主要内容：1公使驻京；2扩大领事裁判权；3增开汉口、九江、南京、镇江、营口、汕头、台南、琼州、淡水、烟台等10处为通商口岸；4外国传教士可入内地自由传教；5外国人可到内地游历、经商；6外国商船可在长江各口往来；7赔偿英国白银400万两，法国200万两。“公使驻京”是中英《天津条约》所独载。十月三日，中英、中美又在上海签订《通商章程善后条约》，规定减少关税，鸦片贸易合法。
咸丰帝对条约恼怒万分，特别痛恨“公使驻京”这条，“华夷之辨”在他头脑中根深蒂固。“天朝”皇帝哪能与外国夷狄同住一城？他宁愿用全免进口税这一“恩惠”来取消公使驻京这条。他派桂良、花沙纳南下改约，桂良照会额尔金重议公使进京这一条。额尔金同意公使另驻其他地方，但条约一定得在北京换约。本来不愿让外国人到北京来的咸丰帝也同意北京换约，他可能是想长痛不如短痛吧。
咸丰九年（1859）五月二十五日，英法美3国公使各率一支舰队从大沽口溯北河赴北京换约。清政府五月二十三日告诉他们：大沽设防，须改道北塘。英法舰先到，不听，驶入大沽并开炮轰击炮台。清僧格林沁率军还击，敌舰4沉8伤，打死打伤478人，英军舰队司令何伯受伤。美舰后至，遵嘱改道，没发生冲突。
联军遭惨败的消息传到英、法国内，两国决定增兵，以武力迫使清朝道歉。它们组织了一支25000人的侵略军，重新任命额尔金与葛罗为全权代表，两人于十年五月三日到香港。联军兵船于九月十五日驶到北塘。六月二十六日，联军万余人占领新河与军粮城，僧格林沁率精骑3000在敌人火器射击下冲锋，死伤殆尽，只余下7骑。二十八日联军攻占塘沽，七月五日，攻占大沽炮台，守将直隶提督乐善与炮台官兵全部死难。八日联军占领天津。咸丰帝急令桂良与直隶总督恒福赴天津与联军谈判。联军提出新条款：赔偿800万两，天津为商埠，允许公使进京。咸丰闻之大怒，要决一死战。七月二十六日，联军3000人自天津向通州方向进发，咸丰帝又改变主意，派怡亲王载垣、兵部尚书穆荫为钦差大臣赴通州与联军谈判。二十九日，拟答应他们各项条件，但巴夏礼又提出，英法使节向清朝皇帝当面递交国书，立而不跪；清朝皇帝也须当面把条约批准书面交英法使节；清军从通州撤出。咸丰得知后气得要命。在他看来，英法使节递国书必须跪拜，这是“国体”。他坚决不同意巴夏礼的意见，愿跟联军决一死战。八月四日，僧格林沁根据咸丰帝的旨意拘留了英法人员巴夏礼等39人为人质。这一天，联军攻陷了北京门户通州。七日，清军与联军激战八里桥（离北京城20多里），清军伤亡惨重。咸丰帝惊慌失措，留下奕与联军议和，八日，咸丰帝仓皇逃往热河，住进避暑山庄。二十二日，联军侵入北京，同日抢劫圆明园。二十三日，英法胁迫释放被拘人员：不释放就炮轰北京城。二十四日到二十九日，僧格林沁先后释放了19名，其他20名已在狱中死去，英人为报复，给清朝皇帝“永久性的教训”，于九月五日烧毁了历经雍正、乾隆、嘉庆、道光4朝修建，耗资2亿两以上的圆明园，犯下了滔天罪行。
九月十一日，奕与额尔金、葛罗交换了《天津条约》批准书，签订了中英、中法《北京条约》。中英《北京条约》9款，中法《北京条约》10款。除承认《天津条约》有效外，还增加了下列内容：1增开天津为商埠；2准许华工出国；3将九龙割让给英国；4将以前被充公的天主教资产发还（法国翻译擅自在文本上加上“传教士在各省租买土地，建造自便”一条）5赔偿英法军费各88万两。恤银英国50万两，法国20万两。
俄国乘清政府之危大捞了一把。咸丰八年四月，俄国西北利亚总督穆拉维约夫兵临瑷珲，清黑龙江将军奕山被迫签订《中俄条约》，将兴安岭以南60多万平方公里土地归俄国。乌苏里江以东40万平方公里土地由中俄共管。咸丰十月二日，俄国借口调解中英法关系有功，签订《北京条约》，将乌苏里江以东40万平方公里土地归俄国。后来签订《中俄勘分西北界约记》，又被俄国割占了巴尔喀什湖以东44万平方公里土地。此外，俄国还获得了库伦、张家口、喀什噶尔等地的领事裁判权。
英法发动的第二次鸦片战争使中国遭受了重大损失，英法俄等列强从中国攫取了大量的土地以及司法主权、租界管理权、内河航运权等权利，进一步破坏了中国民族经济，加速了中国社会半殖民地化的进程。
平定新疆
同治四年（1865），新疆喀什噶尔地区的封建主金相印利用当地回民对清政府的不满情绪起兵反清，并向中亚浩罕国求助。浩罕国军事头目阿古柏乘机入侵新疆，自称帕夏。同治十年（1871）沙俄出兵占领伊犁9城（惠远、惠宁、绥定、广仁、熙春、宁远、拱辰、瞻德、塔尔奇）并宣布伊犁永远归俄国管辖。第二年，清政府派伊犁将军荣全与沙俄交涉归还伊犁，沙俄竟不答应。面对这一形势，投降派直隶总督李鸿章主张放弃新疆，而以维持民族利益为重的陕甘总督左宗棠则力主恢复。光绪元年（1875），清政府终于同意左宗棠的意见，任命他为钦差大臣“督办新疆事务”。
左宗棠委任刘锦棠为前敌指挥，总理营务。刘锦棠打过几十次仗，有“无战不从，无战不胜”之誉。左、刘共同制定了“先北后南”、“缓进急战”的策略，决定先攻北路（北疆），再攻南路（南疆），节节取胜。
光绪二年（1876）四月，刘锦棠兵出嘉峪关。闰五月，次巴里坤，进驻古城。六月，刘锦棠围困叛军所据古牧，阿托爱弃马而逃。刘锦棠又用开花炮攻城。古牧6000守兵被歼。收复乌鲁木齐、迪化及其王城。八月，乌鲁木齐都统攻克玛纳斯南城，北路遂清。
光绪三年，刘锦棠挥戈直捣南路。三月三日刘锦棠围攻敌人据点达坂城。城内引湖水卫城，泥淖深及马腹。清军提督余虎恩、陶生林与副将夏辛酉等马队掠过深淖，列于城左山冈，提督谭上达、谭和义、戴宏胜等马队，列在城后山上，降将总兵崔伟等马队居两军之间。这时敌人还在呼呼睡大觉。天明雾收，城中人望见清兵，无不大惊失色。总兵侯名贵向城内用开花炮连番轰击，城中人马碎裂，夺门而逃，但又被清军堵住，刘锦棠叫人喊：“把穿奇装的捆起来，有奖！”结果，城中大小头目都被捆出来，无一逃脱。达坂城攻下后，驻吐鲁番的叛军首领白彦虎与托克逊城的叛军首领海古拉都逃走。吐鲁番与托克逊城落于清军之手。三月十八日阿古柏看到人心已去，便服药自杀。九月，清军连下库尔勒、库车、阿克苏诸城，十一月连克喀什噶尔、叶尔羌和和阗。阿古柏残余势力逃到俄国。
新疆南北两路收复后，清政府便通过外交途径来解决伊犁问题。光绪四年（1878），清政府派崇厚去俄国交涉，他竟迫于沙俄压力签订了丧权辱国的《里瓦几亚条约》，根据这个条约，伊犁名义上归还了中国，但其西南大片领土都送给了俄国，居民又被俄国夺去，伊犁便成了空城。
《里瓦几亚条约》理所当然地受到中国朝野的反对和拒绝，崇厚被严办。光绪六年（1880），改派曾纪泽（曾国藩之子）到彼得堡谈判改约。要野兽将已入口的肥肉吐出来，何其难也！以民族利益为重的曾纪泽以极其艰苦的马拉松式谈判终于签订了比《里瓦几亚条约》好得多的《中俄伊犁条约》，收回了伊犁9城，取消了上述非法条约中割占伊犁南部大片土地的条款。但这仍是不平等条约，霍尔果斯河以西地区被沙俄强行割去，赔款900万卢布，并规定沙俄在新疆贸易有免税之权。
中法战争
中法战争是光绪九年（1883）十一月开始，十一年（1885）结束的中国人民反对法国侵略者的战争。
这次战争的起因是法国企图从越南打通一条西南地区的通道以掠夺那里的资源。战争本来是中国打赢了的，但由于清朝政府的腐朽和妥协的政策，最后却失败了，签订了《中法会订越南条约》。从此，法国从中国西南肆意向中国扩张。然而在战争中刘永福和冯子材及其所率领的军队为国家领土完整进行的英勇斗争永远名扬反侵略史册。
战争分三个阶段。
第一个阶段：越南北部红河三角洲地区，黑旗军先胜后败，签订《中法简明条约》。
同治十二年（1873）十月，法军占领河内、海阳、宁平、南定等省。法将安邺与越南土匪头目黄崇英勾结，企图占领整个越南。越南国王邀请中国黑旗军帮助抗法。
黑旗军首领刘永福（18371917），字渊亭，本名刘义，广西上思人。他率领的军队打七星黑旗，故称黑旗军。这支军队原是太平天国时期活跃在两广边境上的农民起义军。太平天国失败后，驻扎在越南保胜（今老街）一带约有2000余人。刘永福接到邀请后即率军绕道河内，他设下埋伏，诱斩安邺，大败法军于河内城郊。
越南国王封刘永福为副提督，管理宣光、兴北、山西三省。