李鸿章说保新疆花钱且难度又大，不如“严守现有边界，招抚新疆回首，准其自为部落，略奉中国正朔”，的确有妥协卖国之嫌疑。
乱世当中，没有一点勇气也是不行的！左宗棠提出的“我退寸，而寇进尺”的观点打动了清政府。清廷于1865年任命左宗棠为钦差大臣督办新疆军务，授关外用兵、粮饷转运等各项权力，令左宗棠准备开进新疆平乱。
西域展雄风，唯我左大将军(2)
左宗棠在平定陕甘内乱的时候，也没有放松对新疆敌情和地理特点的观察。当时乱党白彦虎在左宗棠的镇压之下，也逃奔新疆投靠了阿古柏。而英国人一直在支持阿古柏，并为之输送武器，占据了伊犁的沙俄则暂时坐山观虎斗，试图在其中搞势力均衡，分而治之。
“大军未动，粮草先行”，出了玉门关，关外大都是戈壁沙漠，粮草和水源非常重要。出征前，左宗棠加紧筹运粮饷，并对出征军队进行了整编，用新买来的西式火器大大改善了部队的武器装备，其中就有威力巨大的开花炮，这在后来的攻城战中发挥了重大作用。
最后，出征大军整编成了以道员刘锦棠部、都统金顺部、提督张曜部为主的作战部队，兵力约六七万人，刘锦棠被委派总理行营营务，负责前线指挥之责。经过缜密的分析和周全的准备后，左宗棠制定了“先北后南”、“缓进急战”的战略，先拿下北疆，随后再进军南疆。
“提戎敌忾效前驱，马蹄蹴破天山雪。”计划制定后，已经六十五岁的左宗棠不顾边塞之苦，指挥大军向新疆进发，出关西征。临行前，河西走廊沿途的榆柳，“自肃州（酒泉）以西至玉门，连绵数千里，绿如帷幄”。这些树都是左宗棠署理陕甘总督时命人广为种植的，时人称“左公柳”。
古诗有云，“羌笛何须怨杨柳，春风不度玉门关”，如今玉门关外的“左公柳”，也在春风里摇曳多姿，也许是为老帅和将士们默默送行并预祝他们得胜归来吧。
1876年4月，左宗棠将自己的行营从甘肃省城兰州移驻到肃州(今酒泉)，就近指挥收复南北疆之战。张曜部先行进入新疆屯军哈密，金顺部则屯军巴里坤、古城(今奇台)一带，为进攻乌鲁木齐做准备。
随后，左宗棠令主力部队刘锦棠部分批出嘉峪关，取道哈密后前往巴里坤会合金顺的部队，先取北路；张曜部则固守哈密，以防范敌人从吐鲁番东犯，抄了清军的后路。
阿古柏得悉左宗棠所率的清军已经西进，赶忙由阿克苏奔至托克逊，召集党羽们部署防御。最后，以刚投奔过来的白彦虎和新疆叛党马人得两部伪军驻守乌鲁木齐等北疆要地；另又派兵防守胜金台、辟展(今鄯善)一线。阿古柏以为清军会南下进攻，因而把主力两万多人都布置在了达坂、吐鲁番、托克逊，分兵把守，试图顽抗。
令阿古柏没有想到的是，1876年8月上旬刘锦棠和金顺二部清军从阜康出发，避开大道走小道，声东击西，出乎意料地迫近乌鲁木齐北面重地古牧地(今米泉)。原来大道虽然进军速度快，但供水相对困难，而小道速度稍慢，但水源充足，乘其不备，倒有奇兵的效果。
白彦虎、马人得等匪徒一时没料到清军来得如此之快，顿时慌了手脚，乌鲁木齐的外围据点很快被刘锦棠所部扫清。随后，刘锦棠和金顺军队逼近乌鲁木齐，这时，左宗棠出征前置买的开花大炮立刻派上了用场。大炮一开花，清军很快就把城墙轰出了一个大缺口，并顺势从缺口冲入城内，只闻杀声震天，白彦虎、马人得等叛军被打得屁滚尿流，仓皇南逃，清军一举收复了乌鲁木齐。
随后，左宗棠命刘锦棠部驻守乌鲁木齐，继续清剿阿古柏方面的残敌，并以主力之势震慑阿古柏不敢北犯；有了刘锦棠部的屏护，左宗棠又命金顺率军继续西进。昌吉、呼图壁及玛纳斯北城的守敌听说乌鲁木齐已经被清军收复，大都闻风溃逃。只有玛纳斯南城的守敌负隅顽抗，金顺部攻打了一个多月也没拿下，后来刘锦棠和伊犁将军荣全先后赶来增援，才最终占领该城。
至此，被阿古柏军占领的天山北路之地已经全部收复。而这时冬季已经来临，北疆大地，白雪纷飞，银装素裹，一派北国风光。由于大雪封山，双方无法展开军事行动，刘锦棠等便在天山北路筹集粮草，整练军队，以待来年进军南疆。
这里要简单提一下前军主将刘锦棠。刘锦棠，字毅斋，湖南湘乡人，父亲刘厚荣和叔父刘松山，都是曾国藩一手带出的湘军将领。刘锦棠十岁时，父亲在镇压太平军时战死，刘锦棠便一直跟随叔父刘松山南征北战。1870年，刘松山在平定叛乱时被击身亡，左宗棠便推荐刘锦棠继续统率他叔父留下的老湘军。刘锦棠接任后，立下了赫赫战功，左宗棠也识人善用，委派刘锦棠为西征的前军主将，是年他不过三十一岁。
西域展雄风，唯我左大将军(3)
1877年4月，经过一个冬天的休整后，左宗棠指挥清军对阿古柏匪军展开强大的攻势：主力刘锦棠部自乌鲁木齐南下攻打达坂城；张曜部从哈密出发西进；记名提督叫煺彪部从巴里坤出发，至盐池与张曜部会合，一起进军辟展和吐鲁番。
刘锦棠部的湘军子弟果然非同凡响，他们以迅雷不及掩耳之势奇袭达坂城，毙敌三千，迅疾破城。随后刘锦棠分兵一部分助攻吐鲁番，自己则率主力直捣托克逊，阿古柏的次子海古拉见清军来势汹汹，抵抗了没多久，赶紧弃城西逃。与此同时，张、徐二部清军也捷报频传，连克辟展、胜金台等地，逃到吐鲁番的白彦虎守敌望风西窜，马人得见逃无可逃，只好率部投降。
至此，南疆门户洞开，平定全疆指日可待。
兵败如山倒。阿古柏见大势已去，5月下旬在库尔勒气急暴病而死。有人说阿古柏是因浩汗被沙俄占领（1876年）而绝望自杀的（那好歹能算是浩罕爱国人士），但也有人说是被人毒死的。不管怎么说，反正这个在新疆兴风作浪十几年的阿古柏总归是魂归西天了。
阿古柏的次子海古拉扛着老爸的灵柩继续西逃，跑到了叛贼白彦虎防守的喀喇沙尔(今焉耆)、库尔勒等地。阿古柏长子伯克·胡里害怕弟弟前来争夺王位，假装前去库车迎接老爸的灵柩，却偷偷派人将海古拉给宰了，自己在喀什噶尔称王，先过几天干瘾再说。
1877年秋，在短暂的休整后，左宗棠以刘锦棠部为主力，张曜部为“且战且防”之军，相继长驱西进。这时，饱受阿古柏荼毒之苦的南疆各族人民，纷纷起来配合清军作战。10月，刘锦棠率领湘军子弟驰骋两千余里，势如破竹，很快收复喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什等南疆东四城。
最后的残敌，困守在剩余的南疆西四城：叶尔羌(今莎车)、英吉沙尔(今英吉沙)、和阗(今和田)和喀什噶尔。大军当前，其内部分崩离析，已降敌的前喀什噶尔守备何步云乘机反正，固守喀什噶尔汉城等待清军救援。刘锦棠得到消息后，立即挥军分路前进，于12月中下旬连克喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔三城。遭到毁灭性打击后，伯克·胡里和白彦虎等人逃入俄境，了此残生。
1878年1月2日，清军总兵董福祥攻克和阗，阿古柏的残余势力被彻底荡平。董福祥本也是一介枭雄，后来投靠了左宗棠为清廷效力，后来在庚子年中还惹下了大麻烦，后叙。
至此，整个新疆除沙俄侵占的伊犁地区外，全部收复。当清军收复天山南北之后，喀什噶尔回城西北树起了一个“明瑶洛纪功石碑”，以纪念新疆各族军民平定阿古柏入侵的重大胜利。
心怀鬼胎的英俄两国没想到阿古柏失败得如此之快。说实话，英国人是真打算帮阿古柏割裂新疆并使之成为其印度势力外围的，但由于地理条件的限制，加上担心过分触犯俄国，英国也只能给予阿古柏有限的外交与军火支持。刘锦棠在攻克阿古柏军的后方巢穴时，就俘获了一些英国、土耳其教官和工匠，并缴获了大量英国军火。
而俄国人担心英国人的势力通过阿古柏进入新疆后威胁到自己在中亚的利益，最开始还想假手清军，直接打击阿古柏以间接打击英国，并从中消耗清廷的力量，弄个三败俱伤的结果，俄国人渔翁得利，便可永远占领伊犁地区。
据说，左宗棠动员军队西征的最初，俄国军官还特意至兰州，对左佯示友好，说只要中国收回北路，即交还伊犁，并愿为清军代为置办粮食。但后来一看阿古柏快要战败的时候，俄国人反过来给阿古柏运送军火，不再将粮食转售左军。很明显，俄国人想在里面玩势力均衡，其手段也未免露骨了一点。
俄国看左宗棠进军迅速，还想拉阿古柏一把，但阿古柏太不得民心，败局难以挽回。而此时俄国刚侵占了中亚需要消化，也不愿意全力卷入新疆之事。而清军这边，主帅左宗棠意志果决，计划周密，加上湘军主将刘锦棠又善于用兵抚众，终成大功。
西域展雄风，唯我左大将军(4)
值得一提的是，平定新疆阿古柏之乱的刘锦棠所率湘军，大都是生长于鱼米之乡的湖湘子弟，这些年轻人在西域风沙漫天、戈壁千里的战场上一展雄风，为保住祖国宝贵的疆土而披坚执锐、义无反顾，很多人甚至捐躯疆场，正如古诗所云：“醉卧沙场君莫笑，古来征战几人回？”