失去这位主心骨，太平军余部军心大乱，边逃边溃，洪仁玕只得率人护着幼天王一路窜逃，在9月22日到达江西玉山。到此地后，他们发现侍王李世贤部已经入福建，众人更加绝望。
清军臬司席宝田率二万多兵士一直紧追不舍，在塘坊大败太平军残部，打得众将四处狂逃，洪仁玕等数千人拥幼天王遁往江西东南部石城的杨家排。
残兵们刚刚做好饭喘口气准备吃一口，席宝田清军大至，喊杀而来。洪仁玕一行狼狈，只得弃饭又逃，窜入木兰新河与广昌杨溪分界的险地古岭脑。
席宝田手下前锋将率奇兵攀爬上岭，把连气也没喘几口的太平军杀得措手不及。惊惶四散的途中，大部分人被埋伏的清军一一截杀。干王洪仁玕与幼天王在乱中相失。
席宝田一鼓作气，把三万军士分成三队，周围四处爬梳，杀掉了好多残存的太平天国“王爷”，生擒干王洪仁玕、尊王刘庆汉、昭王黄文英等人，把这些王爷们皆关在石城县县牢。
幼天王乱中惊走，最终身边一人不剩。他只身一人在深山野岭转悠。
流浪多天之后，幼天王终于在10月25日被清军游击周家良所部士兵生擒，送于席宝田的大营。
最后关头，洪仁玕铮铮铁骨，不乞降，不求活，虽然书生气十足，但一直以与清廷相抗的敌国忠臣自居，最终被杀于南昌。（详情见附件中《洪仁玕自述》与《绝命诗》）
幼天王乃16岁张惶少年，被捕后，写有八份乞命讨饶的亲笔供词和诗文，但很快就被清廷下令：“该犯系洪秀全之子，么魔小丑，漏网余虫，不值槛送京师。著在江西省城凌迟处死，以快人心。”于是，一心想得释去读书的16岁少年在南昌遭受凌迟酷刑。（详情见附件《洪天贵福自述》及诗文）
侍王李世贤方面，于1864年秋从江西跨梅关进入广东，在当地转战之后，后攻占福建漳州等地。康王汪海洋等人攻占汀州（今长汀）。福建似乎有望成为太平军的翻盘根据地。
1865年3月4日，侍王李世贤发出《致美英法各国公使书》，想联合洋人，共同“平分”中国人民的土地，暴露出他十足的卖国嘴脸。在对外关系的气节方面，他远远不如其堂兄李秀成。为言之所据，现抄录太平天国侍王李世贤发布的“媚洋信”全文：
侍王李世贤致美英法各国公使书
天朝九门御林忠正京卫军侍王李世贤敬启大美、大英、大法兰西诸国钦差大臣贵士兄台阁下：窃我中国自混沌开天以来，神农启宇而后，尧、舜禅让，汤、武征诛，秦、汉、魏、晋之递传，唐、宋、元、明之接续，遥稽世代，屈数难终，而中外一家，固皆与诸大国式好无尤，无分略威（域）矣。贤生也晚，未获遭逢景运，共庆圣明，而按之舆图，考诸纪载，亦得悉其原委，如在目前。伏思守土宇者，宜凛唇亡齿寒之戒；而交邻国者，不亡（忘）以大事小之箴。我中国由明、元而逆计之，历承环邻千百国献琛纳贡，两不相侵。唯狐奴生产异类，夙以窥伺为心，是以我中国与辽东诸国常防其奸伪，特筑长城以御之。不意明季引入内地，堕其术中，受其污辱二百余年。凡属英豪，谁不抚膺涕泣！即如诸大国谊属邻邦，恬关辱齿，谅亦隐深痛恨，思欲早举义旗，奈以中国无人，斩付之无可如何之列耳！幸天父上帝不绝汉嗣，厌弃胡奴，特命我主定基金陵，十有余载，剿灭狐奴，不知几千万数数。而如诸大国之英雄豪杰，均各两相和好，买卖如常。且江、广、浙、豫等省，诸大国之大臣、贵士，亦得游历其间，照常贸易，宁非美事。贤遵奉主命，阃外专征，扫除狐种。日前攻克漳州，驻兵该郡。欣闻众贵士兄台在迩，喜出非常。此即修函驰递，犹恐途中阻滞，因特将原启缮录，故着潮州大埔子民专呈，伏乞众贵士兄台收阅，俯念唇亡齿寒之意，洞悉以大事小之原，给发雄兵，同灭清妖，同襄义举，庶几群黎造福，万国咸宁。夫天父上帝、耶稣尊教，原属恩怜救护，覆帱无私，举凡普天大下之人，皆宜尊教恐后，故我主未登大宝之时，前数十年间，即敬奉尊教，举止饮食，在在无违。并接贵国罗孝全先生传授我国人民，同日（口）赞美。我中国人民，亦敬服尊教。目击贵国之医治中国无许废人，救护中国之若干残疾，无不人人感其仁慈，个个沾其恩德。是贵国之与中国，诚为一本之亲矣。只狐妖崇信佛、老，藐视耶稣教主，硬颈不从。第从与不从，亦是各修各得（德），何又到处严拿信从尊教之人，无有立身之地。我主势不得不起义师与之争战，干戈四起，迄今十数年。荷蒙天父上帝，耶稣德威，暨诸大国福庇，攻开省郡不为不多，诛灭清妖不为不众。但该妖以十八省之大，加以蒙古、汉军，劲旅如林，军需粮饷充足，于此而欲克期灭尽，诚知其难已。试看古往今来，行兵必期于接应，立国总赖乎和邻。目下诸大国之与我中国，真是唇齿相依，大小相顾之事也。当我主未定江南之日，众仁兄台得人入内地乎？兹则东、西、南、北任其驰驱，湖北、安徽随乎贸易。倘不共相会合，一鼓铲平，则中国缺少水师，未能一朝扑灭，受制于胡奴，恐唇亡而齿以随之，诸大国不得不长计虑耳。如诸大国相（信）我中国，仗天父、耶稣之权能，留尊教之体面，与贤议定章程，同诛胡虏。众仁兄专取水路，所得郡县州城关隘，悉听众仁兄台铺派镇守，其财宝钱漕，一并收纳，贤毫不过问。至贤统兵专取陆路，所得郡县州城镇隘以及财宝钱漕，贤与众仁兄台各得其半。其中外远近之城邑，凡有大水关、大码头，亦归众仁兄台关抚。谅有此水师，虽跨海渡江，无有阻滞矣。我中国开创之初，兵力不无单薄，军需不无缺乏。假令众仁兄台甘于袖手，不为援救，则该清妖弁贪婪无厌，乃狐鼠肆威之辈，一经我中国被其挟制，势必及于众仁兄；于此而欲仍逍遥往来于江、广、浙、豫也，未必然已。万祈众仁兄台，迅速发兵，立除余孽，以全两便，慎勿见吝，是所切祷。唯望一视同仁，将见成功之日，各镇金汤，两下和好，万代通商，同享太平之福，岂不美哉。再：漳城称富足，目下军情平善，兵民两安，生意买卖，甚为热闹，金银满市。伏乞众仁兄台酌议拨移货物船只，内载一切洋物并铜帽洋火等项前来，自可立即出售。如虑及我军兵士，贤愚不一，或有硬自取货，不付银洋，贤照价赔偿，断无失信于朋友之理。书到之日，祈赐回复，以免远盼。专此敬太平天国甲子十四年十月初一日启（1865年3月4日）
侍王李世贤在对待洋人的态度上，与慈禧“宁与洋人勿与京奴”有同工异曲之妙，他竟然还扬言过：“如果太平军不能战胜清军，倒很愿意看到英国统治中国。”（呤唎《太平天国亲历记》下册629页）这种赤裸裸的卖国，其实也代表了太平天国后期部分上层将领的看法。在他们心目中，“洋兄弟”总比“清妖”要亲近一层。
洋大人们不听这一套，他们反而积极配合李鸿章、左宗棠部，派人派船帮助清军围打漳州。李世贤又气又急，于5月15日匆匆逃离漳州。
一路大败，李世贤几十万大军最后死的死，降的降，只剩他孤身一人。想昔日拜上帝会能以几千人起家一路杀至南京，只凭一个“势”字。李世贤攻占漳州时，有兵几十万，武装精良，来福枪、左轮枪、滑膛枪，应有尽有，而清军方面只有土绳枪、抬炮和长矛，人数远远逊于李世贤军。时异势移，众人心怀鬼胎，各打算盘，几十万军只是散沙而已。偶逢一败，便立刻土崩瓦解。
李世贤自己割发化装，狼狈不堪地逃入广东镇平（镇平即今天梅州地区的蕉岭），回到客家人的老家地区。由于康王汪海洋先前与李世贤有矛盾，又怕他官大夺自己之权，隔了几天就派人刺死了李世贤。侍王李世贤死年32岁。想当初他与堂兄李秀成，曾撑起太平天国大半江山。一朝败溃，死于自己人之手，不能不让人一叹。其实，天京失守后，如果李世贤有大局观念，没有急急忙忙向福建方向逃遁，在江西稍稍稳住阵脚，把太平天国的“象征”幼天王迎入军中，自可“挟天子而令诸侯”，联络各路残余太平军、捻军以及曾经向太平天国效忠的各地会党，给予他们以希望，继续作战，胜负未可知也。如果他们在江西得以巩固力量，蕴力集势而攻得襄楚，与河南的扶王陈得才和遵王赖文光遥相呼应，说不定在中原地区可以开辟新天地。可惜李世贤受其堂兄李秀成回攻闽粤思想影响太深，缺乏应变的谋略，一意南退，终于走上不归路。
太平军事至如此还窝里反，真让人叹息。仅仅过了几个月，在清军左宗棠部的节节进逼下，康王汪海洋等人不敌，失掉嘉应州城，他本人也中弹而亡。最后，偕王谭体元也被生擒，获凌迟酷刑。
两天大战，太平军余部被杀一万多人，其余数万或被俘，或投降。作为一股军事力量的“太平军”，至此完全消亡。
太平天国最后一个被俘的“名王”，乃辅王杨辅清。这位杨秀清的族弟在湖州时与洪仁玕道别，当时据说是前往上海向洋人购买军火。后来消息全无，有传言说他去了美国“发展”。其实，他从湖州走后不久，太平军残部皆被一一消灭，他只好潜回广西躲匿。由于风声日紧，杨辅清东躲西藏，在黄州、广东、湖南、安徽一带四处瞎转。