全族弟洪仁玕来到天京，很快就被加封为“开朝精忠军师顶天扶朝纲干王”，洪教主让这位亲戚总理天下政军要务。
虽为书生，这位洪仁玕比起洪秀全两个土老冒哥哥强得多，在他主持下，“天朝”进而封陈玉成为“英王”，李秀成为“忠王”，蒙得恩“赞王”，李世贤“侍王”，杨辅清“辅王”，林绍璋“章王”。这些封赏，作为洪仁玕“新政”的一部分，总算能起到稳定人心的作用。
为了显示自己能力，洪仁玕呈献《资政新篇》，从政治、经济等方面多有规划，兴利除弊，很有见地，但大多属于纸上谈兵，在当时洪秀全的“太平天国”内根本行不通洪仁玕那些西洋“新事务”。而且，洪秀全对于《资政新篇》中提出的“诫杀”十分不满，亲自批示道：“斩邪留正，杀妖杀有罪，不能免也！”这位邪教头子满腔杀气，任谁也不能消减半分。但从实际上讲，洪仁玕才学，尤其是中文方面的功底，却也很寻常，这可以从他为洪秀全所拟的一封歌谣体诏书中窥见一二：
朕诏某某等知之：
天父天兄太平天，太平天国万万年。兹据玕胞恳裁定，节气平匀义更全。朕今诏明甥等，朕乃太平天子，自庚申年天父天兄下凡带朕作主，创开天国、天京、天朝、天堂，永无穷尽。朕今再诏天历，首重孝顺那（爷），七日礼拜福禄加。二月初二谢爷爷，谢爷差朕斩妖蛇。三月初三爷降节，从此万国归爷妈。正月十三哥舍命，普天铭感福山河。二月廿一哥登极，亦朕登极人间和。九月初九哥降节，亦朕降世记当初。七月廿七哥捐命，天朝代代莫忘过。每年六节注明顶头，永远如是，自辛开年一直传去千年万年万万年，永无穷尽。甥们遵诏，爷哥带朕坐江山，天历流传如循环，辛开起头传永远，永不改元诏再颁。（《金陵汇略》）
诏中“玕胞”即指洪仁玕，“甥们”指幼东王、幼西王。见此诏的太平军中读书人和天京居民，无不暗中掩口而笑。
总之，由于太平天国上层处于相对的平稳团结期，军事行动也越来越顺利。
破了江北大营，江南大营仍旧在天京眼皮子底下，太平天国的首都仍是处于清军包围之下。为此，李秀成想出“围魏救赵”之计，他自率一支大军自浦口杀向芜湖，然后与他的堂弟左军主将李世贤分别往浙江行进。连陷安吉、长兴、湖州后，李秀成留李世贤一军留守湖州一带做牵制之用，他自己提一军冒穿清军兵服，沿莫干山东麓，直向杭州杀去。
1860年3月10日，一路潜师深入，李秀成已经行至良渚。3月11日，太平军忽然出现在杭州武林门外。杭州将军瑞昌五雷轰顶一般，根本没料到太平军会鬼神一样出现在杭州城外，他即刻下令士兵关闭城门死守。
太平军并不着慌，几天内稳扎稳打，在不断进攻武林门和钱塘门的同时，攻占了南屏山的玉皇山，紧紧包围了杭州城。
像往常攻城一样，李秀成指挥太平军在清波门外的戚家园下面挖掘地道，准备潜入城墙根下塞填火药炸城。为声东击西，太平军在馒头山用各处挖掘的盛满尸体的棺木垒起无数座营盘，其中只留少数被俘居民敲锣打鼓吸引清军注意力，害得清军浪费了不少炮弹轰打空营。
清朝浙江巡抚罗遵殿文人出身，不擅布兵，只下令兵士死守。来援清军各路畏葸避战，进展缓慢。即使到达杭州附近，眼看太平军势大，就谎称道路不通，远遁躲避。
李秀成抓紧时间指挥太平军攻城。3月19日，清波门黄泥潭一带城墙被炸毁，千余名太平军将士鼓噪而入，杭州城陷。巡抚罗遵殿、盐运使缪梓以及杭州知府马昂霄等几十名方面大员和地方官员阖门自尽。杭州将军瑞昌率兵死守内城，由于太平军此次不是真想长期攻占杭州，所以内城未被攻下。
听闻杭州被攻占，咸丰帝忧愤至极，立刻下诏催促江南大营的和春和张国梁派兵去救。这一下，正中了李秀成的“调虎离山”之计。
听闻和、张二人派总兵张玉良率一万三千精兵从天京往杭州来援，清军兵势已分，3月24日，李秀成主动撤出杭州，直奔安徽，并于4月8日占据了皖南入江苏的要地建平（今郎溪）。然后，集体密议后，太平军诸将分五路，直扑天京城下。具体安排是：陈玉成自全椒南下渡江，经江宁镇杀向板桥；李秀成从溧阳、句容直杀淳化镇、紫金山；李世贤自常州、金坊杀向天京北门；杨辅清自高淳杀往秣陵关、雨花台；刘官芳自溧阳趋往高桥门。
各路军势如破竹。5月5日，天京城内外太平军十余万人里冲外杀，把得胜门至江边的清军数十座营垒尽数踏平，一上午就杀掉清军一万余人。（由于分兵四出，江南大营只有四万兵。）清将张国梁派军驰援不得进，就拆毁上方桥，准备固守城东的小水关大营。结果，太平军当夜集军猛攻，火药轰发，杀声阵阵，奋不顾身地四面杀至，江南大营第二次被太平军击垮。
这还不算完，清军江南大营统帅和春以及提督张国梁，双双身亡。
张国梁乃广东高要人，原名张嘉祥，他18岁即入天地会为乱，曾结众窜入越南等地杀人越货。后来他被广东按察使劳崇光招安，一变而成为“剿贼”干将。自隶向荣帐下后，张国梁数年苦战，由广西而湖南，由湖南而湖北，由湖北而江苏，可以说是太平军的死对头。咸丰八年时，他已经因功得授江南提督。数年之间，“大江南北诸军，贼（太平军）所畏者，唯（张）国梁一人”。江南大营溃后，张国梁自镇江驰至丹阳，纵马率军与太平军血战，身中多创，自知不免。取怀中印绶令从官逃走，向北京方向大呼“臣已尽力！”然后拍马跳入江中自杀。咸丰帝得报，总希望这员猛将不死，数月不忍议恤，但奇迹最终没有发生。清廷追赠太子太保，谥“忠武”。但是，张国梁尸身一直找寻不到。后来，李秀成被清军生擒，告称说张国梁因神勇敢战，为太平军敬服，当时礼葬于丹阳尹公桥塔下，到那时，他的遗骸才被清政府加以厚葬。
至于和春，字雨亭，满洲正黄旗人，赫舍里氏，正牌贵族出身。此人也是自广西拜上帝教起事后就跟随向荣，一路与太平军厮杀过来。向荣死后，他受诏代其为钦差大臣，督办江南军务。此人险刻自负，多与副手张国梁不睦，江南大营之失，与他指挥不力有很大关系。小水关大营被破前，有随员劝他退往镇江，他全然不知大祸临头，故作临危不乱，还脱鞋上床睡觉以装镇静。俄顷，枪炮大作，太平军喊杀阵阵，这位嗜吸鸦片的统帅竟然真的鼾声大作睡得香。幸亏其外甥以及一帮亲随将领保护，和春才在泥泞夜雨中仓惶逃得性命，但一切重要文件及奏札，丧失一空。逃至丹阳，未及喘气，太平军追兵杀到，张国梁阵亡。和春侍卫众多，拼死杀出血路奔逃至常州，半路受伤，摔得半死。心灰意冷之下，知道自己再活下去也大罪难逃，和春在浒墅关营房里以烧酒吞生鸦片，自杀身亡。清廷念他数年征战，以“血战捐躯”来算，给了他死后一个大面子，谥“忠壮”。
福兮祸兮。江南大营二次被击溃，统帅和春自杀，勇将张国梁战死，清廷似乎丧失了两根大栋梁。但是，正是和春之死，给予了曾国藩和湘军最大的历史机会！
曾国藩自他组织“湘军”抵抗太平军以来，手下军将、幕僚建功立业，但他本人的仕途一直不顺。咸丰七年春，战场上的不顺加上个人的烦恼，他以回家守丧为名，回老家湘乡呆了近一年半。这段时间内，太平军在江西的势力大幅度萎缩，瑞州、湖口、铜陵、九江等地相继克复。形势大好之下，曾国藩按捺不住大显身手的冲动，很想重新出山。此时，其好友胡林翼上折，奏请朝廷让曾国藩“夺情”视事。在骆秉章等人的附和下，清廷起复曾国藩，给他一个“钦命办理浙江军务前任兵部侍郎关防”，并未实授给他任何实职。三河大败后，湘军士气极其低落，曾国藩强自硬撑，总算熬过这道大坎，重新招兵买马，培训新兵。正当他提此新旅向福建进发时，恰值“出走”的石达开自江西、福建交界处窜向湖南，进攻宝庆府。如此一来，湘军中士气低落，人心浮动，因为有不少人的老家正是宝庆府。眼看自己手下多数为新募之兵的队伍人心惶惶，曾国藩一筹莫展。关键时刻，还是老友胡林翼出面。他说服满洲贵族、时任湖北总督的官文上奏折，希望朝廷授曾国藩为四川总督。这样一来，曾国藩便立成有实授之官的封疆大吏，又可以率军往四川兜截很可能杀入川地的石达开。清廷高层经过研究，结果，只下令让曾国藩率军入川，却不给他四川总督的职位。曾国藩郁闷至极，便以休整为名，在路上拖延行程，非常不情愿进入蜀地。恰好，石达开攻围宝庆府失败后，并未入川，而是向南方折返，曾国藩终免四川之行，继续留在东南一带对付太平军，得以进行他的“大事业”。
不仅曾国藩自己纳闷，当时和后世的人都纳闷，出于老曾手下的江忠源、胡林翼、刘长佑等人，都早于曾国藩当上了巡抚大员，为什么反而他们的老上司曾国藩一直为清廷所抑，迟迟不予实授呢？笔者忖度，曾国藩坏事就坏在他率湘军开拔之初的那份张扬的《讨粤匪檄》上，其中“卫道”（保卫孔教）意味太浓，“勤王”（为皇帝效力）之意淡然，使得满清高层对这个湖南汉人充满了疑忌。