阿古柏在明知布素鲁克水平不行的情况下，故意让布素鲁克出城迎战，以便让他战败后好进行操控。果然，布素鲁克被打得大败，狼狈地逃回喀什城，求阿古柏赶紧想办法。随后，阿古柏才拿出看家本领，一举击溃司迪克的势力。司迪克战败后，不知所终。
在控制局面后，阿古柏于1865年4月在喀什噶尔宣布成立所谓的“哲德沙尔国”，布素鲁克当傀儡大汗，实权则控制在阿古柏这个军阀手中。“哲德沙尔”本是“七城”的意思，指的是天山以南的喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、库车、乌什七座大城。当时阿古柏只控制了喀什噶尔回城（今喀什）与英吉沙，其他五城甚至包括喀什噶尔汉城(今疏勒县)都不在掌握之中。
但是，阿古柏立即对剩余五个城市打坏主意了。就在宣布“建国”后不久，阿古柏纠集六千兵马，借着朝拜的机会，向另一个割据叛乱政权库车热西丁控制的叶尔羌城发起偷袭。但阿古柏没想到的是，叶尔羌城的老百姓高喊“见到安集延人（即浩罕国人）就杀”，在大街小巷和外来侵略者展开巷战，阿古柏侵略军被杀得大败而归，“偷鸡不成反蚀了把米！”
阿古柏率领残兵败将回撤途中，屋漏偏逢连夜雨，又碰到库车热西丁部将的军队，结果又被杀得落花流水，慌忙窜回了喀什噶尔。急火攻心之下，阿古柏把火全撒在了当时还没有攻下的喀什噶尔汉城上。喀什噶尔汉城守备何步云被围困13个月后，见势不妙便暗通敌人，汉城沦陷，帮办大臣奎英等人自杀殉国。阿古柏占领汉城后，纵兵大杀。
鸠占鹊巢，外贼侵地妄称王(3)
而此时中亚地区也日益遭到了沙俄的蚕食，浩罕国也处在了亡国的边缘。1865年秋，约七千浩罕残军在玉努斯江的率领下，逃到喀什噶尔投奔了阿古柏。阿古柏见故国难保，就干脆下定决心要吞并整个新疆，把中国新疆割裂出去，占地为王。阿古柏的罪恶行径，已经完全演变成了割裂中国领土的侵略行为。
阿古柏对七千浩罕残军整编完成之后，派玉努斯江对叶尔羌再次发动强攻。攻克叶尔羌后，玉努斯江进行了血腥屠城，杀得城内血流成河，作为上次偷袭失败的报复。随后，阿古柏又以去和阗朝拜的名义，诱捕了和阗“帕夏”哈比布拉，并将和阗城纳入自己的魔掌之中。
库车的热西丁不甘心失败，率领剩余军队反攻叶尔羌，并准备从阿克苏进军，南北夹击喀什噶尔，但这个计划遭到失败，阿克苏反被阿古柏攻占。1867年5月，阿古柏亲率大军到达拜城与热西丁的库车军队决战，最终击溃热西丁势力，阿古柏随之占领了库车、喀喇沙尔(今库尔勒、焉耆)。
至此，阿古柏已基本占有了整个南疆。这时的阿古柏，已经不再需要什么“霍加圣裔”之类的傀儡，随后布素鲁克被阿古柏一脚踢开，最后以去麦加朝觐为名，将布素鲁克赶回了浩罕，阿古柏则自称建立所谓的“洪福汗国”，开始了十多年的反动军事独裁和宗教极端统治。
阿古柏为了稳住其反动政权，立刻和英俄两国进行勾结。当时英国和沙俄的势力已经扩张到中亚，并展开了对中国新疆的争夺。为维护自己在印度和阿富汗的既得利益，英国力图控制阿古柏政权，以抵制俄国势力的南侵。
早在1868年，英国就已派人到了喀什噶尔，与阿古柏建立了直接联系；第二年，英国驻印度总督赠予阿古柏大批枪支弹药和修造军械的设备，并为阿古柏建立军工厂提供帮助。为了得到英国的庇护，阿古柏还厚颜无耻地对英国使节说：“女王就和太阳一样，在她温和的阳光里，像我这样可怜的人才能够很好地滋长繁荣”，并声称“从这里到伦敦，任何人都可以自由来往”。（包罗杰：《阿古柏伯克传》）
1873年，英国又派出费赛斯使团带给阿古柏一封英国女王的亲笔信和大批武器。次年，阿古柏和英国签订了《英国与喀什噶尔条约》，通过条约，英国取得在新疆自由进出、商品自由流通及派驻领事享有治外法权等侵略权益。1875年，英国人从印度一次性就给阿古柏运去了连发枪2万多支，山炮8门，炮弹2000发。
在英国的帮助和沙俄的怂恿下，1870年3月，阿古柏发兵进攻吐鲁番。两个月后，吐鲁番城落入阿古柏之手。1871年，阿古柏侵略军带着英国人的洋枪洋炮，相继攻占了乌鲁木齐、古牧地、木垒、玛纳斯、鄯善等地，一时间气焰甚嚣尘上，新疆只剩下少数清军退据塔城、乌苏一线艰难固守，等待内地派大军前来救援。
眼见阿古柏侵略军攻占了乌鲁木齐等地，俄国见时机成熟，便趁火打劫，以“代中国守土”的名义，悍然出兵侵占了伊犁，并派使者到喀什噶尔，劝诱阿古柏投靠沙俄。1872年5月，阿古柏便与沙俄签订了所谓《俄阿条约》，非法出卖了中国的大量主权。
1873年，阿古柏甚至还派人跑到土耳其，承认土耳其奥斯曼帝国是其宗主国，并获得“艾米尔”(伊斯兰教政权首领)的封号，妄图使阿古柏的伪政权在伊斯兰世界合法化。阿古柏还从土耳其购得大量武器，试图长期据有新疆。
这场瓜分吞并我国新疆领土的闹剧，在阿古柏这个跳梁小丑和外国殖民主义分子们的激情舞动下，一时间居然还弄得有声有色，但正如电影《小兵张嘎》里说的，“别看今天蹦得欢，小心明天拉清单”，等到中国政府做好进剿的准备后，这外贼阿古柏蹦跶的日子也就不多了。
西域展雄风，唯我左大将军(1)
阿古柏进占乌鲁木齐、鄯善等地的时候，沙俄也乘机侵占了中国的伊犁，声称“中国威令能达伊犁之后即行撤军”，以加紧与英国争夺中国西北边陲，边疆危机由此愈演愈烈。
此时的大清帝国，太平军和捻军之乱虽已基本平定，但陕甘的内乱却正如火如荼，当时湘系元老左宗棠受命前往平定内乱。左宗棠本也是一介书生，有学识，有才气，但在科举考试中获得举人功名后一直郁郁不得志，直到后来的镇压太平军运动中才崭露峥嵘，成为一代中兴名臣。
左宗棠是个恃才傲物的人，性格张扬，但过于恃才傲物，不久就触犯官场上的众怒。后来有人告了左宗棠的黑状，朝廷命湖广总督官文密查，如确有不法事情，可将之就地正法。幸好这时肃顺知道左宗棠人才难得，加上胡林翼、曾国藩等人的保荐，左宗棠才逃过一劫，随后入曾国藩幕府襄理军务，再后又独立门户建立楚军，并署理浙江巡抚，太平军平定后被调任陕甘总督平定内乱。
左宗棠
早在1871年沙俄侵占伊犁的时候，左宗棠已经非常警觉，当下就写信给正在休假的部将刘锦棠，让他假满后立刻募练数千湘勇准备西行。1873年，左宗棠最终平定叛乱，当时他已经年届六十，且疾病缠身，完全可以在陇事平定后急流勇退，告老还乡。但左宗棠看到朝廷当时派往新疆的伊犁将军、乌鲁木齐都统等满族贵族根本无力解决新疆危难，便不顾自己年事已高，毅然向清政府请缨，筹议出关大略，敦促清廷立刻对新疆用兵。
在阿古柏和沙俄在新疆兴风作浪的时候，东南沿海的防务也很紧张，除了英法等强国经常滋事外，连日本也在台湾插了一脚，弄得清政府很是忙乱了一阵。在这种情况下，当时清廷分成了“海防”派和“塞防”派，两派之间争论不休，反而贻误了时机。
一贯喜欢妥协的李鸿章说，“新疆乃是化外之地，满是沙漠和赤地，加之土地瘠薄，人烟稀少。乾隆年间平定新疆，耗费全国之力，不过收复数千里旷地而增加千百万开支，实在得不偿失”。
李鸿章的意思是暂且不要大动干戈地去收回新疆，这样做成本太大，胜算不高，倒不如暂时保存实力，先把兵饷用到东南海防，拱卫京师。说这番话时，李鸿章是夹带着自己的私心在内的，如果朝廷把主要国防开支移到东南海防，李鸿章的淮军和后来的北洋系就大有前途了。
左宗棠对李鸿章的意见很不以为然，他认为，“新疆资源丰富，粮产充足，而且还盛产瓜果，牧场上牛羊遍野，牧马成群；看起来是千里荒漠，但实际上是聚宝之盆”。从战略上来说，“要拱卫京师，必须先保住蒙古，要保蒙古，就必须保住新疆；若新疆不固，则蒙部不安。俄人拓境日广，由西向东万余里，与我北境相连，仅中段有蒙部为之遮阂，不可不豫为绸缪者也”。左宗棠最后特别指出：“若此时即拟停兵节饷，自撤藩篱，则我退寸，而寇进尺。”
左宗棠认为，西方列强通常是为了商业利益开战，沙俄则更多的是领土要求，后者显然危害更大。当然，左宗棠并不是说海防不重要，他本人其实是非常重视海防的，早在1866年左宗棠就提议创办福州船政局，后因调任陕甘总督才由沈葆桢接手。左宗棠的观点，其实是“海防”与“塞防”并重，并强调先解决最现实的问题。
现在看来，“海防”派和“塞防”派都有道理，国家寸土寸地，不可轻言放弃。问题的关键是，在力量不足的情况下，应当区分轻重缓急，把最有效的资源用到最能解决问题的地方上去。