第二年，改名军机处，全名“办理军机事务处”，考虑到内阁非僻静之处，易泄密，便设在接近雍正帝住处的隆宗门内。长官是军机大臣，由亲王、大学士、尚书、侍郎或京堂（京堂指3、4品的高官）担任。下设军机章京。
军机处的职责，起初是只管军事，后来参与机密，商讨大计，成为“军国大计，罔不总揽”的“执政之府”。军机处的成立使皇权集中达到颠峰。“向来军机大臣，事事先面奉谕旨，办驳可否，悉经钦定，始行拟旨进呈；其有不合圣意者，朱笔改正。”
军机处有三大特点。一是人手少。军机处无定员，一般是38人。二是办事快。当日事当日毕。递送上谕，有明发与廷寄两种。直接交兵部驰寄叫廷寄，先交内阁然后传各部叫明发。三是守机密。一因衙门隐蔽，不受干扰；二因保密措施好，用印有监视，三因军机大臣与章京不与外人接近。
军机处设立后，南书房不再参与机务，专管字画。军机处在乾隆元年曾改名总理处，不久又恢复。宣统三年四月，军机处在设新内阁时裁撤。
军机处值房军机处的成立，就有了直属皇帝处理军国大计的常设核心机构，议政王大臣会议被撇在一边并废于乾隆五十六年（1791），借此皇权独尊的专制制度最后形成。
中央集权还有密折一途：官员向皇帝递折子，秘密报告各种秘密下情。发明这种方法的是康熙。康熙末年江宁职造曹寅和苏州职造李煦受命康熙刺探江南动静。康熙四十八年十月初二，康熙批复李煦《请安折》说：“近日闻得南方有许多闲言，无中生有，议论大小事。朕无人可以托人打听，尔等受恩深重，但有所闻，道光皇帝的建储秘诏可以亲手书折奏闻才好。此语断不可叫人知道。”李煦后来为康熙帝提供了一念和尚在太仓起义的情况，浙江四明山地区农民起义的情况和原户部尚书王鸿绪等人在籍议论太子废而复立以及康熙五十年江南科考舞弊案等等。以奏折向皇帝言事的人后来从心腹扩大到在京大臣和地方督抚。康熙五十一年（1721）正月，康熙帝向在朝领侍卫内大臣、大学士、都统、尚书、副都御使发了一道上谕，说自己年事已高，不见不闻之事很多。虽有言官，但瞻顾缄默，因此需要他们把所见所闻开列陈奏。雍正帝更重视密折奏事。为了考察和监督官吏，他将可以密折奏事的范围扩大到布政使、按察使、学政，乃至知府、同知。密折在乾隆朝一度停止，嘉庆朝恢复。
皇权在晚清受到削弱。同光时期，曾国藩系统的督抚大增，中央集权受到削弱。清王朝曾采取过措施集权，但并不成功。
对蒙古、东北、西北边疆地区的统治
清朝对少数民族所居住的边疆地区的管理十分成功，周总理曾说：“清代以前，不管是明、宋、唐、汉各朝，都没有清朝那样统一。”①清朝对西南地区的管理实行改土归流，对蒙古、东北、西北边疆地区的统治和管理采取如下措施。
一、设军事行政机构管辖
清朝对这些地方的统治、管理与一般行省不同，不设督抚，都实行军府制，由将军率八旗驻防。
东北是清朝龙兴之地，而沙俄在顺治、康熙朝就曾把侵略的触角伸到黑龙江流域，清朝统治者对这里十分重视，在这里实行军府制，分设盛京将军、吉林将军和黑龙江将军，兼军政和民政两个方面。多处筑城，设立总管和副都统，驻有重兵4万，而内地各省驻防仅一万六。
内外蒙古实行盟旗制度。这种制度首先在内蒙古实行，后来推行到外蒙古、新疆、青海等蒙古族居住地区。旗制有似八旗制度，是政权组织又是军事组织和社会组织。盟由数旗组成。每旗由清廷从本旗王公、太吉或塔布囊内任命旗长一人掌管旗务、再加上协理台吉23人协办旗务。此外还设管旗章京一人统管一旗之事，副章京一至二人分管一旗之事。内外蒙古同时也实行军府制。内蒙古设察哈尔都统、热河都统、绥远城将军，外蒙古设乌里雅苏台将军和科布多参赞大臣。绥远、张家口驻兵二万多，畿辅、热河及陵寝围场驻兵一万七。
西北地区的新疆行政因民族杂居，故行政制度不一，乌鲁木齐、巴里冲等地实行郡县制，蒙古族住的地方实行盟旗制，天山南路实行伯克制。②整个西北地区也实行军府制，设伊犁将军，西北驻防八旗兵一万八千。
清朝从皇太极时起就设有管理蒙古少数民族事务的机构蒙古衙门，崇德三年改名为理藩院。顺治朝后此院仍然存在，职能扩大到回部和诸藩部。“制爵禄，定朝会，正刑罚，控驭抚绥，以固邦翰。”③
二、利用宗教，实行政教合一
蒙古盛行喇嘛教，统治者利用该教进行统治，实行政教合一。清朝政府本着“修其教不易其俗”的原则，顺应他们的习俗，在蒙古地区大建寺庙，免除喇嘛的赋税差役，给活佛和上层喇嘛封号、特权，封赐4大喇嘛教首领④，分别主持卫藏、漠南和漠北的宗教事务。
三、设置军事哨所
东北、蒙古、新疆沿国境线内设置卡伦哨所，派遣官兵了望、戍守。分三类：“常设卡伦”，士兵长驻，“移设卡伦”和“添设卡伦”则根据季节的冷暖移动，“添设卡伦”，暖则设，冷则撤。
四、设立驿站
清政府在东北、西北和西藏地区都建立了驿站，传递文书，为尽快了解边疆情况，及时向这些地区传达上谕提供了方便。《厄鲁特蒙古图》此外驿站也可以供运输军饷、武器的人员、车马休息、住宿，保证平叛的需要。
五、恩威并用
所谓恩威并用就是镇压少数民族的割据和反叛，而以恩德拉拢其上层。平定噶尔丹的叛乱，平定策妄阿拉布叛乱，平定西藏珠尔墨特叛乱等为施威；给少数民族上层人物封爵，给予丰厚俸禄，娶蒙古贵族女儿为妃子，让他们到北京或避暑山庄觐见皇帝都是施恩笼络。
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注释：
①周恩来《关于我国民族政策的几个问题》，《人民日报》1979年12月31日
②伯克是维吾尔族官名。伯克原来世袭，平定大小和卓后改为任命。
③《清史稿·职官》
④4大喇嘛教首领指达赖喇嘛、班禅额尔德尼、章嘉呼图克图和哲布尊丹巴呼图克图。
改土归流
改土归流也称土司改流，指把西南少数民族地区永久世袭的土官改为随时任免的流官。这是雍正四年（1726）开始实行的加强对西南边疆统治的一项政治措施。
西南少数民族多，元代以来实行土司制度。元代在这些地方设了安抚司、宣抚司、宣慰司，用当地的酋长为官吏，称土司或土官。文官有土知府、土知州、土知县，武官有宣慰使、安抚使、招讨使等。少数民族人民由土司管理。这种管理办法在当时还是恰当的。明朝因袭了这种制度，并制定了一套贡赋、征调、驻防和承袭制度。清朝初年还是这个制度。这种制度落后性日益显著。在土司统治下，土民过着暗无天日的生活。广西土司岑宣栋允许土民读书，但不允许他们参加科举考试，担心他们考取后脱离他的统治。土司统治，赋役无名，刑杀任意。土司为儿子娶亲，土民三年不得婚姻。一年之中向土民小摊派四次，三年又一大摊派。土司取之土民的钱粮超过田赋百倍。土司之间经常互相攻伐，给土民生命和财产带来巨大损失。土司制度易于导致地方割据，不利于中央对地方的统治。
雍正三年鄂尔泰由广西巡抚调云南以巡抚治总督事。到任后他发现贵州种家苗已为乱20年。四年春他上书雍正帝：一、云贵问题没有什么比得上苗族问题急迫，安民必先制夷，制夷必改土归流。二、列举东川、乌蒙、以步当车的清末云南邮政局邮差镇雄3大土司的罪恶并建议四川的东川、乌蒙、镇雄三大土府划归云南。三、澜沧江外宜土不宜流，江内宜流不宜土。四、提出改流做法：“计禽为上，兵剿次之；令其自首为上，勒献次之”五、剿夷要练兵选将。
鄂尔泰的意见得到雍正的同意后，四年五月鄂尔泰就派兵攻破种家苗36寨，迫使21寨投降，安抚苗民500多户，人口2000多人，计擒贵州镇远土知府、霑益土知州，者乐甸土司乞求免死，种家苗全部平定，得到雍正帝的赞扬。四年十月，鄂尔泰实授云贵总督。四川乌蒙土司禄万钟和镇雄土司庆侯为乱，鄂尔泰令总兵刘起元讨平，五年，禄万钟投降，要求改土归流。五年二月，云南镇沅土目刁如珍杀害流官，焚烧房屋，鄂尔泰派兵讨平并抓获刁如珍。广西泗城土知府岑映宸放纵土兵抢掠，鄂尔泰同样派兵讨平。十一月，鄂尔泰招降贵州长寨后路苗184寨，编户口，定额赋。六年，鄂尔泰总督权限进一步扩大到广西。鄂尔泰派兵擒获东川法戛土目（土目，土司所属员司的称号）禄天佑与则补土目禄世豪，惩办了米贴土目程永孝。