中央军委对西线作战指示：在中印边境西线同时歼灭入侵班公洛地区印军的8、9、16号据点。拔点时，对印军设在境外的炮兵和据点，印军不打，我不打，印军打我时，我坚决还击，以短促猛烈突然火力还击；印军8、9、16号据点经营时间较长，工事比较坚固，距楚舒勒较近，印军火力、兵力支援容易，故必须从打一场硬仗和恶仗的要求出发，要准备几手，一定要把准备工作作好，切勿仓促动手。
四.作战准备
为了贯彻中央军委“打狠、打痛”入侵印军，给印度扩张侵略者以应有的打击与惩罚，参战部队在军委各总部以及西藏、新疆、成都、兰州军区的直接领导下，在总后勤部驻渝办事处和青藏办事处的大力支持下，协力同心保证部队按照中央军委的命令按时集结，调整组织、补充装备转入临战动员与训练，保障部队如期开进，运补作战物资，抢修急造军路。作战部队进入战区后，立即组织战场勘察，开展敌情、社情的侦察与研究，拟制作战方案等等，进行了一系列紧张、细致的战前准备工作。
（一）深入进行政治思想动员，做好进入“麦克马洪线”以南地区的政策教育
已集结在东线战区的第十一师、藏字四一九部队、山南军分区和昌都军分区的部队，及西线的一线部队，均在上阶段反击作战战评、总结的基础上，继续进行中印边境斗争形势的教育和爱国主义教育，揭露印度尼赫鲁政府扩张主义野心和拒绝和平谈判，并妄图在国际反动势力的支持下卷土重来的行径，使干部战士加深了对再次反击作战的正义性和必要性的认识，激发了全体人员的爱国热忱和祖国领土神圣不可侵犯的责任感。表示在再次反击作战中一定要发扬“吃大苦、耐大劳”精神，要准备“打大仗、打硬仗、打恶仗”，要继续发扬“孤胆作战、独立作战、连续作战”的战斗作风，“为祖国争光，为人民立功”。
第一三○师受命入藏前，担任生产任务，分散在四川省6个县的14个生产点上，部队在40多个小时内完成收拢集结，经7天准备即昼夜兼程奔赴前线。第五十五师接到命令时，部队正在秋收，次日，先头部队便起程赴藏，有的分队集结后仅两小时便登车出发了。两个师受命紧迫，行动紧急，基本上是“放下锄头就上车，下车便战斗”，各种准备工作更显得异常紧张和艰巨。他们以边开进、边动员、边组织、边准备的形式进行战前准备工作。这次反击作战的战役地幅，大多在“麦克马洪线”以南和中印传统习惯线以北地区。这些地区聚居着藏族、门巴和珞巴族等。除紧靠“麦克马洪线”南侧的部分群众对中国共产党、人民解放军稍有一些了解外，大部分群众对新中国很少了解。由于印度入侵上述地区长达10余年，加上外逃的西藏叛乱分子的欺骗宣传，社会情况比较复杂。如何与新区的群众见好面，扩大政治影响，将是一个复杂艰巨的问题。对此，中共中央和中央军委很重视，曾明确指示：对“麦克马洪线”以南地区的社会制度和社会秩序“维持现状，原封不动”。西藏军区前指政治部于10月22日发出了《我军进入麦克马洪线以南作战中的若干政策规定》，要求参战部队：一、严格执行三大纪律八项注意。二、部队不准在市场上购买东西，如必须购买少量的必需品时，须经师以上政治机关批准，使用银元。三、注意保护工商业。四、尊重当地人民的风俗习惯和宗教信仰自由。五、做好群众工作，安定人心。六、不住寺庙，保护寺庙文物古迹。七、注意向群众揭露印度的反华阴谋和印军的侵略罪行，宣传我国一贯主张和平谈判解决边界问题的立场和“麦克马洪线”是非法的。
总政治部10月24日批准了上述规定，并强调了以下注意事项：
“一、大力开展宣传工作，对当地群众充分说明：‘麦克马洪线’以南九万平方公里的土地，历来是中国的领土，‘麦克马洪线’是非法的。印度反动派是侵略者，是这次边境冲突的进攻者，是他们关闭了谈判的大门，我们忍无可忍，除了自卫反击外，别无选择。中印边境的冲突，应由印度反动派负完全的责任，如果印度军队卷土重来，再度发动进攻，我边防部队没有必要再受非法的‘麦克马洪线’的约束。各参战部队应该组织专人收听北京广播的有关社论和消息，作为宣传的依据。
二、到达‘麦克马洪线’以南地区后，除消灭武装抵抗的印军和收缴印军武器装备军用物资外，对当地的社会制度、社会秩序（包括政府机构和民间武器在内）一律维持现状，原封不动。
三、在部队连续作战和供应困难时，尤应严格执行三大纪律八项注意，切实尊重当地群众的宗教信仰和民族习惯，严禁使用人民币。
四、为了今后长期同印度反动派作斗争，团以上政治机关应当组织专人进行社会调查工作。了解当地各阶层的政治动向，对中国、对印度的态度，当地的社会组织状况和印度反动派的统治方法等。通过调查，收集有关的历史资料，并尽可能选择一些进步分子，和他们建立友谊关系。
五、提高警惕，加强思想工作，严格行政管理，防止当地坏思想的侵袭和坏分子的勾引破坏，切实做好巩固部队工作，杜绝投敌和外逃等政治事故”。
各参战部队对上述政策和规定均认真地进行学习和讨论。此后，中共西藏工委又发出了《随军工作队工作提纲》，大多数师、团和部分营组织了随军工作队。中共西藏工委和山南、林芝分工委、昌都桑昂曲县派出地方干部140余名，随军行动，以开展新区群众工作。连队普遍健全了群众工作组。
（二）临战准备工作
担负中印边境东、西线作战任务的各级指挥所进入预定作战地区后，立即组织现地勘察，熟悉战区敌情地形，研究部队所担负的作战任务，召开作战会议，研究作战方案及各种勤务保障措施，指导所属部队进行有针对性的战前训练，认真研究落实中央军委、各总部有关作战的各项具体指示和要求，制定保证完成战斗任务的各种措施。
（三）后勤保障工作
自卫反击作战，险恶的自然环境给战役的组织实施带来极大的困难。要战胜印军，首先要战胜自然障碍。战胜自然障碍最根本的是靠部队的坚强战斗意志和顽强的毅力，同时也要求做好战时的后勤保障工作。此次作战，战役的规模由小到大，情况变化快，时间紧迫，在东线参战部队迅速增至4个师，由1个反击方向增至4个反击方向，战役纵深增大至200公里左右，而所有参战部队的粮弹及一切作战物资均赖深远后方补给。运输线长，道路少，路况极差，运力严重不足。为了保证战役的胜利进行，战前，东线后勤部门以物资供应和运输补给为中心做了大量准备工作。
10月27日，总后勤部向参战部队转来刘伯承元帅《关于反击作战后方布局的指示》，刘帅指出：“反击印军作战，后方布局是一个大问题，解决这个问题，对这次作战有特殊意义”。“这次战役的结局，取决于后方补给的程度，要从全局出发，长远打算，通盘计划。我看主要有两点：一是交通和运输力；二是安排好后方基地和补给站”。同时要求“补给基地（站）的设置要从战略、战役、战术范围精确计划安排好，要有个长远打算，既要选择机动位置，又要隐蔽，防止敌人破坏”。东线西线参战部队认真贯彻执行了这些指示精神。
反击作战所需的装备和作战物资，除由总后勤部负责统一运筹调补外，西藏、新疆、成都和兰州军区后勤部均以很大的努力进行组织准备。
在东线，西藏军区前指以陈明义、赵文进副司令员分别负责整个东线战场及达旺方向的后方指挥，并抽调干部540人，建立了各级后方组织，先后组建了西藏军区前指、丁指及藏字四一九部队的后勤部；建立兵站、转运站、补给站47个。还从西藏军垦农场组织老兵连7个（已转业），并抽调建制连两个，共1374人，建立了各级后方勤务保障分队。
10月23日，西藏军区和西藏交通战线抽调干部组建了修路指挥部，调集铁道兵第二十四团（两个营）、工程兵和步兵，共7个营及3个民工大队，以16天时间抢通错那至达旺73.8公里的公路；以昌都军分区抢修指挥部两个老兵连、民工一部，抢修然乌至扎拉的急造军路；30日，总参谋部电令第一三四师工兵营，赶赴察隅修筑雄纠到察隅的道路，以及骡马便道，并以相当大的兵力投入道路维护，保障车辆通行；同时还调动了6个医院，共925名医务人员，扩大收容2500人的床位，其中由昌都地区人民医院及西藏自治区筹委工交医院组建两个战俘医院，组成了医疗队6个（65人）、医疗组7个（40人），加强战地卫勤保障；抽调干部175人、战士383人、民工1641人，组成打扫战场勤务分队4个；组织汽车、人力、畜力运输，前运各种作战物资1.1万余吨。
新疆军区，战前在西线边境地区初步建立了后勤保障体系，储备了作战物资万余吨，反击作战时，又抽调人员组建了康指后勤部、叶城基地和各营后勤部门，组建医院、救护站各1所，加强团营救护组织，建立兵站6个，补给站3处等，参加道路保障的人员达1200余人。