缪尔描写“自然的呼吸”与“自然广博的心灵之律动”，而自己就是“荒野自然的一部分”。有时，读者甚至分不清他是在说自己还是在谈论自然：“4 月，四个万里无云的日子为每一个孔洞和每一条缝隙注入了未经软化、不曾冲淡的阳光”——这里指的是缪尔身上的毛孔与缝隙，还是这片风景中的角角落落？
洪堡对于自然的情感回应，到了缪尔这里成了一种灵魂层面的对话。洪堡看到的是内在于自然的创造力，缪尔找到的则是神迹。他在自然中发现了上帝，但这个上帝并不同于教堂讲坛上的神主。内华达山脉就是他的“山形神庙”，岩石、植物与天空就是神的语言，可以作为天赐的文字来解读。自然世界“给我们开启了一千扇窗户来展现上帝”，缪尔在约塞米蒂谷度过的第一个夏天写道。每一朵花都像镜子一般地映出造物主的手。他说，自己会像“使徒”般为自然传道。
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缪尔不仅在与自然和上帝对话，更在回应洪堡的思想。他拥有《自然之观点》《旅行故事》和《宇宙》——每一本都用铅笔写满了批注。他对洪堡在南美洲遇见的原住民部落十分感兴趣，因为他们将自然视为神圣的存在。洪堡描述道，这些部落会严厉地惩罚那些“侵犯自然庙堂”之人，并且“除了自然的力量，不再崇拜其他神灵”。正如缪尔所信任的那样，他们的神就在森林中。洪堡曾写到自然的“神圣殿堂”，而缪尔则将其转化成了“内华达山脉，那座最高的圣殿”。
缪尔对洪堡极其痴迷，甚至在达尔文和梭罗的书中标出每一页提及洪堡的内容。和马什一样，缪尔对洪堡关于砍伐林木与森林的生态学功能特别感兴趣。
越观察周围，缪尔越觉得有必要为这个世界做些什么。整个国家都在不断变化。每年，美国人都会新开垦 1 500 万英亩耕地；随着蒸汽动力收割机、割捆机和联合收割机的出现，谷物的收割、脱粒和清洗都转为机械化操作，农业也开始步入工业化时代。整个世界似乎都在越来越快地运转。1861 年，第一条横跨北美大陆的电报电缆连接了美国的东西海岸，通信第一次变得即时可达。1869 年，也就是缪尔在约塞米蒂谷度过第一个夏天的这一年，全世界都在为洪堡的百年诞辰举办庆祝活动，而第一条横跨北美大陆的铁路也建到了西海岸。在过去的 40 多年中，铁路的兴起让美国发生了翻天覆地的变化：单是缪尔在加利福尼亚的最初 5 年内，当地就新铺设了 33 000 多英里长的铁轨。1890 年，美国的铁路线已合计长达 16 万英里，蜿蜒遍布整个国家。空间距离似乎被人为缩短了，但相伴而来的是荒野的退去。很快，美国西部就再也没有未被征服和未经探索的土地了，19 世纪 90 年代也是美国宣布已完成边境拓荒的第一个十年。美国历史学家弗雷德里克·杰克逊·特纳（Frederick Jackson Turner）在 1903 年宣布：“对荒野的艰苦征服已告完结。”
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铁路不仅提供了快速抵达偏远地区的交通方式，还带来了标准化的“铁路时间”，美国也由此被划分为四个时区。标准的时钟和手表取代了太阳和月亮自然起落的报时，人们开始以这些机械的运转来测量生命的流逝速度。人类似乎正在全面控制自然，而美国正站在这一发展态势的最前沿：耕作土地，开发利用水资源，为能源所需而砍伐森林。整个国家都在建设、挖掘、烧炼和劳作。铁路的迅速普及让商品和粮食得以便捷地运输到这片大陆的各个角落。19 世纪末，美国成为世界领先的工业生产国；农民涌入城市和乡镇，自然渐渐远离了人们的日常生活。
到达约塞米蒂谷后的十年内，缪尔开始用写作“吸引人们觉察自然的可爱”。他参考了洪堡的著作，以及马什的《人与自然》、梭罗的《缅因森林》和《瓦尔登湖》，继而写出了自己的第一批文章。缪尔在《缅因森林》中着重圈出了梭罗关于设立“国家级保护区”的建议，并开始思索如何更好地保护荒野。洪堡的思想最终回归原点，好多位十分重要的思想家、科学家和艺术家不仅受到他的影响，更在互相汲取灵感。洪堡、马什和梭罗一起为缪尔提供了一种思想架构，帮助他以此来理解身边这个不断变化的世界。
缪尔的余生都在致力保护自然。虽然《人与自然》为部分美国人敲响了警钟，但马什主要从国家经济利益的角度出发来倡导环境保护，缪尔则通过十几部著作和 300 多篇文章来让美国大众爱上自然。他想让人们在山峰和巨树面前心怀敬畏。为了达到这一效果，他用时而诙谐、时而富有魅力的文字吸引读者。如果说洪堡首创了自然文学这一体裁，即将科学思考与对自然的情感回应结合起来，那么缪尔则接过了这一类型写作的大旗。和很多人一样，他为洪堡的风格所倾倒，自己也继而成为这一领域的大家。“自然本身就是一位诗人，”缪尔说，他只需要让它的声音通过笔尖流淌出来。
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缪尔的交流能力极强，其滔滔不绝的口才令很多人印象深刻。缪尔的话中似乎时刻都充溢着各种想法、事实、观察以及从自然中感受到的喜悦。“我们的额头似乎能感受到风吹雨打，”一位友人在听过缪尔的谈话后评论道。他的信件、日记和著作也一样充满热情，逼真的描述使读者仿佛亲临山林。一次，缪尔和负责哈佛大学阿诺德树木园的查尔斯·萨金特（Charles Sargent）教授一起登山，但他惊讶地发现这位拥有极广博的林木知识的人居然对眼前壮丽的秋日风景毫不在意。缪尔连走带跳，哼唱着“荣耀在一切之中”，萨金特则站在那里，“冷静得像块石头”。缪尔问他为何如此淡定，萨金特回答道：“我不将自己的心脏别在袖子上。”④ 然而缪尔并不愿意就此罢休，他反唇相讥道：“谁在意你把自己的小心脏别在哪里呢，伙计？你站在这片从天而降的景色之前，像个宇宙评论员，摆出这样一副架势：‘来吧，自然，给我看看你有什么好东西，我可是从波士顿来的。’”
缪尔在自然中生息。一封早年给红杉树的情书是他用红杉树的汁液制成的墨汁写成的，笔迹至今还闪耀着美丽的红色。信笺抬头写着“松鼠镇，红杉公司，果壳时间”，正文则以“国王树和我发誓永远相爱”为开头。为了自然，他可以放下任何东西。他想对那个“枯燥无味的世界”施予关于森林、生命与自然的布道。那些被文明欺骗了的人们，他写道：“那些生病或是成功的人们，来吮吸红杉树的汁水，来获得救赎吧。”
缪尔的书和文章都散发出一股调皮的快乐气息，启发了成千上万的美国人，并重塑了他们与自然的关系。他描写“荣耀的荒野，好像在用一千种如歌的声音呼唤”，暴风雨中的树木“充满了音乐与生命的脉动”。他的语言既切中体验，又极富感情。他抓住读者的内心，带他们进入荒野，登上雪峰，遨游壮观的瀑布，穿过开满野花的草原。⑤
缪尔的速写，描写自己将露伊推上约塞米蒂谷的一座山
缪尔喜欢以“山中野人”自居，但在内华达山脉和加州郊野生活了 5 年后，他开始在旧金山和湾区过冬，同时写作。他从朋友和熟人处租了一个房间，虽然仍不喜欢城市中“荒芜、没有蜜蜂”的街道，但也在这里遇见了买下他最早作品的编辑。这些年来，他一直漂泊不定，当兄弟姐妹们不断从威斯康星寄信来，谈起他们的婚姻与新添的子女时，缪尔也开始考虑自己的未来。
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1874 年 9 月，珍妮·卡尔介绍他认识了露伊·斯川泽尔。当时缪尔 36 岁，而露伊 27 岁，是一位波兰移民唯一健在的女儿。她的父亲在马丁内斯拥有一大片果园和葡萄园，位于旧金山东北方向 30 英里处。此后 5 年，缪尔和露伊保持通信，并经常到她家做客。1879 年，二人最终订婚。1880 年 4 月，在缪尔 42 岁生日的前几天，他们正式举办了婚礼。缪尔夫妇在马丁内斯的斯川泽尔农场定居下来，不过缪尔仍然时常逃遁到荒野中去。露伊明白，她必须在丈夫感到“失落并为农事累得焦头烂额”时让他离去。他最终总会精神抖擞地归来，和妻子共度一段时光。他们后来有了两个女儿，深得父亲的宠爱。露伊只陪丈夫去过一次约塞米蒂谷。那次，缪尔用手杖推着她的背帮她爬上山顶——虽然他认为这是一次出于好意的尝试，但此后再也没有这么做过。
缪尔可以为自己的农场担任经理，但他从未喜欢过这个身份。1890 年，露伊的父亲去世，留给她一笔总价值约为 25 万美元的财富。他们决定卖掉一部分土地，雇缪尔的妹妹和妹夫来帮忙经营余下的地产。已经年过五旬的缪尔乐于从农场的日常事务中解脱出来，这样他就可以集中精力去做更重要的事情。
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在经营马丁内斯的斯川泽尔农场的几年中，缪尔从未停止对约塞米蒂谷的热爱。在驰名美国的文学杂志《世纪》（Century）担任主编的罗伯特·安德伍德·约翰逊（Robert Underwood Johnson）鼓励缪尔，并使他最终决定开始为荒野而战斗。每次重回约塞米蒂谷，他都会看到更多变化。虽然这里是一处州立公园，但法规的执行极其松散，加利福尼亚州并没有很好地管理这片山谷。羊群的咀嚼让山谷的地面变得荒芜，接待游客的设施遍布各处。缪尔还注意到，自他 20 年前初到内华达山脉以来，很多野花都消失了。山中处于公园地界以外的红杉树——缪尔钟爱的树种——都已经被砍伐用作了木材。缪尔为自己看到的浪费与破坏而震惊。日后，他将写道：“这些经过锯床的树木无疑将成为上好的木材，就像乔治·华盛顿经一个法国厨子的手就可以变成一道上好的菜肴一样。”⑥
1903 年，西奥多·罗斯福总统和约翰·缪尔在约塞米蒂谷的冰川点附近
在约翰逊的不懈督促下，缪尔将自己对自然的热爱转化成行动，开始用写作来呼吁在约塞米蒂建立一座国家公园的计划——就像怀俄明州的黄石国家公园一样（后者建立于 1872 年，是美国当时最早和唯一的一座国家公园）。1890 年夏秋之际，约翰逊开始在华盛顿游说众议院建立约塞米蒂国家公园，缪尔则在广受欢迎的《世纪》杂志上发表文章，确保这一议题能受到广泛关注。他的文字总是配有精美的铜版画，上面绘有约塞米蒂的峡谷、山峰与树木，一下子就能将读者带入内华达山脉的荒野之中。在缪尔的笔下，峡谷是“大山中的街道，充溢着生命与光”，花岗岩巨石矗立在青翠的草地上，“顶端高耸入云”；鸟儿、蝴蝶和蜜蜂扇动翅膀，“化空气的震颤为音乐”；逐级而下的小瀑布“涡旋着跳跃起舞”，壮观的大瀑布击打出无数泡沫，跌宕而下如九曲回环，溅起的云雾如“绽放的花朵”。
缪尔的文字将约塞米蒂谷的神奇之美带到无数美国家庭的厅堂之中。与此同时，他警告道，这一切都将被锯木厂和羊群毁尽。一大片土地需要保护，因为山谷的支脉和流入约塞米蒂谷的小溪密切相关，“如同手指之于手掌”。山谷并不是一块孤立的地界，而是属于自然的、伟大的“和谐整体”，牵一发而动全身。