●镰仓幕府的建立
建久三年〔1192年〕七月，源赖朝受封为征夷大将军，正式开幕，史称源氏幕府或镰仓幕府。镰仓幕府具有相对独立的统治机构，以镰仓为中心，触角几乎延伸到日本社会的每个角落，是真正意义上的武家政权。
在武家政权的中央也即镰仓，设置有负责行政的“公文所”，负责司法的“问注所”和负责军警权力的“侍所”，都直接从属于幕府将军。而在地方上，各国都设置守护职，从朝廷派驻的国司手中褫夺了军警大权，守护平时维持治安，监督御家人轮流戍守京都和镰仓〔称京都大番役和镰仓大番役〕，战时则统率国内的御家人出征。
幕府的经济基础来源于“关东御成败地”，在这里“成败”是“处分”的意思，指幕府将军有权管理，可随意处分的领地。这些领地包括三个部分：一，“关东御领”，即朝廷赏赐给赖朝个人的五百多处庄园；二，“关东御分国”，指朝廷把伊豆、相模、上总、信浓、越后、骏河、武藏、下总八国的国司任免权下发给赖朝，可由幕府推荐御家人担任，并可由幕府直接解职；三，“关东进止所领”，即北条时政争取来的，幕府可在很多庄园和公领中设置地头的权力。顺便提一句，各国守护没有俸禄，一般也都兼任地头，从土地上获得报酬。
既然得到了全国的军警大权和强盛的经济基础，那么政治权力也就等于是幕府将军的囊中之物了。为了加强对京都及边远地区的控制，源赖朝还额外设置了京都守护、镇西奉行和奥州总奉行等官职，完善了所谓的“幕政”。其实“幕府”一词正和“将军”一词相同，都来源于中国，不过中国的将军们开幕建府，一旦攫取了天下的权力，很快就会改朝换代，从未出现过朝廷仍在，实权却连续许多代都掌握在幕府手中的事情，因此中国虽有幕府，却没有幕政。
拉回话题，镰仓幕府初期的政治权力，其实是并不完善的，为了尽快稳定局面，源赖朝对旧势力作了相当大的妥协，朝廷仍能利用国司等官职行使部分权力，当时的日本，被称为是“公武两重政权”。既然没有一棒子把朝廷打趴下，那么朝廷和幕府之间的斗争也就难以避免——
仅以京都来说，当时存在着三股大的势力，互相斗争也互相制约。一是幕府将军派驻的京都守护，二是关白九条兼实，三是后白河院的残党丹后局和源〔土御门〕通亲。一开始，九条兼实为了制约院权，主动向源赖朝靠拢，征夷大将军的头衔，就是他为赖朝争取得来的。然而在后白河院去世以后，赖朝却和实力渐弱的院的残党结合起来，准备向独霸朝廷的摄关家开刀了。
丹后局本是平业房的妻子，平业房被流放后，她主动接近已被平清盛架空了的后白河院，随即就被后白河院收为妾侍，她和源通亲并为后白河院的心腹，院的很多导致变乱的政策，都是出于此二人之手。
当时正是后鸟羽天皇在位，九条兼实和源通亲都把女儿嫁给天皇，但兼实的女儿任子虽然位居中宫，却只生下一名皇女，而通亲的养女虽为偏室，却生下了皇子为仁。于是，在幕府的支持下，建久七年〔1196年〕十一月，任子被赶出中宫，随即九条兼实被迫辞去关白之位——这被称为“建久七年的政变”。
两年后〔1198年〕，后鸟羽天皇传位给年仅三岁的为仁亲王，是为土御门天皇，源通亲以天皇外祖父的身份执掌朝政。建仁二年〔1202年〕十月，源通亲去世，后鸟羽上皇趁机夺回了权力，重开院政。又过了八年〔1210年〕，后鸟羽院以两度出现彗星为由，勒令还没成年的土御门天皇退位，扶自己另外一个儿子、十二岁的守成亲王登基，称为顺德天皇。当时有两位上皇，就有两位院，后鸟羽院称“本院”，土御门院称“新院”，天皇和新院，都得看本院的脸色行事。
●幕府的权力斗争
京都朝廷风云动荡，镰仓幕府的境况只有更为混乱。就在土御门天皇登基的当年年底，源赖朝在从相模川桥回来的路上失足落马，就此一病不起，挨到次年〔1199年〕元月，终于咽了气，传位给长子源赖家。
源赖朝在世的时候，集权稳固，诸事尚可独断专行，赖朝一死，幕府和御家人，以及御家人之间的重重矛盾就暴露了出来。为了缓解这诸般矛盾，赖朝的遗孀北条政子就以儿子年纪尚幼为藉口，取消了赖家将军的独裁权力，代之以重臣合议制。最初参与合议的武士共十三人，包括：政子的父亲北条时政和兄弟北条义时，公文、问注、侍三所的长官大江广元、三善康信和和田义盛，此外还有中原亲能、比企能员、藤原行政、三浦义澄、八田知家、足立远元和梶原景时等。
镰仓幕府早期的政治斗争，就在上述这些人内部展开，化繁复为简单，基本的脉络是：北条一族击败将军赖家，拥立其弟千幡，随即北条政子和义时兄弟又打败了老子北条时政，完全把镰仓幕府变成北条氏一家独大的局面。
先说第一步，据说二代将军赖家很不成器，却又执着地想要摆脱母亲北条政子的控制，重掌幕权，他最倚重的臣子是为梶原景时。梶原氏世居相模国镰仓郡梶原乡，先祖曾自称过镰仓氏，梶原景时作为梶原一族的家督，在源赖朝初起兵的时候还是站在平氏一方的，曾跟随大庭景亲在石桥山大败赖朝。据说景时虽然获胜，却大为赖朝的勇武而感动，于是故意放赖朝逃走，把追兵引领向错误的道路。其后赖朝卷土重来，梶原景时前往投靠，赖朝记得活命之恩，给予重用，对他非常信赖，言听计从。幕府建立后，梶原景时一度接替和田义盛作为侍所别当，可谓是权势薰天。
民间传说中的梶原景时是一副奸臣嘴脸，这大概因为他曾经进言赖朝，讨伐自己两个兄弟范赖和义经吧，既然在老百姓的观感中，范赖是老实头，义经是大英雄，那么说他们二人坏话的梶原景时自然就是白脸奸佞了。不过平心而论，景时的所作所为，不管动机何出，对于幕府政权的巩固是大有益处的。
十三位合议重臣中，梶原景时首先丧命，这或许和他时常献计排除异己〔不管是自己的异己还是幕府的异己〕，不得人心有关。关于他的灭亡，史料上有两种完全不同的记载：一说是景时向将军赖家进言，陷害重臣结城朝光，此事为朝光所知后，就和六十五人联名上奏，请求将其流放；另一说是景时察觉到御家人中有推翻将军赖家，拥立源赖朝次子千幡的动向，他向赖家进言，但因查无实据而反遭流放。
不管怎样，梶原景时是被流放了，但他并不甘于就此没落，先是退回自己的领地筑城固守，然后又率其族人上京去，打算向后鸟羽上皇申诉。幕府内部权力斗争，偏要捅到朝廷去，这不是自己找死吗？于是上京途中，梶原一族遭到幕府武士的追杀，尽数覆灭。
梶原景时之死，给将军赖家敲响了警钟，他仿佛从景时的尸体后面看到了母亲北条政子的身影，于是决定扶持比企氏以制约北条氏。比企氏的家督比企能员本是源赖朝乳母比企尼的外甥，在赖朝被流放伊豆以后，比企尼多次派人给自己的乳儿送衣送食，赖朝待她如同自己亲生母亲一般亲密，比企能员也就因为这层关系得到重用。后来能员的妻子又做了源赖家的乳母，而其女若狭局也嫁给了赖家，并且生下儿子一幡。
因此缘故，源赖家想要对抗母系的势力，就不得不依靠妻系，镰仓幕府两代外戚就此展开了殊死搏斗。一开始是比企氏略占上风，但到了建仁三年〔1203年〕八月，身体一向不好的源赖家突然得了重病，他自知将不久于人世，害怕死后北条一党拥立弟弟千幡，杀害自己儿子一幡，就下令封千幡为关西三十八国的总地头，而封一幡为关东二十八国的总地头。
在赖家想来，我给千幡偌大赏赐，母亲大人您总该满意了吧，而我同时也给儿子二十八国地头职，他有地盘在手，你们也就无法动他。然而这种分明是分裂幕府的举动，别说北条氏不答应，连比企氏也无法接受。比企能员来向赖家进谏，赖家对他讲出了自己心中的忧虑，比企能员就说：“如果担心北条氏胡为，不如趁此机会流放他们，怎能因此自乱阵脚，使天下二分呢？”
这个还没有具体执行步骤的计划，却被北条政子探知了，政子大惊失色，决定先下手为强，于是以举行药师如来供养仪式为赖家祛病为借口，招来比企能员，当场将其处斩。能员死后，其子比企宗员率一族郎党固守将军嫡子一幡所住的小御所，没想到北条氏根本不管一幡死活，派兵猛攻，最终小御所在大火中化为灰烬，比企一族和年仅六岁的一幡全被烧死。
斗垮政敌以后，北条氏立刻逼迫已经万念俱灰的源赖家出家隐居，把将军之位传给其弟千幡，也就是源氏的第三代将军源实朝。次年〔1204年〕七月，被幽禁在伊豆修禅寺的源赖家即遭杀害。
●北条执权的诞生
比企一族灭亡，幕府政权被彻底掌握在北条氏手中，然而其后不久，北条氏内部也开始了争权夺利的斗争。且说北条氏原本出自平氏，正因为如此，当年平清盛把源赖朝流放伊豆，才放心大胆地派北条氏家督时政去监管他。
然而北条时政不仅没有好好地监管赖朝，反而把女儿政子嫁给赖朝为妻，并且诸事都听从这个源氏出身的女婿的安排。