1890 年 10 月，就在缪尔在《世纪》上发表文章仅仅数周后，将近 200 万英亩土地被划为约塞米蒂国家公园，由联邦政府管辖。然而新公园的中心圈出了一块地方，那就是约塞米蒂谷本身，仍然由疏忽职守的加州州政府管理。
这是重要的第一步，还有很多后续工作。缪尔相信，只有“山姆大叔”——也就是联邦政府——才有能力保护森林，不让它们遭到“傻瓜们”的破坏。单是将一片土地划为公园或保留林地还不够，必须配备相应的监管和执法力量。两年后，也就是 1892 年，缪尔参与创立了山峦俱乐部（Sierra Club）：这个以守护荒野为职责的民间团体至今仍是美国规模最大的草根环境组织。缪尔希望能够由此“为野生环境做些事情，让山岳感到喜悦”。
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他继续写作，不懈地开展宣传活动。他的文章发表在全国各大刊物上，如《大西洋月刊》（Atlantic Monthly）、《哈泼斯新月刊》（Harper’s New Monthly Magazine）以及约翰逊的《世纪》，影响的读者面逐渐扩大。20 世纪初，他的声望达到了顶峰，连西奥多·罗斯福（Theodore Roosevelt）总统到约塞米蒂露营度假时，都特意要求缪尔陪同。1903 年 3 月，罗斯福写信给缪尔：“我不需要别人陪我，有您就足够了。”两个月后，这位同样热爱自然，但也喜爱围猎大型动物的高个子总统抵达了内华达山脉。
这二人站在一起的效果颇为奇特：65 岁的缪尔瘦削结实，比他小 20 岁的罗斯福则壮实、粗犷。在四天的时间里，他们在三处不同的地方扎营：“由巨型红杉树组成的庄严神殿”，高处有积雪覆盖的岩壁顶坡，以及位于酋长岩灰色峭壁之下的山谷底部。在雄伟巨石和高耸树木的环抱之下，缪尔说服总统：联邦政府应该从加州州政府处收回约塞米蒂谷，然后将它并入规模更大的约塞米蒂国家公园。⑦
洪堡看到并理解自然面临的威胁，马什将自己掌握的证据构建成一个令人信服的结论，而缪尔则将对环境的忧思播种到更广泛的政治视野中，并将其提升为公众心目中的重要议题。马什和缪尔之间存在重要的差异。马什反对破坏森林，希望节省自然资源保护（conservation）起来；他呼吁进一步规范对树木和水资源的利用，以便实现可持续的平衡。
而缪尔则以不同的方式阐释洪堡的思想。他提倡保存（preservation），即将自然隔离保护，使它们不受人类影响。他想尽量使森林、河流与山岳保持原始状态，并坚持不懈地朝着这一目标努力。“我没有什么救下森林的计划、系统或招式，”他说，“我只想尽己所能地敲击和捶打。”他还动员大众，激发他们的意愿，以此获得支持：成千上万的美国人读到他的文章，他的著作更是成了畅销经典。缪尔无畏的声音回荡在北美大陆的各个地方。他，成了美洲荒野最强硬的守护者。
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缪尔参与的最重要的抗争之一，是反对赫奇赫奇山谷修筑水坝的计划。这座山谷并不是很出名，但也十分壮观，地处约塞米蒂国家公园范围内。1906 年，一场地震和火灾过后，长期苦于水资源短缺的旧金山市向美国政府提出申请，希望在流过赫奇赫奇山谷的河流上修建大坝，从而给不断扩张的大都市建造一座水库。缪尔当即反对这一提议。他写信给罗斯福总统，提醒他在约塞米蒂谷度过的露营时光，指出保护赫奇赫奇刻不容缓。与此同时，罗斯福也从他委任的工程师那里得到报告，称修建水坝是解决旧金山长期缺水问题的唯一方案。两方的立场都很鲜明，这是美国第一次就保护荒野与人类文明的需求，也就是在保护与进步之间产生争议。缪尔的这一抗争具有重要意义。如果连国家公园的一部分都可以因商业开发而挪用，那么还有什么是真正受到保护的呢？
缪尔写下了更多极富煽动性的文章。同时，山岳俱乐部也敦促民众给总统和政客们写信。围绕赫奇赫奇的抗争演变成了一场全国性的抗议活动。国会议员以及众议员们从忧心忡忡的选民那里收到数千封来信，山岳俱乐部的发言人在政府委员会面前举证，《纽约时报》更称其为“一场普世抗争”。相持多年之后，旧金山最终胜出，水坝开始动工。虽然缪尔十分失望，但他意识到整个国家“从沉睡中被唤醒”。虽然赫奇赫奇不复原貌，但缪尔和致力于保存自然的同道们也学会了如何去游说，如何开展全国性的宣传活动，以及如何在政治角力场上进行博弈——这些都为未来的环保行动树立了楷模。以自然之名发起全国性抗议行动的理念就此诞生，而他们也从中得到了沉痛的教训。缪尔说：“无论怎么保护，任何可以转化为美元的东西都不是绝对安全的。”
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虽然历经了风风雨雨，但缪尔从未停止过对南美洲的向往。初到加州时，他还坚信一定能成行，但总受到其他事情的羁绊。在给一位老朋友的信中，缪尔写道：“我何曾忘记亚马孙，那条地球上最伟大的河流？永远、永远、永远不会。半个世纪以来，它一直在我的心中燃烧，并且会永远燃烧下去。”在爬山、务农、写作和参与政治活动之外，缪尔还抽时间前往阿拉斯加考察，然后又环游世界，还专程参与了考察树木的旅行。他到过欧洲、俄国、印度、日本、澳大利亚和新西兰，但没能前往南美洲。多年以来，缪尔的心中一直怀揣着洪堡的理念。他在柏林短暂停留，参观了洪堡百年诞辰后建起的洪堡公园，并在柏林大学门口的洪堡雕像下致敬。朋友们明白这位普鲁士科学家之于缪尔的意义，并把缪尔的这次旅行称为“洪堡之旅”。其中一位朋友甚至将缪尔的著作放在自己图书馆的“探索文学”分类下，“就在洪堡著作的下一排”。
缪尔执着地惦念着追随英雄足迹的梦想。随着年岁渐长，这一愿望变得愈加强烈，而且家庭的牵绊也减轻了不少。1905 年，妻子露伊去世，两个女儿都相继结婚，组建了各自的家庭。1908 年，70 岁的缪尔早已到了退休年龄，但他仍未放弃旅行的梦想。他开始把全部精力都倾注到“洪堡之旅”上。1910 年春天，他发表了《夏日走过山间》。也许正是因为写作这本书时引起的回忆，他才决意实现青年时代的梦想——毕竟，他受到“成为洪堡”的强烈愿望之驱使，于 40 多年前离开印第安纳波利斯，继而又去到加利福尼亚。缪尔买了一部新版的《旅行故事》，彻头彻尾地重读了一遍，不时圈点批注。没有什么可以阻拦他了。不管女儿和朋友们如何反对，他都坚持要去，“否则就太迟了”。他的固执尽人皆知。一位朋友说，缪尔如此频繁地提起这次远行计划，在见到南美洲之前，他恐怕无法开心起来。
1911 年 4 月，缪尔离开加州，乘坐南太平洋铁路的火车，跨越大陆来到东海岸。他停留了数周，紧张地为若干本书打了草稿。8 月 12 日，缪尔从纽约登上一艘蒸汽船，终于朝着“那条一直向往的、伟大的炎热河流”而去。在船离港的一小时前，他给越来越担心的女儿海伦发去一封短信：“别为我发愁，”他安慰她道，“我一切都很好。”两周后，缪尔抵达巴西的贝伦，那是通向亚马孙河的门户。在离开印第安纳波利斯一路向南 44 年后，也正是在洪堡启航 100 多年后，缪尔终于踏上了南美洲的土地。当时的他，已经 73 岁了。
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一切都始于洪堡和一次远足。“我只是出门走了走，却最终决定待到太阳落山，”缪尔归来后写道，“因为我发现，向外行走，其实即是向内回归。”
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① 洪堡关于巴拿马运河的设想尚未被实现；不过，科隆和巴拿马城之间的狭窄地段修建了一条铁路。缪尔到达时，铁路刚刚完工 13 年（建成于 1855 年），但已经运送了成千上万奔赴加州淘金的人们。——原注
② 缪尔在他拥有的《自然之观点》和《宇宙》中，画出了洪堡讨论“各种力量的和谐协作”与“自然界一切生命力的统一性”的章节，以及洪堡著名的言论，“自然的确是整体的一种反映”。——原注
③ 洪堡经常提到，一切事物中都充溢着生命——岩石、花朵、昆虫等。缪尔在自己拥有的那本《自然之观点》中，着重地在洪堡关于“宇宙无处不在的生命”与“永不停歇”的有机力量的论述下画上了标记线。——原注
④ 原文为 I don’t wear my heart upon my sleeve，可引申为“我会隐藏自己的真实情感”。
⑤ 只有缪尔严厉的父亲对儿子的自然文学写作不以为然。丹尼尔·缪尔于 1873 年离开妻子，加入了一个宗教组织；他写信给约翰：“你没法用那冰冷的雪山去温暖一位上帝圣徒的心。”——原注
⑥ 缪尔在梭罗的《缅因森林》中画出了一段相似的论述：“但松树和人相比，并不更像木材。把树木切成木板、用来搭建房子等，都并不是它最真实和崇高的用法，正如人最真实的归宿并不是被切碎做成肥料……一段死去的松树不再是松树，正如一具死人的躯体不再是一个人一样。”——原注
⑦ 罗斯福信守承诺，于 1906 年将约塞米蒂谷和马利波萨林并入了约塞米蒂国家公园。——原注