或许，最广为人知的问责型测量就是“基于绩效的问责系统”，它是把测量和奖惩联系在一起。在一些案例中，测量和奖励措施所关联的是人们所期望的结果，例如温室气体排放的减少或学生考试分数的增加。如果成效难以观察，测量就可以和短期行为挂钩，人们认为这些短期行为可以带来长期成效。在健康领域，举例而言，医生的奖金有时和临床服务品质挂钩，如某种风险群组中接受特定循证治疗的病人比例。人们希望，临床实践的普遍改进，能给整个体系带来成本和品质的显著改善。
基于绩效的问责系统背后有一个简单的变革理论，即假设不论人还是机构都是趋利（奖赏）避害（惩罚）的，他们会据此调整自己的行为。因此，只要奖励的设置和系统的目标是一致的，那么这种系统就能够带来绩效的改善。
但这一简单的理论有赖于对测量环境的诸多乐观假设。首先，必须要有办法向目标个人或机构发出奖励信号。当存在明确分工和等级关系（例如在资助方和受资助方之间）的时候，这是最容易的。这在市场环境中也行得通，因为官方信息会指导消费者决定从何处以及要不要购买某项产品或服务。例如，美国有一些州开发了品质评分和改进系统，让消费者可以获知有关日托中心服务品质的测量结果，并据此决定要把孩子送往何处。[4]然而，社会创新日益涉及复杂的系统，不同领域及行业的个人、网络和机构在其间相互作用。此时，想让行为和系统朝着期望的方向改变，奖励机制的设计就变得尤为困难。基于绩效的问责系统还假设存在一种学术性或实践性的知识，可以借以区分哪些行动是要鼓励的，哪些行动是要劝阻的。如在临床医学领域，通过大量证据将具体的疗法和措施与健康成效相关联（例如，给心脏病发作的患者服用阿司匹林能降低心脏病再次发作的概率），绩效测量项得以确定。但是，某些重要方面的大规模社会创新项目，例如“健康文化”，往往涉及一些证据基础十分薄弱或刚刚开始积累的领域。
举例来说，有数量可观的证据显示，一系列社会和经济因素与健康行为的流行状况相关，并进而关系到诸如糖尿病、高血压和心脏病这样的健康后果。但是，关于如何创造和维持使得整个国家的健康状况获得改善的条件，确凿的证据就比较难以收集。部分原因是，个人的、经济的、制度的因素犬牙交错，去中心化的治理体制也相当复杂，人们关于健康的感知和评估更是有着根深蒂固的差异。[5]
即便在那些已经积累了大量证据的成熟领域，将测量和奖励挂钩的做法也可能导致意料之外或事与愿违的结果。早在1956年，著名期刊《行政科学季刊》在发刊号中就发表了一篇题为《绩效测量的不良后果》的文章，探讨了附带奖惩的绩效测量如何导致不利于机构整体绩效的偏颇决策。
最近的行为经济学研究则显示，一部分这样的意外结果的出现，是因为奖励往往会触发心理的、社会的和组织的反作用。例如，来自杜克大学的丹·艾瑞里和来自卡内基梅隆大学及多伦多大学的同事一道，邀请一群受试者玩一些强调创造力、记忆力和运动技能的游戏，他们将玩家分为获得低、中、高不同等级奖金的小组，结果发现最高等级的奖金实际上有损于玩家水平的发挥。[6]
上述研究者认为，奖励机制会触发其他心理机制。首先，这可能会削弱人们的主动性，因为把绩效设计成一种奖励体系，暗示着这项任务并不是人们乐于从事的，必须要靠奖励吸引人们参与。其次，这可能有损信任感，因为奖励机制的设计（或许在无意中）暗示着并不相信别人原本就能胜任此项工作。这些研究者发现，奖励机制更适合那些具体的、不那么概念化的任务。然而，大多数的社会创新在本质上恰恰需要每个人和各机构协力攻克并不存在现成对策的新问题。