石达开对这种滥杀行为不满，从安庆起兵讨伐韦昌辉，天京军民也愤怒声讨韦昌辉。洪秀全不得已密令杀了韦昌辉。但石达开受洪秀全猜忌，便率10万大军离京出走，分散了太平天国的兵力。这次内讧使太平天国元气大伤。清廷乘机令钦差大臣德兴阿攻陷扬州，重建江北大营；钦差大臣和春与帮办大臣张国樑重建江南大营。八年八月中旬，太平军在江西的营盘全部丢失。
天京变乱后，太平天国建立了年轻的新的领导核心。洪秀全以20岁的广西桂平人陈玉成为前军主将，33岁的广西藤县人李秀成为后军主将，22岁的广西藤县人李世贤为左军主将，30岁的广西桂平人韦俊为右军主将。八年六月下旬，李秀成在安徽枞阳开会，决定先破江北大营，解天京之围。会后取得了一系列的胜利。陈玉成、李秀成密切合作，于八月二十日发动浦口战役，破江北大营。十月十日，李秀成发动三河镇战役，歼敌6000，湘军悍将李续宾自杀。接着，陈、李又攻克舒城、潜山、太湖等地。十一月十二日，李世贤围攻芜湖湾芷清营，击毙提督邓绍良，同月辅王杨辅清攻占江西景德镇。九年二月十六日，陈玉成在安徽庐州活捉安徽巡抚李孟群。十年二月九日，李秀成攻克杭州。闰三月十六日，在陈玉成、李秀成、李世贤的猛攻下，江南大营崩溃。两大清营解体，天京解围。二月十九日，陈玉成、杨辅清、李世贤克丹阳。四月六日李秀成占领常州，十日又占领无锡。二十三日李秀成、杨辅清占领苏州、江阴。到五月十三日，嘉兴、太仓、嘉定、青浦、松江陆续为太平军占领。苏南根据地由是开辟。六月后，陈玉成连克浙江余杭、临安。八月二十五日，李世贤攻克安徽徽州府城。十月九日，又进占浙江富阳。二十二日李秀成攻入黟（ｙī）县，咸丰十年六月初九进驻祁门的曾国藩大惊失色。太平军这一系列的胜利使富庶的苏浙成为太平军广阔的根据地，为太平军提供了坚实的后勤保障，使天京有了两翼之护。
第三阶段：咸丰十一年九月至同治三年六月，湘军夺取上游安庆，李鸿章与洋枪队占领苏浙，天京攻破。
咸丰六年十一月，胡林翼夺取武昌，湘军由湖南扩展到了湖北。七年二月，曾国藩因父丧回家守制。因石达开部在赣南闽浙交界活动，八年五月二十三日咸丰帝令他复出，带兵援浙。前此一月，李续宾奉胡林翼令已攻陷九江，太平军守将林启荣与所部17000余人战死。咸丰十年闰三月，曾国藩派其弟曾国荃攻打天京上游的屏障安庆。由于曾国荃兵力有限，与安庆的太平军守军相持。根据咸丰十年4020电子书京会议安排，李秀成、陈玉成实行第二次西征，期于十一年三月会师武汉，以解安庆之围。陈玉成于十一年二月八日攻克黄州，离武汉75公里。由于英国参赞巴夏礼阻挠，陈玉成放弃了攻武汉的打算，回师救安庆。李秀成救援安庆的态度不积极，十一年五月才到武昌，受到英国驻汉口领事金执尔的恫吓，同时听说陈玉成已经折返安庆，便放弃对武汉的进攻而回。陈玉成到安庆后，先锋程学启叛变，陈玉成又与主将林绍璋、干王洪仁玕意见分歧，救援受到干扰。十一年八月一日，粮食断绝的16000太平军守城将士战死，安庆失守。洪仁玕说：“安庆一失，沿途至天京之城相继陷落不可复守矣！”
陈玉成转移庐州，于同治元年四月三日在寿州被苗沛霖诱捕，解往胜保营，从容就义。安庆失守后，皖北的桐城、皖南的池州等地丢失。
安庆失守后，李秀成与李世贤在浙江扩大了势力范围。八九月间占领常山、余杭、严州、诸暨、绍兴，十一月二十八日又攻克杭州。台州府和宁波府也于十一月一日和八日被李世贤攻破。
北京政变后，慈禧太后授权曾国藩统辖江苏、浙江、安徽、江西4省军务。同治元年，曾国藩分3路进攻太平军：曾国荃一路率湘军主力进攻南京，左宗棠一路率湘军一部进攻浙江，李鸿章一路进攻苏南。太平军在苏南和浙江的根据地在列强军队配合李鸿章指挥的淮军和左宗棠指挥的湘军的夹攻下相继丧失。苏南方面，同治元年三月十九日，英国军官戈登指挥的“常胜军”破慕王谭绍光、纳王郜永宽于上海。二年十月二十四日配合淮军将领程学启诱使太平军纳王郜永宽献苏州而降，并杀主将谭绍光。同治三年三月二十九日，戈登配合淮军将领刘铭传攻陷常州。浙江方面是英国领事馆通事郑阿福的“常安军”于同治元年四月十二日攻占宁波，英国军官乐德克率领的中英混合军“安乐军”在攻占宁波后又于七月攻占余姚，法国军官德克碑与勒伯勒东指挥的中法混合军“常捷军”，向浙西进攻。同治二年二月二十四日，“常捷军”与清军攻破杭州。
同治元年夏，曾国荃一路逼近天京，对天京实施包围。洪秀全令进攻上海的李秀成回护。李秀成组织30万大军分3路救援，但因士气不佳，未能解围。天京城内粮食匮乏，李秀成建议洪秀全让城别走，到其他地方建立根据地，遭到洪秀全的拒绝。同治三年（1864）四月二十七日，洪秀全病逝，终年51岁。其幼子洪天贵继位。六月十六日，湘军轰塌太平门城墙，湘军入城烧杀。李秀成携幼主出城，后来分散。李秀成被俘，写了数万言供词，表示愿意招降余部，供词写好当日即被杀。幼主到安徽广德，与洪仁玕会合，后来到江西。九月，洪仁玕与幼主先后被俘。幼主被凌迟处死，终年16岁；洪仁玕就义南昌，临刑作诗，最后几句是：“我今即永逝，一语贻后贤：天国祚虽斩，复生待他年。”
第二次鸦片战争
第二次鸦片战争（1856——1860）是英法继第一次鸦片战争之后发动的又一次侵华战争。
这次战争要从英国要求进入广州城和英法要求修约说起。
道光二十二年（1842）签订的《南京条约》有规定：广州、福州、厦门、宁波、上海五处港口，“大英国君主派设领事、管事等官住该五处城邑……。”英人虽然很快进了上海、福州、厦门和宁波，但久久进不了广州城。英公使文翰、包令多次向两广总督兼五口通商事务钦差大臣叶名琛提出入住广州城的要求，叶均断然拒绝。叶名琛的做法得到了咸丰帝的支持和鼓励。他们坚持“夷夏之防”，认为外国人“性同犬羊”，外夷进城会影响中国人。对他们来说，外国人少进一个城就好一分。
咸丰四年（1854）英国又抓住道光二十三年（1843）《中英虎门条约》和二十四年（1844）《中美望厦条约》的一些条文进一步向清政府提出修约要求：开放内地和沿海，使鸦片贸易合法，取消内地各口关税、公使驻京等。这个要求得到法、美两国附和，却受到咸丰帝的严词拒绝。六年（1856）三国再次要求修约，清廷仍不理睬，但三国尤其是英国却志在必得。它见口头要求得不到实现，就决意动武，九月二日发生“亚罗”号事件就是先兆。
这天，广东水师在广州黄埔捕获了两名海盗和10名有海盗嫌疑的水手。英驻广州领事巴夏礼硬说“亚罗”是英国商船，船上的英国旗受到中国士兵的侮辱，要求中方送回并赔礼道歉。两广总督兼通商大臣叶名琛把人犯交英领事馆，但巴夏礼拒绝接受。英国即以此为借口进行挑衅。十七日，英海军少将西马糜各里率英舰进犯广州，挑起第二次鸦片战争。叶名琛坚持“不战不和不守不死不降不走”的原则，端坐衙署，对于英人进城要求不作答复。英军兵力不足，只好撤退。叶名琛向咸丰帝谎报军情，说敌人死伤400多人，还说总司令也被击毙。
“亚罗”事件后，英国首相巴麦尊强行改组议院通过侵华战争条款，七年（1857）二月二十五日英国政府任额尔金为赴华交涉专使，指挥新的侵华战争。
这年一月十九日，法籍天主教神甫马赖在广西西林县以传教为名胡作非为，被知县处死。法国以保护教会为名，参与第二次鸦片战争。第二年（1857）十月法国派葛罗率舰队到香港与英军会合，联军共有5千6百多人。十一月十日，联军占据珠海炮台，攻打广州，广州陷落，二十一日叶名琛被俘，一月七日送往印度，后来死于加尔各答。广东巡抚与广州将军穆克德纳协助英法联军建立傀儡政权“联军委员会”，到十一年九月十八日结束，统绐广州长达3年多。
咸丰帝闻讯，大吃一惊，任黄宗汉为两广总督。
咸丰八年（1858）一月十三日，英法公使额尔金、葛罗照会清廷，要求派钦差大臣谈判修约，赔偿军费、增开口岸、改订关税、公使驻京，遭到咸丰帝拒绝，要他们到广东与黄宗汉谈。二月七日，黄宗汉通知各国使臣来广东谈判，俄国使臣到黑龙江谈判。三月十一日，英、法、美、俄公使照会清廷，派全权代表谈判。清廷派直隶总督谭廷襄跟他们谈判，英法拒绝，说谭不够资格。四月八日，英法联军炮击大洁炮台，扬言进攻北京。咸丰帝慌了手脚，派大学士桂良、吏部尚书沙花纳为全权大臣，赴天津，于五月十六、十七两日跟四国议和，签订《天津条约》，中英《天津条约》56条，附约1条；中法《天津条约》42条，附约6条。