为了去往内华达山脉，缪尔首先需要跨过中央谷地——一片位于山脚下的宽广平原。穿行在高高的野草和野花间，缪尔觉得这里完全“是另一个伊甸园”。中央谷地就像一块巨大的花毯，缤纷的色彩在他脚下延展。在此后的几十年中，这一切都将改变——农业和灌溉系统将中央谷地转化成了世界上最大的果园和蔬菜种植基地。日后，缪尔将悲哀地感叹，这片壮观的野生草场已经“在耕犁和放牧的影响下消失了踪迹”。
缪尔一路朝着高山走去，尽力避开道路和民居。他沐浴在甜美的颜色和空气中，“美好得可以让天使尽情呼吸”。远处，内华达山脉的雪顶闪耀着纯洁的光辉，“像天宫的城墙”。当他终于走进长达 7 英里的约塞米蒂谷时，不禁被眼前这般未经驯化的荒野之美所折服。
山谷周围高耸的灰色花岗岩壁十分壮观，最高的半月岩（Half Dome）高近 5 000 英尺，它傲然挺立，像俯视整片山谷的哨兵。这座岩石朝向山谷的一侧平整如削，另一侧则呈优美的圆弧形，像一道被劈成两半的拱门。酋长岩（El Capitan）同样令人惊艳，至今仍以其险峻吸引着无数攀岩爱好者。山谷两面尽是几乎与地面垂直的花岗岩山崖，仿佛是有人直接劈开了岩石。
缪尔到达时正值约塞米蒂谷最好的季节。融化的积雪流下岩坡形成瀑布，仿佛直接“从天空奔涌而下”。水花四溅，到处都可以看到彩虹。约塞米蒂瀑布通过一道狭缝，飞流直下约 2 500 英尺——它也是北美洲最高的瀑布。山谷中丛生着一片片松树林，还分布着一个个小小的湖泊——湖面如镜，能倒映出周围的景色。
可以与这番震撼人心的景象相媲美的，是位于山谷以南约 20 英里处马利波萨树林里的古老红杉树（Sequoiadendron giganteum）。这些高耸、直立、庄严的古代巨人仿佛来自另一个世界，它们只分布在内华达山脉西麓。这里的红杉树有些高近 300 英尺，有几棵的树龄甚至超过 2 000 年。它们既是地球上最巨大的独株树木，也是地球上最古老的生物。雄伟如巨柱的树干上覆盖着厚实的树皮，其上遍布着发红的纵向纹路，而树干低处完全不生侧枝。古老的树冠直入云霄，看起来比实际更高大。缪尔何曾见过这般景象。他兴奋地大声呼喊，绕完一棵再跑向另一棵。
320
缪尔时而趴在地上，微微抬起头，拨开草丛观察“地表的苔藓世界”与在其中忙碌奔波的蚂蚁和甲虫；时而又开始思索约塞米蒂谷的地质成因。他用洪堡的眼睛观察自然，同时注意到微小的细节和宏大的风景：正如洪堡既会被安第斯山脉的壮阔风景吸引，也会从雨林中某棵树上的花簇中数出 44 000 朵花。现在，缪尔在一码见方的范围内数出了“165 913 朵盛开的花朵”，并为“如光亮拱顶般的天空”欣喜不已。巨细融为一体，密不可分。
后来，缪尔在自己的第一本书《夏日走过山间》（My First Summer in the Sierra）中写道：“当我们试图拾起某件东西时，总会发现它与宇宙中的其他事物勾连在一起。”他将一再回到这一主题，反复提到“千百条隐形的线索”“无数牢不可破的线索”和“坚不可摧的事物”，而这些都指向一种自然观，即万事万物都相互关联。每一朵花、每一棵树、每一只昆虫鸟兽、每一条溪流和每一片湖泊，都在邀请他去“学习它们的历史和相互之间的联系”。这是缪尔在约塞米蒂谷度过的第一个夏天所获得的最大成就，即“关于整体与关联的一课”。②
此后数年间，缪尔一有机会就重返他钟爱的约塞米蒂谷，有时停留数月，有时几周。如果不在内华达山脉中攀登、行走和观察自然，他就在中央谷地或山脚下找些临时的工作。他在山中当过牧羊人，也在农场里帮过忙，还给约塞米蒂谷的一家锯木厂打过工。某年在约塞米蒂谷，缪尔给自己建造了一间小木屋，底下有小溪流过，夜间可以枕着淙淙流水声入眠。屋里还长着蕨类，门首有青蛙蹦跳，内外浑然一体。缪尔尽一切可能在山中度日，“在群峦间长啸”。
缪尔的草图展示了极地植物在数千年间的迁移过程。他标出了三个地点：平原，“开始向着山顶进发的征程”；半山腰，“有些还在这里徘徊”；接近顶峰，“极地植物最晚近的位置——还在向上移动”
缪尔说，在山间走得越远、登得越高，世界就越来越清晰。他记下自己的观察、描画速写、收集标本，并去攀登更高的山峰。他从山顶爬到峡谷，再返回向上，不断地测量、比较，为最终理解约塞米蒂谷的成因积累数据。
321
当时，有科学家正在对加利福尼亚州进行地质勘查，并认为约塞米蒂谷的形成源自某些灾难性的爆发事件。但缪尔第一个认识到，地表现在的模样是由缓慢移动的巨大冰川雕琢出来的。他开始从岩石上读出冰川的足迹与刻痕。当他发现现存的冰川时，就把木桩插入冰中，之后便发现它在 46 天内移动了若干英寸。由此，缪尔证明正是冰川移动造就了约塞米蒂谷。他自称变成了一个彻头彻尾的“冰人”。“我没有什么可以寄给你，除了那些被冰冻了的以及可以冻住的东西。”他在给珍妮·卡尔的信中写道。虽然缪尔仍然想要一睹安第斯山的风貌，但最终还是决定：只要内华达山脉“信任我，并且和我说说话”，“我”就不再离开加利福尼亚。
在约塞米蒂谷期间，缪尔也在思考洪堡的植物分布理论。1872 年春天，也就是在这里住了 3 年后，缪尔画出了极地植物在数千年内从中央谷地的平原迁移到山脉冰川的路径草图。他解释道，图中标出了植物在“冰川时代的早春”所处的位置，以及它们现在的生长位置（顶峰附近）。这幅草图直接承继了洪堡的“自然之图”，并揭示了缪尔的新观念，即认为植物学、地理学、气候与地质现象之间紧密关联。
322
缪尔对自然的欣赏既是智识上的，又诉诸情感和本能。他“无条件地”归降于自然，并对无处不在的危险毫不在意。某天晚上，他爬上约塞米蒂瀑布后方一块危险的石台，想要看看某道可能是冰川刻蚀留下的痕迹。忽然，他脚下一滑，直落了下去，幸而抓住了旁边一块凸出的岩石！他趴在 500 英尺高的石台上，前方瀑布的水花无情地将他逼退到后方的石墙处。他全身都湿透了，几近晕眩。等他终于手脚并用地爬下石台时，天已经完全黑了。但他精神昂扬，说好像经历了一场瀑布施予的洗礼。
一到山里，缪尔就感到格外自在。他跳过一个又一个陡峭的冰坡，一位朋友形容他“像山羊一样老练”。他还喜欢爬上最高的树，也会为冬天猛烈的风暴兴奋不已。1872 年，大地强力震颤，撼动了整个约塞米蒂谷和他的小屋。缪尔跑到室外大呼：“多么壮观的地震！”望着巨型花岗岩的颤抖，他看到的是自己山岳成因理论的现场演示。他说：“毁灭即创生。”这才是像样的发现，人怎么可能在实验室里找到自然的真理呢？
在加利福尼亚的最初几年，缪尔给家中的朋友和亲人寄去热情洋溢的信件，并引导来访者参观约塞米蒂谷。大学时代的导师和老朋友珍妮·卡尔夫妇从麦迪逊搬到加州，珍妮介绍缪尔认识了不少科学家、艺术家和作家。缪尔写道，自己总是很好认的那个，“皮肤晒得最黑，肩膀最圆，又最害羞”。他欢迎来自美国各地的科学家。
来访的包括广受尊敬的美国植物学家阿萨·格雷（Asa Gray）和约翰·托里（John Torrey），以及地质学家约瑟夫·勒孔特（Joseph LeConte）。约塞米蒂谷吸引着越来越多的游客，来访人数很快达到数百人之多。1864 年 6 月，也就是缪尔到达这里的三年前，美国政府将约塞米蒂谷授予加利福尼亚州政府，作为方便“公众使用、休闲和娱乐”的公园。在工业化步伐越来越快的时代，人们搬进城市，开始怀念生活中失去的自然。于是，他们来到约塞米蒂谷，牵着驮满了文明生活便利产物的马匹。缪尔写道，这些人身着华服，好像穿梭在岩石和树林间的多彩“甲虫”。
323
其中一位访客是梭罗的旧日师长，拉尔夫·沃尔多·爱默生。珍妮·卡尔鼓励他和缪尔见面。在二人见面的那几天内，刚满 33 岁的缪尔给年届七十的爱默生看了自己的草稿和植物标本收藏，并带他参观了山谷和自己钟爱的马利波萨林中的红杉树。但爱默生坚持在山谷中供游客租住的小屋里过夜，拒绝露天扎营。缪尔感到失望，他认为这为“了不起的超验主义记上了一笔悲哀的注脚”。
然而爱默生十分赞赏缪尔的知识和对自然的热爱，想邀请他去哈佛大学教书——那是爱默生的母校，他至今还偶尔前去演讲。缪尔拒绝了这一邀请。他已经浸染了太多野性，无法适应东海岸的名校圈子。按他自己的话说：“老糊涂了，没法在他们那座热火朝天的、特制的教育锅炉里发光发热。”缪尔向往的是荒野。爱默生告诫他：“独处固然是出众的情人，但作为妻子却令人难以忍受。”缪尔不为所动。他热爱远离尘世的生活，如果时刻都能与自然对话，那又怎么算得上孤独呢？
这样的对话在多个层面上进行。与洪堡和梭罗一样，缪尔相信，在理解自然的过程中，个人感受和科学数据一样重要。他起初只是通过收集标本来理解自然，却很快意识到这一方式的局限性。日后，他将在为没有受过科学训练的普通大众撰写的书中大量引用对事物纹理、颜色、声音和气味的描述。在约塞米蒂谷最初几年中写出的信件和日记里，每页纸上都洋溢着缪尔与自然之间深入的感官联系。“我在林子里——林子里——林子里，而它们也在我——我——我的里面，”他写道，又或是“我希望自己沉醉，并且像红杉一般（Sequoical）”——在这里，他将红杉树的强韧特质转化成了一个动人的形容词。
树叶在巨石上投下“飞舞的影子，它们跳着快速、欢欣的旋转华尔兹”，流淌的溪水仿佛正在“咏叹”。自然在与缪尔对话。山岳召唤他“去往更高处”；清晨，动物和植物们一起呼喊：“醒来吧，醒来吧，欢悦吧，欢悦吧，来爱我们，加入我们的歌唱——来啊！来啊！”他还与瀑布和花朵对话。在给爱默生的信中，缪尔描述了自己向两朵紫罗兰询问它们对地震之感受的有趣片段，他从花朵处得来的回复是——“那全都是爱啊”。缪尔在约塞米蒂谷发现了一个生机勃勃的世界，而这也正是洪堡眼中作为一个有机生命的整体的自然。③
缪尔为洪堡的《自然之观点》制作的索引。他列出了诸如“森林之影响”“森林与文明”等话题，并记下了书中论述的树木对气候、土壤和水分蒸发的影响，以及农业和砍伐林木所带来的破坏性影响的页码