当数到六十颗深水炸弹在附近爆炸时，剧烈的震动所造成的损坏迫使“伊—168号”浮到水面上来。敌驱逐舰立即逼近攻击，迫使“伊—168号”不顾所负的创伤再度下潜。但是，看来那些驱逐舰是要穷追不舍的，“伊—168号”终于不得不再次上浮。潜艇在这种困境下是最惨不过了。幸而，敌驱逐舰刚在“伊—168号”上浮前停止了追击，它从而得以逃脱了本来是肯定要毁灭的命运。
田边艇长的大胆的行动使“约克城号”航空母舰在命中了两条鱼雷之后摇摇晃晃开始下沉。这条航空母舰旁边的“汉曼号”驱逐舰被一条鱼雷炸成两段，几乎登时沉没。
三、重新集合部队
山本海军大将虽然在6月5日2点55分下达了撤销中途岛作战的命令，但他的几艘战列舰仍在当天黑夜里继续向东急驶，以便跟从作战地区撤退下来的南云部队和近藤部队会合。“大和号”上的人们都怀着悲壮的决心，因为每一个人都知道，这一行动会使山本部队要处在敌人攻击距离以内，这样就产生了有使日军受到更多的损失和伤亡的危险。
4点40分日出。天气晴朗，万里无云，能见度达四十海里以上。这是舰队离开本土十天以来遇到的最好天气。
这一天，联合舰队的战列舰(除高须海军中将的警戒部队的四艘战列舰外)都将与敌人接近；自开战以来还从未与敌人这样接近过。各舰严阵以待，防范敌机空袭。
日山后不久，山本部队的军舰看到了近藤的攻略部队主力。它们在7点以前于中途岛北西三百二十海里处会合，然后驶向北西。
南云的分散的军舰自清晨本已向北西方向撤退，这时仍继续后撤，以便同主力会合。按照原来的估计和计划，南云部队应该在此时到达此地与主力会合。但南云部队没有出现。于是由“凤翔号”派出了一架搜索机去寻找，在主力的北东约四十海里处找到了南云部队，到11点55分大部分南云的舰只都赶上来和其它军舰会合。从本土出发时浩浩荡荡的大军，这时已面目全非了。航空母舰已荡然无存，驱逐舰也只有原来的一半了(另六艘驱逐舰在守卫受伤的航空母舰)。这番情景，使“大和号”的人们深深感到这次失败之惨。
大约就在这时候。“风翔号”的搜索机报告，发现了被摧毁的“飞龙号”的漂流残壳。虽然担任警戒任务的驱逐舰几小时前就曾给以最后一击，但“飞龙号”仍未沉没。南云海军中将立即派“谷风号”驱逐舰去救援据报“飞龙号”上仍活着的人，并令“长良号”派一架水上飞机协助搜索。“长良号”的飞机飞到了据报的“飞龙号”地点，但没有发现有“飞龙号”的痕迹。“谷风号”搜索了一番，一无所获。“谷风号”在进行搜索的时候，遭到了敌舰载机猛烈轰炸。第一批四架俯冲轰炸机于16点36分来袭；一个半小时后来了第二批二十六架；18点45分，来了第三批六架。但这艘驱逐舰很走运，只受到一颗近弹爆炸的轻微损伤，并不影响它的战斗力；它还击落了一架敌机。
由于“谷风号”吸引了这几批敌机，集结在附近的日本舰只没有被敌舰载轰炸机发现。因此，把四艘沉没的航空母舰的幸存人员从救援的驱逐舰上转移的工作未曾受到干扰。满载人员的驱逐舰一靠拢后，立即将舰上的人向“陆奥号”、“长门号”、“榛名号”和“雾岛号”战列舰上转移。即令没有受到敌人进攻，这个工作也是够困难的。海上风急浪高，汹涌而来的浪涛使驱逐舰无法靠拢战列舰。全舰队最后停航，只好吊下小船来往输送。重伤员必须用担架抬。天黑了，转移工作一直进行列深夜，因为云低见不到一颗星星，全体舰员拼命地干，终于完成了这一艰巨的任务。各战列舰上的病舱和卧舱里都挤满了伤员，大部分伤员都是烧伤的。
这一天里，在南面不太远处，受了伤的“最上号”和掩护它的另外三艘军舰遭到十二架B—17轰炸机和十二架美国海军陆战队俯冲轰炸机的攻击。十二架E—17轰炸机没取得什么战果，只有一颗近弹在“最上号”旁边爆炸，炸死了两人，但领队的敌俯冲轰炸机队驾驶员(原编者按：这位勇敢牺牲的飞行员是美国海军陆战队R·E·弗雷明上尉。按这里日本的记载，弗雷明的行动给“三隈号”造成的损失要比过去所估计的大得多。)在飞机被我高射炮火击中后，企图用飞机来撞“三隈号”舰桥，结果未撞中舰桥，但撞到了“三隈号”的后炮塔。大火燃烧到右舷机舱的进气口处，引起下面的汽油爆炸，使机舱里工作的人员全部死亡。这艘巡洋舰迄今为止只由于同“最上号”相撞，船身受过一点轻伤，而这一下对它是严重的打击。现在，两艘巡洋舰都已受伤。它们继续西撤，但要逃脱敌人攻击的希望是很黯淡的。
6月6日12点59分，角田海军少将的第二机动部队接到命令，再与细萱海军中将的北方部队会合，使已停顿下来的阿留申作战计划比原定计划晚一天执行。为了帮助执行这一计划，山本海军大将于23点20分又下令再派更多的部队归细萱指挥。它们是“金刚号”和“比睿号”战列舰、“利根号”和“筑摩号”重巡洋舰、“瑞凤号”轻型航空母舰、“神川丸”水上飞机母舰．第二潜艇战队和第十三潜艇分队(总共十四艘潜艇)。派出这些增援部队的主要目的是因为敌人可能企图收复基斯卡岛和阿图岛，要使敌人更有所顾忌，但同时也抱有这种希望：这个北方作战行动有可能提供一个歼灭敌舰队的机会。
航空母舰的幸存人员转移到主力的战列舰—亡之后，联合舰队继续开航，驶向北纬30°00′，东经170°00′的加油地点。到第二天拂晓时，除“三隈号”、“最上号”和两艘驱逐舰外，全部军舰将脱离中途岛陆上飞机的攻击范围，但如故航空母舰跟踪追赶，仍不能离开敌航空母舰飞机的攻击范围。
集合这样巨大的一支舰队，一个突出的问题是其中没有大型航空母舰。“瑞凤号”和“凤翔号”轻型航空母舰提供了仅有的飞行甲板，在它们的甲板上，不时有反潜巡逻机起飞和返航，忙得不可开交。
在舰队西撤途中，各舰上的人员作何感想?是不是有人对我们虽损失了四艘大型航空母舰但战列舰“主力”仍然完好无损而聊以自慰?但是，现在不可能还有很多人不痛切地认识到，光靠大炮是不能打胜仗的。我们失去了航空母舰，就失去了攻击力量的台柱。联合舰队中几乎每一个人都因认识到帝国海军刚刚遭到一场惨败而深为痛心。
四、退却
6月6日(日本时间6月7日)，即原定要攻克中途岛的那一天的清晨，“大和号”旗舰已经离开中途岛六百多海里，驶向日本。天气又变坏了，能见度很低，浓雾再次笼罩着一切。虽然舰队的主要部分已脱离了美国陆上飞机的攻击范围，但因不知道敌特混舰队在哪里，仍然叫人担心。美国航空母舰如在追踪，这样恶劣的天气倒是提供了防止敌机攻击的很好的掩蔽，想到这里，倒使人得到一些安慰。
在“大和号”左后方是“长良号”，在它的旗杆上耻辱地飘扬着南云海军中将的中将旗。这面将旗也一定给这位司令长官出丑。他曾在半年问无敌天下，如今竟落得一场惨败而归。
在“大和号”舰桥上，舰长担心敌机或潜艇追击，神色紧张地发号施令。在战列舰队后面，“凤翔号”轻型航空母舰断断续续不停地在派出和收回反潜机。在“大和号”下面的作战室里，参谋人员中的不安情绪与时俱增，他们彻夜围在大桌子旁，等待着事态的发展，沉浸在烦恼的思潮之中。他们深怕这一战役还未结束。
大家最担心的是负伤的巡洋舰“三隈号”，“最上号”和护卫它们的两艘驱逐舰的安全。果然，6点30分，“三隈号”舰长崎山释夫海军大佐喊道：“发现两架敌舰载机!”接着，这几艘被围攻的军舰不断发来报告，把情况说得再清楚不过了：
“遭到六架俯冲轰炸机攻击，中一弹。敌航空母舰看来在追击。”
“6点45分，遭多架舰载机轰炸。发现一架敌水上飞机。”
“三架敌水上飞机在跟踪。敌水面部队看来也加入追击。”
“7点45分，‘最上号’中一弹，轻伤。击落敌机三架。”
“8点正，敌航空母舰和在此处活动的其他军舰在追击我们!我们驶向威克岛，方位030°，距离威克岛710海里。”
这些负伤的巡洋舰在到达中途岛以西五百海里的时候，遭到第一批敌舰载机的攻击。在这次攻击中，“三隈号”中一弹，“最上号”中两弹，但都只受轻伤。但接着而来的攻击中，中弹更多，损伤加重。10点30分，“三隈号”又中五颗炸弹，接着引起全舰大火，被迫停航。火势迅速扩大，到10点58分，引起舰内爆炸，再没有指望能拯救这艘军舰了。12点正，正在把“三隈号”上的舰员向一艘驱逐舰上转移的时候，又遭到十架敌机轰炸，“三隈号”又中数弹，随即沉没。
崎山舰长在敌机第三次轰炸时负伤，但他始终在舰桥上坚持指挥，直到“三隈号”沉没。他从沉舰上摔到海里，被一艘驱逐舰救起。但是，这位英勇的军官于6月13日终于在“铃谷号”巡洋舰的病舱里死去。
在这一天的空袭中，“最上号”共中了六颗炸弹，炸死官佐九人和士兵八十一人，但由于采取了迅速有效的紧急损管措施，“最上号”得免遭沉没，并能击落敌机八架。