联大对此不以为然，推文学院长冯友兰教授执笔抗辩。抗辩函说，这种做法的结果是“大学将直等于教育部高等教育司中一科”，如果什么都由教育部规定，那么“教授在学生心目中为教育部一科员之不若”；而且，如果大学内部事务、甚至课程的设置都要听命教育部，“则必将受部中当局进退之影响，朝令夕改，其何以策研究之进行，肃学生之视听，而坚其心志？”
抗辩函最后说：“盖本校承北大、清华、南开三校之旧，一切设施均有成规，行之多年，纵不敢谓为极有成绩，亦可谓为当无流弊，似不必轻易更张。”
西南联大不但抵制了国民政府对内部事务的干涉，而且在1942年把大一新生必修的“三民主义”课改为若干专题，不做考试，不计学分。
1940年10月，教育部又公布《大学及独立学院教员资格审查暂行规程》，要重新“审查”大学教师的“资格”。这一文件在西南联大教授会上激起公愤，全体教授拒填“审查”表格，导致被扣当年的学术津贴。
为了加强对高校的控制，国民党当局规定，凡担任院长者都必须加入国民党。联大法商学院院长陈序经教授听到消息，沉下脸来脱口而出：“扯淡，我就不入。”
在这批充满自由思想和独立意识的知识精英的全力呵护下，西南联合大学不仅是战火中的宁静港湾，也是民国末年污浊社会中的绿洲。
一批批学子穿越千山万水，来到西南联大求学。那时的学习条件和生活环境极艰苦，1938年到1944年间在西南联大读了大学和研究生的杨振宁后来回忆道：“教室是铁皮屋顶的房子，下雨的时候，叮当之声不停。地面是泥土压成的，几年之后，满是泥坑。窗户没有玻璃，风吹时必须用东西把纸张压住，否则就会被吹掉。”
除老师之外，学校最重要的学习资源是图书馆，可联大低矮昏暗的土坯房图书馆只能容纳一百多人，天天要占座，稍微去晚，连站着读书都不可能。
在此条件下，许多学生拿着书本跑到校园附近街道上的茶馆里，花上一毛钱叫一壶茶，就在茶馆里读书、讨论一整天。很多联大学子的回忆里都深情地提到青云街上的茶馆。
联大并不提倡勤工俭学，但清贫的学生们都在寻找赚取生活费的机会，大批的学生在昆明城郊的中学兼课，或者为商店、机关当文书，甚至擦鞋、卖报。昆明的几十所公私中学本来师资不足，此时正好大用价廉物美的联大学生，有些联大学生索性合伙办起了学校。
杨振宁也是兼课大军的一员，他兼课的学校就是西南联大师范学院附中。在他任教的班上，有一个女生叫杜致礼，是国民党重要将领杜聿明的女儿。这位杜致礼同学后来就成了杨振宁的夫人。
教授的生活在联大中期开始也走向贫困。本来，民国时期教授的生活待遇极好，闻一多在青岛大学任教时，月薪达四百多元，而当时一个包吃住的保姆月薪才几块钱。在青岛大学一次学潮中，闻一多认为学生无理，主张严厉处分，激起学生的围攻；学生贴出丑化他的漫画不说，还编了歌谣挖苦他讲课时习惯发出的“呵，呵”声，拿的就是他的薪水说事：“闻一多，闻一多，你一个月拿四百多。一节课五十分钟，经得起你呵几呵？”
抗战中财政困难，教授待遇开始下降。1941年起，随着入滇难民和军政机构的剧增，以及日军空袭中商品流通的阻滞，通货膨胀席卷了后方；到1942年，教授一月薪水的实际购买力只相当于战前的八元三角，竟降低了百分之九十八！
国难之中，聚居龙头村的闻一多、朱自清、浦江清等教授“七八人但吃两样菜，一炒萝卜，一豆豉，外加一汤而已”。就是事实上的校长梅贻琦，也在集体食堂搭伙，“经常吃白饭拌辣椒，有时吃菠菜豆腐汤就很满足”。为节约费用，年过半百的他外出尽量不用车，经常步行一二十公里。
各教授放下架子，纷纷自救。闻一多为得到一套宽敞的住房和每月一百斤的大米，也到中学兼课；由于他精于篆刻，还开出价码为人治印，深夜的油灯下，他往往还在为人刻印。连梅贻琦的夫人也联合潘光旦等教授的夫人长期制作蛋糕，命名为“定胜糕”，由梅夫人提了送到冠生园寄售。
物质条件的艰苦没有侵蚀那一代知识分子的风骨。1941年，国民政府教育部要给兼任行政职务的教授补助一笔“特别办公费”，但西南联大的各学院院长、各部门负责人和各系主任一齐宣布国难之时，生活尚可，对此补助不便享受，把送上门的钱拒了回去。
贫困倒不算最可怕，最可怕的是日军的空袭。1938年9月28日，日军第一次空袭昆明；1940年和1941年，空袭最为频繁；到1943年，在陈纳德率领的美国援华空军飞虎队的打击下，才终于消歇。这期间，“跑警报”成为联大师生的“必修课”。
往往正上着课，凄厉的空袭警报突然响起，师生就互相照应着立即向联大后门的山上跑去，等到警报解除，再回教室继续上课；如果警报时间长，一些老师索性就在山间安排学生席地而坐，讲完课程。在这频繁的跑警报中，著名哲学家金岳霖教授搞丢了他呕心沥血写就的《知识论》手稿，只得从头把这部六七十万字的巨著再写一遍。
日机直接轰炸到联大校园有两次，分别是1940年10月13日和1941年8月14日，前一次炸毁了师范学院男生宿舍，后一次损失更惨重，宿舍、饭厅、教室、图书馆都给炸得千疮百孔。遭受严重的轰炸威胁一度使再次迁校提上日程，但因劳动太大而未实施。
在猛烈轰炸中，联大把师生住所疏散到郊区，这给教学和生活带来了很大不便。周培源的住处被安排在离城四十里外，为了进城按时上课，他竟自己养了一匹马。
1938年到1941年，昆明民众在日机轰炸中死亡一千零四十四人，伤一千四百一十四人；其中联大师生员工（含家属）大约死十人，伤十人。这个很小的比例，说明联大在防空袭上还是比较成功的。
住最简陋的屋，吃最粗糙的饭；在轰炸下学习，在硝烟中授课。西南联大，如此悲壮。
西南联合大学的魅力在于她的坚毅卓绝，在于她的独立自由，在于她的名师云集和桃李满天下；但还有一个方面，同样是其被后世经久不衰地谈论的原因，那就是那一批文化大师在联大留下的种种掌故轶事。
1938年11月，西南联大做出了一个引起震荡的决定：聘请三十六岁的作家沈从文为教授。
西南联大集中了当时全国学界精英，留学欧美名校、获得博士硕士学位归来的教师数不胜数；没有高层次学位者大多也是北大、清华等国内顶级学府毕业，并且已经在学术界取得显赫成就的人。而这位沈从文，论学历，小学没毕业；论学术研究成绩，他是作家，不是学者，没有任何学术著作。
在学术界毫无过人之处的沈从文到联大任教授，这种不拘一格激起一些教授的抵触乃至愤怒，态度最激烈的是今天有“国学大师”之誉的著名学者刘文典。
刘文典精研传统文化，尤其是《庄子》，他说自古以来只有两个半人懂庄子，一个是庄子自己，另一个他没说，半个则就是他刘大教授。
学问精深不说，刘文典脾气暴烈。1928年他任安徽大学校长时，鲜明地提出“大学不是衙门”；11月，安大闹学潮，蒋介石正好来安庆视察。第一次见刘文典时，蒋介石见他外表邋里邋遢，就问：“你就是刘文典吗？”刘文典回问：“你就是蒋介石吗？”刺激得蒋介石一楞神。蒋介石要求他惩办罢课学生，他说：“我这里只有教师学生，不知道谁是共产党。你是总司令，应该带好你的兵；我是大学校长，学校的事由我负责。”蒋介石大怒，对他拍案斥责；刘文典顿时发飚，指着蒋介石的鼻子说：“你就是军阀！”竟然扑上来要打蒋介石。刘文典被卫兵拖下后，蒋介石自下台阶骂道：“真是个疯子！”
刘文典看不起武夫，也看不起新文学。在他眼里，现代白话文学浅薄粗糙不堪，有何研究价值？而这个沈从文连对白话文学的研究都没有，只是个写小说的作家。与被他瞧不起的沈从文同为教授，他十分不平，觉得跌了身价。
刘文典公开质问：“他沈从文有什么资格当教授？”还在课堂上说：“要讲教授嘛，陈寅恪可以一块钱，我刘文典一毛钱，沈从文那教授只能值一分钱。”
昆明空袭警报频繁拉响之时，刘文典和学生一起护卫着大学者陈寅恪离开教室，看到沈从文也匆匆跑出，他当众大骂：“我被炸死了，就没人给学生讲庄子了，你沈从文跑什么跑？！”
一贯自称“乡下人”的沈从文心灵敏感，来联大后自卑而自尊。面对前辈刘文典的屡屡粗暴伤害，他一言不发，只是认真讲授他的写作课，可他的湖南方言又时常让学生不知其所云，但他还是培养出了和他的风格一脉相承、后来被称为“最后一个京派作家”的著名小说家汪曾祺。
沈从文今天在文学圈的最大传奇也是最大遗憾是：1988年，瑞典皇家文学院已议定，该年的诺贝尔文学奖授予中国作家沈从文；可是在这一年5月，他以八十六岁高龄辞世，而诺贝尔文学奖只给活着的作家。
“要是沈从文那个时候还活着，活到10月份就肯定会得奖。沈从文的去世对我来说是最遗憾的事情。”