四十三年扩大为八旗。原四旗名称冠以“正”，另四旗名称以黄、红、白、蓝冠以“镶”，即为：正黄、正白、正红、正蓝、镶黄、镶白、镶红、镶蓝。新增四旗的旗子，镶黄旗的旗子在黄色旗上镶黄边，镶白旗的旗子在白色旗上镶红边，镶红旗的旗子在红色旗上镶白边，镶蓝旗的旗子则在蓝色旗上镶白边。
每旗有7500人，含25个牛录。这时每牛录有300人。牛录的长官叫牛录额真，汉名佐领。5牛录为1甲喇，首领家甲喇额真，5甲喇为1固山，首领叫固山额真（都统）。每固山左右设两梅勒额真（副都统）。1固山即为1旗。八旗的最高统帅叫“汗”，先是努尔哈赤，后是皇太极。固山额真由其子侄担任。努尔哈赤与各旗旗主都有精锐卫队，叫“巴牙喇”。
八旗制度是军政合一，兵民一体。牛录额真，既是生产的组织者又是战斗的指挥者。每个成员既要生产又要打仗。作为兵，有前锋、骁旗和护军之分，前锋披坚甲，持武器冲锋在前，骁旗披轻甲，从后冲击，护军是精兵，相机行事。
八旗制度还是经济制度和行政制度。说是经济制度，是指各种行政经费是按牛录为单位分摊。每个牛录派男丁10人，牛10头在空地种粮，收获归公；说是行政制度，是指各级大小官员除是生产的组织者、战斗指挥员外，还是行政官员，八旗充当了国家机构。
努尔哈赤创建了满洲八旗，皇太极又发展了蒙古八旗和汉军八旗，一共有24旗。入关后，八旗成为军事组织，并分为京师八旗与驻防八旗，分给土地，发给兵饷。其待遇，无论是政治的还是物质上的都比绿营优越。
入关前，皇帝统管两黄旗，代善，清太祖次子，统管正红旗；济尔哈朗，庄亲王舒尔哈齐子，统管镶蓝旗；多尔衮，清太祖十四子与阿济格，清太祖十三子，统领镶白旗；多铎，清太祖十五子，统领正白旗；乐托，代善长子，统领镶红旗；莽古尔泰，太祖五子，掌管正蓝旗。入关后，八旗有上三旗与下五旗之分。上三旗是镶黄、正白、正黄，其他是下五旗。上三旗为皇帝自领。发展到后来旗主权利被削弱，八旗全归皇帝统领。
清代中期，八旗军事职能逐渐削弱，成为管理旗务的行政机构。
八旗官兵平时不劳动，全靠薪俸和领地内的租税过活，成为腐朽的寄生集团。
清朝灭亡，八旗制度终结。
清初五大弊政
清廷入关后采取了一些笼络民心，安定社会的措施，但是不久又实行了民族压迫的五项弊政。这五项弊政是：
圈地。紧急圈地有三次。第一次，顺治元年十一月二十二日颁布圈地令，将凡近京各州县无主荒田及明皇亲、驸马、公、侯、伯、太监死于战乱留下的荒田分给诸王、勋臣、兵丁。二年九月，清廷下第二次圈地令，圈地范围扩大到河间、滦州、遵化。直隶的顺德府、山东济南府、德州、临清、江苏的徐州、山西的潞安府、平阳府、蒲州因驻扎八旗兵，这些地方的无主荒田也分给他们。四年正月第三次圈地，范围在顺天、保定、河间、易州、遵化、永平等42府。三次被圈土地16万余顷。其中有很多是有主土地。
颁布剃发令。顺治元年五月十一日，清廷颁布剃发令。所谓剃发，是指男子必须依满洲习俗剃发：前部头发剃尽，顶发四周边缘剃去寸许，不遵令者当“逆命之寇”。
颁布投充法。顺治二年三月二十五日，清廷颁布投充法和逃人法，允许各旗招收贫民役使。满洲贵族任意逼迫汉人为奴。投充法规定，投充人是奴仆，主人可以买卖他们。
逃人法。清兵入关后，八旗官兵将所俘的汉人和投充者当奴仆。由于忍受不了虐待，大批奴隶逃亡。顺治元年清廷下令对逃跑的奴仆严厉惩罚并株连他人：将逃人鞭一百之后归还原主。凡窝藏逃人，处死籍没，还要罪及邻居和地方官员。
屠城。城镇百姓如不顺从清王朝，敢于抵抗的，破城之后，大杀百姓。有名的有“扬州七日”，“嘉定三屠”，此外还有江阴之屠、苏州之屠、宁都之屠等。
圈地后，大量汉人失去土地，流落他乡或沦为庄田的农奴。剃发令迫使汉民改变几千年的习俗，引起愤怒和反抗。投充法使人心惶惶，在各地引起巨大骚动。逃人法使人人自危，严重地破坏了生产力，加深了人民的灾难，激化了民族矛盾。屠城，残害百姓，惨绝人寰，只能激起汉人的民族仇恨。清末辛亥革命的同盟会把“驱逐鞑虏，恢复中华”作为口号，与清初五大弊政留给汉民的惨痛和仇恨不无关系。
皇权的集中
历代封建王朝都集中皇权，清朝也一样，从皇太极起就开始集中皇权，到雍正朝集权达到了极点。
清朝统治者集中皇权手法多。
雍正朝的密折皇太极首先设总管旗务大臣一人，加强对八旗的控制。第二，打击代善、阿敏、莽古尔泰，变四大贝勒南面为他个人南面。第三，把正黄、镶黄、正蓝三旗收在自己的麾下，取得了汗对诸贝勒的绝对优势。第四，原来六部由贝勒管，改为归他个人管。
多尔衮摄政期间，把皇权集中推向新阶段。他首先采取的措施是削弱诸王的权力。济尔哈朗本来也是摄政王，顺治四年为他所罢。肃亲王豪格在顺治五年为他幽禁致死。与此同时他却扩大亲属权力。他与胞兄阿济格、多铎掌握两白旗和正蓝旗，还拉拢两黄旗。多尔衮摄政期间制定职官制度，规定六部长官，各部院的长官直接听命于皇帝，对地方没有命令权，地方督抚必须奉旨行事，使皇权对督抚形成遥控。此外在政权机关中实行多元多轨制，同一职权由两个机构掌握，任何一个机构不能独主，从而使大权掌握于皇帝手中。
顺治亲政后首先削去多尔衮尊号，囚禁其兄阿济格，掌握两黄旗与正白旗。
康熙幼年即位，由索尼、苏克萨哈、遏必隆和鳌拜4大臣辅政。鳌拜不把康熙放在眼里，专横跋扈。康熙八年，康熙帝逮捕鳌拜，排除障碍，集中皇权。
这以后，皇权的集中则通过改变中枢机构来实现。到雍正朝，中央集权达到极点。
清初辅佐皇帝的中枢机构先后有四个，随其变迁皇权越来越集中。
第一个是议政王大臣会议。议政王大臣会议是清朝初年贵族预国参政的政治制度。明万历四十三年（1615），努尔哈赤理政听讼五大臣（费英东、额亦都、何和礼、扈尔汉、安费扬古）与都堂（亦称扎尔固齐）10人佐理国事，与诸贝勒共议国事。后来，议政的人扩大范围。天命七年（1622）三月，皇子8人和硕贝勒共议国政。十一年九月，总管旗务的八大臣参与议政。又于八大臣之下每旗设理事听讼大臣2人，是为16大臣。崇德二年（1637）规定每旗设议政大臣3人，议政大臣就有24名，议政王大臣会议正式成立，从而确定了议政王大臣会议为中央辅政机关。清廷入关后，议政王大臣会议有所发展。顺治元年，内廷设议政处。后来吸收范文程、宁完我这些汉族大臣为议政大臣。顺治帝执政初年，仍由议政王大臣会议决策。由于后来南书房和军机处的设立，议政王大臣会议职权减小，乾隆五十六年废止。咸丰十一年，奕又封为议政王，四年被取消。
内阁这个名称起初是三国时魏国的秘书署，明朝用为政务中枢机构名称。内阁的职责是“掌献替可否，奉陈规诲，点检题奏，票拟批答。”“献替可否，奉陈规诲”就是对君主劝善规过，进行开导。“点检题奏，票拟批答”就是研究各机关和大臣呈送皇帝的题本和奏本，草拟批文供皇帝参考。顺治十五年，承袭明制，把始于皇太极时期的内三院改名为内阁。清内阁设在午门内东南角，门朝西。入门，西为满本堂，东为汉本堂。两堂之北有一门。入门，有大学士直舍3间。堂上悬乾隆御笔“调元和气”4字。堂外有匾，上镌“机密重地，一应官员不许入内”字样。
内阁设大学士、协办大学士、学士，俱复职，满汉分授。大学士依明制带殿阁衔，因而有保和殿大学士、文华殿大学士、武英殿大学士、文渊阁大学士、东阁大学士、体仁殿大学士之名。大学士为正二品，比明朝大学士地位高，明朝大学士，秩皆正五品。大学士名为“赞理机务”，“表率百官”，其实只是给题本、奏本做票拟而已。军国大事，是议政王大臣会议议定，最后由皇帝决定。
第三是南书房。议政王大臣会议有碍皇权的发挥。康熙亲政后，便以设南书房的措施削弱议政王大臣会议权力。南书房本来是康熙帝读书写字的地方，在乾清宫西南角。康熙十二年三藩乱起，军事事务骤增，为方便军事指挥，十六年（1677）开始选调翰林入书房当值。这些人叫南书房行走（行走就是入值办事），职位相当宰相。首批入值者有张英、高士奇。他们除陪伴皇帝读书写字外，还代皇帝发布命令，成为康熙帝的秘书班子，削弱了议政王大臣会议权力，而加强了皇权。
第四设立军机处。军机处原名“办理军机处”，初为适应西北用兵需要而设于雍正七年（1729）。