这样既树立了朝廷的威信，也打开了张居正进行改革的通道。
张居正从具体问题入手，终于使吏治澄清，政体肃然。在政治改革取得成效后，张居正开始进行经济改革。
二、推行一条鞭法。在中国封建社会，赋役制度是最根本的经济制度。它既是每个百姓的生存之本，也关系到社会的安定和国家的安危。张居正认真考察了嘉靖初年曾经在广州、福建、江西等地实行的一条鞭法，认为用一条鞭法代替当时实行的两税法是可行的。但张居正也知道赋役制度改革事关重大，因此，他审慎行事，稳妥推进。万历六年（1578），张居正下令全国清丈各种类型的土地，命三年完成，并规定对破坏清丈土地者，将严惩不贷。通过清丈土地，张居正掌握了全国的田产和人丁情况。在此基础上，万历九年（1581），张居正下令将一条鞭法在全国范围内实行。所谓一条鞭法，简而言之，就是把各种田赋和徭役归并和简化，一概折银征收；除了一部分力役仍旧按丁摊派折银外，全部田赋和部分力役均按亩征银。
在一条鞭法实行以前，赋役的征收是分开的，赋以田亩为征收对象，收夏税、秋粮。役以户丁为征收对象，分为里甲、均徭、杂泛三种。实行一条鞭法以后，就是化繁为简，把赋役合并为一，大部分改为以田亩为征收对象，政府所需要的役由政府从税款中拿出一部分统一雇人代役。因土地多归地主所有，这样在一定程度上也减轻了农民的税收负担。而且，各项都改为折银征收，简便易行，也是一大进步，是中国自汉以后田赋征收由实物税转为货币税的一个历史转折。
实行一条鞭法对当时的社会以及后世都有重大的影响。简化了税收名目，就限制了地方胥吏借繁杂的税目对广大百姓进行苛扰和勒索，这有利于于生产力的稳定发展。征收货币税也减少了政府对实物运输储存的花费，节省了大量的人力物力。同时，国家的财政收入也得到了保证。
张居正的改革是明代改革中最有影响力的一次，也是最深刻的一次。通过改革，万历时期的政治状况有了良好的转变，而财政状况更是大为好转。当时太仓的粮食储存丰足，可够国家支用近十年。张居正通过改革展示了自己卓越的政治才能。这次改革能取得成功，既表现了张居正作为一个改革者的革新精神，同时也与他坚定不移的信念和勇于任事的精神密不可分。
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失败的帝师（1）
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张居正原来只是裕王府邸的一个讲官，现在却已是内阁的首辅。为了报答穆宗朱载垕的知遇之恩，为了不负先帝临终托孤之请，张居正呕心沥血，挽救大明王朝于危难之时，采取了一系列的改革措施，整顿吏治，富国强兵，国家面貌为之焕然一新。与此同时，他还兼任帝师，肩负着如何把年仅十岁的万历小皇帝培养成一个有道明君的重任。张居正是个政治能臣，他有才干，有胆识，有魄力，是个杰出的领导者。而且更幸运的是，张居正不是个野心家，面对孤儿寡母的大明天下，他没有其他的奢望，只是尽一个为人臣子的本分。张居正对万历小皇帝的教育和辅佐，倾注了他大量的心血。然而，历史却跟他开了个玩笑，他的学生最终没有成为他所期望的明君，他的教育彻底失败了。
万历小皇帝刚继位时，他的生活主要被三个人管理，他的生母李太后，司礼监太监冯保，内阁首辅张居正。冯保主要负责小皇帝的日常起居。他对小皇帝爱护有加，呵护备至。小皇帝对他也有很深厚的感情，称他为“大伴”。万历帝的生母李太后即慈圣皇太后，对万历帝的管教很严格。如果小皇帝犯了什么错误，皇太后对其都要进行严厉地训导，直到小皇帝诚恳认错，保证不再犯错。并且，李太后每次都会说：“我要告诉张先生，看你怎么办？”于是，小皇帝对张居正很是敬重，只称“先生”或“张先生”，在传旨或批奏章时，也多不直呼其名，只写“谕元辅”。
皇太子出阁讲学，是太祖朱元璋定下的祖制。隆庆六年（1572），作为皇太子的朱翊钧就已经在文华殿的东厢房出阁讲学了。等到朱翊钧做了皇帝，为了能够让他“进学修德”、“用贤使能”，张居正对万历小皇帝读书的事更是非常重视。他为小皇帝亲自排定了一份视朝和讲读的日程表。为了培养君德，开导圣学，他认为读书比视朝重要，因此，他安排小皇帝每月逢三、六、九的日子视朝，其他的日子，都要到文华殿讲读。张居正不但详细地安排了作为一个孩子需要学习的基本知识，比如进讲《大学》、《尚书》，还把教育的重点放在如何培养出一个好皇帝上。
隆庆六年十二月，张居正向皇帝进呈了《帝鉴图说》一书。在这本书中，张居正根据历代帝王的事迹，选取“善可为德者”八十一事，“恶可为戒者”三十六事，每件事情都绘有图画，并在后面以通俗易懂的文字把故事讲述出来。这样做不仅使年仅十岁的小皇帝能够看懂、读懂，更要使其明白每个故事中所蕴含的治国道理。张居正为了培养小皇帝，可真是煞费苦心。小皇帝也很听话，他把《帝鉴图说》这本书放在书案上，每逢进讲完毕，他就叫张居正把这些故事一一讲解给他听。有一次，张居正给他讲解到宋仁宗不喜珠粉之事，神宗说：“贤臣为宝，珠玉何益！”张居正听了此话，因势利导说：“明君贵五谷而贱珠玉，五谷养人，珠玉饥不可食，寒不可衣。”神宗表示赞同：“正是，宫中的妇人们喜好这些珠玉，但我在岁末赏赐时，还是很注意节省的。”张居正听了此话，感动得顿首直呼：“皇上谈到这个，社稷生灵的福气啊。”在张居正看来，小小年纪的万历帝能有如此见解，如此作为，让他备感欣慰。还有一次，当神宗读到汉文帝劳军细柳的故事，张居正说道：“皇上当留心武备，祖宗以武功定天下，承平日久，武备日弛，不可不及早讲求也。”神宗深表赞同。
张居正按照自己的理想，朝着把万历小皇帝培养成一个仁慈宽厚、勤政爱民的好皇帝的目标，执著地一步步努力着。投桃报李，小皇帝对张居正的关心和恩宠也超过其他臣子。有一次，张居正在内阁直庐染病，神宗就到他那里探望，并亲自为他调制一碗椒汤，以示关怀之意。神宗在文华殿进行讲读，张居正多在旁侍从。当夏天天气很热的时候，神宗就命令小太监在张居正站立的地方为其摇扇。如果是在隆冬时节，神宗就让人在张居正站立的地方铺上毡片，以免他着凉。君臣之间惺惺相惜，情同父子。
慈圣皇太后和太监冯保都很喜欢书法。神宗耳濡目染，自小对书法就很感兴趣，也写得一手好字。虽然贵为天子，但毕竟还是一个十多岁的孩子，神宗对自己的字写得好也颇为自得，经常写些字赐给大臣们，更是博来一片称颂之声。万历二年（1574）闰十二月的一天，神宗讲读完毕，召张居正到东暖阁，特意写了“弼予一人永保天命”八个字赐给张居正。次日，张居正就上疏皇帝，委婉地劝告皇帝：“帝王之学，当务其大者”，也就是规劝皇帝不要在研习书法上花费太多的精力。他还举了汉成帝知音律、能吹箫度曲，六朝的梁元帝、陈后主等都能书善画，然而都是亡国之君；有那么多的前车之鉴，神宗更不应该沉迷书法之中。作为一个皇帝，治国平天下才是最重要的。此后，神宗再也不敢轻易向别人炫耀他的书法了。由此可见，张居正对这个小皇帝的感情已经超出了君臣的关系。他不是把神宗当成一个皇帝，只是一味地赞赏奉承，博得皇帝的欢心；他更像一个长者，在孩子于成长道路中偶尔贪玩之时，及时地进行教导。
张居正在政治上是个铁腕人物。即使对当时实际掌管权柄的两位皇太后已经决定的事情，他也敢直言进谏。万历五年（1577）五月，皇帝降谕要重修慈庆、慈宁两宫。此二宫是两位皇太后的寝宫，重修也应该是两位皇太后的意思。但张居正却认为两座宫殿都刚刚于万历二年落成，还都壮丽如新，现在要重修，会造成人力物力上不必要的浪费。因此，他上疏劝阻，请求停止此项工程。两位皇太后听从了他的建议。当年九月，慈圣皇太后认为皇帝的大婚之期就要临近，就让皇帝停止当年的行刑。明朝的制度，秋天有秋审，九月正是判罪行刑的时间。慈圣皇太后比较信佛，好做善事，她的这点妇人之仁，理应成全。可是在张居正看来，国家之乱，完全是因为执法者的有心宽纵，才到了不可收拾的地步。他认为“盗者必获，获而必诛，则人不敢为矣”。“杀以止杀”，惟有严厉地执行国家的法律制度，社会才能安定，国家的安全才有保障。张居正立刻上疏，阻止慈圣皇太后“暂免行刑”的做法。这个奏疏上去后，圣旨下：“先生说的是，今年照旧行刑。”
万历五年，张居正的父亲在湖广江陵去世。一辈子默默无闻的张文明肯定没有想到他的去世竟然如此轰轰烈烈，演变成明代历史上的一件大事，而且还在千里以外的京城掀起了一场轩然大波。按照旧制，张居正应丁父忧，回籍守制三年。事情的结果是张居正被皇帝特旨“夺情”，在职居丧。对张居正“夺情”事件起因的说法有两个版本。其一是说张居正被“夺情”完全是他贪恋权位，自己一手策划的。