程永孝妻子发动叛乱，鄂尔泰派总兵张耀祖讨平。八年六月，由于刘起元移镇乌蒙后“恣为贪暴”，禄鼎坤发动叛乱，攻陷乌蒙，与族人杀了刘起元，江外凉山、下方、阿驴，江内巧家营、者家海诸寨及东川禄氏等地土司头目起来响应。鄂尔泰调集万余人分3路镇压：总兵魏翥国攻东川，哈元生攻威宁，参将韩勋攻镇雄。破苗寨，杀苗兵，十分惨烈：“勋与苗兵遇于莫都，战一昼夜，破寨四，杀数百人；进攻奎乡，战三日，杀二千余。”鄂尔泰令张耀祖统率诸军分道穷搜，将抓获的人刮肠破肚，挂在悬崖树梢，使人见了胆战心寒。叛乱镇压下去后，鄂尔泰在云贵边界建庚戌桥（庚戌指庚戌年，即雍正八年），以纪其功。在大军威慑下，云南永昌边外孟连土司主动表示愿意纳税，鹤庆边外子主动表示愿意进贡。
由于清将欺负苗民，雍正十三年贵州清江、台拱地区又掀起一场反清斗争，攻陷凯里。清朝先是派刑部尚书张昭前去镇压，由于他反对改土归流，又不懂军事，旷日无功。后来又派贵州按察使张广泗去镇压，张广泗熟悉苗地情形，大肆杀戮，终于把他们镇压了下去，改土归流得以继续进行。
从四年到十三年，改土归流在云南和贵州、广西、四川大规模地进行。云贵地区重要是用武力推动改土归流，而其他地区主要是采取招抚方式。推动改流土司共60多个。
北京政变
北京政变又称祺祥政变或辛酉政变，是咸丰帝死后慈禧太后发动的扫除以肃顺为代表的排外派，夺取最高权力的政变。这次政变确立了慈禧太后在晚清47年的统治。这次政变称北京政变是以政变发生的地点命名，称祺祥政变或辛酉政变是根据时间命名：祺祥是年号，辛酉是干支纪年，指1861年。
咸丰十一年七月十一日，咸丰帝临终时诏立长子载淳为皇太子，命怡亲王载垣、郑亲王端华、协办大学士户部尚书肃顺、御前大臣景寿及军机大臣穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛等八人为参赞政务王大臣。同时咸丰赐予皇后钮祜禄氏与懿贵妃叶赫那拉氏一枚“御赏”图章，给皇太子一枚“同道堂”图章。诏谕由八大臣拟定，盖上两枚图章才有效。咸丰帝之所以这样做是为了搞权力平衡。
八大臣以载垣、端华、肃顺为首，俗称肃顺集团。这是统治集团中的一个派别。他们有革弊振衰，重整朝纲之志，对外取排斥态度。肃顺素来厌恶叶赫那拉氏，曾求咸丰帝效汉朝“钩弋故事”除掉她。
十二日，咸丰卒于热河行宫，31岁。载淳继位，改次年为祺祥元年，尊皇太后钮祜禄氏为母后皇太后，尊生母叶赫那拉氏为圣母皇太后。九月一日，大学士桂良和协办大学士肃顺等奏请为钮祜禄氏和叶赫那拉氏分别奉以“慈安”、“慈禧”的徽号。
慈禧太后是个权欲极为强烈的人，要垂帘听政，但八大臣甚至连奏章都不愿呈览给她们过目。慈禧太后决定除掉八大臣。
八月一日，奕抵热河行在，慈禧太后与奕密谋政变，镇压八大臣。慈禧太后担心列强干涉，奕保证不会，相反会支持。
八月十日，山东道监察御史董元醇上疏，奏请两宫皇太后垂帘听政，并建议在亲王和大臣中各简派一二人辅佐。十一日皇太后召见八大臣，命照奏请执行，载垣等抗言，并由焦祐瀛拟旨，说本朝无太后垂帘先例，在亲王和大臣中各简派一二人辅佐也没必要。两宫太后将董折与八大臣拟旨留下不发。两时许，太后又召见八大臣，肃顺等八人激烈反对，说他们是参赞政务王大臣，不能听太后之命。八人声音很大，两太后气得手都发抖，幼帝吓得哭了，尿湿了裤子。
十二日，肃顺等八人开始怠工，两宫皇太后将董折与八大臣拟旨一并由内阁发下来，他们才言笑如初。慈禧太后妹夫醇郡王奕看见他们那样，很是愤怒。接着载垣、端华、肃顺八大臣又错误地以撂挑子来威胁两太后，九月初四，两太后顺水推舟罢了他们一些职务。例如免了载垣銮仪卫，免了肃顺管理理藩院并向导处事务。
九月二十三日，咸丰灵柩自热河启运北京。诡计多端的慈禧太后分离八大臣，安排肃顺护送笨重的灵柩走大路，两宫皇后与小皇帝走小路，随以其他7位参赞大臣。慈禧太后等人于九月二十九日到达北京，比灵柩早四天到达。灵柩十月三日才到北京。
九月二十八日，兵部侍郎胜保上《奏请皇太后亲理大政并简近支亲王辅政折》。三十日两宫太后召见奕等人，哭诉肃顺等行为，管理户部事务的周祖培建议给他们重治其罪。同日，内阁颁布奕早就拟好的一份上谕。内容是：一、在第二次鸦片战争中，肃顺、端华、载垣不尽心和议，只知道诱惑英国使臣；二、和议后，京师已经平静，咸丰帝想回銮，但受到他们阻挠，损害了他的身体以至死去；三、王大臣阻挠从亲王和大臣中简派辅佐人员，已丧失人臣之礼；四、载坦等专擅；五、决定把八大臣逐出军机；六、分别轻重，处置八大臣。
九月三十日，政变发生。奕宣读诏书，令侍卫将载垣、端华拿下，囚禁宗人府，肃顺随灵柩刚到密云，醇郡王奕深夜破门而入，将正拥着两个妾睡觉的肃顺逮捕送到宗人府。十月六日，肃顺斩立决，载垣、端华赐自尽。
十月一日诏授奕为议政王，在军机处行走，又补授为宗人府宗令。十月五日，诏命以明年为同治元年。
十一月初一，紫禁城养心殿举行垂帘大典。从此，慈禧太后取得国家最高权力。成者为王败者寇，肃顺、端华、载垣自此被清朝统治者贬为“三凶”。
晚清的三次革新
从咸丰到宣统朝这半个世纪，皇权、吏治愈益腐败，军事落后，阶级矛盾、民族矛盾都非常尖锐。国内反清斗争此起彼伏，列强侵略频频，清朝统治岌岌可危。为了挽救其灭亡的命运，清朝先后进行了三次涉及政治、经济、文化和军事等方面的革新运动：洋务运动、戊戌变法与新政。三次革新虽然都涉及到政治、经济、军事和文化教育四个方面，但重点是不同的。洋务运动主要是经济方面的革新，戊戌变法主要是政治领域里的革新，而新政则涉及各方面。
洋务运动
洋务运动是十九世纪六十到九十年代清朝统治集团中一部分人采用西方资本主义的工业技术兴办军事工业和民用工业并以新式武器装备陆和海军的运动。
当时把跟国外打交道称作洋务，这次改革引进外国文化和人才，故称洋务运动。
六十年代初正是第二次鸦片战争之后，太平天国和捻军起义处在蓬勃发展之际。清政府中央和地方一部分官僚如奕、曾国藩、左宗棠、李鸿章、张之洞等觉得要镇压农民起义，抵御外侮以求长治久安，必须求强、求富。而要求强、求富，就必须引进资本主义生产方式和科学技术。洋务运动就是在这种背景下出现的。
传入中国的早期木制自行车洋务运动有如下几方面：
一、军事工业。军事工业是洋务运动的重点。如曾国藩于咸丰十一年（1861）创建了安庆内军械所，李鸿章于同治四年（1865）创建了江南机器制造局和金陵机器局，左宗棠于同治五年（1866）创建马尾船政局，张之洞于光绪十四年创建了湖北枪炮厂等。
二、民用企业。兴办军事工业求强，兴办民用企业求富。洋务派兴办的民用企业有李鸿章于同治十一年兴办的轮船招商局、光绪三年（1877）创办的唐山煤矿、光绪六年（1880）创建的天津电报局，左宗棠于光绪四年（1878）创建的兰州机器织呢局，张之洞在光绪十六年（1890）创办的湖北织布局和汉阳制铁局。
三、兴办外语学校，引进西方科学技术。同治元年（1862）奕创立同文馆，招收八旗儿童学习英、法、俄文。接着李鸿章、左宗棠办起外语和科技学校。此外，洋务派还选拔学生留学，组织人力翻译外文科技书籍。
四、办海军。光绪年间，建起了南洋、北洋和福建三支海军。
洋务运动中的军事工业全是官办，资金来自海关关税、军饷和厘金。用作海军军费的相当一部分为皇室和各级官吏所鲸吞。为慈禧太后建造的颐和园，自开工就每年从海军军费中挪用，一共用了数百万两。民用企业则是“官督商办”，由官僚控制，吸收私人投资。
军事企业几乎都聘用了外国人帮忙，如金陵机器局聘请了英国人马格里任技师，福州船政局聘用了法国人日意格为正监，德克为副监。
洋务运动经过中法战争和甲午战争就失败了。中法战争中法国侵略者轰毁了马尾造船厂，甲午之战，日本侵略者使北洋海军全部覆没，洋务派的坚船利炮的希望化为泡影。尽管如此，洋务运动还是有意义的。首先它开启了中国的近代工业，使资本主义的生产方式在中国开了头。第二，使长期处于封闭状态的中国人初次见到机器大生产，开了眼界，促使他们向西方学习先进生产技术。此外还加强了国防力量，促进了近代教育的萌芽。第三，洋务运动期间由于对外交往的需要，清朝政治制度也发生了进步的变化，即进行了官制和教育改革，产生了通商大臣总理各国事务衙门、同文馆、总税务司等。