然而她的这场病却是从光绪六年害起，直到光绪八年才告痊愈，当其病愈时，慈安太后早就死了一年多了，由于害病时间太长，光绪皇帝甚至还曾经下诏要各地督抚举荐良医。
但是这并不是说慈安太后之死这件事上，慈禧太后毫无可疑之处。在正式记录的史料中，以慈禧太后的权力，当然不会留下任何不利于自己的记载，但对于慈安死后其所居钟粹宫的情形，当时的大学士翁同龠在日记中却有提及。据他说慈安向有头疼之疾。三月九日这天感觉身体不适，十日头疼也异常剧烈，随后便在当夜去世了。她去世次日，翁同龠在钟粹宫中看到了九日十日两天共计五张药方。奇怪的是这些药方都没有拿去抓药。据说是因为她头疼后不久便已经神智不清牙关不开无法喝药，但是真相如何，深宫隐晦，仍然令人极费猜疑。
慈安太后的另两种死法，传播较少，不过也值得注意
一种是说她被娘家家务事气急或因政事繁亢疲劳，于是诱发旧病而死，据她生前药方来看，她后来有较严重的高血压，常用天麻。光绪年间较少上朝理政，恐怕也有这个原因在内。不过慈禧太后虽然独自理政，但大事都要经过她，疲累恐怕也难免。
另一种说法是说她自杀，原因那就说啥都有，主要当然还是说是给慈禧逼的……
三、倒霉的亲生子夫妇——同治帝及其后妃
说到慈禧太后的一生，就不能不说她与两位儿皇帝的关系。
用民间的话来说，两宫皇太后（包括慈安慈禧）不但克夫，而且绝不益子孙，更离奇的是似乎出自她们撮合首肯并且关系来往特别亲密的夫妻也都没有好结果——咸丰帝与丽贵妃所生的女儿荣安固伦公主出嫁仅一年工夫，就象弟弟同治帝一样无子而死，额驸符珍成了鳏夫。恭亲王奕的大女儿被两宫太后收为养女封荣寿固伦公主，于同治五年下嫁道光帝第六女之子志端，结婚仅五年志端就死了，十八岁的荣寿公主从此守了一辈子寡，干脆长年在皇宫中陪伴太后；还有一位四格格，是庆王奕劻的女儿，她也是由太后指婚的，也是新婚不久就当了寡妇；常年陪侍在太后身边的寡妇还有一位，是内务府大臣庆善之女，慈禧太后将她指婚给自己的弟弟桂祥做儿媳妇，这位更惨，婚礼还未举行未婚夫就死了，连丈夫长啥样都没弄明白就做起了寡妇。除此之外还有同治帝的敦宜皇贵妃（即慧妃）富察氏、瑜妃赫舍里氏、珣妃阿鲁特氏、瑨嫔西林觉罗氏；光绪帝的皇后叶赫那拉氏、瑾妃他他拉氏这两个守活寡就更不用说了。慈禧太后（光绪七年前还有慈安太后）的闲暇时光，就和这么一群被她们“制造”出来的寡妇们一起消耗。
不过，同样是长期生活在宫院中的寡妇，同治帝留下的嫔妃们却似乎过得并不好，也很少有机会陪伴在慈禧太后身边。尽管她们是慈禧太后亲生儿子的女人，慈禧太后似乎却宁可接近她深恶痛绝的光绪皇帝的后妃——哪怕是珍妃的亲姐姐瑾妃。
同治帝与阿鲁特氏夫妇死后，在他个人所属的那个家庭里，就只剩下了四个妾室，虽然这四个年轻女人的封号一直在逐步提高，但她们的处境却很凄凉。据慈禧太后的宫廷女官德龄回忆说：“她们象囚犯似的永远被禁闭在一座很冷僻的宫院之内，终年不准走到外面来。……当同治帝归天的时候，她们都还是红颜少女，太后却将她们囚禁了，不肯放她们出去，却又不愿见她们，以免触起她思念同治的愁绪。她把她们活埋一般地锁闭在深宫里……”
德龄的这段记述并不完全准确。因为慈禧在日常生活中还是会让同治帝的嫔妃们在旁边陪伴的，她还非常偏爱同治帝的慧妃富察氏，同治帝生前富察氏未曾生育便当上了皇贵妃，新寡之后她成为敦宜皇贵妃，在慈禧六十大寿之时，慈禧太后甚至将富察氏封为“敦宜荣庆皇贵妃”，使富察氏成为清朝唯一一个享有四字尊封的皇贵妃。但是同治的另外几位嫔妃就不好说了，慈禧太后西逃时带上了光绪夫妇、带上了光绪的瑾妃他他拉氏，偏偏没有带上同治帝的寡妇珣妃瑜妃瑨妃。在那样面对生死存亡的时候，几个年青的寡妇心里最大的怨恨，恐怕还是怨恨自己的死鬼丈夫，为什么死得那么早吧？
说起来，同治帝确实是死得太早了，他是清王朝最短命的皇帝，不但没有儿女，而且只在人世间活了二十个年头。同治十三年十二月初五酉时（公元1875年1月12日17~19时），同治帝爱新觉罗载淳死于养心殿东暖阁。同治帝死后不到一百天，即光绪元年二月二十日寅时（公元1875年3月27日3-5点）他的皇后阿鲁特氏也离开了人世，享年二十二岁。
这对皇族夫妇的死，成为清宫的一大谜案。而各种各样的稗史野记，都不约而同地将矛头指向了同一个人：慈禧太后。认为是她间接或直接地将亲生儿子小夫妻推上了绝路的。
在多数时候，慈禧太后被描绘成一个没有母子亲情的女人，当然这也成立，因为皇宫中根本就不允许父母子女间产生什么真感情，那是“违制”的。除此之外，慈禧本人在宫廷生活中还日渐养成了极强的报复心——“如果有什么事情恼了她，便不可开交了！不管是怎样一件无关紧要的小事，她都不肯甘休，必然要大发雷霆，闹得上下不安，而且这样一来，她一定会把这个人或这件东西恨到了底，虽隔三年两载，还是耿耿于怀记着……即使把这一生的时间全用来赎罪，一刻不离地在她的足下长跪，她也断断不肯宽放的！”在绝大多数时候，慈禧还是个不苟言笑，喜怒不形于色，也不肯轻易相信别人的感情的人。据野史记载，大约就是光绪六年至八年慈禧太后那场大病的时候，年仅十岁的光绪帝曾经学着书上说的样子要为养母割股疗疾，被太监拦住，慈安太后听说后表现得非常感动，慈禧听了之后却没有在人前有任何特别明显的动情迹象。而据慈禧太后的贴身宫女回忆说，慈禧太后对于汉高祖刘邦在战败时“推子女下车”的事迹大加赞赏，认为这才是干大事的举止。由此来看，她似乎还在有意地将自己往无情的权力机器方向塑造。
不过同治帝毕竟不同于光绪帝，做为亲生的儿子，慈禧太后对他的母子情意虽然表现得不多，但还是不吝于流露的。侍丛女官就曾经记载过同治帝死后，慈禧太后对他幼年的玩具不忍释手的场面。大学士翁同龠在日记中也写到过，同治帝重病期间，慈禧太后面对群臣时“继以涕泪，群臣皆莫能仰视”，及等到同治帝弥留之时，慈禧太后更是“哭不能词”。
然而无论是怎样的母子之情，都不能弥补同治帝活着时与生身母亲之间的隔阂冷漠。造成母子疏离的原因很简单，他们并不仅仅是一对母子，他们是皇太后与皇帝。而且是大权在握的皇太后、急于掌权的皇帝。
按照顺治帝、康熙帝的先例，无论是太后理政还是辅政大臣摄政王理政，小皇帝到十四岁时就应该大婚亲政了。然而在同治八年（公元1869）年，同治帝已满十三周岁进入十四岁，他的婚事、他的政事，却仍然没有一点动静。
同治帝没能早日成婚的原因，当然是因为他的生母慈禧太后不同意。慈禧太后不愿早点让儿子成婚的原因，当然是因为她不愿意交出手中的权力。不过从另一方面来讲，同治帝自己的表现也非常令人遗憾，使得慈禧太后有岔子可寻。
据同治帝师傅翁同龠的日记记载，同治帝厌学，甚至公开对帝师抱怨，说自己每天要早起向两宫太后问安，又要陪着精力旺盛的太后们临朝听政，又要到弘徽殿去读书……少年皇帝对母亲们的安排怨声载道，宣称自己“当差劳苦”。做为一个十来岁的孩童，载淳的抱怨还是值得同情的，因为他承担的压力确实太大，慈安太后对他倒还时有溺爱放纵，慈禧太后却是个信奉“不打不成材”的，对他要求极其严格，没有给儿子安排丝毫玩乐的时间。载淳六岁入学，学业极其艰深，文武军政俱全，一年间只有三十余日全假、四十余日半假，除夕之日也只能提早放学而已。从入学之日起，载淳做得好是应该的，也就得不到褒奖，稍有略有犯错，慈禧太后的训斥却从不曾含糊。时间长了，同治帝想不厌学恐怕也难。不过即使如此，同治帝的学业还是有可观之处的，偶尔也会给帝师们带来意外惊喜——但可惜的是，慈禧并不曾将儿子与同龄人相比，她是将他当成一个皇帝来要求。同治帝的厌学也就越来越厉害，最终发展到逃学、与陪读的宗室子弟溜到宫外浪荡。
慈禧有意无意地贬低同治帝的学习成绩，除了她确实可能有些“拔苗助长”的倾向之外，更引人猜测的原因恐怕就是她希望借贬低儿子的学业，向朝臣暗示小皇帝还未有独理朝政的能力，以此延长自己掌权的时间。然而恐怕她自己也不曾想到，儿子最后竟会发展到去宫外浪荡的地步。
如果用现代人的眼光来看，同治帝是一个命运极其不幸，却也极其任性倔犟逆反、甚至有些自甘堕落的少年。虽然他是个皇帝，自幼被世人捧在最高处，他却总喜欢做些在普通人眼里都很不上台面的事情。
和生身母亲一样，同治帝也爱看戏，而且他还爱自己唱戏。但是他却从不愿在戏中扮演主角，反倒是乐于演些下里巴人。