至于野史传闻及一些史学著作中说李连英在宫中数十年“干预国政，广植私党，反对戊戌变法，构陷帝党及维新派”等种种罪状，应该说多是捕风捉影、道听途说的并且是未加证实的消息，而把这些实际上并不确切的消息一古脑儿加在李连英的头上，就很容易地使他像她的主子慈禧太后一样，成为中国近代史上臭名昭著的人物了。
由于慈禧太后对李连英的宠信与日俱增，就必然引起朝野各派势力的关注和议论。一般趋炎附势的卑鄙官员，确实不乏有走李连英门路的人，他们千方百计地送礼请托，希冀李连英能在慈禧太后面前美言几句，以达到升官发财之目的。据故宫博物院著名清史专家朱家溍老先生撰文说，他曾亲耳听到清宫后裔恭亲王之孙、著名画家溥心畲说过，李连英之所以能聚敛发财，往往是内务府官员替他造声势。那些掮客式的内务府官员到处游说等待外放的官员，动员他们走总管李连英的门路。李连英是一个非常狡黠的人，送上门来的钱财当然照收不误，可是在慈禧太后面前他是一句话也不会多说的，因为他清楚地知道，在慈禧太后这个刚愎自用、喜怒无常的主子面前，奴才的多嘴饶舌将会得到什么后果，他才不会傻到干这种蠢事呢。实际上这种外放官员，只要钱花到了点子上，已经预备引见了，那么无论走不走李连英的门路，都肯定会得到外缺的。但是通过那些掮客造成的声势，就都以为是李连英发挥多大作用了。作为李连英来说，他只是一心一意地伺候太后老佛爷，如果有人参奏他交接外官，纳贿干政，太后绝然不会相信。这可是一举两得的好事，一是保证慈禧太后的恩宠不衰，二是财源滚滚而来，李连英当然是乐得其成了。正是李连英身边的这批人，有意无意地为其摇旗呐喊，除了自身从中得到了许多好处外，更多的是给李连英在公众心目中的形象多抹了一点丑恶的颜色。
而另一批自翊为封建正统卫道的官吏则对李连英的青云直上感到惶恐不安，他们深怕长此发展下去，会重蹈历朝历代太监干政的覆辙，为此他们纷纷上书，希望慈禧太后能虚贤纳谏，屏抑李连英势力的膨涨和发展。还是在同治初年，慈禧太后因宠信小太监安得海而屡遭物议，言官频上奏章，劝谏她亲贤远宦。慈禧太后出自于稳定政局、安抚人心的考虑，曾以谦和大度的姿态接受了言官的劝告。而这时情况已大不相同，过去对她有所制约的政治力量已经削弱或不复存在，同时她对控制朝政以及驾驭各派政治势力有绝对的信心和充分的把握，完全没必要再摆出政治家那一套雍容大度，来听取言官们喋喋不休的说教了。因此，我行我素的慈禧太后毫不客气地拒绝了这些所谓“义正辞严”的批评。
李连英第一次遭到朝臣猛烈抨击是在光绪十二年（１８８６）。这一年的四月，北洋大臣李鸿章以北洋海军已编练成军，奏请钦派大臣校阅。慈禧太后当即派总理海军大臣醇亲王奕譞亲往巡阅北洋各海口。由于奕譞是光绪皇帝的生父，身份崇隆，因此加派太监、御医随行，“以时调护”。奕譞是一个城府极深而且非常谨慎之人，在慈禧太后召见之时，他主动要求派太后身边的宠监——储秀宫总管李连英随行，以表明心迹，减少太后对自己的猜忌。此举正中慈禧太后下怀，立即得到她的允准。于是，奕譞四月十三日行抵天津，会同北洋大臣李鸿章乘兵轮出海，先后巡视了大沽、旅顺口、威海卫、烟台等处，五月初一日回京复命并奏报巡阅情况。此行一切顺利，惟因太监李连英随行校阅水师，在朝廷掀起了一阵波澜。
按照清朝的制度，由亲王主持这样规模的阅兵大典，同时另派太监随行，在历史上并无先例。据说：“李鸿章为之设行台，王与李连英居处一切无轩轻。惟阅兵时，王坐于前，连英立于后而已。于是丁汝昌、卫汝贵、卫汝成、叶志超、赵桂林、龚照玙诸人，皆奉贽连英门下，称受业。”
消息一传开，舆论一片哗然。两个多月后，监察御史朱一新于八月二十四日借山东、山西、河北等省发生水灾，遂以遇灾修省为由，上折谏曰：
我朝家法，严驭宦寺。世祖宫中立铁牌，更亿万年，昭为法守。圣母垂帘，安得海假采办出京，立置重典。皇上登极，张得喜等情罪尤重，谪配为奴。是以纲纪肃然，罔敢恣肆。今夏巡阅海军。太监李连英随至天津，道路哗传，士庶骇谔，意深宫或别有不得已苦衷，匪外廷所能喻。然宗藩至戚，阅军大典，而令刑余之辈厕乎其间，其将何以诘戎兵崇体制？
在折中朱一新还反复强调阉官是“巧于奉迎而昧于大义”之辈。他们“售其小忠小信”，“阴窃作福作威之柄”，为此，希望不要重蹈唐朝太监监军之覆辙。
奏折呈上后，慈禧太后极为不满。第二天，她就颁了一道长达六百多字的懿旨。亲自为李连英辩解，并斥责朱一新是“危词耸听”和“附会不经”，要求拿出确证和明白回奏说“深宫或别有不得已苦衷”是什么意思。由于朱一新也只是听说，拿不出李连英干预政事的实据，又无端触及朝廷及皇室中最敏感、最微妙之处，在慈禧太后的淫威高压下，他在回奏中无法说清楚，实际上也不敢说清楚此事的原委，只好轻描淡写的答复。折上后，慈禧太后益加愤怒，又发懿旨，大骂朱一新“书生迂拘”，“才识执谬”，并下令把他降为主事。
事后，许多人都认为慈禧太后是明显地偏袒太监李连英，对朱一新的打击压抑是不公正的。那么，李连英是否在随行巡阅海军过程中交接外官、干预政事了呢，醇亲王是一口否定，但众人却异口同声咬定此事，惟有晚清诗人王小航力证李连英并无此事，他在《方家园杂咏二十首并记事》中说：
及王赴烟台阅海军，懿旨赐杏黄轿。王不敢乘而心益加惕，力请派李连英偕往。出宫后，每见文武各员，皆命李连英随见。王意在避本生（父）擅权之嫌也。而连英怵于安得海之祸，布靴布衣，每日手执王之旱烟筒，大皮烟荷包，侍立装烟。退则入王之夹室中，不见一人。时直鲁两省卑鄙官员，欲乘机逢迎大总管者，皆大失所望。王之左右与李连英皆一介不取而归，王大赞赏之。
按王小航的说法，李连英又完全是一个谨慎本分的贤良太监了。但是，这样基本站在太监一边的评价在一个完全被封建正统思想统治的社会中是太少见了。
两年以后，李连英又受到了第二次激烈的抨击。光绪十四年（１８８８），江苏学政王先谦以太监李连英招摇奏请惩戒，他在折中说：
宦寺之患，自古为昭，本朝法制森严，从无太监揽权害事。皇太后垂帘听政，一禀前谟，毫不宽假，此天下臣民所共知共见者。乃有总管太监李连英，秉性奸回，肆无忌惮，其平日秽声劣迹，不敢形诸奏牍。惟思太监给使宫禁，得以日近天颜，或因奔走微长，偶邀宸顾，度以事理所有。独该太监夸张恩遇，大肆招摇，致太监篦小李之名，倾动中外，惊骇物听，此即其不安分之证明。易曰：履霜坚冰，渐也。皇太后、皇上于制治保邦之道，靡不勤求夙夜，遇事防维。今宵小横行，已有端兆，若不严加惩办，无以振纲纪而肃群情。
王先谦，湖南长沙人，字益吾，曾任国子监祭酒、江苏学政等职，是近代有名的史学家。王先谦参劾太监李连英，虽然言词激烈，却没有提出任何实证。而慈禧太后碍于朱一新案时曾说过：“如仅只李连英一人之事，无论如何诬枉断不因宫监而加罪言官”，同时迫于朝廷内外的压力，撤帘归政在即，因此顾不上与王先谦过多理论，这倒使他博得一个“直言”的好名声。
光绪二十年（１８９４），甲午战败，全国舆论大哗。慑于慈禧太后的淫威，无人敢直接批评她本人，于是北洋大臣、直隶总督李鸿章就成了替罪羊和众矢之的。陕西道御史恩溥、福建道御史安维峻、吏科给事中褚成博等人纷纷上折，参奏李鸿章及北洋将领贻误军机、丧权辱国，同时，他们也再次捎到了李连英。其中许多人都提到这样一个“事实”，就是太监李连英由于受贿而出面包庇了北洋这批无能的将帅，于是人们似乎都相信了太监李连英此时已公然把持朝政这个“事实”。其实，谁都清楚，包庇北洋将帅的并不是做奴才的李连英，而是做主子的慈禧太后，只不过谁也不敢直说罢了。到了这一年的十一月，终于有人向慈禧太后挑战了，这个人就是御史安维峻。安维峻在奏折中尖锐地指出：人们都说“和议出自皇太后，李连英实左右之”，我就不敢相信，因为太后已经归政了，要还牵制政事，就上对不起祖宗下对不起天下臣民了；李连英是什么人？他哪敢干预政事？如果这是真的，祖宗家法岂能容？安维峻这里说的是十足的反话，说穿了就是直接要求慈禧太后不要再牵制皇帝并且严厉处置李鸿章。此折一上，慈禧太后异常震怒，马上以皇帝名义发谕：
军国要事，仰承懿训遵行，天下共谅。安维峻封奏，托诸传闻，竟有皇太后遇事牵制之语，妄言无忌，恐开离间之端，命革职发往军台。
这场风波，在慈禧太后的干预下，又平平安安地渡过了。
总之，作为慈禧太后的宠监和奴才，置身在错综复杂的政治漩涡中，李连英没有权利选择，也没有任何资格申辩，只能默默地忍受这一切。