到了治承四年〔1180年〕四月，源行家给赖朝送来了以仁王的令旨，要他起兵讨伐平氏。赖朝一开始还想先观望一段时间，不着急做出头鸟，但随即听说源赖政造反失败，赖政父子和以仁王全都被杀，平清盛下达了讨灭诸国源氏的命令。事到如此紧急关头，不由得赖朝不动手了，而北条时政也很清楚，一旦女婿被杀，自己也难免受到牵连，于是随同起兵。
因为起兵过于仓促，所以源赖朝才会在石桥山被平氏的大庭景亲杀得只身逃亡。当时北条时政带着儿子宗时和义时奋战断后，宗时英勇战死，直到确定赖朝已经逃得无影无踪以后，时政和义时才转身逃亡。
等到丈人、女婿、小舅子重新会合在一起，时政向赖朝建议说，不如渡海前往安房国，号召当地的三浦、和田、千叶等豪族一起举兵，那时卷土重來，胜利可期。赖朝听取了时政的建议，这才有了以后的富士川大胜，以及更以后的镰仓幕府。
等到比企氏灭亡，北条氏完全掌控了幕权以后，因为政见的不同，北条氏内部逐渐分裂成两个派系，一为“先妻派”，即北条时政元配所生的北条政子、北条义时，以及二人的妹夫畠山重忠，二为“后妻派”，即时政和其新妻牧之方，以及牧之方的女婿〔也是源赖朝的犹子〕平贺朝雅。其实后妻派的核心人物，应该说是平贺朝雅，源实朝还没有子嗣，如果他死去或退位的话，最具备继承人资格的就是朝雅，朝雅很想排除重臣合议，重振将军的权威。而相对的，先妻派代表了广大御家人的利益，希望共同支撑幕府这座大厦，而不让那些没经过战阵的二代目、三代目去胡作妄为。
两派争夺权势的导火索，就是畠山重忠的被杀。且说元久二年〔1205年〕，在牧之方的安排下，将军源实朝决定娶后鸟羽院的宠臣坊门信清之女为妻。北条时政派一族的北条政范进京迎亲，畠山重忠的嫡子重保作为护卫随行。当时平贺朝雅担任京都守护，他设宴款待政范一行，但在宴会上，朝雅和畠山重保却起了口角，几乎大打出手。
深究这次口角的根源，当时平贺朝雅的领地在武藏国的东南部，而畠山重忠任武藏守，领地在武藏国的西北部，本来两家中间隔着比企氏的领地，比企氏灭亡后就连在了一起。因领地纠纷而喧哗吵嚷，本在情理之中，然而此事被告到镰仓，牧之方想藉此削弱先妻派的势力，就以谋反的罪名处死了畠山重保。受此牵连，当年六月，畠山重忠也被北条时政下了追讨令，他在赶赴镰仓申辩的途中，在武藏二俣川遭到北条士兵的围攻，奋战不敌，自杀而死。
畠山重忠之死，使得政子、义政姐弟意识到，若不先下手将老爹击败，将会后患无穷。于是在两个月后〔当年闰七月〕，他们揭发出牧之方企图谋杀源实朝，拥立平贺朝雅为新将军的阴谋〔天晓得〕，逼老爹和老爹那个权力欲旺盛的新老婆回伊豆老家去隐居，然后将平贺朝雅于京都斩首。
其实作为女性来说，北条政子的权力欲丝毫也不逊色于牧之方，她从赖朝死后就出家为尼，但一直操控着幕政，担任将军的“后见”〔监护人〕，人称“尼将军”。在他的支持下，兄弟义时替代老爹成为政所别当，和大江广元同掌政务，不久后又消灭了从赖朝建基镰仓开始就一直担任侍所别当的和田义盛，兼管侍所。镰仓幕府中央的三大机构，北条义时把握住了两个，于是设立“执权”的名号，成为幕府实际上的统治者。
●上皇反乱
三代将军源实朝娶了前权大纳言坊门信清的女儿为妻以后，宫方和武方的关系看似非常亲密，因为坊门信清本是后鸟羽院生母七条院的弟弟，是本院最亲近之人，宫方很想依靠这段婚姻，把京都和镰仓联为一体。
一心想恢复皇族权力的后鸟羽院以为时机来到，于是向源实朝提出种种要求，诸如幕府停止向各地派驻地头等等，想要逐步将权力收归中央。实朝本人倒并不想违逆本院的意思，然而实际掌握幕府权力的并不是他，北条政子和时政毫不犹豫地驳回了本院的请求。
后鸟羽院一怒之下，心说你既然不肯归权，我就自己来干，他先逼迫亲幕府派的关白藤原兼实下台，然后又插手本该由幕府掌握的守护的补任权。这种种行为遭到了镰仓方针锋相对的反弹，只可怜了夹在中间的实朝将军，他甚至一度想亲率六十名随员出访宋朝——反正幕府大事也不需要我说了算——因为新建大船不能在镰仓附近下水方才作罢。
到了承久元年〔1219年〕元月，将军源实朝前往镰仓鹤冈八幡宫参拜，却就此一去不返，遭了刺客的毒手——刺杀他的乃是他的亲侄子，也就是二代将军源赖家的遗子公晓。源赖家被害后，公晓在祖母北条政子的抚养下长大，因为深信父亲之死乃是叔父源实朝的阴谋，所以找机会刺杀了实朝。当时还有谣言说，其实是北条义时煽动公晓谋害幕府将军的，因为将军最近的所作所为，颇有靠拢宫方，出卖御家人集体利益的倾向。
源实朝被刺杀了，凶手公晓及其兄弟禅晓也随即被捕处死，源氏幕府的血脉就此断绝——源赖朝杀光平氏，杀光自己的兄弟，他可料不到自己也会有绝后的一天吧？按照日本传统的家族制度，血源并不是最重要的，如果家族血缘断绝，那就从别家过继一个来担任家主，只要维持家名不堕，家业不毁就行了。于是执权北条义时希望挑选一位皇子来继任将军，这样可以使幕府的威信不降反升。
据说北条政子和后鸟羽院之间曾有过约定，如果将军家断嗣，就由后鸟羽院派一位亲王来入镇镰仓。可是后鸟羽院趁此要挟幕府，再提停派地头的事情，在再次遭到拒绝后就推翻前议，坚决不肯让皇族入继镰仓了。在后鸟羽院想来，幕府不肯让步，则自己派亲王去镰仓也无法控制武士们，使他们屈服，反倒是送给了他们一个合适的人质，这又是何苦来哉？
北条义时无奈之下，只好退而求其次，去向摄关家求告，最终商定由九条道家〔兼实之孙〕的第三子、年仅二岁的三寅就任新的幕府将军。这个叫三寅的孩子的外祖母是一条能保和源赖朝的妹妹所生，七拐八绕也算是沾了点源氏的血脉，就这样，新将军继承了源氏代代相传的赖字，称为九条赖经。
幕府最终放弃了迎接一位“宫将军”的努力，转而向摄关家求援，这使后鸟羽院更为愤怒。于是承久三年〔1221年〕四月，后鸟羽院命令顺德天皇让位给年仅四岁的怀仁亲王，随即于次月发动政变，派遣手下武士突袭消灭了京都守护伊贺光季。初战胜利，后鸟羽院得意洋洋，自以为得到上天庇佑，于是颁发院宣，号召全国武士都站出来讨伐幕府执权北条义时。
得知这一重大消息后，北条义时非常惊慌，因为虽然拥护宫方的人数不多，但是如果天皇亲征，当御辇出现在敌阵前面时，幕府方的武士势必要摘掉头盔、扯断弓弦，跪拜降伏。到那时，战不能战、退不能退的尴尬局面便会出现，召集起来的部队纵有百万，也要一哄而散，甚至因为形势所迫站到敌人一边去。
当天，北条义时、大江广元以下所有在镰仓的御家人都被北条政子召集到了一起。在众人到齐后良久，政子才缓缓走出，她流着泪动情地向御家人们讲起了过去武士被贵族象狗一样呼来喝去的悲惨命运，讲起了先将军赖朝率领武士们披荆斩棘、建立起镰仓幕府的光辉业绩，指出武士只有团结在幕府周围才不会再次沦为贵族的奴婢。在场的御家人都感动得哭泣了起来，最后大家横下一条心，决定为了保卫自己的政权而和朝廷战斗到底。
后鸟羽院拼凑了武士、僧兵一万七千人准备讨伐北条氏，而北条义时则采纳了大江广元速战速决的建议，以其子泰时为总大将，弟时房为副将，大军分为三路，分别攻略尾张、美浓、三越，直逼京都。一路之上，各地的武士闻风而至，当到达京都时，幕府军已达十九万之多。据说义时说过这样的话：“先派十九万大军供上皇御览吧，如果不够的话，我就再亲率二十万军势上洛〔日本古代模仿中国东汉，称京都为洛中〕！”
宫方部队不得不收缩防线，死守宇治、势多、淀等要隘。时值初夏，宇治川河水暴涨，宫方部队又毁坏了所有的桥梁，但这却无法抵挡幕府军的汹涌如潮之势。在高昂士气的驱动下，大将佐佐木信纲第一个冒着如雨的箭矢纵马跃进浊流，泅渡过河〔当年源平合战时，他的舅舅佐佐木高纲也是这样纵马跃进宇治川，渡河杀敌的〕，在其感召下，十九万幕府武士纷纷纵马跃进了宇治川，一举击溃了对岸的宫方部队。这次贵族叛乱历时一月，但决战只用了半天时间，史称“承久之乱”。
北条泰时不费吹灰之力就杀入京都，占领了皇宫，在六波罗设下大本营。他不仅杀死和流放了大批敢于跟随后鸟羽院造幕府反的公卿们，没收了公家和在京武士的领地赏赐给有功的御家人，还勒逼仲恭天皇退位，让后鸟羽院的侄孙、十岁的茂仁皇子继位，是为后堀河天皇。仲恭天皇在位仅七十七日，因为还没来得及正式举行继位典礼，所以史称“废帝”或“半帝”。
北条氏当然不会放过这次造反的后台老板，他们逼迫后鸟羽院削发为僧，然后将其流放到西方的隐岐岛，顺德院则被流放去了佐渡岛，就连没有参与叛乱的土御门上皇也难逃被流放的命运，他的目的地是四国的阿波。