同样具有革命性的，是洪堡对于“唤醒我们的想象力与灵魂”的期许。在德文版的前言中，他反复地强调了这一点，并提到弗雷德里希·谢林的自然哲学。1798 年，23 岁的谢林出任耶拿大学的哲学教授，并迅速成为歌德小圈子中的重要成员。他的“自然哲学”成为德国唯心主义和浪漫主义的理论基石。谢林主张“整体把握自然之必要性”，拒绝在内在与外在、自我的主观世界与自然的客观世界之间划出一道不可逾越的鸿沟。谢林强调人与自然通过生命的力量相连通，认为自我与自然之间存在有机的联系。他宣称：“自身即等同于自然。”这一信条将为浪漫主义者去荒野自然寻找自我本心打下基础。洪堡相信，唯有到了南美洲，他才找到了真正的自我。因此，谢林的理论对他无疑具有巨大的吸引力。
洪堡对谢林的引用还说明他在过去十年中发生的巨大变化。他认为谢林的思想有助于揭开科学的另一面。虽然并没有彻底偏离启蒙时期的理性方法，但洪堡已经悄悄地为主观世界开启了一扇大门。一位友人致信谢林，称洪堡这位“实证主义王子”已经发生了彻底的转变。虽然很多科学家都对谢林的自然哲学不以为然，认为这与实证研究和科学方法背道而驰，但洪堡坚持认为启蒙思想与谢林的学说并不是“争吵不休的两极”。恰好相反——谢林对统一性的强调成了洪堡理解自然的基石。
谢林提出，“有机体”的概念应该是理解自然的起点。自然不是一个机械系统，而是具有生命的整体。就像一台机械钟表与一只动物的区别：前者的部件可以拆开重组，而动物不行——自然是统一的整体，各个部件唯有合而为一才能运转。洪堡曾致信谢林，表示这一转变不亚于科学中的一场“革命”，从“堆砌起来的枯燥事实”和“粗糙的实证主义”转向了别处。
当然，最早向他提及这些想法的还是歌德。洪堡没有忘记耶拿的时光，以及歌德的自然观念对他产生的深远影响。他后来告诉歌德，将自然与想象力交织起来，是源于“您作品的影响”。为了感谢他，洪堡将《植物地理学随笔》题献给这位老朋友。《随笔》的封面绘有阿波罗——这位诗歌之神正在揭开自然女神的面纱。诗歌是理解神秘的自然世界所必需的钥匙。作为回报，在小说《亲和力》中，歌德让其中一位主要人物奥蒂莉（Ottilie）说出这样的台词：“我多么希望能够亲自聆听洪堡的言辞！”
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1807 年 3 月，歌德收到《随笔》后立即“狼吞虎咽地”读完，并且在数日内重读了若干次。洪堡的新想法如此富有启示，歌德迫切希望和别人讨论。②两周后，他以《随笔》的内容为基础，特地在耶拿举办了一场关于植物学的演讲。歌德写道：“洪堡用这阵美学的微风，为科学吹亮了闪耀的火炬。”
洪堡《植物地理学随笔》的封面图，以及他给歌德的题献
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《随笔》于 1807 年初在德国问世，而洪堡当时返回巴黎的计划又再次受到战争与政治的阻挠。自 1795 年 4 月签订《巴塞尔和约》（Peace of Basle）以来，普鲁士已有超过十年的时间没有参与过拿破仑与欧洲联军的战争。腓特烈·威廉三世决意在这场僵局中保持中立。当时的舆论认为，这一决定等于示弱，而国王也因此受到欧洲各国的冷落。但是，在 1805 年 12 月的奥斯特利茨战役之后，神圣罗马帝国解体，拿破仑于 1806 年夏天建立了所谓的莱茵邦联，十六个日耳曼州与拿破仑结盟，承认其为他们的保护人。事实上，这成了法国与中欧之间的一道缓冲地带。没有参与这一邦联的普鲁士则日益为法国对其领土的步步进逼而忧虑。在法国军队挑起若干起边界冲突之后，普鲁士终于在 1806 年 10 月向法国宣战。然而，此时的他们已经没有可以相互依仗的盟友。这是灾难性的一步棋。
10 月 14 日，拿破仑的军队在耶拿和奥尔施泰特歼灭了普鲁士军，他们在一日之内就将普鲁士的领土削减了一半之多。两周后，拿破仑抵达柏林，战败的普鲁士人与法国签订《提尔西特条约》，将易北河以西和东边的部分土地割让给法国。除了将部分区域直接并入法国，拿破仑也创立了一些新的邦国——名义上独立，实则受法国控制——例如威斯特法伦王国，其统治者是拿破仑的弟弟，战略上完全依附于法国。
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普鲁士失去了欧洲大国的地位。法国在《提尔西特条约》中索要了巨额赔款，进一步使普鲁士的经济停滞不前。丢失的大片疆土中还包括原有的大部分学术中心，例如位于哈雷的规模宏大且最为著名的大学，当时被划定归威斯特法伦王国所有。普鲁士只剩下两所大学：一所在柯尼斯堡，该校最有名的教授伊曼纽尔·康德刚于 1804 年去世；另一所地方学府则位于勃兰登堡的奥得河畔法兰克福，洪堡 18 岁时曾在那里度过一个学期。
1806 年，在耶拿-奥尔施泰特会战后，拿破仑以胜利者的姿态，从勃兰登堡门进入柏林
洪堡致信友人，称自己像被“埋葬在祖国郁郁不欢的瓦砾中”。“为何我没有在奥里诺科河畔的雨林中或安第斯山巅住下来？”忧郁的他埋首于工作，藏身于柏林的小花园别墅中：案头是成堆的笔记、在拉丁美洲记下的日记以及大量书籍。洪堡同时在推进若干部书稿，但其中帮助他度过最艰难时刻的还属《自然之观点》（Views of Nature）。它将成为洪堡最受欢迎的著作，被翻译成 11 种语言，畅销各国。洪堡在该书中创立了一种新的体裁，将生动的文字、丰富的景物描写与科学观察结合起来，是今日自然文学的范本。在自己所有的著作中，《自然之观点》也是他最喜爱的一部。
《自然之观点》重现了安第斯山巅的寂静，以及雨林生境的丰润与富饶；书中还展现了流星雨的魅力，还有在亚诺斯平原捕捉电鳗的残酷奇观。在他的笔下，“地球闪耀的子宫”“珍宝点缀的河岸”洋溢其中；沙漠是“流沙之海”，舒展的树叶“迎向初升的太阳”，猿猴的“长声哀鸣”回荡在密林之间。洪堡回忆道，奥里诺科河的急流激起一阵阵水雾，彩虹在其间跳动，如同捉迷藏般的“光学魔法”。他乐于创造一个个富有诗意的生动场景，例如，他会这样描写某种奇特的昆虫：“将它们发红的磷光浇注到芳草覆盖的土地上，地面荧荧发光，好像是富有生命的火焰在燃烧，又仿佛天上的星幕沉降到了地表。”
这是一部不回避诗意抒情的科学著作。对洪堡而言，文笔和内容一样重要。他不允许出版商更动哪怕一个音节，这么做也是为了保证文字的“旋律性”不受破坏。公众可以略过那些更为详细的科学解释，因为这些占据大量篇幅的细节藏在每章末尾的注释里。③