随后，受到重创的清官府咬牙切齿，在广州城、港澳轮船和广九铁路大肆搜捕起义党人。
广州起义，经过一昼夜的激战，就这样失败了。由于起义前屡受挫折，起事仓促，大部力量未能发动，起义中又指挥不灵，这场党人寄予厚望的起义最终成了黄兴等人的一场军事冒险。
起义者有的当场牺牲，有的被捕就义，总督衙门一带尸横遍地。对革命党人恨之入骨的清政府五天后才通知广仁、方便、广济、爱育四家善堂院收尸。断头折臂、血肉模糊的烈士遗骸被堆放在咨议局门前空地上，惨不忍睹。南海、番禺（当时广州分属南、番两县）两县知事相议，叫善堂埋葬于大东门外的臭岗。
臭岗是一个专埋死刑犯的地方，那里经常草草掩埋死刑犯尸骨，臭气熏天，所以叫臭岗。
善堂的善董们心知死难者的历史分量，将烈士葬于此地，实在是一个极大侮辱，各善董不敢同意，但又慑于清政府淫威，束手无策。
这时同盟会地下会员潘达微挺身而出，他打通关节，通过好友、两广清乡督办江孔殷疏通官府，同意烈士遗骸可移葬他地。正好一位同情革命的西医愿意将他以数万重金刚买下的一块地捐出，潘达微正高兴，到交接地契时，西医的家人却坚决不允，只好作罢。
最后，广仁善堂献出了沙河马路旁的红花岗地块，潘达微将丧葬事宜交给交游甚广的堂妹夫郭伟泉操办。郭伟泉清点遗骸为七十三具，买了七十三具棺木；心疼死难同志的潘达微觉得棺木太薄，立即自己出钱要求郭伟泉重买厚棺。一家医院见状，捐献了他们储备的棺木，这些棺木虽不很好，也不太差，潘达微看过表示满意。
收殓遗骸时，因死亡时间过长，尸首腐烂发胀，尸臭扑鼻，蛆虫满地；有的尸体还被铁索锁着，二三人一束，无法装入棺材。郭伟泉加钱给工匠，才使他们用铁锤把枷锁砸掉，尸骸一一分开，洗净血迹，穿上衣服，然后入棺。
参加殓事的工匠达百余人，从上午11时一直干到下午4时。郭伟泉依靠他平日的好友帮助，负责逐一清点、辨认和登记。发现一穿蓝布衣没有白巾标志（起义者均挂白巾为标记）的尸体，引起郭伟泉的怀疑，问众人，有一工匠指证：这是清吏李某的仆佣，肯定不是革命党人。该尸首便被拉到别处。
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烈士灵柩送去安葬时，天阴微雨，天公垂泪。百余工匠抬着灵柩浩浩荡荡向红花岗进发，潘达微和郭伟泉跟在后面，挥泪凭吊。市民害怕清政府会找麻烦，不敢相送，只是远远凝望，许多人止不住眼泪。到了红花岗后，发现墓穴挖得不够深，潘达微又加钱给土匠，重新深挖后才下葬。
事后，爱好菊花的潘达微把红花岗改名为黄花岗，广州起义也由此被称为黄花岗起义。
进入民国后，经详细调查，这场战役，牺牲的烈士有姓名者为八十六人，全部殉难者估计在百人以上。
参加这次起义的都是革命党人的骨干人物，孙中山哀叹：“吾党精华，付之一炬！”
起义失败，孙中山意志不振，他说，推翻清朝看来是一场持久战，估计还要?二?十年。
为黄花岗起义遭受重大损失而悲叹的革命党人没有想到，1911年的历史大戏还没有开演。这场大戏的剧情安排是：黄花岗起义只是一场序幕，正戏还要到将近半年后发生在武昌；精心筹划的黄花岗起义在浴血奋战一昼夜后被扑灭，而突然发难的武昌起义却燃起了埋葬清王朝的熊熊大火。
历史选择了武昌。
到黄花岗起义，孙中山和同盟会发动的起义全部在南海沿岸和西南边疆进行；一一失败之后，同盟会把目光转向了中华腹地长江流域。短短的时间内，华中重镇武汉建起二十多个革命团体，他们在湖北新军中发动、吸收了大批士兵和基层军官加入。
所谓“新军”，是相对于清朝传统的八旗军和在剿灭太平天国中立下大功的湘淮军而言。八旗军早已营务废弛，腐朽不堪；而在中日甲午战争中，曾经彪悍的湘淮军在现代军队面前同样不堪一击。清廷接受德国退伍军官汉纳根的建议，以德国陆军为蓝本，重新编练军队，这就是新军。
按现代军队建制，新军的各级单位为镇、协、标、营、队、排、棚，等同于今天军队的师、旅、团、营、连、排、班。清廷拟建??? 三??? 十??? 六镇新军散布各地，结果到武昌起义时，只建成了十四个镇和十八个混成旅。
做为自己统治的最大本钱，清廷对新军寄予了厚望，虽然财政入不敷出，但新军的辎重装备及军官待遇一点也不马虎。只是清廷万万料不到，下大功夫编练的新军竟被革命党人全面渗透，成了自己的掘墓人。
清廷也知道军队人心思变，只苦于无计可施。当瑞澂接替张之洞为湖广总督时，一到任就问第八镇统制张彪：“老实说，你部队中究竟有多少革命党？”张彪也很老实地回答说：“不敢瞒大帅，大约有三分之一。”
一方面，一次次起义屡战屡败；另一方面，革命力量却如疾风烈火一样蔓延。在这时，我们知道了什么叫历史的趋势。
在武昌起义前起了重要作用的是两个团体，一个是同盟会的外围组织共进会，其在湖北的负责人是孙武；另一个的名字很“搞”，叫“文学社”，他们的章程还真的规定是以“研究文学”为宗旨，主要领导和骨干也几乎全是投笔从戎的文人，社长蒋翊武。
革命团体能纷纷组建，是因为清廷1906年宣布预备立宪，那之后言论和结社的自由度宽松了，打一个“研究文学”的幌子，就能拉起一帮人做自己真正想做的。
这两个团体在宣传革命、建立组织上都成绩斐然，却未能联合。在同盟会中部总会推动下，文学社和共进会决定消除门户之见，联合反清。
1911年初，两团体领袖见面密谈，准备起义。文学社社长蒋翊武为革命军临时总司令，共进会湖北主盟人孙武为参谋长；以文学社的机关武昌小朝街八十五号为临时总司令部，制造炸弹的秘密据点设于俄租界汉口宝善里?十?四号，孙武主持。
相对于黄花岗起义孙中山亲自筹款的宽裕，武昌起义经费来源叫人哭笑不得。先是居正和焦达峰准备去偷蕲春洗马坡达城庙的金菩萨，没有成功；然后是邹家成准备去偷他伯母的积蓄，也没有得手。
最后是这样解决的：共进会会长刘公家里给他五千两银子，叫他去北京买个官当。刘公对买官没兴趣，但对于有人建议他把这五千两白银交出来做起义经费，也不大乐意。于是几个会员骗得他亲笔抄写革命宣传品，抄好后，彭楚蕃拿到手上，威胁他如果不捐出银子，就拿这个为证向官厅告发他。刘公又好气又好笑，只好交出银子。起义前商定，胜利后成立湖北军政府，都督是他的。
9月14日，文学社与共进会骨干六十余人在武昌胭脂巷十一号共进会机关商定起义计划，决定10月6日中秋节动手。
之所以选在中秋节，是因为自朱元璋推翻元朝以来，“八月十五杀鞑子”就在民间流传不息。
详细计划，先打哪再打哪之类，不交代也罢，因为武昌起义几乎没有、也没法按这个计划进行。从前次黄花岗起义经过也可看出，“计划没有变化快”，不仅在经济上，在军事革命上更是这样。
筹备起义的会议结束才?一小时，这个计划就几乎泄露了。
几个士兵为回乡休假的战友送行，喝酒猜拳，大呼小叫，被排长一顿臭骂。这些兵等排长骂完走后气鼓鼓地朝天连放三空炮撒气。这本是个酗酒滋事的小事，可军中党人极多，也隐约知道最近要有行动，听见突然炮响就不由往起义上议论。军营这样人群集中的地方最易把话传开，“要起义了”的消息迅速从军队传到了社会上，以致于汉口的报纸上竟登出了“中秋起义”的消息！
驻武汉的湖广总督瑞澄闻讯赶紧一边去电向北京报告，一边加强戒备。他下令，中秋节提前一天过，八月十四就发月饼，中秋节那天假日取消。
起义组织者的心已经悬起来了。接下来，起事在即，起义总司令蒋翊武所在的部队却要开往岳阳，蒋难道能说，“我10月6日还要领导起义呢，我不走”吗？而同盟会的领导人黄兴、宋教仁等，都没有按时赶到武汉。临时司令部只好决定：起义延期，10月11日举行。
这个计划又落空。10月9日，正在孙武带人制造炸弹之时，刘公的弟弟刘同，叼着颗香烟晃荡进来，要欣赏老孙的制弹艺术。抽完烟后，刘同糊里糊涂把一个盛火药的盆子当烟缸，随手把烟蒂扔了进去。顿时轰地一声，火焰窜起，把个孙武满脸烧得七荤八素。众人赶紧抬起孙武跑出，火一发不可收拾，引来了俄租界的巡捕。
遗留在屋内的起义名单、旗帜、文告全部落入俄巡捕之手。
随军开拔岳阳的起义临时总司令蒋翊武这天早晨回到武昌，中午就得到凶讯：起义名单落入俄巡捕之手，马上就该送到湖广总督面前了！蒋翊武立即下令：就在当晚12时整，以南湖炮队鸣炮为号，城内外各军一齐行动！
这个命令有没有送到武昌城外是很难说的。湖广总督瑞澂接到俄租界转来的起义名单、旗帜和文告，立即下令关闭武汉三镇城门；另外，军队停止一切外出和休假，加强管控。
到了晚上12点，约定的炮声没有响起，起义指挥部的门倒被拍得震天响，开门一看：清兵！