十四年上半年希尔根、岳乐在江西联合作战，收复龙泉、西塘、宁州、建昌、永新、庐陵。十五年二月，吴三桂派遣高大杰、韩大任袭占军事重镇吉安。岳乐力复萍乡。十六年三月简亲王奉康熙帝令围攻吉安，高大杰病死，韩大任投降。福建方面。八月，根据李之芳建言，杰书攻占具有战略意义的仙霞岭，马九玉投降。九月清军收复建宁、延平。马、白已先后投降，十月耿精忠只好投降。曾养性后来也投了降。十六年，郑经军在兴化、泉州一带为清军击败，退出漳州。十九年郑军退回台湾，清军复取厦门、海澄、金门。浙江、江西、福建于是平定。
川陕甘方面。王辅臣叛乱后，康熙帝依甘肃巡抚华善之请，授予提督张勇靖逆将军，并予以便宜行事权。张勇麾下有西宁总兵王进宝、甘肃总兵孙思克、宁夏总兵陈福。陈福在宁夏兵变中被杀，张勇疏荐天津总兵赵良栋任宁夏提督。十五年二月，图海被任命为抚远大将军平定王辅臣的叛乱。三月，吴三桂派王屏藩、吴之茂从四川北上，声援王辅臣，为张勇、王进宝与振武将军佛尼埒击败。四月围困兰州，五月，图海在王进宝与凉州提督孙思克协助下败王辅臣于平凉城虎山墩，康熙帝给王辅臣发去招降谕旨，王辅臣接受招抚投降（诏复其官，授靖寇将军。接进京令后自杀）。六月守将赵士升投降。张勇复河、洮二州。十五年，赵良栋与王进宝分兵平定了秦州西和、礼县。十八年十月，赵良栋克徽县，进而克略阳、阳平关、沔县。十九年复成都，以功擢云贵总督，加兵部尚书。十五年擢为陕西提督的王进宝于十九年收复凤县、两当，复汉中地，十九年克保宁。王屏藩自缢，吴之茂与部将共17人被擒而杀之。昭化、剑州、苍溪、蓬州、广安、合州、西充、岳池皆定。
两广方面。十三年二月孙延龄叛应吴三桂，广西提督马雄初不从叛，后来也叛。广西巡抚傅宏烈为图恢复，阳受吴三桂伪职。他曾劝说孙延龄反正，并于交址界募义兵5000人，克桂林、玉林、梧州、昭平、浔州千余里。十八年正月，他与镇南将军莽依图率军在南宁彻底击溃吴军。十九年二月后为马雄子马承荫军欺骗被执，送往吴世璠处殉难。十六年十月孙延龄夫妇打算降清，为吴世琮所杀。十三年十一月，尚可喜次子尚之孝率军进入潮州，击败刘进忠，克潮州、海澄。尚之信得不到吴三桂信任，康熙帝令对他劝降。十五年十二月尚之信投降。康熙帝令复其爵位，随大军讨伐叛军。
湖南方面。吴三桂打到长江南岸松滋后不马上北上，停留了3个月，为的是等康熙帝对他隔江而治建议的答复。这是他的最大失策，给了康熙帝调兵遣将时间。八旗军到达荆州不敢过江与吴军作战。吴三桂兵力主要集中在岳州，但由于大批人马调往江西以联合耿精忠，又有部分调往西北以与王辅臣相合，岳州、长沙比较空虚。十五年三月，岳乐进攻长沙，尚善进攻岳州。经过激战，两军形成对峙。十六年征南将军穆占征讨湖南，与岳乐猛攻长沙。十七年初清军占领湖南东南数县。越来越感到困难的吴三桂欲以称帝振奋叛军。于是三月草草成礼，称帝衡州，国号为周，大封群臣。然而八月即去世。孙吴世璠即帝位，改元洪化，迁往贵阳。七月吴军猛攻永兴，八月因吴三桂之死而撤走。十七年闰三月，吴水军将领林兴珠反正。他献策断掉吴应麒的粮道之策，十八年正月，清军收复岳州，接着收复长沙，二月收复衡州。十九年三月，吴应麒、胡柱国从辰州逃往贵阳。
二十年，清兵分别由贝子彰泰、赖塔、赵良栋统领，由粤、湘、蜀进攻吴三桂老巢——云南，二月吴世璠自杀，函首入京，吴三桂被掘坟析骨。长达8年之久的三藩之乱终于结束。
平定三藩过程中，以前驰骋沙场一往无前的八旗兵已现出畏葸不前的暮气。图海、赖塔、穆占这些八旗将领还能敢打敢拼，战绩突出，而勒尔锦、尚善、喇布则畏敌如虎。勒尔锦、尚善抵达荆州三年都不敢过江，仅作壁上观。勒尔锦被革去郡王，羁禁，尚善革去贝勒，喇布统兵数万，竟多次败于仅有4000兵的高大节，被召还京师。相反，绿营却表现出勇猛顽强的气势。康熙帝及时地鼓舞绿营。康熙十五年五月，令兵部查明功次，及时议叙。起巨大作用的绿营将领除西北的张勇、赵良栋外，湖北地区的有蔡毓荣、万正色、徐治都，浙江有施琅、姚启圣、吴兴祚，广西有傅弘烈等。绿营共有40万投入战斗，在关键时刻起了作用。攻打云贵时，“绿营步兵居前，旗兵继之，所向皆捷”。
三藩平定巩固了清朝对全国的统治，为尔后开展行政和财政改革，驱逐沙俄在黑龙江的侵略势力，解决西北边疆问题，开拓疆土奠定了基础。
施琅取台湾
康熙二十二年（1683）康熙帝以施琅为水师提督，攻取台湾，完成了台湾与大陆之间的政治统一大业。
施琅（1621-1696）福建晋江人。初为明总兵郑芝龙左冲锋，顺治三年降清。郑成功招施琅不至，郑成功将他父亲、弟弟及子侄都给杀了。
台湾自古是中国土地，明末为荷兰殖民主义者霸占。为了建立抗清复明根据地，顺治十八年三月郑成功进攻台湾，赶走荷兰殖民主义者，收复了台湾。康熙元年五月，郑成功病逝。郑成功死前，长子郑经在厦门，与乳母通，产下一子，郑成功知道后很生气，令人把郑经杀了，诸将保护郑经没杀。台湾黄昭、萧拱宸伪造郑成功遗诏拥立郑经弟郑世袭为护理国事。讣至厦门，郑经承袭“延平王”爵位。他以全斌为右军都督，陈永华为谘议参军，冯锡范为侍卫，准备东渡台湾（讨伐郑世袭等人）。这时清靖南王耿继茂、闽浙总督李率泰派人来劝降。郑经表示愿效法朝鲜，做属国，进贡。清朝方面当然不同意。冬十月，郑经赴台，捕获郑世袭、黄昭、萧拱宸等人。
陈永华善治国，在他的辅佐下郑经铲除荷兰在台湾的殖民主义势力，开展经济文化建设，大力垦殖，种蔗制糖，又与英国、菲律宾群岛开展贸易。
十七年十月，金门、厦门为耿继茂、李率泰与施琅、黄梧所取。清军“堕两城，弃其地，收宝货妇女而还”。金门、厦门失守后郑经加强了澎湖的防卫，在妈宫港建垒，筑炮台。十八年荷兰将领波尔德与清军合攻台湾，因台湾固守，率舟北上，到普陀山，遇飓风覆没。
从十九年起，施琅就开始疏请攻台。掌管台湾军事的大将刘国轩知道施琅意图，在澎湖沿岸筑短墙，置腰铳，建起壁垒（围墙）二十多里。此时三藩尚未平定，康熙帝当然还不能马上实施这一方案。二十年正月郑经病死，十月三藩平定，郑经死后，台湾内讧。本来在郑经应吴三桂约出兵闽粤期间，台湾政事委任于长子郑克。郑克贤明，有治才。7年后郑经回到台湾也还是由郑克管理政事。郑经死后应该由他主政。但部将刘国轩、冯锡范擅权，杀了郑克，而立只有12岁的郑经幼子郑克塽。这时，解决台湾问题提到康熙的议事日程。二十年七月，康熙以施琅为水师提督。福建总督姚启圣对于攻台也很积极。施琅似乎更积极。到二十一年十月，他先后四次请求专征。议政大臣会议支持他，大学士明珠支持他，康熙帝也答应了他的请求，并指示施琅相机进剿。此外康熙要求姚启圣在钱粮方面大力支持。十一月姚启圣给施琅解到银9万两，另外提供了25000两用于奖赏。
六月的澎湖风急浪高，不是用兵时候，但施琅就是要打个敌人意料之外的仗。二十二年六月早晨，施琅率领2万余水军，二百三十只船集结铜山。蓝理自告奋勇充当前锋。次日申时（下午三时到五时）施琅率军乘风破浪抵达澎湖西南的猫屿和花屿海面，即取八罩屿与锚泊地。刘国轩以为他已在澎湖沿岸设了那么坚固的防御工事，现在又是八罩屿大风大浪季节，施琅无论如何也不可能在八罩屿停舟。郑军将领要求乘清军立足未稳的时候先发制人，刘国轩不同意。他要以逸待劳，不战而收全功。
十六日施琅率军进攻澎湖。蓝理率领7条舰船冲入敌阵。大风冲散了蓝理船只，郑军舰船合围过来。施琅指挥舰船救援。流铳射中施琅眼睛，仆倒。蓝理去救，腹被大炮打中，肠都出来了。郑军将领曾瑞大喊：“蓝理死矣！”蓝理扶着弟弟起身，大呼：“蓝理在，曾瑞死矣！”众皆感奋，奋勇向前。郑军将领林升身中三箭，郑军混乱。施琅引军而还。施琅奖励蓝理2000两。
十七日施琅用甲衣裹头，集中将士分兵四路，再次进攻。蓝理要求上战场，施琅坚决要他留下。施琅严申军令，总兵以下退缩的斩首。刘国轩率领船二百余艘，官兵二万列阵以待。两军海战开始，烟火蔽日，呼声震天。开始时风朝清军吹来，海浪大起，但施琅坚持战斗，呼天相佑。随后风向反转，施琅令火器船进攻，火桶、火罐扔向郑军，郑军大败。清军伤亡二千一百多人，总兵朱天贵战死，总兵林贤重伤，而郑军被击毙万二千人，将领邱辉、江胜、陈起明、吴潜、王隆等战死，烧毁战舰二百多艘。刘国轩逃往台湾。
康熙得知澎湖的胜利消息十分高兴，要求给予施琅足够的援助。施琅把兵剿与招抚结合起来。