第二年，皇太极以持刀“向前”（行刺皇太极）为罪名处置了莽古尔泰。在明白了皇太极杀鸡给猴看的手法后，代善便自个儿要求下台。自此，皇太极就独自南面了。但是皇太极对代善还不放心。天聪九年（1635）皇太极又以代善轻视君上，贪财违法的罪名削了代善的贝勒爵号。第二年代善封和硕礼亲王。第三年，皇太极又斥责他越分妄行，轻君蔑法，迫使他闲居。
皇太极吉服像皇太极加强中央集权更重要的一步是建立比较完整的国家机构，即皇帝位。
努尔哈赤时期是以简陋的八旗制度作为国家机构的。这种机构已经不能适应发展。天聪二年（1629）四月，皇太极立文馆，记本朝事，成为内阁雏形。四年，学习汉族历代做法，设六部，进一步削弱贝勒权力。自此，皇太极便独立掌握政务了。九年，文馆改为三院（内国史院、内秘书院、内弘文院）。皇太极改族号“女真”为“满洲”，改国号为“清”，即皇帝位。清王朝封建政治体制初步形成。
努尔哈赤建立了一个后金国，皇太极改国号为“清”，表明他已不满足于当个后金的汗。皇太极借一个“清”字，一是企图免除汉族人民对历史上的金朝（11151234）的厌恶，二是借五行理论中水灭火象征清能灭明。
皇太极即位后重视生产，采取了发展生产措施。
皇太极首先采取措施提高汉人地位，缓和民族矛盾，安定汉人，促进汉人的生产积极性。
努尔哈赤时期对汉人不是杀掉就是用作满洲贵族奴隶，引起汉人的不满。他们不是逃跑就是反抗或隐匿起来。皇太极认为，治国首先要安民。为稳定汉人，他采取了3大措施：
1、分屯别居。努尔哈赤时期，汉人13人编为一庄，按满人官职，分给他们为奴，汉人始终处于被奴役的地位。天聪元年（1627）皇太极采取分屯别居政策，树立在今韩国汉江东岸的“大清
皇帝功德碑”每庄留汉人8人，其余5人与满人分屯别居，选汉官管理。这样40%的汉人就改变了地位成为自由农户。
2、颁布《离主条例》。天聪五年，皇太极颁布《离主条例》，规定：奴仆“凡讦告不入八分贝勒私行采猎、隐匿出征所获、擅杀人命，奸属下妇女，冒功滥荐，压制讦告该管之主等项罪行者，均准其离主。”
3、任用汉人知识分子。努尔哈赤痛恨汉族知识分子，在俘虏中查出明朝士子就处死。曾有300个汉人知识分子隐匿身份脱逃，但皇太极重视汉族知识分子。他说：“自古国家文武并用，以武功戡祸乱，以文教佐太平。”天聪三年（1629），举行科举考试，录取200人，赏给缎布，免了他们差役。
皇太极重视对汉人的团结利用政策，后来才组织了汉军八旗。
第二是推行发展农业生产政策。
庄妃像皇太极重视农业生产，采取了一系列政策：停止妨碍农业生产的建筑工程，禁止屠杀牲畜，禁止满人擅取汉人财物，禁止放鹰糟蹋庄稼，实行“三丁抽一”政策：一家三丁，一人出去打仗，两人留下从事生产，以保证劳力。由于有这些措施，发展了农业生产，后金经济有了很大发展。
皇太极还重视风俗习惯的改革。例如满洲有乱伦婚俗：嫁娶不择族类，父死，子可娶后母；兄死，弟娶嫂子等。皇太极下禁令，永远禁止娶继母、伯母、叔母、兄嫂、弟妇、侄妇。
东海部在努尔哈赤时期还没有完全征服，皇太极即位后继续这个地区的统一事业，数次派兵征伐，天聪八年十二月派兵出征库尔喀就是其中的一次。
皇太极的极终目标是夺取中原。为了达到这个目标，他采取先断明朝羽翼，然后打通进入中原通道。
后金与朝鲜和蒙古相邻。朝鲜是明朝的属国，漠南蒙古察哈尔部主张投靠明朝。征服朝鲜和察哈尔就可以断明朝羽翼而免除后顾之忧，并给自己增添两翼。皇太极即位后先后于天聪元年（1627）与崇德二年（1637），两次派遣军队出兵攻打朝鲜，迫使朝鲜投降，答应进贡。
天聪二年、六年、九年，皇太极对蒙古察哈尔部三次用兵，击败察哈尔部长林丹汗。林丹汗西逃，病死甘肃。其子额哲率众归附皇太极。皇太极获元朝传国玉玺“制诰之宝”。漠南蒙古归属后金，后金势力扩大到河套地区。天聪末年，金国疆域“东自鸭绿江，西至贺兰，塞外山河，皆隶其版”。为了巩固它对蒙古的统治，皇太极以各种手法拉拢蒙古上层，以次女下嫁林丹汗儿子额哲，让济尔哈朗娶了林丹汗的妻子苏泰，将蒙古的贝勒封为亲王或郡王。他还做出信奉喇嘛教的姿态，以宗教笼络信奉喇嘛教的蒙古各部。
对于明朝，气盛的皇太极登基后即积极进攻，分别在关外、关内两个战场进行。以三大战役打通宁锦线，完成了对东北的统一：（一）天聪元年(1627)皇太极进攻宁远、锦州，但都被袁崇焕击退。（二）天聪五年进攻大凌河城（今辽宁锦州），破之。（三）崇德六年（1641）与七年，清兵攻破松山、杏山和锦州，明蓟辽总督洪承畴投降。昭陵正红门此外，天聪七年，先后降金的明登州参将孔有德、耿仲明引金兵攻陷旅顺。
皇太极领兵入关或派兵入关，骚扰明边则先后有五次之多。第一次是天聪三年(1629)十月，皇太极分三路攻明，入遵化，陷滦州、永平等地，至京师。袁崇焕驰援，皇太极施反间计杀之。第二次是天聪八年（1634）皇太极率军，五月出发，昭陵图七月至宣府（今张家口南），复西进，掠大同，陷宁夏德隆、固原。闰八月破河北万全左卫，始折返。第三次是崇德元年（1636）五月，皇太极命武英郡王阿济格和饶余贝勒阿巴泰率军自喜峰口入关，在京南一带掳掠，连陷昌平、永清等12城，九月返回。第四次是崇德三年八月，睿亲王多尔衮与肃亲王豪格统帅左翼军，贝勒岳托、杜度统帅右路分别从青山关和密云墙子岭入，破京畿真定、广平、顺德、大名等县，攻陷城池70余座，崇德四年三月返回。第五次是崇德七年十一月，皇太极令阿巴泰率军伐明，分两队从迁安县与抚宁交界与古北口西段入。攻克天津蓟州、山东兖州、江苏海州（今连云港）、丰县、沛县等地，崇德八年五月返回。五次对关内入侵，都是势如破竹，疾似飙风。皇太极命令武英郡王：“凡遇人口，即行俘之……凡物，见则取之。”清军蹂躏了明朝广大地区，掳掠了大批人畜和财物。例如第三次俘获人口18万。第四次入关骚扰，杀明将官100多人，俘获人口46万，抢劫白金百万余两。第五次，攻破城池88座，俘获人口37万，抢夺金银财物不可胜计。
要扩张，必须扩军。崇德七年（1642）六月与天聪九年（1635）皇太极在努尔哈赤所建满洲八旗的基础上又建立起汉军八旗（3万3千人）与蒙古八旗（2万5千人）。同时，一些明将纷纷投降，也使后金如虎添翼。此外在天聪五年正月，开始造炮，所造红衣大炮在后来的征战中发挥了巨大威力。
皇太极在位16年。崇德八年（1643）去世，终年52岁。葬沈阳昭陵，庙号太宗，累谥“应天兴国弘德彰武宽温仁圣睿孝敬敏昭定隆道显功文皇帝”。
反间计杀袁崇焕
袁崇焕像天聪二年（1629）皇太极率兵从喜峰口入关抢掠。皇太极驰至北京城下。督师蓟辽的明兵部尚书袁崇焕（字元素，广东东莞人）率总兵官祖大寿、副将何可纲自山海关千里兼程入援京师，败皇太极军于北京广渠门外。
皇太极对袁崇焕恨之入骨。皇太极的父亲努尔哈赤在宁远城为袁崇焕所败并怀恨而死。皇太极本人曾于天聪元年五月攻打宁远、锦州时也败在他手里。皇太极自然是想把袁崇焕除掉才解心头之恨，才能搬掉他入关的障碍。既然用武力奈何不了袁崇焕，皇太极便用上了阴谋。
因为皇太极以前跟袁崇焕讲过和，明廷便有人诬陷袁崇焕与皇太极有勾结，将为城下之盟。皇太极决定利用袁崇焕与明廷的这个矛盾来除掉袁崇焕。
首先他派人散布谣言，说袁崇焕纵敌而保存自己的力量。他将抓来的明朝杨太监关在营帐里，然后秘密地让已经降清的明副将鲍承先在帐外偷偷对杨太监说：“我们要撤兵了，这是皇上的主意。皇上与袁崇焕有密约。要不了几天，他就投降了。”皇太极故意将杨太监放回，杨太监将他听到的所谓袁崇焕要投降的谣言报告崇祯帝朱由检，愚蠢的崇祯帝信以为真，便于十二月下袁崇焕于锦衣卫狱。大学士礼部尚书成基命请崇祯帝慎重再三，但崇祯帝不听。翌年八月将袁崇焕凌迟处死，兄弟妻子流放三千里外。这样，皇太极用崇祯帝之手除掉了他在战场上战胜不了的劲敌，搬掉了入关障碍。
《三国演义》育将才
皇太极十分重视学习汉族文化。明罗贯中所著《三国演义》含有深厚的战略、战术思想，对于指挥打仗很有借鉴作用。他命令翻译这部书为满文，抚育了一代又一代清朝将领。
大学士达海（1595－1632）是满洲正蓝旗人，满文、汉文兼通，有满洲圣人之称。