对于崇厚被判死刑（后改流放）的事情，各国外交代表出于职业同情也纷纷表示反对，英国女王还亲自写信为崇厚说情，紧接着又派人游说李鸿章说俄国人不好对付，万一打起来，场面不好收拾，并主动要求为中俄伊犁交涉调停。原洋枪队长戈登，还特意跑到天津面见李鸿章，不怀好意地说：“俄国人要进攻你们京城呢！如果你们打算作战，就赶紧把北京的近郊焚毁，把政府档案和皇帝都从北京迁到中心地带去，并且准备作战五年。”（马士：《中华帝国对外关系史》）
李鸿章听了之后慌忙上奏朝廷，说北京北边不安全，离海口又太近，洋兵易于长驱直入，无能阻挡，万一真和沙俄开战的话，危险太大。清廷听后信心动摇，又敦促曾纪泽早日谈判。
而当时的沙俄和土耳其关系紧张，加之左宗棠治军有方，不惜一战，刚刚在土耳其吃了亏的俄国人思前想后，觉得代价很大，最后不得不降低要求，以谈判解决问题。在这种情况下，经过反复的辩论和艰苦的谈判，1881年2月，曾纪泽与沙俄代理外交大臣吉尔斯和布策签订了《中俄伊犁条约》和《改定陆路通商章程》，其主要内容包括：
一、 沙俄归还中国伊犁地区，帖克斯河流域不再割让，但伊犁西部霍尔果斯河以西本属于中国领土的土地被沙俄占去；斋桑湖以东一带，中俄边界两国派员勘改，所有尚未设界碑的中俄各段边界都要派员勘定，安设界碑。
二、 赔款增至900万卢布(合509万两白银)，限两年内偿清。
三、 俄商在新疆各地贸易，改“均不纳费”为“暂不纳税”。
四、 俄商只能到嘉峪关，免去到西安、汉口通商，仅允于肃州(甘肃嘉峪关市)和吐鲁番两地增设领事。
五、 伊犁居民“愿迁居俄国入俄籍者，均听其便”。（后来，沙俄利用这一条款，在1881到1884年间共掳去中国边民十万多人。）
这个条约和《里瓦吉亚条约》相比，除赔款增加了400万卢布外，在领土、界务和商务方面，中国都争回了部分主权。但《中俄伊犁条约》签订后，沙俄根据修改南、北疆边界的约定，于光绪八年到十年强迫清政府订立了《伊犁界约》、《喀什噶尔界约》、《科塔界约》、《塔尔巴哈台西南界约》和《中俄续勘喀什噶尔界约》等5个勘界议定书，分段勘定了中俄西段边界。在这个过程中，沙俄又蚕食了塔城东北和伊犁、喀什噶尔以西约7万多平方公里有争议的领土。
《中俄伊犁条约》签订后的第二年，清军进驻伊犁。
伊犁谈判，算是晚清外交史上的一次小胜，当然，这和左宗棠的军事后盾有很大关系，正因为清军不惜与俄国兵戎相见，才为外交赢得了主动，不然，任你口吐莲花，舌辩群雄，恐怕也无济于事。
阿古柏之乱和沙俄侵占伊犁的事件让清政府意识到，如果不加强控制的话，新疆很有可能会被列强侵夺。后来，平定阿古柏之乱的前军主将刘锦棠提出，新疆设立巡抚驻乌鲁木齐，受陕甘总督节制；下设镇迪、阿克苏、喀什噶尔三道，分别辖治哈密至乌苏的天山山脉一带、焉耆至乌什的天山南麓一带和喀什噶尔至和阗的昆仑山北麓一带；伊犁仍设将军，只管伊犁塔城边防，不再总统全疆军务。清政府后来批准了这一方案，刘锦棠被朝廷简派为第一任新疆巡抚。
虎口夺食，伊犁谈判曲与折(4)
新疆设立行省后，清政府也放松了对内地人民迁居新疆的种种限制。为了吸引更多的无地农民到新疆，加快新疆农业的恢复和发展，刘锦棠修改了以往的屯田办法并制定新的招商引资政策，规定两名男丁为一户，给地60亩，屯民初到时贷给8个月的口粮及三石籽种，借给73两银子作为置办农具、牛只等费用；头一年归还一半，第二年还清，第三年征收额定田赋的一半，第四年起征收全疆田赋。
同时，刘锦棠还咨照内地各省督抚，欢迎贫苦无地农民来新疆开荒种地。在刘锦棠的鼓励下，内地很多农民纷纷移居新疆。这些移民屯田的办法，既稳固了西北边疆，又减轻了内地的人口压力，同时，也减少了内地农民起义的概率。在不破坏环境、与大自然和谐相处的前提下，移民新疆屯垦在当时是一个不错的方案。
了却恩怨，中俄领土止争端(1)
马善被人骑，国弱被人欺。就在阿古柏覆灭前，沙俄于1876年灭了浩罕国，将边界延伸至帕米尔北界。
帕米尔高原，位于新疆南部，乃天山、昆仑山、喀喇昆仑山和兴都库什山的交汇处。此地山峦起伏，高峰处常年白雪皑皑，乃世界之高原。乾隆二十四年（1759年）清军平定“大小和卓”之乱时，曾追击叛军至此，并在苏满塔什立下《平定西部勒铭伊西洱库尔淖尔碑》，上有乾隆帝御笔撰文，乃我国对帕米尔拥有主权之铁证。
1885年，沙俄已将中亚地区尽收囊中，并与英国划定阿富汗地区的边界。南侵之路终结后，俄国人改为东向，并派遣探险队将我立碑偷偷移走，可谓是“做贼心虚”。随后，俄国人又炮制了“帕米尔乃浩罕遗产”之谬论，妄图强占该地。1892年，俄国不顾清军在此已增设哨所而大举南侵强占了我萨雷阔勒岭以西两万多平方公里的领土。
清政府对此提出了多次抗议，但由于1894年中日战争爆发，无暇西顾，沙俄乘机要求清廷默认这一非法占领。即使在被日本弄得焦头烂额的情况下，当时的清政府对此也未予承认。沙俄从此也就不再理会，一直霸占该地。
甲午战争的失败，给中华民族带来了巨大的灾难。1896年6月，沙俄利用中国战争失败的困境，借口“共同防御”日本，诱迫清政府签订了《御敌互相援助条约》（又称《防御同盟条约》），学术界一般称为《中俄密约》。
《中俄密约》的主要内容是：
一、 如日本入侵俄国远东或中国、朝鲜土地，中俄两国应以陆海军及军火、粮食互相援助，战争期间，中国所有口岸均向俄国兵船开放。
二、 中国允许华俄道胜银行接造一条由黑龙江、吉林至海参崴的铁路，无论战时平时，俄国均有权使用该铁路运送兵员、粮食和军械。
由此﹐俄国修建的西伯利亚大铁路通过中国领土上的中东铁路，直达海参崴。关于这条铁路，在后来的50年中，可谓是风云变幻，一言难尽。就当时而言，中东铁路使得俄国人的势力进一步深入中国东北三省，等于把中国的东北变成了俄国的势力范围。
值得一提的是躁动的庚子年（1900年）里沙俄在东北制造的累累血案。不久前，俄罗斯《政权》杂志援引俄罗斯档案馆珍藏的一系列秘密材料，披露了此次战争中一些鲜为人知的内幕。
1900年６月底，沙俄哥萨克两个步兵团从哈巴罗夫斯克（伯利）出发，率先越过中俄边境，开进东北。随后，沙俄其他部队分别从满洲里、布拉戈维申斯克（海兰泡）、乌苏里斯克等方向，兵分五路，向东北发动了全面进攻，总兵力达到十万人。
清末铁路上的机车和货车
7月中旬，沙俄军队开始进攻瑷珲，在猛烈的炮火下，瑷珲新旧两城都被轰毁殆尽。一周后，瑷珲城失陷，俄军长驱直入，黑龙江将军寿山战败后自杀殉国。7月底，齐齐哈尔被俄军占领。在瑷珲城沦陷的时候，呼伦贝尔也被攻陷，到8月中旬，吉林全境已落入俄军之手。
另一路俄军于7月底攻下珲春后，继而围攻宁古塔，在清军的顽强抵抗下，双方在宁古塔相持了四十多天，但清军终因弹尽粮绝，宁古塔于8月底被攻陷。旅顺口的俄军循海陆两路北上，相继攻陷营口、海城等地，10月1日进入沈阳。仅４个月时间，沙俄军队就已基本控制了东北全境。
在这次“中国远征”行动中，沙俄军队的损失微乎其微。当时沙俄国防部长在一份报告中称，在整个军事行动中，共有22名军官和220名士兵死亡，60名军官和1223名士兵受伤，而中国方面的损失则远远超过这一数目。
在八国联军进军北京之前，俄国人已在东三省制造了骇人听闻的大血案，这就是发生在7月16日到7月21日的海兰泡大屠杀和江东六十四屯大屠杀。1860年签订的《中俄北京条约》里把在黑龙江以北已经长期定居的中国居民划给了沙俄管理，如今沙俄已经容不下那些中国“沙子”，一定要去之而后快。
了却恩怨，中俄领土止争端(2)
可以肯定的是，这种有意制造的大屠杀，具有明显的杀戮和恐吓性质，目的就是要把类似于海兰泡和江东六十四屯的中国居民全部赶出俄境，虽然这些中国居民在俄国人到来之前早已经在此世代定居。
在那极其悲惨的几天里，整个海兰泡和江东六十四屯地区变成了中国人的血泪场，数万同胞在如凶神恶煞般俄国兵的驱赶和杀戮下，哀鸿遍野，血流成河，滚滚黑龙江水都为之变色。
俄国人再怎么狡辩，也无法否认曾经的累累暴行。