最后一批人员离开“飞龙号”后，山口和加来登上舰桥，人们最后看到他们在向长时期以来在他们手下服役的人们招手诀别。
“风云号”和“夕云号”驱逐舰于是离开了“飞龙号”，遵照山口海军少将的最后指示，阿部海军大佐下令击沉“飞龙号”。5点10分，“风云号”和“夕云号”向“飞龙号”发射了鱼雷，在一阵震耳欲聋的爆炸声后，这艘庞大的航空母舰开始下沉。东方刚刚开始发白，阿部海军大佐看到鱼雷爆炸后，相信他的任务已经完成，随即命令这两艘驱逐舰撤离。5点40分，“大和号”收到阿部海军大佐的报告称，“飞龙号”已被击沉，地点北纬31°38′，西经178°51′。但一小时二十分钟后，派到东面寻找南云部队的“凤翔号”轻型航空母舰的一架侦察机发现，“飞龙号”仍然漂在水上。这架飞机报告说，它看到“飞龙号”上还有人，并对这艘仍然冒着烟的被弃军舰拍了几张照片。
山本海军大将接到这个消息后转给南云，命令他核实，并尽一切努力援救活着的人。南云海军中将立即派“谷风号”驱逐舰执行这个任务，并派一架“长良号”旗舰的水上飞机协助寻找“飞龙号”。但是，再也看不到“飞龙号”了(据本书日文版第224页载：“飞龙号”于6月4日17点30分(日本时间6月5日14点30分)中弹，6月5日8点20分(日本时间6月6日5点20分)沉没。——译者)。
根据战后美国资料，现在知道“飞龙号”一直到8点20分左右才沉没。甲板上的那些人是机舱人员。阿部的驱逐舰发射的鱼雷恰好把下面甲板炸开一条出路，奇迹般地使这些人从船的下层逃了出来。“飞龙号”沉没后，他们漂在水上，后来被一艘美国军舰救走。“飞龙号”在这次最后作战中，除自愿与舰共存亡的两位指挥官外，一共有四百一十六名舰员丧生。
山口海军少将(1939年，根据山本(当时任海军次官，中将)的建议，山口被凋往侵华前线——汉口，任日本海军航空部队司令官。1940年，山口回国，任第二航空母舰战队司令官。在这以前，山口曾在美国普林斯顿大学留学，毕业后历任驻美海军武官、联合舰队首席参谋，海军大学教官，军令部课长、战列舰舰长等职。——译者)之死使日本海军失去了一位最有才干的将领。他曾被普遍地认为是最可能继山本海军大将之后任联合舰队司令长官。他那了不起的胆量和能力，博得了上司对他的信任和下级对他的信赖。认识山口的人都对他的死感到悲痛。
山口的同学、联合舰队参谋长宇垣在6月6日的日记里写道：“他确是一位有远见的人。他能体谅别人，为人忠厚，行动果断。他向上司很有力地提出的积极建议，对作战的胜利贡献很大；在这方面他比其他司令官更为突出，由此而赢得了一个高尚的地位。”
当山口的死讯传到阿留申部队时，第二机动部队司令官角田觉治海军少将也对山口颂扬备至。他向他的参谋奥宫海军少佐吐露：“山口海军少将要是担任机动部队司令长官多好!我情愿在他手下工作。”而山口比角田足足小一岁。
十、撤退
现在让我们回过头来讲“长良号”旗舰。11点30分，南云海军中将的中将旗移到了“长良号”。两分钟以前，“筑摩号”的搜索机报告：“敌离我部队九十海里，方位070°。时间11点10分。”人们对这个消息一下子感到很震惊。接着首席参谋大石海军大佐向南云海军中将建议：“敌人比我们原先想的近得多。如果我们全速猛进，我们就有可能与敌进行水面战斗。”
据信，敌人有七艘巡洋舰和五艘驱逐舰伴随着航空母舰。如果我方的两艘快速战列舰，两艘重巡洋舰、一艘轻巡洋舰和十二艘驱逐舰能在白天与敌进行水面战斗，我们有可能以炮火和鱼雷歼灭敌舰。但这时和“长良号”在一起的只有五艘驱逐舰了。其它舰只，有的在守卫着三艘受伤的航空母舰，有的正在跟“榛名号”、“雾岛号”战列舰，“利根号”、“筑摩号”重巡洋舰和“飞龙号”航空母舰一起北撤。
南云海军中将考虑大石的建议一直到11点53分，随即照这个建议开始行动——用无线电向南云部队的各舰队发出简短的命令：“现在我们要去进攻敌人。集合!”11点56分和11点59分，又重述了这道命令。11点59分的命令还指示，在170。航向上列阵次序是第十驱逐舰战队、第八巡洋舰战队和第三战列舰战队。与此同时，“长良号”以二十四节航速开向北东，与各舰会合。
在下达这些命令之前，南云海军中将向山本海军大将和中途岛攻略部队司令长官近藤海军中将发报，告诉了他们他的目前处境和计划。电报是11点50分发出的，电报说：“由于10点30分左右遭到敌机轰炸攻击，‘赤城号’、‘加贺号’和‘苍龙号’受到相当大的损坏，发生了大火，以致失去了战斗力。我已转移到‘长良号’，并打算在攻击敌人后带领整个部队北撤……”
13点正，“利根号”的搜索机报告了敌人正在撤退的令人泄气的消息，由于敌人这时拥有空中优势，估计它要同日本部队之间保持一个保险的距离，并频频进行空袭。敌人的警戒兵力只有巡洋舰和驱逐舰，所以对敌人来说，用火炮和鱼雷进行决战是愚蠢的。而且，敌舰有中途岛的航空兵支援，还有相当多的侦察机，很明显，不管我们如何拼命猛追，要在和敌交战中取胜是希望不大的，而且只能使自己陷入敌人的圈套。
因此，在“长良号”向北东航行一个多小时后，南云和他的幕僚决定放弃白天作战的打算。但是，总得有点作为，下一步最可能做得到的事就是进行夜战。于是，南云海军中将决定暂时西撤，与此同时，准备与敌人进行一次夜战。
14点45分，“长良号”赶上了“飞龙号”和其他军舰。部队重整队形，以旗舰居前，航空母舰居中，战列舰和巡洋舰分居两侧。16点20分，南云海军中将收到山口海军少将的报告。报告说，“飞龙号”准备用其残余的飞机，在黄昏时刻攻击敌航空母舰。机动部队司令长官同意了这个计划，但仍命令部队在进行攻击准备时继续西撤，脱离敌人。
山口海军少将计划于18点派出他的飞机。上文提到过，敌俯冲轰炸机在17点3分再次来袭，使“飞龙号”失去了战斗力，并使南云部队丧失了最后残余的空中力量。南云的参谋人员认识到败局已定，唯一的希望是避免更大的损失。但是，由于人人感到自己对作战失利负有责任，所以，谁都不愿提议撤退。
人们痛感到严峻的情势愈益明显了。我们的航空兵力已被歼灭，而敌人至少还有一艘航空母舰没有受到损伤；我们没有彻底摧毁中途岛的机场，我方的一些军舰还处于中途岛岸基飞机攻击范围之内；制空权牢牢掌握在敌人手里；胜负已定。
17点32分，另一架搜索机报告，敌特混舰队继续东撤。要进行夜战的一线希望也因此更渺茫了。南云听到这个消息后显然是很焦急的。但是，大石仍继续鼓吹夜战。他要求“长良号”让它所载的南云部队现在唯一的一架夜间帧察机作好准备，去搜索敌特混舰队。
当然，如果找不到敌人是无法交战的。大家都认识到，一架侦察机要在漆黑的夜里去寻找敌舰，希望是微乎其微的。因此，在南云司令部的其他参谋人员中，怀疑的气氛越来越浓厚，但大石却坚持他的主张。大石还建议，把守卫受伤的航空母舰的全部驱逐舰调回来，以加强这场夜战的兵力。南云海军中将同意了这个建议，并向各舰(包括在航空母舰那里待机的驱逐舰)发出了集合的命令。
这个行动使其他参谋人员感到完全出乎意料。倘若这几艘航空母舰下沉而又没有救援人员在旁时，这些舰上的人员怎么办?而且，除非在拂晓前把舰上人员救出并把受伤的航空母舰处理了，同时完成了撤退，否则到白天，这一切都将成为猖獗的敌机攻击的目标。每个人肯定都是这样想的，只是没有人敢吭声罢了。
18点30分，“筑摩号”用灯光信号发来的一个报告，更加增长了“长良号”舰上的忧郁气氛：“17点13分，‘筑摩号’第二号飞机在燃烧中的航空母舰以东三十海里处，发现敌四艘航空母舰，六艘巡洋舰和十五艘驱逐舰。敌舰队正向西航行。”(原编者按：这个报告提到的舰数是对的，但把两艘巡洋舰也当成航空母舰是大错特错了。如果不算燃烧中的航空母舰(“约克城号”)，美国的这两支特混舰队仍然完好无损。这两支特混舰队这时包括两艘航空母舰，八艘巡洋舰和十五艘驱逐舰。)
这个消息迫使对原来的计划不得不重新考虑，因为它表明，敌人的兵力比我们所估计的大得多。我军没有雷达，只有一架夜间侦察机，要找到敌人并战胜敌人，纵令有运气也是办不到的。另一方面，如果夜战失利，我们将无法逃避天明时敌人的攻击，我们的军舰将好象蹲着的鸭子一样任人宰割了。南云海军中将认识到了这种危险，最后决定放弃夜战企图，选择了撤退以图来日再战的比较明智的方针。担负救援任务的那几艘驱逐舰又再派回受伤的航空母舰那里待机。
仗已经打败了，南云向北西撤退，燃烧中的“飞龙号”在后面紧紧地跟着，但不久距离就越拉越大了，只得让它留在后面，由“风云号”和“夕云号”两艘驱逐舰在旁边厮伴了。