喀尔喀蒙古王公向清政府求助。康熙帝先后于二十九年、三十五年与三十六年三次御驾亲征，镇压叛乱。最后，噶尔丹兵败自杀，蒙古恢复平静。康熙帝进一步采取联姻、封爵等措施加强与喀尔喀蒙古上层关系，实行盟旗制度和法律制度以加强对喀尔喀蒙古的管理。
五十五年（1705），继噶尔丹为准噶尔汗的策妄阿拉布坦派大策凌敦多布率兵进攻西藏。康熙帝派皇十四子允为抚远大将军率兵分三路援藏，击败大策凌敦多布。
第二是大力发展经济。康熙帝亲政后重视发展农业生产，尤其是解决三藩与台湾问题之后。他重视发展生产措施主要有如下四个方面：
一是停止圈地。清初因圈地弊政强占了农民大量土地。顺治四年和十年先后两次诏停圈地，但康熙即位后圈地情况仍然存在。康熙八年六月，康熙谕令户部：“自后圈占民间房地永行禁止，其今年已圈者，悉令给还。”二十四年又下令：直隶州县圈地停止。圈地最后终止。二是奖励垦荒。顺治时就提倡垦荒并取得成果。康熙帝继续提倡，他把官员的提升与能否招人垦荒联系起来并将顺治时所定的免税时间由三年延长至六年乃至十年。官员和百姓垦荒积极性调动起来，耕地面积逐年扩大，由顺治十八年的540余万顷增加到康熙二十四年的600余万顷。三是蠲免钱粮。蠲免钱粮有两种情况，一种是免征荒地田赋，一种是免征灾民赋税。前者有利于鼓励垦荒，后者有利于稳定社会。康熙执政的61年中，蠲免钱粮数额巨大：“前后蠲除之数，殆逾万万”。四是治河。清初黄河水患严重，砀山（江苏西北）以下和洪泽湖的高家堰均决口数十处，苏北的山阳和高邮七州县大部分被淹，危害生产和人民生活。漕运自清口至张庄，由于黄河风高浪急，行船常出意外。康熙帝任命安徽巡抚靳辅任河道总督，专门负责治河。他本人六次南巡时也都亲临指导。治理好了黄河，山阳和高邮七州县免除了水灾。自骆马湖至清河仲家庄凿了一条中河，漕运不走黄河而走中河，保证了安全。除黄河外，永定河也得到治理。此外他还注意开海禁与鼓励内地经商。顺治年间，为了对付郑氏集团，实行海禁，影响了对外贸易。康熙二十三年，康熙帝允许海洋贸易，还减少关税。这一开放政策，促进了对外贸易。在开海禁的同时，康熙帝还鼓励内地经商，免除了平定三藩时实行的盐科、房田税、牙行杂税。
第三是发展文化事业。康熙深谙治国之术：统治一个幅员广大，汉族人居多的国家，仅靠武力不行，还要实行文治，笼络汉人，尤其是汉族知识分子。在位期间，他令词臣完成了《全唐诗》的结集和刊印，编出了《佩文韵府》、《康熙字典》，并开始《大清会典》、《古今图书集成》的编撰。此外，还续修《明史》。以上的图书编撰为清朝博大、鼎盛的文化事业作了积极贡献，也增强了清朝对全国的凝聚力。
康熙帝在加强文化建设的同时，大兴文字狱以加强思想专政。著名的有《明史》案、《南山集》案。因为他开了个坏头，雍正和乾隆二帝都跟着干了，杀害了很多抗清人士，毁了不少图书。
康熙行“宽仁”之术，例如他多次蠲免钱粮，处理文字狱，有时比刑部所拟的处罚宽，见本书《文字狱·〈南山集〉案》。清初除征地丁粮外，对火耗不加禁止。有人认为放纵征收火耗容易助长官员的贪欲，应当取消，但康熙帝认为官员薪俸薄，容忍了这种做法。他说：“诸臣为秀才，皆徒步布素，一朝得位，便高轩驷马，八驺拥护，皆何所来赀，可细究乎？”结果助长了腐败，导致康熙末年亏空巨大。
明朝开始就有御门听政的制度。皇帝在乾清门接受臣僚题奏（题本与奏本。报告公务用题本，奏事进言用奏本），处理日常政务。康熙帝几乎每天坚持御门听政。其勤政，可见一斑。
康熙帝在他青壮年时期确是很有作为，为清王朝的巩固和国家的繁荣宵衣旰食，功勋卓著，不愧为封建时代的伟大帝王。但到晚年，由于众多的皇子争夺帝位，把他搞得心力交瘁。内政外交渐废，吏治逐渐败坏。由于官吏侵吞贪污，国库存银骤减。康熙五十八年（1719）国库储备47368645两，康熙帝死的那年（1722），国库仅有银八百万两。
康熙帝在位61年，终年69岁，葬河北景陵（遵化县昌瑞山），庙号圣祖，谥“合天弘运文武睿哲恭俭宽裕孝敬诚信功德大成仁皇帝”。
多才多艺的康熙帝
避暑山庄图康熙是中国历史上善于治国的为数不多的伟大封建政治家，还是多才多艺的学者。钱宗范在《康熙》中说：“他一生勤奋好学，博览群书。自然科学方面的数学、天文、历法、物理、地理、农学、医学、工程技术；人文科学方面的经、史、子、集；艺术方面的声律、书法、诗画。他几乎都有所研究。他写出了八九十篇关于自然科学方面的论著，他亲自审定了多种历史方面的书籍，他还精通多种民族语言。”我们在这里就康熙的才能补充一些例子：
康熙的汉文水平很高，中国历史知识丰富。“城高千仞卫山川，虎踞龙盘王气全。车马往来云雾里，民生休戚在当前。”他的这首《登高诗》被誉为帝王诗。康熙六巡江南题词很多，如为济南趵突泉题“激湍”、“源清流洁”，为珍珠泉题“清漪”、“润物”，为镇江金山龙禅寺题“江天一览”，为济南省城书院题“学宗洙泗”，为钱塘江龙王庙题“恬波利济”，为陆秀夫祠堂题“忠节不磨”，为米芾海狱庵康熙老年像 题“宝晋遗踪”。题词充分表明康熙高深的汉文水平和丰富的中国历史知识，题词的书法也很好。
康熙善算学。宣城梅成、泰州陈厚耀入值南书房，康熙教过他们算学。
康熙善射。他晚年对近御侍卫说：“我自幼至老，用鸟枪弓箭射死老虎135只，熊20只，豹25只，猞猁狲10只，麋鹿14只，狼96只，野猪132只，吹哨引来而射死的鹿几百只。射获其余的野善不计其数。曾一天之内射兔318只。”
康熙有丰富的水利知识。他六巡江南视察河工，对每项水利工程都能作出具体指示。他最后一次南巡（康熙四十六年一至三月）是亲自考察泗州西溜淮套是否可以开河才去的。经过实地考察，他正确地予以否决。
康熙帝智擒鳌拜
鳌拜（？－1669），满洲镶黄旗人，曾经随皇太极出征察哈尔和朝鲜皮岛，赐号“巴图鲁”。“巴图鲁”是满语，意思是勇士、勇敢。参加过松锦之战，崇德八年升为三等昂邦章京。他拥护福临即位，曾到湖广、四川和贵州镇压抗清斗争。顺治亲政后，授议政大臣，晋升二等公。顺治遗诏，与索尼、苏克萨哈、遏必隆为康熙辅政。鳌拜以为康熙年幼，不懂事，而肆无忌惮，培植私人势力，挑起镶黄与正白两旗换地纠纷，企图掀起新的圈地恶浪，户部尚书苏海纳、直隶总督朱昌祚和巡抚王登联反对。鳌拜怀恨在心，矫旨把三人杀了。因苏克萨哈也在换地事上反对他，鳌拜罗织24条大罪也于康熙六年杀了苏克萨哈。有鉴于此，康熙帝决定除掉他。但鳌拜是辅佐大臣且有勇力，处置他没有处置一般人那么容易，康熙帝决定智擒。
康熙八年（1669）康熙帝15岁。这年四月，康熙帝以下围棋为名召大学士索额图商量对付鳌拜的办法。过了几天，鳌拜独自一人入宫，康熙帝令布库侍卫，把他拿下。康亲王数鳌拜30大罪，康熙帝亲自审问，俱合实情。大臣要求将鳌拜交大理寺定罪，康熙帝说，鳌拜是顾命大臣，在先朝效了大力。特免其一死，从宽处理，仅革去他的官职，没收他的家产，禁锢起来。后来鳌拜在狱中病死。
康熙宫中费用
康熙宫中费用比明代少得多。
康熙二十八年（1689），大臣对当时宫中花费与明代宫中花费做了一个比较：
明代宫中，每年用金花银（金花银指赋征米谷折价上交的银两，上供御用）969400多两，现在已充军饷。明代光禄寺（管皇室祭品与膳食的机关）每年送24万两银子给皇宫，康熙便服像现在只送3万余两。明朝每年送给皇宫的炭是1208万斤，现在只用100万斤。明代给皇宫送的木柴2686万多斤，现在只送6000080000斤。明代各宫用的床帐、舆轮、花毯之物，每年花费28200多两，现在这些东西不用了。康熙四十九年（1710），康熙帝说：“明朝宫内用费高，大兴土木，他们一天的用费够我们用一年。明代宫中脂粉钱达40万两，供应钱几百万两，到世祖登基时已全部废除。明代末年宫女达9000人，内监十万，有的连饭都吃不上。现在宫中才四五百人罢了。”他对户部官员说：“国家钱粮理应节省，否则不够用。”
笼络汉人知识分子
知识分子是社会重要组成部分。