就这样，友永那架受伤的飞机被推到了起飞线。
友永的好几个飞行员都要求跟他调换飞机，但他笑嘻嘻地拒绝了。谁都知道，友永飞机装的油量是不够，但谁也没讲出口。讲也没用，因为他已下了决心。
起飞准备工作于12点45分完成。十六架飞机立即起飞，奔向敌人。山口海军少将一动不动地望着飞机依序起飞，而带队的是一个知道自己将一去不复返的人。在场的每一个人，严肃静默地站在那里，为战争中容不得人情的这类残酷事情而感到沉痛。飞机一架接着一架飞离了飞行甲板，人们默默地向它们招手告别，热泪夺眶而出。
14点26分，攻击队发现一艘敌航空母舰，前面约十海里处有数架护航机。友永下令他的飞行员迎上前去攻击。护航的敌战斗机要想拦截，但立即被我方0式战斗机缠住，鱼雷轰炸机速驰向那航空母舰。14点32分，友水命令机队散开，以便从不同方向实施攻击。两分钟后，他下令攻击。这些飞机立即从二千米下降到离海面只有一百米左右，冲向美航空母舰。14点45分，友永队长报告说，两雷命中目标。一个半小时后判明，该航空母舰是属于“约克城号”级的。
直到16点30分，幸存的日本飞机返回“飞龙号”后，大家才知道这次攻击的更详细情况。发出的飞机只有半数——五架鱼雷机和三架战斗机返回了“飞龙号”。飞行员报告说，一艘敌航空母舰中了一条鱼雷，还重创了一艘“旧金山号”级的重巡洋舰。但后来的情报说明，所谓击中一艘重巡洋舰，实际上是一架日本飞机溅落在舰旁海中。据报还击落了敌战斗机八架。
据战后美方记述，“约克城号”于14点42分左右的确中了两条鱼雷，但它成功地避开了另外两条向它发射的鱼雷。由于中了两雷，加上以前在俯冲轰炸机进攻中所负的伤，“约克城号”这艘航空母舰完蛋了(原编者按：“约克城号”中雷后不到十五分钟，舰长下令弃舰，但两天后这艘航空母舰还在水面上漂浮，6月6日下午，日本“伊—168号”潜艇发现了“约克城号”，向它发射了四条鱼雷。“约克城号”又中了两条鱼雷，于次日6点沉没。在旁进行救援工作的“汉曼号”驱逐舰，也中了一条鱼雷，四分钟后即沉没。译者按：据本书日文版第195页载：“约克城号”由于遭到日本飞机第一次攻击而进行紧急修理后不久，大约在“点30分，它的雷达发现日本飞机向它接近。“约克城号”立即起飞了六架战斗机，企图截击日本飞机。美机飞行高度是三千米，日机飞行高度是一千五百米，结果双方没有碰头。在离“约克城号”大约十二海里的时候，日本鱼雷机队遭到另外两架战斗机截击，但未受损失。鱼雷机队冒着前所未见的猛烈高射炮火，向“约克城号”逼近。在十六架鱼雷机中，有八架被高射炮火击落，另外八架鱼雷机成功地突破了敌防御弹幕。这时，又有三架鱼雷机被击落，只有五架向“约克城号”发射了鱼雷。“约克城号”中了三条鱼雷，其中两雷命中了左舷前部，炸开了一个大洞，另一条鱼雷命中中部。“约克城号”中雷后，立刻失去了航速。)。但它的护航战斗机没有受任何损失。
正如完全预料到的，友永海军大尉的飞机没有返航。桥本敏郎海军中尉在第一攻击波空袭中途岛寸作为观察员和友永同乘一架飞机，但在这次攻击中，他在另一架飞机上。他亲眼看到了这位英勇的队长殉职。他说：“他的飞机由于机尾是黄色的，所以当它冲过我从来没有见过的那样猛烈的高射炮火时，可以看得很清楚，他投了鱼雷，过了一会儿，他的飞机也粉碎了，在那样猛烈的炮火前，对这艘航空母舰进攻就等于自杀性的撞击。”
“飞龙号”的飞机在中途岛海战中对美国军舰发动的第二次攻击，也是日本人在这场海战中发动的最后一次攻击，到此就告结束。参加攻击的飞行员和听取飞行员报告的山口海军少将都认为，第一次和第二次击中的目标是不同的，因此有两艘美国航空母舰遭到了致命的损伤。实际上，这两次攻击的目标都是“约克城号”。“约克城号”在遭到第一次攻击后被迅速修复，所以，友永鱼雷机队把它当作另外一艘没有受创的航空母舰了。
九、敌舰载机再次来攻
“飞龙号”发动三次空中进攻后(包括空袭中途岛)，它的飞机已损失殆尽。当友永机队最后一架飞机于16点30分在航空母舰甲板上降落时，“飞龙号”的飞机只剩下了六架战斗机、五架俯冲轰炸机和四架鱼雷机。从拂晓开始投入殊死战斗的飞行员已经精疲力竭，舰员们也一样十分疲劳。当“飞龙号”的飞机攻击敌人的时候，“飞龙号”自己也成了敌人一再猛烈攻击的目标。从日出时开始，“飞龙号”遭到了七十九架敌机攻击，成功地躲避了二十六条鱼雷和大约七十颗炸弹。尽管剩下的航空兵力少得可‘怜和人员疲于奔命，山口海军少将仍然决定要回击。但他知道，再进行白昼攻击不可能成功，所以决定黄昏时作一次最后努力，那时他的为数不多的飞机有更大的可能冲进去给敌人以一次有力的打击。
17点前不久，战斗暂停下来，利用了这个空隙时间给仍然处于战斗警报状态的舰员们开饭。人们狼吞虎咽地吃着香甜可口的年糕团。即便在这短短的间歇寸间里，还得尽量利用剩下的六架战斗机在上空保持着战斗巡逻。汁划在黄昏时实施攻击的准备工作也在进行。为了要找到据认为敌人仅有的那艘航空母舰的所在地点，山口海军少将决定派一架高速侦察机进行搜索。
17点3分，侦察机刚要起飞，了望哨喊道：“敌俯冲轰炸机就在头上了!”敌机是从南西背阳方向飞来的，加以“飞龙号”没有雷达，所以我们未能及时发现敌机接近。十三架敌机集中向“飞龙号”猛攻。
“飞龙号”的高射炮立即开火。加来舰长下令：“右满舵!”“飞龙号”动作笨重地向右猛转，适时地避开了投下来的头三颗炸弹。但是，更多的敌机接着俯冲下来。最后投中了四颗炸弹，立即引起大火和爆炸。巨大的黑色烟柱腾空而起，“飞龙号”的航速开始减低下来。
四颗炸弹全部击中舰桥附近，舰桥上的玻璃窗全被震得粉碎。前部升降机的舱面甲板炸得朝上翻卷，完全挡住了指挥区的视线。大火在飞行甲板上装好炸弹的飞机间蔓延，堵死了通往机舱的所有通道。在甲板下处于绝境的人们继续上作，直到被浓烟烈火所压倒。他们忠于职守，表现了无畏的英雄气概。
当我们这最后一艘航空母舰中弹负伤时，敌机也开始把注意力转到警戒舰上。在16点49分，“榛名号”战列舰就已遭到四架水平轰炸机攻击，17点7分，又遭到两架俯冲轰炸机攻击。但炸弹都没有命中，“榛名号”完好无损。18点26分，“榛名号”又躲开了敌岸基轰炸机的攻击。“利根号”重巡洋舰在17点20分遭到三架俯冲轰炸机攻击；17点28分，又遭到九架俯冲轰炸机攻击；然后，18点18分，遭到三架岸基轰炸机攻击，但都未击中。“筑摩号”重巡洋舰在17点32分遭到九架俯冲轰炸机攻击；17点45分，遭到一架俯冲轰炸机攻击，18点10分，遭到三架岸基轰炸机攻击，但也都避开了。
21点23分，“飞龙号”最后完全失去航速，开始倾斜，由于不断进水，倾斜到十五度。灭火泵受损已不能使用了；舵机也是如此。后来修好了一架灭火泵，拚命地用它来灭火。就在这当中，“飞龙号”又遭到几架B—17轰炸机攻击，但未中弹。
第十驱逐舰分队司令阿部俊雄海军大佐的旗舰“风云号”勇敢地和巧妙地开到燃烧中的航空母舰旁边，来协助灭火，并为艰苦奋战的舰员提供食物和饮水。“夕云号”驱逐舰则在旁警戒。
两次企图进入机舱的拼死努力都失败了。最后，到情况已很明显无法拯救这艘军舰时，山口海军少将通过“风云号”驱逐舰向南云海军中将报告，他已命令“飞龙号”舰员弃舰。6月5日2点30分，山口海军少将指示加末舰长，召集全体舰员到舱面集合。山口海军少将对集合在甲板上的大约八百名能应召前来的舰员最后训话说：
“我身为这个航空母舰战队司令官，对‘飞龙号’和‘苍龙号’的损失负全部责任。我将与本舰共存亡。我命令你们全体离舰，继续为天皇陛下效忠。”
山口海军少将的幕僚请求跟他一起留在舰上，但被山口坚决拒绝了。他们只好忍痛向停在一旁的“风云号”驱逐舰转移。临别前，他们从就在身旁的一个淡水桶里倒了一杯淡水，山口海军少将同他的幕僚用这杯水黯然饮别。首席参谋伊藤海军中佐问他，是否有什么遗言要托付给他。山口说，没有，随手把他的黑色战斗帽递给了伊藤，作为纪念品。山口把伊藤带着的一块布要过来以便把自己绑在舰桥上，这样就确保可以同“飞龙号”一起沉到海底。
加来舰长决意要留下来，因此他恳求山口司令官离舰。山口会心地笑了一笑，但摇了摇头坚决拒绝了加来的请求。一轮皎月照耀在残破的航空母舰的甲板上，这两位指挥官跟他们的部下诀别了。
“飞龙号”的幸存人员已开始向“风云号”转移。这时，第十驱逐舰分队司令阿部海军大佐亲自来到“飞龙号”上，再三请求山口海军少将和加来舰长离舰，但没有达到目的。